De fagen hebben een Z-nucleotide in plaats van een A (afb: Nature)
Sommige bacteriofagen (virussen die het op bacteriën gemunt hebben) hebben in plaats van de vier geijkte DNA-letters (A, C, T en G) een afwijkend Z-nucleotide in plaats van A. Dat was ruim veertig jaar geleden al ontdekt, maar nu schijnen onderzoeksters er achter gekomen te zijn hoe dat werkt. Lees verder
Zo zou RNA-replicatie er uit kunnen zien
Thomas Carell heeft het al eerder beweerd, dus groot nieuws is het niet: de RNA-bases kunnen ontstaan in omstandigheden die miljarden jaren geleden op aarde zouden hebben geheerst in de ‘oersoep‘. Hij schijnt dat verhaal nu wat meer fundament te hebben gegeven Lees verder
De restanten van de in 2010 opgegraven mammoet Yuka (afb: Nature)
Een vrij gaaf exemplaar van een babymammoet (afb: RT)[/caption]Al tijden zijn er wetenschappers die dromen van de wederopstanding van de mammoet. Onderzoekers in Japan zijn zo ver niet gekomen. Ze haalden kernen van cellen van de in 2010 in Rusland gevonden mammoet Yuka, die 28 000 stijfbevroren is geweest, en hebben die in muizeneicellen geplaatst. De muizencellen met de mammoetkern ontwikkelden zich niet tot een mammoetvrucht, zoals de onderzoekers gehoopt hadden, maar vertoonde toch enige tekenen van leven (biologische activiteit), zo meldden ze in Nature. Lees verder
De aanzet tot een DNA-printer (afb: UCB)
Het synthetiseren van stukjes DNA schijnt nog steeds lastig te zijn. Al gauw ontstaan er in het lab bij het aan elkaar plakken van de basen/nucleotiden fouten en veel verder dan een paar honderd basen aan elkaar komen we nog niet (vergelijk dat met de honderden miljoenen nucleotiden die een zoogdiergenoom bevat). Nu schijnen onderzoekers van de universiteit van Californië in Berkeley en van het Amerikaanse Lawrence Berkely-lab een methode gevonden te hebben om sneller en trefzekerder nucleotiden aan elkaar te plakken tot strengen die wel tien keer langer zijn en waarbij bovendien geen giftige chemicaliën worden gebruikt. De onderzoekers beginnen al te denken in termen van DNA-printers. Lees verder
RNR zorgt voor de aanmaak van de DNA-letters C. G. A en T
Cellen delen zich. Daarbij wordt, door kopiëring, een nieuw DNA-molecuul voor de nieuw te vormen dochtercel gemaakt. Dat heet replicatie. Voor dat nieuwe molecuul heb je de bouwstenen nodig, de vier nucleotiden/basen A, C, G en T. Die moeten er natuurlijk wel zijn. Onderzoekers in Denemarken hebben nu uitgeplozen hoe dat, ritmische proces in zijn werk gaat. Door te pielen met dat ritme zouden kankercellen sterven doordat die cellen dan voor onoverkomelijke problemen komen te staan, denken de onderzoekers. Lees verder
Met LASSO zouden grotere stukken van het genoom kunnen worden ‘gekloond’ dan tot nu toe mogelijk was (afb: Jennifer E. Fairman/Johns Hopkinsuniversiteit
Systematisch onderzoek doen naar wat welk eiwit en of gen doet is vast niet het leukste onderzoek wat je kunt doen, maar zeer nuttig voor het doorgronden van hoe dat complexe systeem leven in elkaar steekt. Het schijnt dat onderzoekers tot nu toe dat uitzochten door gen voor gen te ‘klonen’ en te bekijken. Medeonderzoekers van de Johns Hopkinsuniversiteit en van de universiteit van Harvard hebben nu een systeem bedacht om duizenden nucelotiden tegelijkertijd te klonen om bibliotheken mee op te bouwen met de therapeutische waarde van de gevonden eiwitten. Lees verder
