CRISPR-methode is niet enige genoombewerker; verre van

Cas9

Cas9 is nogal ‘omvengrijk’ (afb: WkiMedia Commons)

In een zoektocht naar ‘voorlopers’ van CRISPR-enzymen bij micro-organismen zijn meer dan eenmiljoen mogelijke genoombewerkende enzymen gevonden. Nu maar eens zien wat die allemaal kunnen…
Lees verder

Taaislijmziekte genezen met CRISPR-methode (in petrischaaltje)

Priembewerking DNA

De priembewerking van DNA in ‘vogelvlucht’. Er zou, onder meer, een extra gids-RNA zijn gebruikt om ervoor te zorgen dat alleen het beoogde stukje DNA wordt vervangen  (afb: Hubrechtsinstituut)

Onderzoekers rond Hans Clevers van het Hubrechtinstituut in Utrecht hebben met behulp van de CRISPR-methode de taalslijmziekte (een, recessief, erfelijke ziekte) genezen door de foute mutaties in het DNA te vervangen door een gezonde code. Het ging hier overigens om een proef in petrischaaltjes en niet met echte patiënten, maar het lijkt een veelbelovende ontwikkelingen voor lijders aan die aandoening. Lees verder

Grenzen aan de gendruk

Anophelesmuggen met verzwakte malariaparasiet

Muggen zijn doelwitten van de gendruktechniek (afb: Sebastian Mikolajczak)

Gendruk is een manier om via de verspreiding van aangepast genetisch materiaal onder ziekteoverbrengers die ziektes te bestrijden. Dat betekent, bijvoorbeeld, dat je malariamuggen genetisch zo veranderd dat ze geen nageslacht kunnen krijgen en ook hun nageslacht niet. Dat lijkt een mooie manier om je van de last van die ziektes te ontdoen, maar brengt ook gevaren met zich mee. Wat als dat genetische materiaal elders bij organismen terechtkomt waarvoor ze niet bedoeld zijn (bijvoorbeeld)? Nu schijnt er een manier gevonden te zijn om dat gevaar het hoofd te bieden. Dat heeft iets van de pil die bedoeld is om de bijwerkingen van een andere pil te neutraliseren… Lees verder

Worden retrons de nieuwe middelen voor genoombewerking ?

Retronrecombinatie

De retronsequentie bevat en mutatiesequentie (rood), die ingebouwd wordt in het bacteriële DNA (afb: Max Schubert/Harvard)

De CRISPR-methode heeft in een relatief korte tijd grote furore gemaakt als manier om het genoom te bewerken, maar er kleven wel wat problemen aan zoals ongewenste mutaties in het DNA en ook een bescheiden ‘actieradius’. Onderzoekers van, onder meer, Harvard hebben nu een nieuwe techniek ontwikkeld waarbij zogeheten retrons (zie voor uitleg verderop onder ‘Retrons’) worden ingezet om tegelijkertijd miljoenen veranderingen in het genoom aan te brengen en waarmee een groot aantal cellen is te verifiëren. Die techniek, retronbibliotheekrecombinatie genoemd (in Engels afko RLR), zou kunnen worden gebruikt als de CRISPR-methode niet (goed) werkt en de bewerkingsresultaten beter zouden moeten zijn, stellen de onderzoekers. Lees verder

Met DNA-origami ‘bekeken’ hoe CRISPR in de fout gaat

DNA-origami en CRISPR De DNA-rotorarm (vaagwitte L-en) verbonden met paarse volgdeeltjes (afb: Madariaga Marcos et.al.)[/captioOnderzoeksters gebruikt en DNA-wentelwiek om te zien hoe CRISPR in de fout gaat bij de bewerking van het genoom.n]CRISPR is een mooi systeem om het genoom te veranderen of uit te zoeken hoe dat werkt, maar bij het bewerken van het genoom wil die ‘genschaar’ nog wel eens in de fout gaan. Onderzoeksters van de universiteit hebben nu DNA-constructies, origami genoemd naar de Japanse papiervouwkunst, gebruikt om te zien hoe CRISPR-enzymen reageren op beoogde en onbeoogde sequenties. Lees verder

