‘Bouwpakket’ voor synthetische ‘celcircuits’ ontwikkeld

 Jeff Fitlow

Links Yiaoyu Yang aan het werk (?). Daarnaast Yang met  Caleb Bashor (afb: Jeff Fitlow/Riceuniversiteit)

Biotechnologen hebben een opzet ontwikkeld voor het creëren van een soort kunstmatige ‘signaalroutes

‘. Ze denken daarmee een ‘baanbrekende’ methode te hebben gekregen om de celhuishouding te beïnvloeden in, bijvoorbeeld, ziektes. De (mijn=as) grote vraag is hoe praktisch zo’n ‘bouwpakket’ is voor de bestrijding van ziektes.
Lees verder

Eiwitnetwerken in cellen kunnen cel(re)acties opwerken

Een Rosenblattpreceptron

Een vorm van een gelaagd neuraal netwerk (perceptron) (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers in China en de VS hebben een neuraal netwerk van eiwitten in levende cellen ‘geconstrueerd’ dat verschillende signalen kan verwerken en op basis daarvan beslissingen kan nemen zoals ‘val dood’. Ze hebben dat percepteïne gedoopt, een knutselwoord bestaand uit delen van proteïne (eiwit) en perceptron (een gelaagd neuraal netwerk). Ik(=as) moet zeggen dat ik nog niet meteen goed weet wat ze daarmee willen doen, maar ik laat me graag verrassen… Lees verder

Synthetische cellen ‘praten’ met elkaar

Kunstcelcommunicatie

Zo werkt de communicatie tussen zender- en ontvangercel. (afb: Cornelia Palivan/Advanced Materials)

Synbiologen werken aan systemen die op levende organismen lijken maar die met andere ‘werktuigen’ werken. Eukaryote cellen, cellen met een kern, zijn knap ingewikkeld. Zo hebben die verschillende mechanismen om met elkaar te communiceren zoals het ‘vlammen’ van neuronen. Die communicatie is wezenlijk voor een meercellige maar ook eencellige organismen. Nu lijken onderzoeksters van de universiteit van Bazel het voor elkaar gekregen te hebben om synthetische cellen regelbaar met elkaar te laten ‘praten’. Dat zou voor het eerst zijn.
Lees verder

Hersencellen muisjes laten zich ‘verjongen’ met Yamanaka-factoren

Hersencellen die Sox2 aanmaken

Hersencellen die Sox2 aanmaken lichten rood op (afb: Daniel del Toro et al./Cell)

Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Barcelona hebben hersencellen van muisjes ‘verjongd’ met behulp van zogeheten Yamanaka-factoren. Yamanaka-factoren zijn transciptiefactoren die Shinya Yamanaka en collega’s gebruikten om van gespecificeerde cellen weer (pluripotente) stamcellen te maken. Zijn verouderende cellen weer als nieuw te maken? Lees verder

Transcriptieproces veroorzaakt beweging in het genoom

Genoom in beweging

Een gen (rode ster) en zijn traject (rode lijn) omgeven door coherent bewegende chromatinegebieden (pijlen). Daaronder de manier waarop het gen gemerkt is (afb: Alexandra Zidovska et al./Nature Communications)

Onderzoeksters van, onder meer, de universiteit van New York hebben ontdekt dat er een relatie is tussen genactiviteit en bewegingen in het genoom. Het lijkt er op dat de manier waarop het DNA een vorm krijgt heeft te maken met de activiteit van genen. Dat is natuurlijk niet echt verwonderlijk, aangezien een gen goed bereikbaar moet zijn om gekopieerd te kunnen worden (op boodschapper-RNA). Lees verder

Een cel is dood of levend, toch? Nee, er schijnt nog er tussenin te zijn

Nieuwe reproductievorm

Stamcellen van een klauwkikkerfoetus (A) worden behandeld (B) en vormen vervolgens ‘Pac-~Mannetjes’ (C) waarna ze zichzelf spontaan repliceren (blauwe pijltjes)(afb: Michael Levin et al./ PNAS)

Een cel leeft of is dood, toch? Peter Noble van de universiteit van Alabama en Alex Pozhitkov van het Beckmaninstituut (?) stellen dat er in een meercellig organisme nog een derde toestand zou zijn en die niet-dode cellen zouden weer nieuwe weefsels kunnen vormen. Lees verder

E. coli’s maken niet-natuurlijke cyclische peptiden aan

Cyclische peptiden

Twee van de honderd cyclische peptiden die de Scrippsonderzoekers lieten aanmaken door aangepaste E. coli-cellen (afb: Scripsinstituut)

Eiwitten bestaan uit slechts twintig verschillende aminozuren, die ‘essentieel’ genoemd worden. Synbiologen, die op zoek zijn naar synthetisch leven en niet natuurlijk ‘biomoleculen’, zijn allang bezig dat te veranderen. In de natuur coderen drie opvolgende nucleotiden (basen) (codon of triplet genoemd) in een gen welk van de twintig het wordt. Onderzoekers van het Amerikaanse Scrippsinstituut hebben nu niet-natuurlijke codons gemaakt die bestaan uit vier nucleotiden en coderen voor andere dan de essentiële aminozuren. Lees verder

Embryonale stamcellen hebben geen last van replicatiestress

Celreplicatie

Als stamcellen delen moet het DNA verdubbeld worden. Dat gebeurt anders bij stamcellen (boven) dan bij embryonale bindweefselcellen, bijvoorbeeld (onder) (afb: Tomomi Tsubouchi et al./EMBO Reports)

Embryonale stamcellen zijn pluripotente stamcellen die alle celtypen van een organisme kunnen produceren. Ze prolifereren snel en er werd aangenomen dat ze hoge niveaus van intrinsieke replicatiestress zouden ondervinden. Dat lijkt anders te zitten. Stamcellen hebben een ander replicatieritme dan gespecialiseerde cellen. Lees verder

Stamcellen laten zich een richting op buigen

YAP

De structuur van YAP (afb: WikiMedia Commons)

Onlangs ontdekten onderzoekers van de McGill-univeriteit in Canada dat door de kernen van stamcellen in verschillende mate uit te rekken, te buigen en te pletten ze die stamcellen heel precies een bepaalde ontwikkelingsrichting op konden sturen zodat er, bijvoorbeeld, botcellen of vetcellen uit zouden ontstaan. De onderzoekers denken dat die kneedtechniek zal kunnen leiden tot nieuwe stamcelbehandelingen die hun mogelijkheden nog niet hebben uitgebuit. Lees verder

Methode gevonden om eigen cellen helende eiwitten te laten aanmaken (?)

De etanerceptbehandeling met de SEND-methode

De etanerceptbehandeling met de SEND-methode. Links de nanodeeltjes met lading, rechts het resultaat (afb: Siegwart et. al/PNAS)

Eiwitten worden aangemaakt aan de hand van boodschapper-RNA, dat weer een ‘afdruk’ is van een gen. Als die b-RNA’s worden voorzien van de code voor een klein signaaleiwit dan worden die daaruit gevormde eiwitten naar bepaalde celonderdelen gestuurd of zelfs naar de bloedbaan. Die truc hebben onderzoekers gebruikt om cellen om te bouwen tot ‘medicijnproducenten’. Ze hebben hun ’truc’ al bij muisjes uitgeprobeerd met psoriase maar ook met kanker. Die leken daar baat bij te hebben. Lees verder