Categorie archieven: Eiwitten

E. coli’s maken niet-natuurlijke cyclische peptiden aan

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cyclische peptiden

Twee van de honderd cyclische peptiden die de Scrippsonderzoekers lieten aanmaken door aangepaste E. coli-cellen (afb: Scripsinstituut)

Eiwitten bestaan uit slechts twintig verschillende aminozuren, die ‘essentieel’ genoemd worden. Synbiologen, die op zoek zijn naar synthetisch leven en niet natuurlijk ‘biomoleculen’, zijn allang bezig dat te veranderen. In de natuur coderen drie opvolgende nucleotiden (basen) (codon of triplet genoemd) in een gen welk van de twintig het wordt. Onderzoekers van het Amerikaanse Scrippsinstituut hebben nu niet-natuurlijke codons gemaakt die bestaan uit vier nucleotiden en coderen voor andere dan de essentiële aminozuren. Lees verder →

Kan de CRISPR-methode nu eindelijk haar belofte waarmaken?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Integrase-invoeging in DNA

Kennelijk moet voor de integrase-invoeging van een DNA-sequentie het genoom eerst met de priemtechniek bewerkt worden (afb: Jesse Owens et al.)

Sinds de introductie van de bacteriële CRISPR-methode voor het bewerken van DNA werd alo gedroomd van een revolutionaire manier om erfelijke ziektes en andere genetische afwijkingen uit te bannen, maar dat bleek iets te rooskleurig gedacht. Een van de grotere belemmeringen voor de CRISPR-methode is het afleveren van het CRISPR-gereedschap met het genetisch materiaal aan de cellen. Nu beweren onderzoekers rond Jesse Owens van de universiteit van Hawaii een veilige en efficiënte manier gevonden te hebben om met aangepaste enzymen, integrases, hele genen te vervangen. Dat is overigens niet voor het eerst. Lees verder →

Onderzoekers ontdekken ‘wondereiwit’ dat ernstige DNA-schade herstelt

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-reparatie D. radiodurans

Zo zou DdrC breuken in het DNA van D, radiodurans repareren (afb: Robert Szabla et al./Nucleic Acids Research)

Onderzoekers van de westelijke universiteit in Canada hebben bij de vrij bekende bacterie  Deinococcus radiodurans een eiwit ontdekt (DdrC) dat ook ernstige schade van DNA zou herstellen en onmiddellijk vliegen allerlei wilde verwachtingen over de beeldschermen wereldwijd over een oplossing voor kankers, klimaatbestendige planten en meer van dat moois, niet in de laatste plaats gevoed door de onderzoekers zelf. Lees verder →

Is Alzheimer in een vroeg stadium te genezen?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Anticaline H1GA

De hyperactiviteit van hersencellen van Alzheimer nam af na inspuiting met anticaline H1GA in hun hippocampus (afb: Benedikt Zott et al./Nature Communications)

Het is altijd gevaarlijk om al te optimistische berichten te verspreiden rond tot nu toe ongeneesbare ziektes. Alzheimer is daar een van. Nu denken onderzoekers van de technische universiteit München (TUM) een eiwit gesynthetiseerd te hebben, anticaline H1GA gedoopt, dat de kwalijke gevolgen van beta-amyloïdeophopingen zou neutraliseren en daarmee de ontwikkeling van de ziekte van Alzheimer in een vroeg stadium zou stoppen of zelfs ongedaan maken.
Voorlopig is de methode alleen nog maar op celkweken en bij proefdieren (muisjes) toegepast en de onderzoekers waarschuwen dat, als het al zover komt, het nog wel even zal duren voordat deze aanpak in de klinische praktijk kan worden toegepast. Lees verder →

Weer een nauwkeuriger CRISPR/Cas-techniek ontwikkeld (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
SEED/Harvest

Het SEED/Harvest-systeem in beeld (afb: Markus Affolter et. al/Cell)

Al sinds de CRISPR/Cas-methode van bacteriën wordt gebruikt voor het veranderen van erfgoed wordt er gesleuteld aan die methode om die nog betrouwbaarder te maken. De CRISPR-methode wil het genoom nog wel eens op andere dan op de voorziene plek veranderen en dat is natuurlijk niet de bedoeling. Nu denken onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Bazel (Zwi) met behulp van een ‘merker’ dat probleem te hebben opgelost (pdf-bestand). Overigens lijkt de methode niet bedoeld om fouten in het genoom te repareren, maar meer voor onderzoeksdoeleinden. Lees verder →

