Labs leveren vaak foutieve DNA-sequenties aan

Voorbeeld van een DNA-vaccin (plasmide)

Een voorbeeld van een DNA-vaccin dat in de vorm van een ring (plasmide) wordt ingespoten (afb: biology.kenyon.edu)

Onderzoekers van het het Amerikaanse bedrijf VectorBuilder hebben in een, niet beoordeeld, artikel in BioRXiv gemeld dat  bijna de helft van de 2500 plasmides van laboratoria die ze onderzochten fouten bevatten, ook in de basevolgorde, van plasmides die onder meer bedoeld zijn om voor gentherapieën te worden gebruikt. VectorBuilder noemt zichzelf de grootste op het gebied van vectoren (bezorgers van, onder meer, DNA-sequenties) die al of niet met behulp van kreupel gemaakte virussen worden afgeleverd aan cellen. Lees verder

Aptameren zou allergieën ongedaan kunnen maken

Anti-allergiezalf met aptameren

De aptamerenaanpak werkte bij de muisjes ook als die in de vorm van een zalf werden ’toegediend’ (afb: Günter Mayer et. al/Cell)

Aptameren zijn stukken eenstrengig DNA of RNA die zich, afhankelijke van hun basevolgorde kunnen hechten aan bepaalde biomoleculen. Als dat een bepaald chemokine (stof die het afweersysteem activeert) is dan zou het het overgevoelige reactie van dat systeem (=allergie) kunnen temperen. Dergelijke aptameren werken zelfs in een huidzalf, stellen de onderzoekersters. Lees verder

Zonder zes micro-RNA’s wordt foetus met Y-chromosoom een vrouwtje

Het Y-chromosoom

Het Y-chromosoom

Als bij muisembryo’s de aanmaak van zes kleine RNA-moleculen (microRNA’s) dan blijken vruchten met het mannelijke Y-chromosoom toch vrouwtjes te worden, zo konden onderzoekers rond Rafael Jiménez van de universiteit van Granada (Sp) constateren. Die microRNA’s blijken een belangrijke rol te spelen in de geslachtsbepaling van zoogdieren (in ieder geval van muisjes). Kennelijk maken niet alleen de geslachtschromosomen (de X– en Y-chromosoom) uit of een foetus mannelijk of vrouwelijk wordt. Lees verder

Voegt het ‘splitsosoom’ introns weer in het DNA?

Het splitsosoom

Zo ongeveer zou het splitsosoom werken (afb: Manuel Ares/UCSC)

Introns zijn ‘rare’ stukjes in een gen waarvan vrij duister is wat hun functies zijn. Als een gen gekopieerd wordt moeten uit het ‘ruwe’ boodschapper-RNA die ‘rare’ stukjes er eerst nog uitgeknipt worden alvorens het RNA in ribosoom kan worden afgelezen en het bij het gen behorende eiwit kan worden gevormd. Het mechanisme/complex dat zorgt voor de verwijdering wordt  (door mij=as) splitsosoom genoemd. Volgens onderzoekers zou dat splitsosoom de weggeknipt stukjes ook wel weer eens in het DNA kunnen invoegen. Met welk doel? Nuttig hergebruik? Voorlopig moeten de onderzoekers dat nog uitzoeken.
Lees verder

Alg ‘adopteert’ bacterie die stikstof verwerkt

Alg met inwonende bacterie

Alg met inwonende bacterie (Afb: Jonathan Zehr et. al/Cell)

Eukaryote cellen zoals wij die hebben, hebben cellichaampjes (organellen) die allerlei taken uitvoeren. Mitochondriën zijn organellen die de cel van energie voorzien. Die hebben een eigen (klein) DNA. Het idee is dat dat oorspronkelijk aparte organismen zijn geweest die door de eukaryote cel is ‘ingelijfd’ en dat een groot deel van zijn DNA is kwijtgeraakt. Nu hebben onderzoekers een alg gevonden die een bacterie zou hebben ‘geadopteerd’ dat stikstof kan verwerken. Zien we hier een alternatief voor kunstmest?
Lees verder

