Categorie archieven: Micro-organismen

Twee mogelijke ontstaansmechanismen voor leven

Geplaatst op door
Beantwoorden
Genen voordat er leven was

Er zouden al genen hebben bestaan voor er leven (LUCA) ontstond (l). Rechts de universele paralogen uit deze oercel (afb: Aaron Goldman et al./Cell Genomics)

Al vele jaren wordt het gespeculeerd hoe het leven op aarde kan zijn ontstaan. Onderzoeksters in Duitsland en verder denken dat er twee mogelijke scenario’s dat ontstaan zouden kunnen verklaren. Ze hebben de oorsprong van enzymen tijdens de vroegste splitsing van het leven in bacteriën en archaea (net als bacteriën ook eencelligen) gereconstrueerd en denken het bewijs gevonden te hebben voor twee onafhankelijke oorsprongen van leven voor vrijlevende cellen. Lees verder →

Virussen hebben ‘wapens’ tegen CRISPR-verdediging bacteriën

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas9 tov Cas12a

De Cas12a-schaar schijnt betrouwbaarder te zijn dan Cas9

CRISPR is een manier van bacteriën om virussen onschadelijk te maken. Die methode wordt momenteel eel gebruikt om (andere) genomen te bewerken. Virussen schijnen een verdediging te hebben ‘gevonden’ die het de ‘genscharen’, die met dit systeem meekomen, onmogelijk maakt om bacterieel DNA te knippen. Die ‘scharen’ zoals Cas9 worden dan zelfs helemaal niet aangemaakt, waarna de virus het replicatiesysteem van de bacterie kan gebruiken om zichzelf te vermenigvuldigen (met de dood van de bacterie als zekere afloop. Lees verder →

Weer een nieuwe ‘knop’ gevonden om doder-T-cellen tegen kanker op te zetten?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Herstel cytotoxische T-cellen

Cytotoxische T-cellen kunnen ‘uitgeput’ raken (vergrijsd deel), door te draaien aan twee ‘knoppen’ voor transcriptiefactoren herkregen ze hun dodelijke eigenschappen en ‘geheugen’ terug (bovenste deel) (afb: H. Kay Chung et al./Nature)

Ik(=as) weet niet of al die berichten die beloven de ‘oplossing’ tegen kankers(s) gevonden hebben nog wel het vermelden waard zijn. In mijn idee zijn de methodes om met, gene-tisch veranderde, afweercellen (vaak T-cellen) schier eindeloos. Nu komt me weer een bericht onder ogen dat onderzoeksters de ‘knop’ hebben ontdekt om ‘uitgeputte’ doder-T-cellen (ook cytotoxische T-cellen of CD8+-cellen genoemd) weer opgewekt kankercellen te laten ombrengen. Deze bevindingen zouden een lang bestaande aanname weerleggen dat afweeruitputting een onvermijdelijk gevolg is van langdurige immuunactiviteit.Ze brengen dan ook meteen in kaart welke genetische programma’s daarvoor kunnen worden ingezet. Een atlas, het zoiets dan. Lees verder →

Bacteriën die kankercellen wegvreten? Mogelijk

Geplaatst op door
Beantwoorden
'Kankervretende' bacteriën

‘Kankervretende’ anaërobe bacteriën met enige zuurstoftolerantie (extra gen) zouden vaste tumoren van binnenuit moeten wegvreten maar elders niet actief mogen zijn (quorummeting) (afb: Marc Aucoin et al./ACS)

Er worden, zou ik(=as) bijna willen zeggen, geen dag voorbij of er wordt een nieuwe kan-kerbehandeling gepresenteerd, maar als mijn (slechte) geheu-gen me niet bedriegt heb ik deze nog niet eerder gehoord; de bacteriële route. Onderzoekers in Canada  hebben het idee dat op een dag bacteriën kunnen worden ingezet om hardnekkige, vaste tumoren weg te vreten. Lees verder →

CRISPR in de strijd geworpen tegen antibioticaresistentie

Geplaatst op door
Beantwoorden
Conjugale overdracht

Conjugale (‘parings’-)overdracht van het genmateriaal aan andere bacteriën die ervoor zorgt dat die de resistentiegenen kwijt raken (afb: Ethan Bier et al./Nature Antimicrobials and Resistance)

Alweer een stukje over antibioticare-sistentie. Dat dreigt een groot probleem te worden. Weten-schappers van UC San Diego zouden nu een nieuwe CRISPR-techno-logie hebben ont-wikkeld die niet alleen resistente bacteriën bestrijdt, maar hun resis-tentie tegen geneesmiddelen ook actief kan verwijderen. Geïnspireerd door gendruk die bij de bestrijding van insecten wordt gebruikt, verspreidt de technologie een genetische ‘oplossing’ door bacteriële populaties, zelfs in hardnekkige biolagen die microben beschermen tegen antibiotica, zo luidt het verhaal. Lees verder →

