AlphaGenome moet helpen uitzoeken hoe ‘ons’ DNA in elkaar steekt

Geplaatst op door
Beantwoorden

DNAToen zo’n 25 jaar geleden het menselijke genoom was uitgelezen, werd gesteld dat we daarmee het boek van het leven zouden hebben ontcijferd. Niet bleek minder waar te zijn. Het kon natuurlijk niet uitblijven dat ‘we’ in de tijden waarin kunstmatige intelligentie (ki) razend populair is en bijkans geen wetenschappelijk artikel meer kan worden geschreven zonder, dat we die technologie erbij halen om te weten te komen hoe het DNA nou werkelijk in elkaar steekt. Bio-informatici van DeepMind gebruikten AlphaGenome om te voorspellen wanneer, waar en hoe individuele genen worden in- of uitgeschakeld en vele andere hoedanigheden van het erfgoed. Dat zou een ongekend inzicht opleveren in welke delen van het genoom worden afgeschreven, hoe ze worden geknipt en hoe eiwitten daardoor worden gemodificeerd. Lees verder →

Ander mechanisme voor transcriptie bij bacteriën ontdekt

Geplaatst op door
Beantwoorden
transcriptie met NpN-kappen aan het RNA bij bacteriën

De transcriptie met NpN-kappen aan het RNA bij bacteriën gebeurt vooral in stresssituaties (afb: Hana Cahová et al./Nature Chemical Biology)

Wetenschapsters van het IOCB Praag ontdekten een nog niet eerder waargenomen mechanisme van gentranscriptie bij bacteriën. Het gaat dan om het proces waarbij DNA wordt afgelezen en omgezet in RNA. De onderzoekers richtten zich op een specifieke klasse moleculen, bekend als alarmonen. Dat zijn signaalmoleculen die in bacteriën en planten (bladgroen) voorkomen. Hun concentratie neemt vaak toe onder stressomstandigheden. Daarbij zagen de onderzoeksters zogeheten kap-RNA’s optreden. Lees verder →

Genschaar AlCas12a schijnt weer meer trucjes te kennen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas9 tov Cas12a

De Cas12a-schaar schijnt betrouwbaarder te zijn dan Cas9. AlCas12a schijnt nog wat bijzonderder te zijn.

De onderzoeks-groep moleculaire microbiologie van de universiteit van Alicante (UA) heeft een enzym geïdentificeerd met veelbelovende eigenschappen voor CRISPR-Cas-gen(oom)bewerkingstechnieken. Dit eiwit, AlCas12a, zou belangrijke toepassingen hebben op het gebied van biotechnologie, biomedicijnen en de voedingsindustrie, stellen de onderzoekers. De onderzoekers rond Francis Mojica van de universiteit van Alicante hebben alvast maar een octrooi op de ‘nieuwe’ genschaar aangevraagd (kan dat? as). Lees verder →

Een gen ‘verantwoordelijk’ voor tot 90% Alzheimer (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Hersenweefsel van Alzheimerpati

Hersenweeefsel van een (overleden) Alzheimerpatiënt, waarbij de beta-amyloïdeplaques rood zijn ingekleurd. De blauwe stippen zijn de kernen van hersencellen (afb: Matthew Campbell)

Alzheimer wordt mogelijk veel meer door genetica bepaald dan voorheen werd gedacht, waarbij één gen een onevenredig grote rol speelt. Onderzoekers ontdekten dat tot negen op de tien gevallen in verband kunnen worden gebracht met het APOE-gen, zelfs inclusief een veelvoorkomende variant die ooit als onschadelijk werd beschouwd. Deze ontdekking zou de manier kunnen veranderen waarop wetenschappers denken over risico en preventie. Meteen wordt er weer gewezen op een kans op een (werkende en dus genezende) Alzheimerbehandeling. Lees verder →

Bacteriofagen bouwen om resistente bacteriën te doden

Geplaatst op door
Beantwoorden
Het 'bouwen' van een synthetisch faaggenoom

In deze methode wordt stukjes faag-DNA letter voor letter ‘opgebouwd’ waarna de DNA-stukken (hier 21) aaneen worden ‘gelast’. Rechtsonder de uieindelijke faag. (afb: Andy Sikkema et al./ACS Synthetic Biology)

Onderzoekers van New England Biolabs (NEB) en de Yale-universiteit zouden het eerste volledig kunstmatige systeem hebben ontwikkeld voor het ‘bouwen’ van bacteriofagen (letterlijk bacterievreters) voor Pseudomonas aeruginosa. Die bacterie is over de hele wereld ongevoelig geworden voor antibiotica en dat is niet goed (voor de mens, die overigens zelf heeft gezorgd voor die resistentie). Daarbij is het HC-GGA-platform van NEB gebruikt. Daarmee kunnen onderzoekers bacteriofagen ‘bouwen’ met behulp van DNA-sequenties in plaats van het assembleren van (grotere) stukken bestaand DNA-erfgoed. Lees verder →

