Pestbacterie (paars) (afb: WikiMedia Commons)
Lees verder
RNA-vaccin bij proefdieren effectief tegen pestbacterie
Beantwoorden
Lees verder
Categoriearchief: Micro-organismen
Lees verder
‘Nieuwe’ genschaar zou iets kunnen betekenen voor virusdiagnoses
Zo stellen Dmytrenko c.s. zich voor dat Cas12a2 (de ‘hamburgers’) functioneert (afb: Dmytrenko et. al.)
Cas9 is voor bezoekers van dit blog inmiddels een bekende. Dit van bacteriën geleende eiwit fungeert als genschaar. Daarmee kan, met nog wat andere ingrediënten, het genoom worden bewerkt. Deze genschaar is inmiddels vrij populair, maar andere bacteriestammen gebruiken andere Cas-eiwitten. Onderzoekers hebben ontdekt dat de genschaar Cas12a2 door virussen besmette cellen uit de roulatie haalt. Die eigenschap zou iets kunnen betekenen voor het stellen van diagnoses en wellicht meer dan dat. Lees verder
Is het ‘overgangsorganisme’ gevonden naar de eukaryote wereld?
Het gekweekte Lokiarchaeum ossiferumarcheon (afb: Thiago Rodrigues-Oliveira/Univ. van Wenen)
Een vreemd micro-organisme met tentakels zou wel eens de zogeheten Asgardmicrobe kunnen zijn, een organisme dat de overgang van de eenvoudige cellen naar complexe eukaryote cellen mogelijk zou hebben gemaakt. Overigens was er al eerder zo’n organisme gevonden, maar er bleven twijfels over de genen die aan dat Asgardorganismen werden toegeschreven.
Lees verder
Ook virussen gebruikten de CRSIPR-methode
De structuur van Integrate-CRISPR, waarbij het donkerblauwe deel het cascade-enzym is (Cas), het roze het gids-RNA en het lichtblauwe het enzym transposase waarmee stukjes DNA in het genoom kunnen worden ‘gelast’ (afb: Sternberg & Fernández Labs, Columbiauniversiteit)
Wij mensen hebben CRISPR-methode van bacteriën. Die gebruiken CRISPR om zich tegen bacetrievirussen (bactriofagen) te beschermen. Nu schijnen die bacteriofagen juist die CRISPR-methode te hebben gejat als onderdeel van de wapenwedloop tussen beide organismen. Mogelijk dat dat tot nieuwe toepassingen van de ‘genschaar’ leidt, speculeert Mazhar Adli van de Noordwestuniversiteit, die niet bij het onderzoek betrokken was. Lees verder
CRISPR-methode gebruikt om genoom bacteriën te veranderen
Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)
‘Borgen’ in DNA geven methaanetende bacteriën ‘superkracht’
Jill Banfield en Ken vissen hun eigen onderzoeksmateriaal op in Californië e.o.(afb: Roy Kaltschmidt/Berkeley Lab)
‘Borgen’ zijn in wetenschapsfictie meedogenloze wezens. In de genetica zijn het, sinds kort, delen van bacterieel DNA die, onder meer (?), methaan verorberen. Die Borgen schijnen bij Methanopereden de stofwisseling te versnellen. Leuk weetje voor genetici, natuurlijk, maar er zijn ook onderzoekers die dan meteen denken dat die ‘beestjes’ onze (zelf gecreëerde) problemen kunnen helpen oplossen met het broeikasgas methaan. Lees verder
Naast CRISPR/Cas hebben bacteriën nog ‘slimme’ Av’s als afweer
Bacteriofagen vallen bacteriecel aan
Vergeleken bij eukaryote cellen als de onze zijn bacteriecellen erg simpel, maar dat betekent niet dat die eencelligen geen slimme methoden hebben om, bijvoorbeeld, ‘bacterie-etende’ virussen (bacteriofagen) van het ‘lijf’ te houden. CRISPR/Cas9 is zo’n vorm van bacteriële afweer maar nu ontdekten onderzoekers rond Feng Zhang van het MIT ook bepaalde eiwitten, Av’s (voor antiviraal), die het die fagen erg lastig maken, waarbij die er niet mee zitten als die fagen via mutaties hun gastheren willen misleiden. Lees verder
Onderzoekers maken ‘expressierecorder’ (voor bacteriën)
Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)
Als je wilt weten welke genen actief zijn in een cel dan moet je het RNA daarvan verzamelen en uitzoeken welke RNA-molecuul overeenkomt met welk gen. Daarmee doodt je de cel. Nu lijkt het er op dat die genexpressie ook gemeten kan worden met een door onderzoekers van bacteriën geleende ‘recorder’, zonder dat je daarvoor de cellen hoeft te vernietigen. Voorlopig werkt dat alleen nog maar met bacteriecellen, maar het is de bedoeling die techniek ook geschikt te maken voor zoogdiercellen. Lees verder
DNA uitlezen van een cel plus de epigenetische toestand
Methylering is een van de manieren om de genactiviteit te reguleren
Alle cellen in ons lichaam hebben dezelfde genen, maar de activiteit van de genen (genexpressie) in de diverse celtypen in ons lichaam is niet de zelfde. We praten dan over de epigenetica. Nu lijken onderzoekers een methode ontwikkeld te hebben om drie verschillende vormen van die regulering van genactiviteit tegelijkertijd te bepalen. Lees verder
T-cellen in opleiding in de zwezerik
In de zwezerik (thymus) leren T-cellen onderscheid te maken tussen eigen en niet-eigen. Op de foto een zwezerik van een mens (afb: WikiMedia Commons)
Het afweersysteem is een prachtig systeem, ik kan het niet vaak genoeg zeggen. Grofweg kun je zeggen dat we een aangeboren afweersysteem hebben en een aangeleerd. Nu blijkt dat T-cellen, de frontstrijders van het afweersysteem, eerst naar school gaan in de zwezerik om daar te leren wat eigen en niet-eigen is, zodat ze niet het eigene aanvallen. Lees verder