DNA-constructen vangen virussen weg

Virusval

De virusvallen van een DNA-constructie (afb: TUM/Dietz)

Er zijn bepaalde afweercellen die ontploffen om ziekteverwekkers zoals virussen het werken onmogelijk te maken door ze in te kapselen. Nu blijken onderzoekers met DNA een constructie gebouwd te hebben die min of meer dezelfde strategie hanteert om virussen weg te vangen. Lees verder

Vreemde stukjes DNA in de blub gevonden. We noemen ze Borgen

Laatste gemeenschappelijke voorouder LUCA

Zo zouden bacteriën en archaea kunnen zijn ontstaan uit de laatste gemeenschappelijke voorouder LUCA

Jill Banfield van de uiversiteit van Californië in Berkeley vond in haar achtertuin micro-organismen met vreemde stukjes DNA die van verschillende organismen afkomstig leken. Haar zoon stelde voor die stukjes Borgen te noemen, naar de mensmachines of machinemensen uit Star Trek. Was het viraal DNA of van een vreemde bacterie. Misschien was het wel DNA dat buiten de cellen rondzwierf? Lees verder

Actieve en ‘stille’ genen bevinden zich in twee fases: vast en ‘vloeibaar’

bloedwandcellen

Bloedwandcellen; de celkernen zijn blauw gekleurd, de mitochondriën oranje en het celskelet groen (afb: WikiMedia Commons)

Toen zo’n twintig jaar geleden het menselijk genoom was ontcijferd/uitgelezen dachten veel onderzoekers dat we nu het ‘boek van het menselijk leven’ in handen hadden. Hoe naïef. Zo langzamerhand komen we stukje bij beetje er achter hoe DNA werkt, met diverse systemen om genen te (de)activeren. Het lijkt er nu op dat actieve genen zich in een andere fase bevinden dan niet-actieve: vloeibaar (gel) en vast (sol) (achtereenvolgens). Lees verder

In acht weken drie jaar jonger door verandering epigenetica?

DNA-methylering

DNA-methylering deactiveert genen

Met veranderingen in leefwijze en dieet zouden middelbare en oudere mannen in acht weken drie jaar jonger geworden zijn volgens de DNA-methylerings-klok van Horvath. Als je dit niet gelooft vind je mij aan je zijde. Lees verder

Blinde man kan door algen-gen weer enigszins zien

Franse RT-patiënt ziet weer wat

De Franse RT-patiënt in het lab (afb: Nature)

Met behulp van een ingebracht algen-gen heeft een nagenoeg blinde man weer de beschikking gekregen over een (bescheiden) gezichtsvermogen. Dat gen codeert voor een lichtgevoelig eiwit. Lees verder

Chemicaliën kunnen genactiviteit veranderen

Carl-Gustaf Bornehag

Carl-Gustaf Bornehag (afb: univ. van Karlstadt)

Het lijkt dat bepaalde chemicaliën de activiteit van genen kunnen veranderen door methylering van genen. Onderzoekers in Zweden denken aangetoond te hebben dat op die manier de stof bisfenol F (bis(4-hydroxyfenyl)methaan), die toegepast wordt in kunststoffen, verantwoordelijk is voor een storing in de ontwikkeling van de hersens in ongeboren kinderen. Daardoor zou hun iq op latere leeftijd lager liggen dan van hun leeftijdgenoten. Lees verder

DNA eicel en zaadcel combineert vaak slecht

Eicel met zaadcellen

Een menselijke eicel ‘belaagd’ door de, veel kleinere, zaadcellen.

Appeltje-eitje zou je zeggen, maar de eerste stap in het leven van een organisme gaat minstens zo vaak fout als goed. We hebben het dan over het combineren van het DNA van de zaad- en van de eicel tot een dubbele helix (enzovoort.). Dat zou zijn gebleken uit hogeoplossingsbeelden van die ‘vereniging’. Lees verder

Worden retrons de nieuwe middelen voor genoombewerking ?

Retronrecombinatie

De retronsequentie bevat en mutatiesequentie (rood), die ingebouwd wordt in het bacteriële DNA (afb: Max Schubert/Harvard)

De CRISPR-methode heeft in een relatief korte tijd grote furore gemaakt als manier om het genoom te bewerken, maar er kleven wel wat problemen aan zoals ongewenste mutaties in het DNA en ook een bescheiden ‘actieradius’. Onderzoekers van, onder meer, Harvard hebben nu een nieuwe techniek ontwikkeld waarbij zogeheten retrons (zie voor uitleg verderop onder ‘Retrons’) worden ingezet om tegelijkertijd miljoenen veranderingen in het genoom aan te brengen en waarmee een groot aantal cellen is te verifiëren. Die techniek, retronbibliotheekrecombinatie genoemd (in Engels afko RLR), zou kunnen worden gebruikt als de CRISPR-methode niet (goed) werkt en de bewerkingsresultaten beter zouden moeten zijn, stellen de onderzoekers. Lees verder

Sommige fagen hebben afwijkende Z-nucleotide

Z-DNA

De fagen hebben een Z-nucleotide in plaats van een A (afb: Nature)

Sommige bacteriofagen (virussen die het op bacteriën gemunt hebben) hebben in plaats van de vier geijkte DNA-letters (A, C, T en G) een afwijkend Z-nucleotide in plaats van A. Dat was ruim veertig jaar geleden al ontdekt, maar nu schijnen onderzoeksters er achter gekomen te zijn hoe dat werkt. Lees verder

DNA zou hoofdrol hebben in verouderingsproces

Björn Schuhmacher

Björn Schuhmacher (afb: univ. van Keulen)

Veroudering is een ingewikkeld proces dat leidt tot achteruitgang in organen en weefsels. Hoe dat komt is nog voornamelijk duister. Nu denken onderzoekers van de universiteit van Keulen en de Rotterdamse Erasmusuniversiteit aanwijzingen gevonden te hebben dat DNA bij de veroudering de hoofdrol speelt. Lees verder