Categorie archieven: DNA

Springende genen veranderen het DNA van vorm

Geplaatst op door
Beantwoorden
Transposoninvoegingen

Vorming van een lus in een gesimuleerd deel van het genoom. Van links naar rechts zijn er nog meer transposons in het gebied opgenomen, weergegeven door bollen. Van boven naar beneden worden simulaties getoond waarin de lusvorming steeds duidelijker wordt. (afb: Lennart Hilger et al./Biophysical Journal/KIT)

Er zit meer beweging in ons genetisch materiaal dan je zou denken. Bijna de helft van het menselijk genoom bestaat uit transposons, springende genen. Ze ‘springen’ van de ene plaats naar de andere en zijn niet gelijkmatig verdeeld in het genoom, maar zitten vaak gebundeld in groepen. Onderzoekers van het KIT hebben nu ontdekt hoe deze groepsvorming plaatsvindt. Die wordt mogelijk gemaakt door de manier waarop het genetische materiaal zich ter plekke ontvouwt, denken de onderzoekers. Lees verder →

Knutselen aan stamcellen geeft verjongde ‘alleskunners’

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA in chromatineverpakking

Histonen maken deel uit van de chromatineverpakking rond het DNA

Het is grappig, maar ook verontrustend dat ‘we’ blijven knutselen en frutten aan zaken waar we eigenlijk maar weinig van af weten. Neem nou stamcellen. Onderzoekers hebben inmiddels door hoe ge van gespecialiseerde cellen zoals huidcellen weer stamcellen kunnen maken, maar die kunnen weer niet alles wat de oerstamcel kan, de de embryonale. In een nieuwe studie zijn onderzoekers van de universiteit van Kopenhagen erin geslaagd stamcellen te creëren die zich beter kunnen ontwikkelen tot andere celtypen, zoals een jongere, fittere versie van zichzelf, door hun dieet aan te passen. Lees verder →

Sommige delen van DNA zouden sneller muteren dan gedacht

Geplaatst op door
Beantwoorden
Mutatiesnelheid

Van 28 familieleden, verdeeld in vier generaties, werd het DNA doorgevlooid op mutaties (afb: David Porubsky/Nature)

Het lijkt er op dat genen sneller muteren dan tot nu toe aangenomen. Overigens is de mutatiegeneigd-heid verschillend. Sommige delen van DNA blijven heel stabiel. Het zou meer om drie tot vier veranderde genen per generatie gaan in plaats van 0,2 tot 0,3. Overigens moet daarbij verteld worden dat dat is onderzocht in een kleine groep familieleden, waarbij de leden al generaties genetisch worden doorgelicht. Lees verder →

Help. Mijn DNA kan ‘gekraakt’ worden

Geplaatst op door
Beantwoorden

Bedreigingen uitlezen DNA

Het hele ingewikkelde uitleesproces van DNA zou beter beveiligd moeten worden, waarschuwen onderzoeksters (afb: Nasrin Anjum et al./IEEE Xplore)

Een uitleestechniek voor DNA zou ook gebruikt kunnen worden voor het ‘kraken’ (stelen, veranderen e.d.) van de DNA-informatie, waarschuwen onderzoeksters rond Nasrin Anjum van de universiteit van Portmouth (VK). Ik(=as) zie niet zo gauw op welke manier de DNA kan worden misbruikt dan de vatbaarheid voor bepaalde ziektes te onthullen die uit DNA zijn af te leiden, maar dat is vast een mankement in mij(n geestelijke vermogens). Lees verder →

Nieuwe genoombewerker STICHR gebruikt retrotransposon(techniek)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Retransposon

Een retrotransposon gebruikt omgekeerde transcriptie om zich elders in het genoom opnieuw te vestigen (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers hebben genoombewerker STITCHR ontwikkeld die gezonde genen op specifieke plaatsen kan invoegen zonder dat daarbij onbedoelde mutaties zouden ontstaan. STITCHR zou de inmiddels welbekende CRISPR-techniek kunnen aanvullen, denken de onderzoekers. Vooralsnog zal de genoombewerker zich nog moeten bewijzen. Bij de introductie van CRISPR ruim tien jaar geleden werd die techniek ook als feilloos gezien, maar dat bleek toch niet helemaal te kloppen. Lees verder →

