Gekweekte ‘minihersentjes’ lijken niet op het echte werk

Gekweekte neurale orgaantjes

Cellen in gekweekte neurale orgaantjes (afb: Kriegstein/UCSF)

Tegenwoordig wordt er driftig gewerkt aan het kweken van organen in het lab, maar dat is niet zo eenvoudig. Er worden ook orgaantjes gekweekt die tot ongenoegen van veel wetenschapper ‘minihersentjes’ worden genoemd, maar hoewel die kweekorgaantjes wel wat weghebben van onze grijze massa, lijken die toch vooral te verschillen van het echte werk. Het is dan ook de vraag wat je aan die neurale orgaantjes hebt. Dat moet beter. Lees verder

Boodschapper-RNA hangt vol met modificatoren

Eiwitproductie

Via boodschapper-RNA worden stukjes DNA in het ribosoom omgezet in eiwitten. (afb.: vib.be)

Of genen actief zijn of niet wordt onder meer geregeld door methylering. Onderzoekers denken dat ook boodschapper-RNA (de kopie van een gen aan de hand waarvan eiwitten worden aangemaakt in het ribosoom) ook gemethyleerd kunnen worden en die RNA-methylering zou veel effect hebben op ons functioneren en onze gezondheid. Ook andere kleine modificatoren zouden invloed hebben op het gedrag en het lot van b-RNA. Lees verder

Ribosomen ruimen ook op

De aanmaak van eiwitten

De ribosomen zijn niet alleen een eiwitfabriek, lijkt het (afb: Bazzinilab)

In de ribosomen in cellen worden de eiwitten aangemaakt aan de hand van boodschapper-RNA-moleculen (die weer een kopie van genen op DNA zijn). Die ribosomen blijken echter ook die boodschapper-RNA-moleculen op te ruimen en mogelijk ook de genexpressie te beïnvloeden, ontdekten onderzoekers van het Stowersinstituut in Kansas (VS). Lees verder

Genexpressie bestuderen zonder cellen (?)

Genexperessie bestuderen zonder cellen

Sebastian Maerkl (afb: EPFL)

Cellen worden geregeerd door de epigenetica: het patroon van genen die al of niet actief zijn. Welke mechanismen daarbij een rol spelen is wel zo’n beetje duidelijk, maar hoe die genexpressie wordt aangestuurd en hoe die mechanismen werking is allebehalve duidelijk. Onderzoekers van polytechnische hogeschool in Lausanne (Zwi) hebben een methode ontwikkeld om genexpressie te bestuderen (en te voorspellen) zonder dat daar cellen bij worden bestudeerd. Ze bouwden ook een biologische ‘logische poort’ , bedoeld om celfuncties te veranderen, met behulp van synthetische transcriptiefactoren. Lees verder

Nieuwe genencircuits vooraf ’testen’ op het rekentuig

Rekenmodel voorspelt uitkomst synthetische genencircuit

Wat weet de computer van het leven? (afb: Synthetic biology)

Synthetische biologie is het naar je hand zetten van het systeem dat we leven noemen. Dat is geen sinecure. Dat ingewikkelde systeem heeft er een tijdje over gedaan om te worden wat het nu is. Van nog al te veel aspecten daarvan weten we nog maar bitter weinig af. We prutsen aan een machine waar we maar een krakkemikkige handleiding van hebben. Onderzoekers in de VS denken de oplossing gevonden te hebben: in silicio. Laten we onze bedenksels eerst uitproberen op de computer alvorens in het echt te gaan knutselen, is hun idee. Voor het goede begrip: vooralsnog denken ze daarbij aan het genetisch ‘dresseren’ van micro-organismen. Lees verder

Rijping stamcellen flexibeler dan gedacht

Zebravisembryo van 28 uur

Zebravisembryo na 28 uur (afb: univ. van Bazel)

Stamcellen van een embryo ontwikkelen zich gaandeweg  tot een keur aan cellen. Onderzoekers van de universiteit van Bazel hebben bij zebravisembryo’s  die ontwikkeling van zo’n 40 000 cellen eens nauwkeuriger gevolgd. Het blijkt dat bij de rijping stamcellen wel eens een andere ‘afslag’ nemen en zich, bijvoorbeeld, niet tot hartcel ontwikkelen, maar tot hersencel. Lees verder

De 200 mutaties van niet-coderend DNA die er toe doen

OperatiekamerVoor lezers van dit blog mag bekend worden verondersteld dat ze weten dat het overgrote deel van het genoom bestaat uit niet-coderend DNA (nc-DNA). Het coderende deel, de genen, maken maar 2% uit van ons erfgoed. Het overgrote deel van de mutaties die worden geassocieerd met kanker komen uit dit niet-coderende deel. Het lijkt er op dat lang niet al die mutaties van belang zijn. Onderzoekers hebben nu een 200-tal nc-mutaties aangemerkt die er daadwerkelijk toe zouden doen.
Lees verder

Wat is het geheim van de ribbensalamander?

Ribbensalamanders hebben een enorm genoom en regeneratievermogen

Ribbensalamanders (afb: WikiMedia Commons)

Als er over het herstelvermogen van weefsels gesproken wordt dan kijken mensen met afgunst naar reptielachtigen zoals hagedissen. Die kunnen zo weer een hele nieuwe staart laten aangroeien, terwijl het regeneratievermogen van mensen nogal beperkt is. Nu hebben onderzoekers van het Karolinska-instituut in Zweden het enorme genoom (zes keer zo groot als dat van de mens) van een salamandersoort, de ribbensalamander, uitgelezen. Daarbij hebben zij een hele familie van genen gevonden die die salamanders in staat stellen zelfs weer hele lichaamsdelen te laten aangroeien (daar moet ik overigens niet aan denken…). Daarnaast ontdekten ze micro-RNA-moleculen in de salamander, die normaal bij zoogdieren alleen voorkomen in embryonale stamcellen of in kankercellen. Stof voor veel nader onderzoek. Lees verder

Springende genen beïnvloeden functies van genen

Springende genen of transposons

Transposons kunnen overspringen of zichzelf kopiëren en elders in het DNA-molecuul inbouwen

Springende genen, ook wel transposons genoemd, zijn jaren lang als ’troep’ beschouwd en door onderzoekers veronachtzaamd.  Toch maken die van plaats wisselende ‘genen’ een belangrijk deel van DNA uit: bij mensen zo’n 50%, bij sommige planten zelfs 85%. Transposons hebben invloed op de activiteit van nabije genen. Promovendus Raúl Castaneras van de universiteit van Navarra (Sp) was daarbij vooral geïnteresseerd in het effect daarvan op de productie van eiwitten in commercieel interessante schimmels en paddestoelen.
Lees verder

Zoogdiercellen gebruikt voor ‘DNA-computer’

DNA-recombinase

DNA-recombinases herkennen ‘hun’ stukje DNA, knippen dat er uit en hechten de ‘wond’ weer

DNA intrigeert, ook de computerbouwers zijn geïnteresseerd. DNA zou het perfecte materiaal zijn om langdurig veel gegevens op te slaan, maar met DNA zou ook te rekenen zijn. Nu schijnen onderzoekers zoogdiercellen genetisch te hebben aangepast met als doel het DNA complexe taken te laten uitvoeren. Let wel: die uiterst competente ‘DNA-computer’ is er nog niet. Hun ‘DNA-computer’ kan wel Booleaanse operaties uitvoeren, maar ze denken hun nieuwe programmeringstechnieken toch vooral te gebruiken voor de verbetering van behandelmethoden: van kankertherapieën tot het aanmaken van nieuwe weefsel. Lees verder