‘Fokken’ T-helpercellen zou kankerceltherapieën effectiever maken

Geplaatst op door
Beantwoorden
'Fokken' van T-helpercellen

Het ‘fokken’. van T-helpercellen is een kwestie van fijne afstemming van het Notch-signaal (afb: Peter Zandstra et al/Cell)

Onderzoekers zouden een betrouwbare manier gevonden om T-helpercellen (T-helpercel) te kweken uit stamcellen, waarmee een belangrijk ‘mankement’ in immuuntherapie voor kanker zou zijn opgelost. T-helpercellen fungeren als regelaars van het afweersysteem en helpen andere afweercellen langer en effectiever te functioneren. Ze ontdekten hoe ze een belangrijk signaal kunnen sturen dat bepaalt welk type T-cel zich vormt uit voorlopercellen (in het persbericht stamcellen genoemd). Dat zou kunnen leiden tot kant-en-klare celtherapieën die goedkoper, sneller en gemakkelijker toegankelijk zijn, stellen de onderzoekers (of hun voorlichters). Lees verder →

Helpt vitamine A kankercellen verbergen voor onze afweer?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Yibin Kang, Princeton

Yibin Kang (afb: Princetonuniversiteit)

Het moet toch niet gekker worden. Kankercellen hebben allerlei manieren om zich aan de reacties van ons afweersysteem te onttrekken, maar dat vitamine A daar een rol bij zou spelen is toch wel al te gek (dunkt me=as). Het zou om een bijproduct van vitamine A gaan: retinoïnezuur. Onderzoekers van, onder meer, de Princetonuniversiteit, zouden een medicijn hebben ontwikkeld. KyA33 gedoopt, dat dit proces blokkeert, waardoor de afweerreactie aanzienlijk wordt versterkt en de groei van kanker in preklinische studies wordt vertraagd. Lees verder →

Kankercellen in de alvleesklier ontwapend (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Kankercellen ontdaan van beschermend suiker

Het antilichaam haalt de beschermende suikers van de alvleesklierkankercellen (PDAC cells) (afb: Mohamed Abdel-Mohsen et al./Cancer Research)

Alvleesklierkanker is moeilijk te bestrijden. Deels komt dat doordat die kankersoort vaak laat wordt ontdekt, waardoor de kans op een succesvolle bestrijding aanzienlijk daalt, maar ook door de verdedigings-strategie van de kankercellen in die klier. Die gebruiken een suikerlaagje als vermomming om het afweersys-teem te ontwijken. Onderzoekers zouden dit ver-borgen mechanisme nu hebben doorgrond. Ze ontwikkelden een antilichaam dat de beschermende suiker van de kankercel verwijdert. In dierproeven bleek dat de afweer-cellen weer in actie kwamen en de groei van de tumor werd afgeremd. Nu verfijnen de onderzoekers hun aanpak voor tests in toekomstige klinische studies bij mensen. Uit-eindelijke doel is totale genezing. Lees verder →

De populatie afweercellen kan behoorlijk verschillen van persoon tot persoon

Geplaatst op door
Beantwoorden

Cytotoxische cellen

De aanwezigheid van een antigeen stimuleert de omzetting van T-cellen naar “cytotoxische”- (CD8+)-T-cellen of “helper”- (CD4+)-cellen (afb: WikiMedia Commons)

Chinese onderzoekersters hebben een ‘atlas’ gemaakt van afweercellen en die vergeleken met wat daarover bekend is in Europa en Japan. Daartussen kunnen nogal wat verschillen te zitten. Lees verder →

Wat we met de ‘genschaar’ van CRISPR doen is nog maar het begin

Geplaatst op door
Beantwoorden
Structuur Cas12a3

Structuur van Cas12a3 (afb: Biao Yuan / HZI)

Sinds ‘we’ CRISPR hebben geleend van bacteriën zijn wetenschappers over de hele wereld driftig bezig om dit instrument om genomen (mv van genoom) ook daadwerkelijk toe te passen en soms zijn die toepassingen ook al goedgekeurd voor klinisch gebruik. Onderzoekers hebben die CRISPR-gereedschapskist van de bacteriën nog maar mondjesmaat ingezet en nu komt er zo langzamerhand meer CRISPR-vormen boven water die elk zo weer hun eigen toepassingsgebieden hebben.
‘We’ zijn nog maar net begonnen de inhoud van die kist te inventariseren (stel ik=as heel brutaal). Onderzoekers van het Helmholtz-instituut voor RNA-gebaseerd besmettingsonderzoek (HIRI) in Würzburg hebben een compleet ander CRISPR-verdedigingsstrategie ontdekt: in tegenstelling tot bekende de bekende Cas-nucleasen (‘genscharen’) splitst Cas12a3 specifiek transfer-ribonucleïnezuur (tRNA), dat essentieel is voor de eiwitsynthese, om besmette cellen uit te schakelen. Lees verder →