Tagarchief: genactiviteit

DNA gaat in hersencellen vaak op bepaalde plaatsen stuk

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-breuken

Hersencellen (paars) waar DNA-schade wordt gerepareerd (geel). DNA zelf is lichtblauw (cyaan), maar met geel wordt dat groen. Overigens lijkt het in dit plaatsje alsof de kern net zo groot is als de cel. (afb: Nussenzweig et. al.)

Het lijkt er op dat DNA in hersencellen vaak op bepaalde plaatsen beschadigd raken. Die schade zou verband houden met de sturing van de genactiviteit. De ophoping van die DNA-breuken zou uniek voor hersencellen zijn. Deze ontdekking zou de huidige kennis over oorzaken van DNA-schade en de mogelijke gevolgen daarvan voor hersenziektes in een nieuw daglicht zetten. Lees verder →

Met CRISPR de histonen ‘te lijf’ die genactiviteit regelen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Genactivering

Je kunt via een CRISPR-complex ‘geladen’ met een kinase een histon fosforyleren om het bijbehorende gen te activeren (afb: Rice-universiteit)

Al ruim vijf jaar geleden werd het voorspeld: je kunt de CRISPR-methode gebruiken om de genactiviteit te regelen. Nu schijnt het ook echt zo te zijn, Daartoe richten de onderzoeksters zich op de histonen, de ‘verpakking’ van DNA die een rol spelen in de genexpressie. Lees verder →

Vierstrengig DNA in mensencellen aangetoond

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-wenteltrap

Een stukje DNA, maar zit het wel zo in elkaar? (afb: LUM)

Normaal bestaat DNA uit een gepaarde, dubbele streng: de befaamde dubbele helix. Onderzoekers hebben nu echter ook vierstrengig DNA aangetroffen in cellen van geheel gezonde mensen. Moeten we ons beeld van DNA aanpassen? Lees verder →

Hoe sturen plantencellen hun epigenoom?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Zandraket

Zandraket (Arabidopsis thaliana)

Wat er met ons lichaam gebeurt staat allemaal opgetekend in het genoom, maar er zijn zo’n tweehonderd verschillende cellen in ons lichaam die ook nog eens reageren op hun omgeving. Dan komt het epigenoom om de hoek kijken, het systeem dat de activiteit van de genen bepaalt. Onderzoekers in Japan zijn bij planten eens gaan kijken hou dat epigenoom in elkaar steekt. Het lijkt er op dat dat epigenoom weer ingewikkelder in elkaar steekt dan gedacht, waarbij genen het zwijgen wordt opgelegd en springende genen aan banden worden gelegd, maar dat in een ingewikkeld samenspel met stress- en ontwikkelingsgenen. Lees verder →

Nieuwe CRISPR-techniek om genen in of uit te schakelen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Typen CRISPR

Er schijnen drie typen CRISPR-systemen te zijn (afb: igtrcn.org)

Charles Gersbach van de Amerikaanse Duke-universiteit en medeonderzoekers zeggen een CRISPR-methode ontwikkeld te hebben (of eigenlijk gevonden) waarmee heel precies genen kunnen worden in- of uitgeschakeld. Daarmee zouden ze voor het eerst het zogeheten epigenoom hebben bewerkt. Ze noemen hun techniek (heel zelfbewust?) klasse 1-CRISPR. Het al langer bekende CRISPR/Cas9 is dan een klasse 2-CRISPR. Lees verder →

Niet-coderend DNA kan zich snel omvormen tot gen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Niet-coderend DNA

Niet-coderend DNA is niet bepaald nutteloos

Het zit goed in elkaar en het zit vrij ingewikkeld in elkaar dat ‘per-ongelukke’ systeem dat leven heet (ik kan het niet vaak genoeg zeggen). Het lijkt er op dat de ideeën over de manier waarop levende organismen nieuwe eiwitten gaan aanmaken enigszins herzien moeten worden. Uit bestudering van het erfelijk materiaal van rijstplanten bleek dat niet-coderend DNA zich (relatief) snel kan omvormen tot coderend DNA (en dus tot genen). Lees verder →

Nieuwe genencircuits vooraf ‘testen’ op het rekentuig

Geplaatst op door
Beantwoorden
Rekenmodel voorspelt uitkomst synthetische genencircuit

Wat weet de computer van het leven? (afb: Synthetic biology)

Synthetische biologie is het naar je hand zetten van het systeem dat we leven noemen. Dat is geen sinecure. Dat ingewikkelde systeem heeft er een tijdje over gedaan om te worden wat het nu is. Van nog al te veel aspecten daarvan weten we nog maar bitter weinig af. We prutsen aan een machine waar we maar een krakkemikkige handleiding van hebben. Onderzoekers in de VS denken de oplossing gevonden te hebben: in silicio. Laten we onze bedenksels eerst uitproberen op de computer alvorens in het echt te gaan knutselen, is hun idee. Voor het goede begrip: vooralsnog denken ze daarbij aan het genetisch ‘dresseren’ van micro-organismen. Lees verder →

Op sommige punten zit DNA in de knoop: i-motif

Geplaatst op door
Beantwoorden
i-motif, DNA in de knoop

Een kunstenaarsimpressie van de antilichaamachtige moleculen (de Y’s) waarmee de i-motifstructuur in levende cellen werd aangetoond (afb: Chris Hammang)

DNA schijnt niet uitsluitend als dubbele wenteltrap in de kern te zijn opgesloten maar ook in een soort knoopstructuur, zo ontdekten Australische onderzoekers met behulp van brokstukken van antilichamen. Dat i-motif (vrij naar Apple?) is nooit eerder in levende cellen waargenomen. Er was al bekend dat korte stukjes DNA een andere vorm hebben, tenminste in het lab. Onderzoekers denken dat die afwijkende vorm een belangrijke rol spelen bij het aflezen van de DNA . Lees verder →

Geprogrammeerd DNA levert (kanker)medicijn af

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-circuits te programmeren voor genregulering maar ook voor aanmaak biobrandstoffen

De twee Chens in het lab (geen familie, dus) (afb: univ. van Delaware)

Onderzoekers hebben strengen DNA zo geprogrammeerd dat ze eiwitten afleverden aan cellen om genen in en uit te schakelen. Een van die methoden die worden bedacht om heel gericht zieke cellen aan te pakken, maar deze DNA-circuits hoeven zich niet te beperken tot biomedische toepassingen. Lees verder →

CRISPR-enzym RNase E zorgt dat ook extra geninformatie meekomt

Geplaatst op door
Beantwoorden
Structuur van ribonuclease E (RNase E)

De structuur van ribonuclease E

Ik neem maar even aan dat ik ‘genschaar’ CRISPR/Cas niet meer hoef te introduceren. Mooi systeem, maar een gen is meer dan een code waarmee een bepaald eiwit wordt aangemaakt. Onderzoekers van de Duitse Albert-Ludwigsuniversiteit in Freiburg hebben nu een enzym gevonden dat er voor zorgt dat ook de bijkomende informatie over de aansturing van de activiteit van dat gen wordt ‘meegeknipt’.  Lees verder →