Lijmenzym repareert DNA bij dubbele breuk

DNA-reparatie

DNA-reparatie na een dubbele strengbreuk. PARP1 is en dirigent van het proces. FET staat voor drie hersteleiwitten waaronder FUS (afb: Nagaraja Chappidi et. al/Cell)

DNA is een ongelooflijk lang molecuul. Dat werkt alleen goed in zijn oorspronkelijke ‘gestalte’, maar door verschillende oorzaken kan dat gigantische molecuul stuk gaan. Als een van de twee strengen breken dan is dat probleem vrij simpel op te lossen (de ene streng is een spiegelbeeld van de andere), maar als beide strengen breken hebben we een probleem. Naar nu blijkt zorgt het enzym PARP1 ervoor dat beide delen niet te ver uit elkaar drijven en weer netjes aan elkaar gehecht kunnen worden. Lees verder

Het eiwit SATB2 zou voor je ‘slimheid’ zorgen

Ruimtelijke structuur DNA

Ruimtelijke structuur DNA met (l) en zonder SATB2 (afb: univ. van Innsbruck/ Georg Dechant et. al)

Je verstand zit in je hersenschors en de hippocampus. Bepaalde hersencellen bevatten het eiwit SATB2. Als dat in die cellen ontbreekt verandert de ruimtelijke structuur van DNA en daarmee het denkvermogen, is het idee. Onderzoekers in, onder meer, Oostenrijk zouden erin geslaagd zijn beide structuren te verwezenlijken (met en zonder dat eiwit), waarmee ze meer te weten zouden zijn gekomen over psychiatrische aandoeningen. Lees verder

Ligt oorzaak Parkinson in de mitochondriën?

Mitochondriën

Mitochondriën

Uit onderzoek van de universiteit van Californië in Los Angeles zou zijn gebleken dat een van de oorzaken voor Parkinson in de mitochondriën van cellen zou kunnen liggen. Deze energiecentrales van de cellen bevatten een klein, eigen DNA. Een mutatie in een van de mitochondriale genen, SHLP2, zou mensen enigszins beschermen tegen de ziekte van Parkinson, zo stellen de onderzoekers rond Pinchas Cohen. Lees verder

Uit fouten bij de replicatie van DNA kunnen kleine miRNA-genen ontstaan

Voorbeelden van miRNA's

Voorbeelden van miRNA’s (afb:WikiMedia Commons)

Onderzoekers denken ontdekt te hebben hoe nieuwe genen ontstaan. Door fouten bij de verdubbeling van DNA bij de celdeling kunnen soms stukken DNA ontstaan die van voor naar achter en omgekeerd dezelfde nucleotidevolgorde hebben, palindromen in taalkundige termen (parterretrap, bijvoorbeeld). Die ‘palindromen’ zouden kunnen leiden tot genen die coderen voor regulerende eiwitten die invloed hebben op de genactiviteit. Deze verklaring verklaart overigens mijns inziens hooguit een deeltje van het ontstaan van genen verklaart en dan alleen nog maar van piepkleine genen die coderen voor microRNA’s . Lees verder

Met een stukje DNA kun je de richting van de celrijping sturen

iSN04-aptameer stuurt celdifferentiëring

Het stukje DNA (iSN04) dat bindt aan het eiwit nucleoline blijkt de richting van de differentiëring van stamcellen te kunnen sturen (afb: Takaya et. al.)

In dit blog wordt altijd vrij losjes gesproken over het differentiëren (rijpen) van stamcellen. Dat is een proces waarin cellen zich omvormen tot gespecialiseerde cellen zoals spier- of hartcellen. Kennelijk valt die rijping enigszins te sturen, maar het stuur werkt niet perfect (verre van dat). Nu hebben onderzoekers in Japan met een stukje DNA (iSN04 genaamd), een aptameer noemen onderzoekers dat, van stamcellen van muizen hartcellen (uiteraard ook van muizen) gebruikt om dat proces te vergemakkelijken. Lees verder