Alweer een oplossing voor een dwarslaesie?

Hersteld van dwarslaesie?

Twee, drie weken na de behandeling konden de muisjes weer lopen (afb: Ruhr-universiteit)

Schade aan het ruggenmerg kan leiden tot een dwarslaesie, waarbij delen van het lichaam verlamd raken (afhankelijk van de plaats van de laesie). Al tientallen jaren wordt er naar oplossingen gezocht en al verschillende malen hebben onderzoekers op zijn minst gesuggereerd een oplossing gevonden te hebben. Voor zover ik weet is dé oplossing nog niet gevonden. Nu komen wetenschappers van de Ruhr-universiteit in Bochum met het verhaal dat een niet natuurlijk eiwit, hyper-interleukine-6, bij muisjes zou hebben geleid tot herstel van de zenuwweefselschade. Ze zouden na behandeling, in feite een gentherapie, weer hebben kunnen lopen. Lees verder

Ki voorspelt welke transcriptiefactoren van belang zijn

DeepTFactor

Het zelflerende systeem krijgt een bepaalde eiwitsequentie opgegeven en maat de daarbij behorende transcriptiefactor bepalen (afb: KAIST)

Het kon natuurlijk niet uitblijven. Kunstmatige intelligentie (ki) wordt gebruikt voor de duvel en zijn oude moer, vooral de zelflerende systemen, dus waarom niet in de genetica, dat wilde-bomenbos van complexiteit? Onderzoekers van het Zuid-Koreaanse KAIST en van de universiteit van Californië in San Diego (VS) hebben een zelflerend neuraal netwerk in elkaar geschroefd dat voorspelt welke trancriptiefactoren bij welke processen van belang zijn: DeepTFactor. Dat zou het begrip van de complexiteit van het leven moeten verbeteren… Lees verder

DNA én RNA de basis van leven op aarde?

Ramanarayanan Krishnamurthy

Ramanarayanan Krishnamurthy (afb: Scrippsinstituut)

Er wordt al heel lang gespeculeerd hoe leven op aarde ontstaan is. De meeste aanhang lijkt nu de theorie van de RNA-wereld te hebben, waarbij RNA de rol van DNA van nu zou hebben maar waarbij RNA ook dingen deed die eiwitten nu op zich hebben genomen. Nu komen onderzoekers/theoretici met het idee dat én DNA én RNA samen aan de ‘wieg’ van het leven hebben (kunnen) gestaan. Lees verder

Tumoren gebruiken ‘portier’ om afweercellen te weren

Portier

De gestrekte ‘arm’ van de portier (boven) voorkomt dat de afweercel de kankercel vernietigt (afb: InsideOutBio)

Een van de grootste problemen om kanker te bestrijden is dat kankercellen allerlei mechanismes en trucs gebruiken om het afweersysteem kalm te houden. Onderzoekers hebben nu uitgevonden dat kankercellen (ook?) gebruik maken van een soort portier die voorkomt dat afweercellen de kankercel doden. Die portier is een soort gestrekte arm die de afweercellen op afstand houdt maar ook in staat is om te plooien of langer te worden. Die portier bemoeilijkt de werking van immuuntherapieën zoals de controlepostremmers. Lees verder

Ki-systeem ‘berekent’ vorm eiwitten

Structuur bacterie-kinase

De door AlphaFold berekende structuur van een kinase van de bacterie Legionella pneumophilia (paars). De blauwe structuur is experimenteel bepaald door Vincent Tagliabracci en Diana Tomchick.

