We blijven knutselen aan de CRISPR-methode

CRISPR/Cas9-techniek verbeterd

De CRISPR-techniek zou nog niet precies genoeg zijn om mensen te behandelen (afb: Wiki Commons)

In de CRISPR-methode is gids-RNA onontbeerlijk om de genschaar (een van de Cas-familie) naar de juiste plek op het DNA te brengen. De binding tussen de genschaar en DNA is van invloed op het resultaat. Nu proberen onderzoekers die bindingskracht tussen DNA en genschaar (een van de Cas-en dus) regelbaar te maken. Lees verder

Met CRISPR-methode nu ook lange stukken DNA te vervangen

Serine-integrases

De serine-integrases voegen de grote DNA-brokken, waarbij CRISPR/Cas9 heeft gezrgd voor de ‘landingsplaats’ (afb: Marshall Stark univ. van Glasgow)

Onderzoekers van het MIT in Cambridge (VS) hebben de CRISPR-techniek weer wat verder opgerekt. Met die techniek zouden nu ook hele genen zijn te vervangen tot zo’n 36 000 basenparen (nucleotideparen; de bouwstenen van DNA). Bovendien zou dat veiliger en efficiënter gebeuren dan tot nu toe mogelijk is met de ‘genschaar’. Ze gebruikten hun nieuwe techniek, PASTE (Plak) genoemd, bij muizen- en mensencellen. De techniek zou bij uitstek geschikt zijn bij ziektes waarbij een gen op veel plaatsen gemuteerd is zoals bij de taaislijmziekte. Lees verder

Mogelijk werkt CAR-T-techniek ook tegen lupus

B-cellen en antilichamen

B-cellen maken antilichamen aan in reactie op ziekteverwekkers (afb: Zeneca.nl)

Genetisch aangepaste afweercellen T-cellen, bekend als CAR-T-cellen, lijken heel wat in hun mars te hebben, maar dan vooral op het gebied van bloedkankers. Nu lijkt het er op dat de techniek zich heeft uitgebreid naar andere ziektes. Voorlopig resultaten van Duitse onderzoekers rond Georg Schrett van het Duits immuuninstituut DZI bij een klein groepje proefpersonen met een vorm van de autoimmuunziekte lupus zouden hoop geven. Lees verder

Ook virussen gebruikten de CRSIPR-methode

CRISPR-complex

De structuur van Integrate-CRISPR, waarbij het donkerblauwe deel het cascade-enzym is (Cas), het roze het gids-RNA en het lichtblauwe het enzym transposase waarmee stukjes DNA in het genoom kunnen worden ‘gelast’ (afb: Sternberg & Fernández Labs, Columbiauniversiteit)

Wij mensen hebben CRISPR-methode van bacteriën. Die gebruiken CRISPR om zich tegen bacetrievirussen (bactriofagen) te beschermen. Nu schijnen die bacteriofagen juist die CRISPR-methode te hebben gejat als onderdeel van de wapenwedloop tussen beide organismen. Mogelijk dat dat tot nieuwe toepassingen van de ‘genschaar’ leidt, speculeert Mazhar Adli van de Noordwestuniversiteit, die niet bij het onderzoek betrokken was. Lees verder

CRISPR-behandeling voor blindheid werkt voor maar weinigen

Editas

CRISPR-behandeling (afb: Editas)

Wat werd gezien als ‘vulkanische’ ontdekking om met de CRISPR-methode een zeldzame vorm van blindheid te behandelen zal maar weinigen baat geven. Het betrokken bedrijf zoekt partners om de behandeling te vervolmaken, opdat meer blinden er profijt van kunnen trekken. Lees verder

CRISPR-methode gebruikt om genoom bacteriën te veranderen

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Onderzoekers van de staatsuniversiteit van Noord-Carolina hebben het van bacteriën geleende afweermiddel CRISPR gebruikt om een genetisch veranderd virus de genen in een bacterie te laten veranderen. De CRISPR-wereld op zijn kop. Lees verder

Na de mammoet ook weer de Tasmaanse tijger gerevitaliseerd?

Tasmaanse tijger Benjamin

Benjamin in 1933 (afb: WikiMedia Commons)

Er zijn altijd weer onderzoekers die uitgestorven dieren weer tot leven willen wekken, waarom dan ook. Mammoeten vormen een bij uitstek revitaliseerbare diersoort, maar vlak de Tasmaanse tijger (of buidelwolf) niet uit. Die is pas in de jaren 30 (1936) uitgestorven, wat korter geleden dus dan de mammoet. Dan zijn de kansen op succes een tikkie groter, maar waartoe? Lees verder

Via truc laat cel eiwitten met genintstructies binnen

RNA-splitsing

RNA-splitsing. De term splitsing (Engels splicing) is afkomstig van het splitsen van touw (om er een stuk aan te breien) (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers hebben een truc bedacht om cellen zover te krijgen dat ze eiwitten met ‘geninstructies’ binnen laten via een normaal, natuurlijk proces. Daardoor maken die cellen eiwitten aan die de cel zelf niet aanmaakt door een genetische afwijking. Daarmee zou een nieuwe methode ontwikkeld zijn om genetische ziektes te lijf te gaan met gentherapieën. De onderzoekers denken dan aan ziektes als Alzheimer, sommige vormen van kanker en blindheid. Lees verder

Het blijft martelen met de CRISPR-methode (of niet?)

Bao

Gang Bao (r) met medewerkers (afb: Rice)

De CRISPR-methode om het genoom te bewerken werd alom toegejuicht als een efficiënte manier om DNA en zelfs RNA te bewerken, maar daar zaten nog wel wat haken en ogen aan. Soms wordt het genoom ook bewerkt op plaatsen waar dat niet de bedoeling was, maar ook als de knip/vervang naar behoren geschiedt, zo lijkt het althans, kan er toch iets misgaan. Die tot nu toe ongeziene missers moeten ook in beeld gebracht worden wil de CRISPR-methode als echt veilig en doeltreffend kan/mag worden ingezet. Lees verder

CRISPR-methode opnieuw verbeterd

CRISPR-complex

De structuur van Integrate-CRISPR, waarbij het donkerblauwe deel het cascade-enzym is (Cas), het roze het gids RNA en het lichtblauwe het enzym transposase waarmee stukjes DNA in het genoom kunnen worden ‘gelast'(afb: Sternberg & Fernández Labs, Columbiauniversiteit)

Al jaren schrijf ik in dit blog over de CRISPR-methode, een systeem geleend van bacteriën, om DNA mee te bewerken, maar ik had nog nooit van PAM, een korte nucleotide-sequentie waar de Cas-genschaar van afhankelijk is. Als de genschaar aanwezig is dan moet er zo’n PAM (de M staat voor motief) in de buurt zitten. Dat heeft iets met de oorsprong van de CRISPR-methode te maken, een afweersysteem van bacteriën tegen bacterievirussen (fagen). Er schijnt nu een CRISPR-systeem te zijn ontwikkeld, SpRYgests, dat helemaal geen PAM’s meer nodig heeft, waardoor de methode dus breder bruikbaar is geworden. Lees verder