Tag archieven: bacteriofagen

We zijn voorlopig nog niet uitgekeken op CRISPR-ige methoden

Geplaatst op door
Beantwoorden
CARF-effector Cat1

CARF-effectoren, hier Cat1 (denk ik=as), maken het bacteriofagen onmogelijk zich te vermenigvuldigen (afb: Rockefelleruniversiteit)

Elk levend organisme op aarde moet zichzelf beschermen tegen dingen die het kwaad kunnen doen. Bacteriën zijn daarop geen uitzondering en ondanks hun relatieve eenvoud, zetten ze opmerkelijk slimme verdedigingsstrategieën in tegen virale indringers. De bekendste is CRISPR/Cas9 die nu ook gebruikt wordt voor onderzoek, maar ook voor het ‘repareren’ van ziekmakende genetische afwijkingen. Er zijn nog andere bacteriële afweermechanismen tegen virussen en er is (dus) nog veel te ontdekken. Die zogeheten CARF-effectoren van bacteriën lijken me(=as) overigens vooral ‘wapens’ tegen virale infecties en hebben weinig met genoombewerking te maken. Lees verder →

Ki-systeem Evo leert prokaryote genomen te bouwen

Geplaatst op door
Beantwoorden

Genoomtimmeraar EvoOnderzoekers van de Stanforduniversiteit rond Eric Nguyen hebben het ki-systeem Evo, wijs gemaakt door de genomen van miljoenen bacteriën en bacteriefagen (bacterievirussen), zover gekregen om zelfstandig bacterie- en faaggenomen voor te stellen. Uit veiligheidsoverwegingen zijn hebben de onderzoekers geen ‘lesmateriaal’ uit de virale en eukaryote genomen meegenomen. Evo zou ook kunnen aangeven wat bepaalde veranderingen in een genoom voor het organisme zouden betekenen. Ook kan het systeem een ‘aannemelijk’ (levensvatbaar?; as) genoom van zo’n miljoen basenparen produceren. Lees verder →

Bacteriën in darmflora muisjes met basebewerker genetisch veranderd

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-basen

De DNA-basen (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers rond Xavier Duportet van het Franse bedrijf Eligo Bioscience hebben het DNA van Escherichia coli-bacteriën in de darmen van (levende) muisjes genetisch veranderd. Dat zou gelukt zijn bij ruim 90% van de E. coli’s in de muizendarmpjes. De onderzoekers waren er op uit het genoom van de bacteriën te veranderen zonder de darmflora te vernietigen. Lees verder →

Fagen gebruiken springende genen om concurrent te ontregelen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriofaag

Een bacteriofaag oftewel bacterie-eter

Tientallen jaren vroegen genetici afgevraagd wat ze met die vervelende springende genen aan moeten die zich willekeurig door het genoom verspreiden. Nu hebben onderzoekers bij reuzenfagen gezien dat ze die springende genetische elementen gebruiken om concurrentie de voet dwars te zetten. Kennis daarover zou het gebruik van fagen als antibiotica een stuk vooruit helpen in de strijd tegen de dreigende antibioticumresistentie. Lees verder →

Ook virussen gebruikten de CRSIPR-methode

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR-complex

De structuur van Integrate-CRISPR, waarbij het donkerblauwe deel het cascade-enzym is (Cas), het roze het gids-RNA en het lichtblauwe het enzym transposase waarmee stukjes DNA in het genoom kunnen worden ‘gelast’ (afb: Sternberg & Fernández Labs, Columbiauniversiteit)

Wij mensen hebben CRISPR-methode van bacteriën. Die gebruiken CRISPR om zich tegen bacetrievirussen (bactriofagen) te beschermen. Nu schijnen die bacteriofagen juist die CRISPR-methode te hebben gejat als onderdeel van de wapenwedloop tussen beide organismen. Mogelijk dat dat tot nieuwe toepassingen van de ‘genschaar’ leidt, speculeert Mazhar Adli van de Noordwestuniversiteit, die niet bij het onderzoek betrokken was. Lees verder →

CRISPR-methode gebruikt om genoom bacteriën te veranderen

Geplaatst op door
Beantwoorden

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Onderzoekers van de staatsuniversiteit van Noord-Carolina hebben het van bacteriën geleende afweermiddel CRISPR gebruikt om een genetisch veranderd virus de genen in een bacterie te laten veranderen. De CRISPR-wereld op zijn kop. Lees verder →

Naast CRISPR/Cas hebben bacteriën nog ‘slimme’ Av’s als afweer

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriofagen

Bacteriofagen vallen bacteriecel aan

Vergeleken bij eukaryote cellen als de onze zijn bacteriecellen erg simpel, maar dat betekent niet dat die eencelligen geen slimme methoden hebben om, bijvoorbeeld, ‘bacterie-etende’ virussen (bacteriofagen) van het ‘lijf’ te houden. CRISPR/Cas9 is zo’n vorm van bacteriële afweer maar nu ontdekten onderzoekers rond Feng Zhang van het MIT ook bepaalde eiwitten, Av’s (voor antiviraal),  die het die fagen erg lastig maken, waarbij die er niet mee zitten  als die fagen via mutaties hun gastheren willen misleiden. Lees verder →

Sommige fagen hebben afwijkende Z-nucleotide

Geplaatst op door
Beantwoorden
Z-DNA

De fagen hebben een Z-nucleotide in plaats van een A (afb: Nature)

Sommige bacteriofagen (virussen die het op bacteriën gemunt hebben) hebben in plaats van de vier geijkte DNA-letters (A, C, T en G) een afwijkend Z-nucleotide in plaats van A. Dat was ruim veertig jaar geleden al ontdekt, maar nu schijnen onderzoeksters er achter gekomen te zijn hoe dat werkt. Lees verder →

Retrons en CRISPR lijken een goed koppel te vormen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriofagen

Bacteriofagen vallen bacteriecel aan

Zeven jaar geleden werd de CRISPR-methode van bacteriën omgezet in een genoombewerkingstechniek. Sommige bacteriën hadden nog iets anders : retrons, geheimzinnige pakketjes van DNA, RNA en eiwitten. Onderzoekers denken nu dat dat mogelijk een machtig wapen wordt  om het genoom van eencelligen te veranderen. Biologen hebben inmiddels uitgevonden dat die retrons, net als CRISPR, onderdeel vormen van het afweersysteem die bacteriën beschermen tegen bacterie-etende virussen: de fagen. Lees verder →

Virussen: de onverslaanbare sluipmoordenaars

Geplaatst op door
6
Hi-virussen op een T-cel

Hi-virussen (paars) op een T-cel

Virussen zijn stukjes RNA of DNA die coderen voor eiwitten met een ‘velletje’ er omheen. RNA-virussen zijn virussen waarvan het erfelijk materiaal uit RNA in plaats van DNA bestaat. Bekende voorbeelden Virussen zijn stukjes erfelijk materiaal met een eiwitmantel eromheen, nauwelijks leven. Toch kunnen ze grote rampen veroorzaken.van RNA-virussen zijn het griep-, ebola- en hepatitis-C-virus. Lees verder →