TALEN zou CRISPR/Cas9 verslaan in compact DNA

TALEFok1

TALE (blauw) plus Fok1 gebonden aan DNA (bruin). Het TALE-stuk kan bewerkt worden om zich te hechten aan een bepaald deel van het DNA (afb: WikiMedia Commons)

Als je het over genoombewerking hebt dan heb je het tegenwoordig over de CRISPR-methode, maar voordat er CRISPR was waren er al andere methodes om het genoom te bewerken. TALEN was daar een van. Nu schijnt die ‘oude’ methode vijf keer beter te werken in dicht gepakt DNA, het zogeheten heterochromatine. Bepaalde ziektes zoals sikkelcelanemie vinden hun oorsprong bij genen in dit compacte DNA. Lees verder

Kankercellen te doden met CRISPR-methode

CRIISPR-lading vetbolletjes doodt kankercellen

De lading in vetbolletjes die de kankercellen ‘onklaar’ moet maken (afb: univ. van Tel Aviv/Peer et. al.)

Onderzoekers van de universiteit van Tel Aviv denken een ‘doorbraak’ te hebben met hun methode om uitgezaaide kankercellen te doden. Daarbij maken ze gebruik van de CRISPR-methode om het DNA van kankercellen te ruïneren. Uit proeven met muisjes blijken de overlevingskansen te zijn toegenomen, maar, zo op het oog, niet spectaculair. Lees verder

Retrons en CRISPR lijken een goed koppel te vormen

Bacteriofagen

Bacteriofagen vallen bacteriecel aan

Zeven jaar geleden werd de CRISPR-methode van bacteriën omgezet in een genoombewerkingstechniek. Sommige bacteriën hadden nog iets anders : retrons, geheimzinnige pakketjes van DNA, RNA en eiwitten. Onderzoekers denken nu dat dat mogelijk een machtig wapen wordt  om het genoom van eencelligen te veranderen. Biologen hebben inmiddels uitgevonden dat die retrons, net als CRISPR, onderdeel vormen van het afweersysteem die bacteriën beschermen tegen bacterie-etende virussen: de fagen. Lees verder

Klimaat en CRISPR (commentaar)

Grijsbonte koe

De grijsbonte koe zou beter tegen de wamte kunnen… (afb: AgResearch)

Je kunt een hoop aan een auto veranderen, maar het blijft een wanproduct. Dat kun je niet van koeien zeggen, al hebben mensen daarbij ook een hoop verknoeid met het oog op de ‘economie’. Mensen hebben een klimaatcrisis op hun geweten en gaan daar wat aan doen. Niet door de broeikasgasuitstoot drastisch te verhinderen en passant allerlei schadelijke gedragingen overboord gooiend, maar door koeien ‘klimaatbestendiger’ te maken. Hoe? Door met de CRISPR-methode het genoom van koeien te veranderen zodat ze geen zwarte maar grijze vlekken krijgen. Lees verder

“Nog te vroeg om genoom mensenembryo te bewerken”

Jennifer Doudna

Jennifer Doudna, een van de ontwikkelaars van de CRISPR-methode (afb: KNAW)

Een internationaal forum van medische deskundigen vindt het nog te vroeg om DNA van mensenembryo’s te bewerken om die te ‘ontdoen’ van aangeboren, ziekmakende genetische afwijkingen. De techniek, op het moment is dat de CRISPR-methode, is nog niet nauwkeurig genoeg en heeft nog te kampen met veiligheidsproblemen. Desalniettemin wil de Russische bioloog Denis Rebrikov zijn plannen doorzetten om CRISPR te gebruiken om te voorkomen dat kinderen doof ter wereld komen. Lees verder