
Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)
Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)
Het ribosoom
Onderzoekers van de universiteit van Kyoto (Jap) hebben het voor elkaar gekregen om ribosomen van E. coli-bacteriën zich buiten een cel te laten reproduceren. Dat zou een van de grootste uitdagingen zijn geweest voor synthetisch biologen. Dat zou wetenschappers meer inzicht kunnen geven over hoe het leven ooit begonnen is, maar ook meer kunnen onthullen over hoe ribosomen, waar eiwitten in een cel worden aangemaakt, soms de fout in kunnen gaan. Ook zou de ontwikkeling de functionele synthetische cel dichterbij kunnen brengen. Overigens is deze bijdrage nog niet beoordeeld, maar vast verschenen in biorxiv. Twee onderzoekers hebben maar vast een patent op de ontwikkeling aangevraagd. Lees verder
De vetbolletjes (groen) ‘vallen’ de bacteriën (blauw) aan door ze, waarschijnlijk, dodelijke eiwitten in te spuiten (afb: Science)
Oliedruppeltjes in onze cellen zouden volgens recent onderzoek de eerste verdedigingslinie van ons afweersysteem (en dat van andere zoogdieren) zijn tegen bacteriële maar ook virus- en parasietbesmettingen zijn. Lees verder
De CRISPR/Cas9-schaar
In De Standaard staat een leuk verhaal van Hilde Van den Eynde. Deze journaliste had een bestelling gedaan bij het Amerikaanse bedrijfje The Odin, opgericht door oud-Nasa-wetenschapper Josiah Zayner, dat CRISPR-doehetzelfpakketten levert voor 200 dollar. Daarmee kun je, onschadelijke, Escherichia coli-bacteriën (darmbacteriën) ongevoelig maken voor twee antibiotica (kanamycine en streptomycine) door via de CRISPR-methode (compleet met gids-RNA) een stuk uit een gen te knippen en dat te vervangen door een andere sequentie. Resultaat: de genetische aangepaste E. coli’s bleken inderdaad op een voedingsbodem met kanmycine en streptomycine in leven te blijven. Maar… Lees verder
Bacterie, model E. coli, met synthetisch DNA (afb: univ. van Cambridge)
Een van de vragen die Chin zich stelt is: Vanwaar die overdaad? Dat deed hem besluiten zelf een ‘versimpeld’ genoom te bouwen.
In de natuur coderen zes codons voor het aminozuur serine. In Chins genoom gebruikte hij er maar vier. Er zijn drie zogeheten stopcodons. In het synhtetische genoom worden er maar twee gebruikt. In feite hebben de onderzoekers het E. coli-genoom doorgevlooid met een zoek&vervang-opdracht. We praten dan over 18 000 locaties op het bacterie-DNA.
Een genoom bouwen is een ding, maar hoe smokkel je dat een bacteriecel binnen? Het genoom was veel te lang om het in een keer in de cel te proppen, dus werd het genoom bij stukjes en beetjes naar binnen geloodst en het oude verwijderd.
De bacterie overleed daar niet aan tot grote opluchting van de onderzoekers. Het beestje bleef leven en werd langer dan de gewone bacterie. Chin wil nog meer codons verwijderen en kijken hoe ver hij kan gaan voor het leven er de brui aan geeft….
Bron: New York Times
De replicatie: de leidende (onder) en de volgende streng (boven) worden op een andere wijze verdubbeld (afb: Wiki Commons)
Onderzoekers van de universiteit van Californië in David hebben de replicatie van het DNA van de darmbacterie Escherichia coli in beeld gebracht. Het lijkt er op alsof de twee DNA-strengen zich onafhankelijk van elkaar repliceren, zonder enige coördinatie. Toch zijn ze beide even snel klaar. Dat zet de ideeën die er leven over het replicatieproces hier en daar wat op losse schroeven. Lees verder
Een groep Leidse studenten heeft in het kader van de jaarlijkse IGEM-wedstrijd een plan bedacht zuurstof in de Mars-atmosfeer te ‘fokken’ met behulp van genetisch veranderde E. coli-bacteriën. IGEM is een jaarlijkse bijeenkomst waarop groepen studenten met elkaar wedijveren om met behulp van synthetische biologie de slimste manier te vinden om problemen op te lossen (in theorie dan). De studenten zullen in oktober op een bijeenkomst in oktober in Boston (VS) hun ‘oplossing’ presenteren. Lees verder