‘Bouwpakket’ voor synthetische ‘celcircuits’ ontwikkeld

 Jeff Fitlow

Links Yiaoyu Yang aan het werk (?). Daarnaast Yang met  Caleb Bashor (afb: Jeff Fitlow/Riceuniversiteit)

Biotechnologen hebben een opzet ontwikkeld voor het creëren van een soort kunstmatige ‘signaalroutes

‘. Ze denken daarmee een ‘baanbrekende’ methode te hebben gekregen om de celhuishouding te beïnvloeden in, bijvoorbeeld, ziektes. De (mijn=as) grote vraag is hoe praktisch zo’n ‘bouwpakket’ is voor de bestrijding van ziektes.
Lees verder

Eiwitnetwerken in cellen kunnen cel(re)acties opwerken

Een Rosenblattpreceptron

Een vorm van een gelaagd neuraal netwerk (perceptron) (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers in China en de VS hebben een neuraal netwerk van eiwitten in levende cellen ‘geconstrueerd’ dat verschillende signalen kan verwerken en op basis daarvan beslissingen kan nemen zoals ‘val dood’. Ze hebben dat percepteïne gedoopt, een knutselwoord bestaand uit delen van proteïne (eiwit) en perceptron (een gelaagd neuraal netwerk). Ik(=as) moet zeggen dat ik nog niet meteen goed weet wat ze daarmee willen doen, maar ik laat me graag verrassen… Lees verder

Onderzoekers vragen om verbieden ‘spiegelbacteriën’

Chiraliteit

Elkaars spiegelbeelden (afb: WikiMedia Commons)

In de koolstofchemie zijn veel verbindingen optisch actief: ze vormen, ten minste, twee spiegelvormen die qua opbouw gelijk zijn maar een gespiegelde structuur hebben zoals je linker- en je rechterhand. De natuur is heel kieskeurig en gebruikt, bijvoorbeeld, (vrijwel) alleen aminozuren die linksdraaiend zijn. De kernzuren RNA en DNA zijn dan weer rechtsdraaiend. Gebruik je  de rechtsdraaiende vorm van aminozuren en de linksdraaiende van kernzuren dan zou je als je dat in bacteriën toepast ‘spiegelbacteriën’ kunnen krijgen. Hoe die zich gedragen in de natuur is onbekend en daarom dringen 38 vooraanstaande onderzoekers aan op een verbod op het ontwikkelen van zulke spiegelorganismen. Lees verder

Speelt verstoring van signaaloverdracht een rol bij Alzheimer?

APP-fungeert-met-talin-als-krachtkoppelaar

APP fungeert, gekoppeld aan talin als krachtenkoppelaar tussen twee neuronen (afb: Ben Goult et al./Open Biology van de Royal Academy)

Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Kent hebben de rol van twee eiwitten (APP en talin1) in de hersenen onderzocht en stellen nu dat de stabiliteit van hun relatie met elkaar cruciaal is voor de vorming en het behoud van geheugen. Verstoringen in dit mechanische signaalpad kunnen leiden tot de ziekte van Alzheimer. Dit is de eerste keer dat deze relatie is gelegd en wellicht kan die de weg vrijmaken voor een behandeling van deze in wezen onbehandelbare hersenziekte. Overigens is dat in de loop der jaren al vaker geopperd. Lees verder

Tragere bewerking van bRNA’s leidt tot celdood

Splitsoom

Fouten bij het splitsen van bRNA kunnen leiden tot de celdood (afb: Ivan Đikić et al./Science)

Mensen hebben zo’n 20 000 genen, maar toch zijn cellen in staat op honderdduizenden verschillende eiwitten te produceren. Die verscheidenheid wordt mogelijk gemaakt door nabewerking van boodschapper-RNA’s die de ‘mal’ vormen voor die verscheidenheid.
Dat splitsproces wordt door verschillende eiwitten uitgevoerd dat in het Engels tezamen het spliceosome wordt genoemd, maar dat ik in dit blog splitsoom noem. Daarbij kan wel eens iets fout gaan en dan loopt de benodigde eiwitproductie in de soep en sterft de cel. Wellicht een doel voor een kanker- of Alzheimertherapie, denken de onderzoekers. Lees verder

Nieuwe route naar genezing Alzheimer ontdekt?