In elke cel zijn duizenden eiwitten bezig het systeem levend te houden (wat leven ook moge betekenen). Die werkpaarden van het leven ontlenen hun functie(s) vooral aan hun ruimtelijke structuur. Al vele jaren wordt met dat probleem geworsteld, aangezien lang niet alle eiwitten  hun ‘figuur’ makkelijk prijsgeven. Je zou denken dat als je weet uit welke aminozuren een eiwit bestaat je die structuur kunt berekenen, maar dat schijnt ondoenlijk te zijn. Nu hebben onderzoekers van het CASP14-projectkunstmatige intelligentie te hulp geroepen om die structuur te bepalen en dat lijkt er gunstig uit te zien. Lees verder

Histonen voorkomen springen van transposons in stamcellen

Histondans

De histondans rond de springende ERV-genen (afb: Simon Elsässer)

Springende genen (transposonen) zijn hier in dit blog nog wel eens langs gehuppeld. Dat zijn stukken DNA die de neiging hebben zich steeds elders in het genoom te vestigen en/of zichzelf te vermenigvuldigen. Dat is natuurlijk niet zo best voor de stabiliteit en integriteit van het genoom en er zijn wat manieren waarop het genoom al dat gespring aan banden legt. Een aantal daarvan schijnen in kankercellen maar ook in oudere cellen te ontbreken. Histonen, het ‘verpakkingsmateriaal’ rond het  DNA, schijnen in dat remproces een belangrijke rol te spelen, ook in de zogeheten pluripotente stamcellen. Lees verder

B-RNA al of niet afbreken via een ‘lichtschakelaar’

b-RNA-versnipperaar

Als PAL met behulp van de aptameer het regel-RNA (= ‘vlag’ in mijn verhaal) ‘kaapt’ (r) wordt het b-RNA niet afgebroken. De vorm van PAL is gevoelig voor blauwe licht (afb: Nature)

Er is al vaker gewerkt met licht om de genactiviteit te sturen, maar nu zeggen onderzoekers in Duitsland dat ze een lichtmethode hebben ontwikkeld om dat heel precies te doen. Hier gaat het dan in feite om de afbraak van boodschapper-RNA, de mal voor het aanmaken van een eiwit. Die methode zou vooral van belang zijn voor onderzoek, want veel praktische waarde in het ziekenhuis lijkt me die niet te hebben (al kan ik het natuurlijk faliekant mis hebben). Lees verder

‘Slimme’ cellen maken behandeling op celniveau mogelijk

Kunstcellen

Kunstcellen produceren als ze een bepaalde verbinding detecteren (linksboven) een eiwit (groen), dat er voor zorgt dat nog niet gerijpte cellen zich omvormen tot zenuwcellen (rechts) (afb: Science)

‘Slim’ is een tegenwoordig veel misbruikt woord. Meestal is er aan die techniek niet zo veel slims te ontdekken. Kennelijk rukt die term ook in de biologie op, want een persbericht van de universiteit van Alberta (Can) meldt dat synthetische, ‘slimme’ cellen het mogelijk maken op celniveau te behandelen. ‘Slim’ zal dan wel betekenen dat die kunstcellen ‘weten’ welke cellen ze moeten behandelen, maar dat is gewoon een kwestie van die kunstcel te laten zoeken naar een cel met het juiste ‘uithangbord’. Is een mens die het uithangbord ‘bakker’ aan een winkel kan ontdekken slim?
Lees verder

CPTX lijkt het goed te doen bij hersen- en ruggenmergschade

CPTX

Het synthetische ‘brugmolecuul’ CPTX kijkt verbroken verbindingen tussen zenuwcellen te kunnen herstellen (afb: Science)

Onderzoekers uit Japan, Duitsland het het VK hebben een verbinding gesynthetiseerd, aangeduid met CPTX, die in dierproeven goede resultaten laat zien bij hersen- en ruggenmergschade, maar ook bij Alzheimer. Het lijkt te zorgen voor het herstel van celfuncties in het zenuwstelsel. Lees verder

Het vreemde glasgedrag van misvormde eiwitten

Ian Morgan

Ian Morgan aan het spelen met misvormde eiwitten (afb: UC Santa Barbara)

Glas is in feite een (min of meer) vaste vloeistof zonder een kristallijne structuur. Het lijkt er op dat misvormde (?) eiwitten vreemde, glasachtige eigenschappen hebben en een ‘geheugen’. Een curieus verhaal, maar wat leert ons dat over misvormde eiwitten? Lees verder