Synthetisch stuk DNA zou kankerstamcellen bij muisjes wegvagen

Synthetisch DNA blokkeert 'kankergen'

Een stukje DNA blokkeert het IRF4-gen (afb: UCSD)

Een stukje synthetisch DNA dat het voorzien heeft op het IRF4-gen zou bij muisjes met een vorm van mutipel myeloonm, dat is dan weer een vorm van bloedkanker, er voor hebben gezorgd dat kankerstamcellen verdwenen en andere kankercellen zich niet meer deelden. De onderzoeksters zijn optimistisch over de eerste klinische proeven met mensen met deze aanpak. Lees verder

Ki voorspelt welke transcriptiefactoren van belang zijn

DeepTFactor

Het zelflerende systeem krijgt een bepaalde eiwitsequentie opgegeven en maat de daarbij behorende transcriptiefactor bepalen (afb: KAIST)

Het kon natuurlijk niet uitblijven. Kunstmatige intelligentie (ki) wordt gebruikt voor de duvel en zijn oude moer, vooral de zelflerende systemen, dus waarom niet in de genetica, dat wilde-bomenbos van complexiteit? Onderzoekers van het Zuid-Koreaanse KAIST en van de universiteit van Californië in San Diego (VS) hebben een zelflerend neuraal netwerk in elkaar geschroefd dat voorspelt welke trancriptiefactoren bij welke processen van belang zijn: DeepTFactor. Dat zou het begrip van de complexiteit van het leven moeten verbeteren… Lees verder

Bijna perfecte uitlezing DNA met zakapparaat

MinION

De ‘wonderuitlezer’ van DNA wordt via een usb-kabel verbonden met de computer (filmbeeldje: Nanopore)

DNA komt naar U toe in deze tijden. Om je DNA uit te lezen is met een jaren een stuk makkelijker geworden, maar nu lijkt de huisarts de was te kunnen gaan doen. Er waren/zijn uitlezers van DNA in zakformaat beschikbaar, maar die zijn niet erg nauwkeurig. Nu schijnen onderzoekers een simpele manier gevonden te hebben om het foutpercentage van de ‘zakuitlezer’ MinION van Oxford Nanopore Technologies te verlagen van 5 tot 15% naar 0,005%. Dat schijnt niet al te slecht te zijn. Lees verder

DNA én RNA de basis van leven op aarde?

Ramanarayanan Krishnamurthy

Ramanarayanan Krishnamurthy (afb: Scrippsinstituut)

Er wordt al heel lang gespeculeerd hoe leven op aarde ontstaan is. De meeste aanhang lijkt nu de theorie van de RNA-wereld te hebben, waarbij RNA de rol van DNA van nu zou hebben maar waarbij RNA ook dingen deed die eiwitten nu op zich hebben genomen. Nu komen onderzoekers/theoretici met het idee dat én DNA én RNA samen aan de ‘wieg’ van het leven hebben (kunnen) gestaan. Lees verder

Cyberaanval zouden kunnen leiden tot toxines en virussen

DNA-wenteltrapHet klinkt als een scenario voor een wanhopig geworden thrillerschrijver: onderzoekers onbedoeld gevaarlijke stukjes DNA laten produceren. Het verhaal is echter afkomstig van de Ben Goerion-universiteit in Israël; geschreven door cyberdeskundigen en gepubliceerd in Nature Biotechnology.
Lees verder

Stamcellen beschermen hun chromosoomeinden anders

Telomerase

Telomerase bouwt telomeren aan het eind van een chromosoom (afb: WikiMedia Commons)

Telomeren zijn de uiteinden van chromosomen die er voor moeten zorgen dat bij celdeling het DNA netjes wordt gekopieerd. Gaandeweg de jaren worden die telomeren korter en gaat er steeds vaker iets fout bij een celdeling. Stamcellen lijken er daarentegen in te slagen de telomeerlengte te bewaren. Dat komt, zo blijkt,  doordat de telomeerbescherming in die cellen verrassend uniek is. Dan vraag je je natuurlijk onmiddellijk af waarom dat mechanisme ook niet in gewone cellen wordt toegepast…. Er blijft nog veel uit te zoeken. Lees verder

De opkomst van de b-RNA-vaccins

DNA- en RNA-vaccins

Links de ‘route’ van een DNA-vaccin, rechts die van een RNA-vaccin (afb: Junwei Li et. al)

De nieuwe coronavaccins zijn booodschapper-RNA-vaccins. Dat schijnt een nieuwe ontwikkeling te zijn op het gebied van de bestrijding van besmettelijke ziekte. Ik vond in een vakblad een overzichtsartikel uit maart vorig jaar, waarvan bijgaand de (zeer verkorte) weergave, in mijn formulering. Lees verder

Menselijk genoom bijna geheel uitgelezen

Logo menselijkgenoomproject

Logo menselijk genoomproject (afb: WikiMedia Commons)

Het was een miljardenproject het uitlezen van het menselijke genoom. Op 14 april 2003 werd triomfantelijk gemeld dat 99% van het menselijke genoom met een zekerheid van 99,5%  was gedecodeerd, dat wil zeggen dat de rond driemiljard letterparen nagenoeg waren ontcijferd. Dat was eigenlijk onzin, stelt Ernst-Peter Fischer in zijn blog. Nu zouden we het nepnieuws noemen. Hele stukken DNA, honderden miljoen letter (A, C, G en T) waren destijds met de voorhanden techniek niet te lezen, met name de repetitieve stukken (CACACACACACACACACACACA, bijvoorbeeld). Zo zoetjes aan komen we nu pas in de buurt. Lees verder

Histonen voorkomen springen van transposons in stamcellen

Histondans

De histondans rond de springende ERV-genen (afb: Simon Elsässer)

Springende genen (transposonen) zijn hier in dit blog nog wel eens langs gehuppeld. Dat zijn stukken DNA die de neiging hebben zich steeds elders in het genoom te vestigen en/of zichzelf te vermenigvuldigen. Dat is natuurlijk niet zo best voor de stabiliteit en integriteit van het genoom en er zijn wat manieren waarop het genoom al dat gespring aan banden legt. Een aantal daarvan schijnen in kankercellen maar ook in oudere cellen te ontbreken. Histonen, het ‘verpakkingsmateriaal’ rond het  DNA, schijnen in dat remproces een belangrijke rol te spelen, ook in de zogeheten pluripotente stamcellen. Lees verder

Ki komt ook synthetische biologie te hulp

algoritmes en synbiologie

Tijana Radivojevic en Hector Garcia Martin aan het werk (afb: Berkeleylab)

Ach ja, je kon er op wachten. Eindelijk na veertig jaar een belofte te zijn geweest begint kunstmatige intelligentie iets voor te stellen en bij het ene na het andere onderzoeksgebied wordt ki erbij gesleept om dat nog verder op te stoten in de vaart der wetenschappen. Synthetische biologie, de mens gemaakte biologie, is ook iets waarvan veel verwacht wordt, dus waarom die twee niet in symbiose gebracht en waarlijk het voorspelbare is geschied. Ki heeft synbio gevonden mede door toedeon van onderzoekers van het Lawrence Berkeley Nationale Lab. Die ontwikkelden een methode om zelflerende algoritmes aan te passen aan de noden van de synthetische biologie… Lees verder