De CRISPR-techniek zou nog niet precies genoeg zijn om mensen te behandelen. (afb: Wiki Commons)
Ik dacht dat de genschaar (CRIPR/Cas9) al akelig nauwkeurig was, maar kennelijk viel er aan dit natuurlijke systeem nog wat te verbeteren. Onderzoekers uit Amerika zouden er in geslaagd zijn nu met de genschaar puntmutaties te corrigeren (mutaties waarbij maar een basepaar is veranderd). Het CRISPR/Cas9-systeem knipt daarbij niet het DNA door, maar wisselt de desbestreffende basen uit. In een eerste proeve van mogelijkheden repareerden de onderzoekers het APOE4-gen om twee baseplaatsen. Dat gen heeft een slechte reputatie, omdat het met de ziekte van Alzheimer wordt geassocieerd. Lees verder
Vreemde letters voor DNA
Het leven heeft maar een bescheiden gebruik gemaakt van de talloze mogelijkheden die de organische wereld biedt. Al onze eiwitten zijn opgebouwd uit slechts 20 verschillende aminozuren en het genoom is opgebouwd uit slechts vier verschillende gepaarde nucleotiden, aangeduid (naar de base) met C, G, A en T. Al lang is de gedachte dat die karigheid uitbreiding behoeft en er wordt al jaren onderzoek gedaan naar ‘vreemde letters’ voor ons levensalfabet. Volgens de Amerikaanse organisch chemicus Steven Benner, die daar al 30 jaar mee bezig is, is er veel mis met het DNA-molecuul. Dat onderzoek lijkt nu zijn vruchten af te werpen. Twee kunstmatige nucleotiden P en Z blijken naadloos in de wenteltrapstructuur van DNA te passen en ze blijken zich te kunnen ontwikkelen via evolutionaire lijnen. Net echt dus, maar wat dan? Een leven zonder eiwitten? Lees verder
De vroege aarde
We doen vaak wel alsof, maar eigenlijk weten wij mensen nog niet zo veel. Al vele eeuwen proberen we een definitie van leven te verzinnen, maar die hebben we nog steeds niet. Hoe dat ‘ondefinieerbare’ leven is ontstaan weten we ook niet. Theorieën zijn er genoeg. Een daarvan is de theorie van de RNA-wereld. Onderzoekers van de Engelse universiteit van Cambridge rond John Sutherland ontdekten in 2009 dat met simpele uitgangsstoffen als acetyleen (ethyn) en formaldehyde (methanal) twee van de vier bouwstenen van RNA (de nucleotiden) zijn te vormen in de ‘oersoep’ zonder dat daar enzymen voor nodig zijn. Nu laten ze ook zien hoe die stoffen op hun beurt zijn ontstaan. De theorie van de RNA-wereld wint daamee aan geloofwaardigheid. Lees verder
Een DNA-streng met zes (in plaats van vier) nucleotiden. X en Y zijn de ‘vreemde eenden’. (afb: New Scientist)
Synthetische biologie is er niet in de eerste plaats op gericht om bestaand leven te ‘repareren’ maar vooral om nieuw leven te creëren. Het leven maakt maar een bescheiden gebruik van de chemische mogelijkheden die er bestaan. Zo zijn eiwitten opgebouwd uit, ten hoogste, twintig verschillende aminozuren, terwijl er vele malen meer aminozuren bestaan (of te bedenken zijn) en DNA maakt voor de opbouw maar gebruik van vier verschillende nucleotiden, die louter verschillen in de base. Een uitdaging, dus. Nu heeft een groep rond Floyd Romesberg van het Scripps-instituut in La Jolla (VS) een E. coli-bacterie voorzien van een DNA-streng met twee extra basen/nucleotiden: d5SICS en dNaM. Het schijnt de bacterie, die er normaal toch al een los DNA-‘regime’ op na houdt, niet erg te deren. Lees verder