‘Dood’ hartweefsel weer tot ‘leven’ gewekt (?)

'Dood' hartweefsel klopt weer

De proefopzet (afb: Erasmus MC)

Onderzoekers van het Erasmus MC rond Yannick Taverne is het gelukt om stukjes menselijk hartweefsel in het laboratorium meerdere maanden in leven houden en ‘dood’ hartweefsel via elektrische prikkels weer te laten kloppen. Dat zou voor het eerst zijn. Die techniek zou de mogelijkheid bieden om in de toekomst patiëntspecifieke behandelingen te testen en bijvoorbeeld vroege afstoting van een donorhart te voorspellen, stelt het Erasmus MC. Ik stel me zo voor dat die techniek meer mogelijkheden moet hebben. Lees verder

Een mensengen toevoegen aan DNA plant vergroot de opbrengst

Krachtrijst

Met FTO meer rijst (afb: Qiong Yu et. al.)

Er schijnt bij mensen een gen te zijn, althans een variant daarvan, dat een rol speelt bij vetzucht (zwaarlijvigheid, ook wel vergoelijkend obesitats genoemd). Als je dat gen toevoegt aan voedingsgewassen zoals rijst of aardappelen, dan blijken die planten meer opbrengst op te leveren.
Lees verder

Veranderd gids-RNA vat RNA om genen effectiever te deactiveren

Cas13

RNA-bewerker Cas13. Ook bij bewerking RNA wordt een gids-RNA gebruikt om de RNA-schaar naar de juiste plaats te dirigeren (afb: zlab.bio)

Iedereen, ook deze leek, riep blij dat met de CRISPR-methode er een prima instrument was gekomen om fouten op het genoom te herstellen. Dat bleek toch een beetje tegen te vallen en gaandeweg zijn er steeds meer methodes ontwikkeld om die methode nog te verbeteren. Onderzoekers hebben nu een chemisch veranderd gids-RNA ontwikkeld, dat de genschaar naar de goede plek op het genoom moet leiden, dat niet het DNA aanpakt om genen uit te schakelen maar het RNA om dat te bewerken en/of uit te schakelen in mensencellen. Daarmee zou de effectiviteit van gids-RNA met een factor twee tot vijf zijn verbeterd. De nieuwe methode werkt ook twee maal langer de de bestaande CRISPR-methodes. Lees verder

Gendruk bij malariamuggen lijkt hanteerbaar te zijn

Anopheles Gambiae

Anopheles gambiae-mug (afb: WikiMedia Commons)

Gendruk is een techniek om het genoom van (meestal) plaagorganismen zo te veranderen dat hele populaties uiteindelijk het loodje leggen, waarmee ziektes als malaria kunnen worden bestreden. Bij malaria wordt de ziekteverwekker, de parasiet Plasmodium, overgebracht door stekende muggen. Probleem met gendruk is dat die moeilijk in de hand te houden zou zijn. Nu zouden onderzoekers hebben aangetoond dat de techniek wel degelijk te hanteren/controleren zou zijn en binnen een jaar kan leiden tot ineenstorting van een muggenpopulatie. Lees verder

BioNTech wil RNA-vaccin maken tegen malaria

Ugur_Sahin

BioNTech-chef Ugur Sahin (afb: W~ikiMedia Commons)

Sedert de redelijk succesvolle RNA-vaccins tegen het coronavirus zijn geïntroduceerd, wordt die techniek ook in stelling gebracht tegen andere ziektes. Zo denkt BioNTech, die met Pfizer een coronavaccin heeft ontwikkeld, dat het  mogelijk is dat RNA-vaccins werkzaam zouden kunnen zijn tegen de malariaparasiet. Het bedrijf hoopt eind dit jaar een malariavaccin te kunnen testen op mensen. Lees verder

DeepMind maakt structuren 20 000 eiwitten openbaar

Eiwitstructuur

De eiwitstructuur zegt veel over zijn functie

Het Britse bedrijf DeepMind heeft het zelflerend ki-systeem AlphaFold ontwikkeld waarmee vrij nauwkeurig en vooral snel  de structuur van eiwitten kan worden berekend. Hoewel de broncode van het systeem openbaar is gemaakt deed het bedrijf nogal schimmig over AlphaFold. Nu heeft DeepMind de structuur van 20 000 eiwitten openbaar gemaakt voor wetenschappers. Lees verder

Celdeling afhankelijk van ‘omarming’ van enzymen

deactivering separase

Het enzym separase wordt streng bewaakt om te voorkomen dat dat enzym, belangrijk bij celdeling, ontijdig actief wordt. Hier twee ‘bewakers’: securine en het CDK 1-complex (afb: Nature)

Celdeling is een ingrijpend proces dat wordt gestuurd door een aantal enzymen, waarvan separase en cyclineafhankelijke kinase de ‘dirigenten’ zijn. Nieuw onderzoek onder leiding van Jun Yu van de universiteit van Genève heeft inzicht gegeven in de werking van die ‘orkestratie’. Beide ‘dirigenten’ zijn inactief zolang ze elkaar omarmen. Ik moet wel zeggen dat dit stukje alleen voor fijnproevers is. Het vertelt niks over kanker of CRISPR, maar wel veel over het ‘vernuft’ van het leven… Lees verder

DNA-constructen vangen virussen weg

Virusval

De virusvallen van een DNA-constructie (afb: TUM/Dietz)

Er zijn bepaalde afweercellen die ontploffen om ziekteverwekkers zoals virussen het werken onmogelijk te maken door ze in te kapselen. Nu blijken onderzoekers met DNA een constructie gebouwd te hebben die min of meer dezelfde strategie hanteert om virussen weg te vangen. Lees verder

Vreemde stukjes DNA in de blub gevonden. We noemen ze Borgen

Laatste gemeenschappelijke voorouder LUCA

Zo zouden bacteriën en archaea kunnen zijn ontstaan uit de laatste gemeenschappelijke voorouder LUCA

Jill Banfield van de uiversiteit van Californië in Berkeley vond in haar achtertuin micro-organismen met vreemde stukjes DNA die van verschillende organismen afkomstig leken. Haar zoon stelde voor die stukjes Borgen te noemen, naar de mensmachines of machinemensen uit Star Trek. Was het viraal DNA of van een vreemde bacterie. Misschien was het wel DNA dat buiten de cellen rondzwierf? Lees verder

Zelflerende systemen kunnen de structuur van eiwitten bepalen

DeepMind

Schermafdruk van DeepMind-stek

Het is al weer zo’n dertien jaar geleden dat ik een week heb meegelopen met wetenschappers in EMBO in Heidelberg. Van microbiologie, een vak dat daar bedreven wordt, had ik niet veel kaas gegeten (net zoals van veel andere dingen) en ik was dan ook reuze verbaasd dat de structuur van eiwitten niet is te berekenen aan de hand van de, maximaal twintig, verschillende aminozuren waaruit een eiwit is opgebouwd. Te moeilijk voor computers, was het verhaal. Dat lijkt nu veranderd te zijn met de ontwikkeling van een door onderzoekers ontwikkeld zelflerend algoritme dat is geïnspireerd op zo’n systeem van een Londens bedrijf. Lees verder