Knipenzym TnpB is een stuk kleiner dan de Cas-eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas9

Cas9 is nogal ‘omvangrijk’ (afb: WkiMedia Commons)

Cas-ewitten die worden gebruikt zijn nogal omvangrijk en maken het lastig om bepaalde CRISPR-genoom-bewerkingen uit te voeren. De bezorgers (vectoren), meestal kreupel-gemaakte virus-sen, kunnen al die gigantische moleculen niet bergen. Nu hebben onderzoekers de nuclease TnpB, een enzym, gevonden dat hetzelfde werk als de Cas-eiwitten zou doen dan maar een stuk kleiner is dan de alternatieve eiwitten. Ze zien hun vinding vooral voor toepassing in planten. Lees verder →

Fagen gebruiken springende genen om concurrent te ontregelen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriofaag

Een bacteriofaag oftewel bacterie-eter

Tientallen jaren vroegen genetici afgevraagd wat ze met die vervelende springende genen aan moeten die zich willekeurig door het genoom verspreiden. Nu hebben onderzoekers bij reuzenfagen gezien dat ze die springende genetische elementen gebruiken om concurrentie de voet dwars te zetten. Kennis daarover zou het gebruik van fagen als antibiotica een stuk vooruit helpen in de strijd tegen de dreigende antibioticumresistentie. Lees verder →

Methode gevonden om eigen cellen helende eiwitten te laten aanmaken (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
De etanerceptbehandeling met de SEND-methode

De etanerceptbehandeling met de SEND-methode. Links de nanodeeltjes met lading, rechts het resultaat (afb: Siegwart et. al/PNAS)

Eiwitten worden aangemaakt aan de hand van boodschapper-RNA, dat weer een ‘afdruk’ is van een gen. Als die b-RNA’s worden voorzien van de code voor een klein signaaleiwit dan worden die daaruit gevormde eiwitten naar bepaalde celonderdelen gestuurd of zelfs naar de bloedbaan. Die truc hebben onderzoekers gebruikt om cellen om te bouwen tot ‘medicijnproducenten’. Ze hebben hun ’truc’ al bij muisjes uitgeprobeerd met psoriase maar ook met kanker. Die leken daar baat bij te hebben. Lees verder →

Weer een betere CRISPR-versie gefabriekt (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
PASSIGE, een verbeterde CRISPR

Dit zou duidelijk moeten maken hoek PASSIGE werkt. Priembewerking installeert nauwkeurig een hechtplaats (attB of attP) van een grote serinerecombinase (LSR) op een doellocus in het genoom. De LSR herkent vervolgens het geïnstalleerde att-motief en voegt het donor-DNA daar in. (afb: David Liu et. al/Nature)

Een overzicht van eePASSIGE. Priembewerking installeert nauwkeurig een hechtplaats (attB of attP) van een grote serinerecom-binase (LSR) op een doellocus in het genoom. De LSR herkent vervolgens het geïnstalleerde att-motief en voegt het donor-DNA daar in.Sedert een dikke tien jaar geleden de CRISPR-techniek van bacteriën geleend werd is er al heel wat gesleuteld aan die methode om het DNA of RNA te veranderen met als doel een nog betere genoom- of RNA-bewerker te krijgen. Nu hebben onderzoekers rond CRSIPRoloog David Liu van het Broadinstituut weer een stap in de richting van de volmaakte CRISPR-methode gezet. Die zou nu in een keer ook grote genen in het genoom kunnen vervangen. Eindelijk zou de methode klaar zijn voor de klinische toepassing, aldus een persbericht van het Broadinstituut. Lees verder →

Kunnen astrocyten en plexin-B1 Alzheimer temmen?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Alzheimer de plaques en plexin-B1

Als er plaques ontstaan wordt de aanmaakt van plexin-B1 (PLXNB1) in reactieve astrocyten verhoogd (afb: Bin Zhang/Mount Sinai)

Onderzoekers van het Mount Sinaiziekenhuis zouden een manier ontdekt hebben om zogeheten reactieve astrocyten aan te zetten om de beta-amyloïdeplaques te verwijderen die ontstaan bij Alzheimerpatiënten. Daarbij speelt het eiwit plexin-B1 (PLXNB1) een belangrijke rol. Of dat ook betekent of er een geneeswijze voor Alzheimer ontdekt is, is nog maar zeer de vraag, maar de het uitgegeven persbericht spreekt van ‘baanbrekend onderzoek’. Amerikanen praten graag in superlatieven. Lees verder →