Bio-ki-model Evo-2 ontwerpt volwassen genomen (is de belofte)

Geplaatst op door
Beantwoorden

DNAWetenschappers hebben een kunstmatige-intelligentiemodel ontwikkeld waarbij volwassen genomen zouden kunnen worden ontwikkeld. Het model, dat zijn ‘kennis’ heeft van 128 000 bestaande genomen die de hele levensboom bestrijken (van mensen tot eencelligen),  zou hele chromosomen of zelfs (kleine) genomen kunnen ontwerpen vanaf niks. Voorlopig hebben mensen het nog niet voor elkaar gekregen dat te doen. Evo-2 – mede ontwikkeld door onderzoekers van het Arcinstituut, de Stanforduniversiteit (beide in Palo Alto) en chipmaker NVIDIA – is beschikbaar voor wetenschappers via het web. De code, gegevens en andere parameters kunnen gratis binnengehaald worden. Lees verder →

Splitsoom: hoe cellen b-RNA ‘fatsoeneren’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Beelden van splitsomen

Beelden van splitsomen (afb: Irmgard Sinning/Nature Structural and Molecular Biology)

Nadat een genoom een gen heeft gekopieerd ontstaat er een RNA-molecuul dat nog niet helemaal geschikt is voor de aanmaak van het bijbehorende eiwit. Het RNA-molecuul moet eerst ontdaan worden van bepaalde delen en dat wordt splitsen genoemd, naar de manier hoe je twee stukken touw aan elkaar breit. De ‘splitsing’ is wezenlijk voor het goed functioneren van de eiwitten, de werkpaarden in de cel. Onderzoeksters van de universiteit van Heidelberg en van de Australische Nationale universiteit rond Irmgard Sinning zouden er voor het eerst in geslaagd zijn om een ​​defect (‘verstopt’) splitsoom in hoge resolutie in beeld te brengen en te begrijpen wat er tijdens dat proces gebeurt. Lees verder →

Ons DNA kan tegen een stootje

Geplaatst op door
Beantwoorden
Rommelen met DNA

DNA is vrij goed bestand tegen structurele veranderingen (afb: Jay Shendure et al./Science)

In wat genoemd wordt de ingewikkeldste bewerking van menselijke cellijnen zou zijn aangetoond dat zelfs grote veranderingen in het genoom niet tot problemen hoeven te leiden, vooropgesteld dat we een paar belangrijke genen maar ontzien. Dit soort onderzoek verkleint het terrein nogal waar gezocht moet worden naar mutaties in het genoom die tot ziektes leiden. Lees verder →

Synthetisch genoom van bakkersgist gemaakt

Geplaatst op door
Beantwoorden
Verbeterd bakkersgist

Toevoeging van tRNA bleek bakkersgist beter bestand tegen hogere temperaturen te maken (afb: Hugh Goold et al./Nature Communications)

Het schijnt gelukt te zijn om een geheel genoom van een gist te synthetiseren. Onderzoekers, of waarschijnlijk hun voorlichters, spreken dan meteen weer van een mijlpaal. Het zou voor het eerst zijn dat dat gelukt is voor eukaryoot (cellen die ook zoogdieren hebben). Het is het genoom van bakkersgist (Saccharomyces cerevisiae) waaraan een tRNA-chromosoom is toegevoegd. Lees verder →

Eiwitnetwerken in cellen kunnen cel(re)acties opwerken

Geplaatst op door
Beantwoorden
Een Rosenblattpreceptron

Een vorm van een gelaagd neuraal netwerk (perceptron) (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers in China en de VS hebben een neuraal netwerk van eiwitten in levende cellen ‘geconstrueerd’ dat verschillende signalen kan verwerken en op basis daarvan beslissingen kan nemen zoals ‘val dood’. Ze hebben dat percepteïne gedoopt, een knutselwoord bestaand uit delen van proteïne (eiwit) en perceptron (een gelaagd neuraal netwerk). Ik(=as) moet zeggen dat ik nog niet meteen goed weet wat ze daarmee willen doen, maar ik laat me graag verrassen… Lees verder →