Alzheimer-eiwit

RTP801 zou de nabewerking van bRNA en tRNA en daarmee de aanmaak van eiwitten verstoren bij Alzheimer (afb: Cristina Malagelada et al./Nuclear Acids Research)

Dementie, waarvan Alzheimer de belangrijkste vorm is, wordt al tig jaren onderzocht, maar al dat onderzoek lijkt alleen maar nieuwe ‘routes’ naar een behandeling van die ziektes op te leveren. Tot nu toe heeft dat geen bevredigend eindresultaat (=geneesmiddel) opgeleverd. Nu denken neurowetenschappersters rond Crisitina Malagelada en Genís Campoy-Campos van de universiteit van Barcelona dat ze in het stresseiwit RTP801 weer een goede behandelkandidaat voor Alzheimer gevonden te hebben. Dat eiwit verstoort (ook?) de aanmaak van eiwitten. Lees verder

Veelvoorkomende kopieerfout DNA blijkt toch niet altijd toeval

DNA-basen

De DNA-basen (afb: WikiMedia Commons)

Een van de meest voorkomende mutaties in de ‘belettering’ van het genoom is de vervanging van de DNA-base cytosine (C) door thymine (T). Die vindt niet alleen plaats door toeval, maar vooral als gevolg van fouten tijdens de celdeling. De ‘boosdoener’ is een enzym dat DNA kopieert en normaal gesproken kopieerfouten opspoort en herstelt. Op bepaalde plaatsen ‘struikelt’ dit enzym echter, zo melden onderzoeksters rond Marketa Tomkova van de universiteit van Oxford. De bevindingen zouden betekenis kunnen hebben voor het kankeronderzoek, stellen de onderzoeksters. Lees verder

E. coli’s maken niet-natuurlijke cyclische peptiden aan

Cyclische peptiden

Twee van de honderd cyclische peptiden die de Scrippsonderzoekers lieten aanmaken door aangepaste E. coli-cellen (afb: Scripsinstituut)

Eiwitten bestaan uit slechts twintig verschillende aminozuren, die ‘essentieel’ genoemd worden. Synbiologen, die op zoek zijn naar synthetisch leven en niet natuurlijk ‘biomoleculen’, zijn allang bezig dat te veranderen. In de natuur coderen drie opvolgende nucleotiden (basen) (codon of triplet genoemd) in een gen welk van de twintig het wordt. Onderzoekers van het Amerikaanse Scrippsinstituut hebben nu niet-natuurlijke codons gemaakt die bestaan uit vier nucleotiden en coderen voor andere dan de essentiële aminozuren. Lees verder

Kan de CRISPR-methode nu eindelijk haar belofte waarmaken?

Integrase-invoeging in DNA

Kennelijk moet voor de integrase-invoeging van een DNA-sequentie het genoom eerst met de priemtechniek bewerkt worden (afb: Jesse Owens et al.)

Sinds de introductie van de bacteriële CRISPR-methode voor het bewerken van DNA werd alo gedroomd van een revolutionaire manier om erfelijke ziektes en andere genetische afwijkingen uit te bannen, maar dat bleek iets te rooskleurig gedacht. Een van de grotere belemmeringen voor de CRISPR-methode is het afleveren van het CRISPR-gereedschap met het genetisch materiaal aan de cellen. Nu beweren onderzoekers rond Jesse Owens van de universiteit van Hawaii een veilige en efficiënte manier gevonden te hebben om met aangepaste enzymen, integrases, hele genen te vervangen. Dat is overigens niet voor het eerst. Lees verder

Onderzoekers ontdekken ‘wondereiwit’ dat ernstige DNA-schade herstelt

DNA-reparatie D. radiodurans

Zo zou DdrC breuken in het DNA van D, radiodurans repareren (afb: Robert Szabla et al./Nucleic Acids Research)

Onderzoekers van de westelijke universiteit in Canada hebben bij de vrij bekende bacterie  Deinococcus radiodurans een eiwit ontdekt (DdrC) dat ook ernstige schade van DNA zou herstellen en onmiddellijk vliegen allerlei wilde verwachtingen over de beeldschermen wereldwijd over een oplossing voor kankers, klimaatbestendige planten en meer van dat moois, niet in de laatste plaats gevoed door de onderzoekers zelf. Lees verder