Gistenzym herstelt fouten in mitochondriën mensencellen

Geplaatst op door
Beantwoorden
ScURA en de aanmaak van nucleotiden

Het gidsenzym ScURA zorgt ervoor dat ook cellen met gestoorde mitochondrionfuncties gewoon kunnen delen (afb: José Antonio Enríquez et al./Nature Metabolism)

Nucleotidesyn-these – de aan-maak van de bouwstenen van de kernzuren DNA en RNA – is essentieel voor celgroei en -deling. In de meeste dierlijke cellen is dit proces nauw verbonden met goed fun-ctionerende mitochondriën, de organellen die verantwoordelijk zijn voor celademhaling en (daarmee de) energieproductie. Wanneer de mitochondriale ademhaling faalt, een veelvoorkomend kenmerk van mitochondriale ziekten en verschillende vormen van kanker, verliezen cellen het vermogen om normaal te delen. Nieuw onderzoek toont nu aan dat het gistgen ScURA die aanmaak weer op gang brengt. Lees verder →

Bacteriofagen bouwen om resistente bacteriën te doden

Geplaatst op door
Beantwoorden
Het 'bouwen' van een synthetisch faaggenoom

In deze methode wordt stukjes faag-DNA letter voor letter ‘opgebouwd’ waarna de DNA-stukken (hier 21) aaneen worden ‘gelast’. Rechtsonder de uieindelijke faag. (afb: Andy Sikkema et al./ACS Synthetic Biology)

Onderzoekers van New England Biolabs (NEB) en de Yale-universiteit zouden het eerste volledig kunstmatige systeem hebben ontwikkeld voor het ‘bouwen’ van bacteriofagen (letterlijk bacterievreters) voor Pseudomonas aeruginosa. Die bacterie is over de hele wereld ongevoelig geworden voor antibiotica en dat is niet goed (voor de mens, die overigens zelf heeft gezorgd voor die resistentie). Daarbij is het HC-GGA-platform van NEB gebruikt. Daarmee kunnen onderzoekers bacteriofagen ‘bouwen’ met behulp van DNA-sequenties in plaats van het assembleren van (grotere) stukken bestaand DNA-erfgoed. Lees verder →

E. coli’s verleid om synthetische eiwitten aan te maken

Geplaatst op door
Beantwoorden
Aanmaak van synthetische eiwitten door E. coli's

Het transportsysteem wordt ‘verleid’ om niet natuurlijke aminozuren in de E- coli-cel binnen te laten, waar die, na wat manipulatie, ook daadwerkelijke niet-natuurlijke eiwitten gaat aanmaken (afb: Kathrin Lang et al./Nature)

Het (ook ons) leven gebruikt maar twintig aminozuren om de werkpaarden van dat leven te bouwen: de eiwitten. Onderzoeksters van ETH Zürich hebben nu een bacterieel transportsysteem zo aangepast dat het efficiënt grote hoeveelheden onnatuurlijke aminozuren, vermomd als een Trojaans paard, in cellen kan aanmaken. Daardoor zouden eiwitten kunnen worden gemaakt met meer, andere functies dan de natuurlijke is de gedachte. Of dat echt zo is moet nog wel worden aangetoond. Lees verder →

Kleinere Cas9-variant maakt meer mogelijk bij genoombewerking

Geplaatst op door
Beantwoorden
De structuur van nsCas9d

De structuur van het kleinere NsCas9d-eiwit (afb: Yanli Wang et al./Nature Communications)

De CRISPR/Cas9-methode is in relatief weinig jaren een populaire methode geworden om genomen te bewerken. Helaas is het veelgebruikte Cas9-eiwit dat daarvoor gebruikt wordt nogal omvangrijk en dat beperkt de mogelijkheden aangezien het CRISPR-gereedschap moet passen in een virus. Nu hebben onderzoeksters rond Yanli Wang (koppeling geeft bij mij=as veiligheidswaarschuwing) van het biofysisch instituut van de Chinese academie van wetenschappen een bacterie (een Nitrospirae-stam) gevonden die een veel kleiner Cas9-eiwit gebruikt bestaand uit ‘slechts’ 762 aminozuren. Daarmee worden genoombewerkingen mogelijk die met het grote Cas9-molecuul van Streptococcus pyogenes niet mogelijk zouden zijn. Lees verder →

Weer methode geleend van bacteriën om DNA te bewerken

Geplaatst op door
Beantwoorden
Afweermechanisme bacteriën tegen fagen

DarT2 zorgt dat het genmateriaal van fagen niet wordt gekopieerd. Als de dreiging voorbij is heft DarG dat weer op. NAM staat voor niacinamide (afb: Chase Beisel et al./Nature Bioltechnology)

Onderzoekers van het Helmholtz Instituut voor RNA-gebaseerd Infectieonderzoek (HIRI) en collega’s hebben een methode ontwikkeld voor het verfijnen van bewerken van genetisch materiaal. Dit omvat het gericht toevoegen van chemische ‘vlaggen’ aan het genoom, wat nieuwe mogelijkheden biedt voor genoombewerking in de geneeskunde, landbouw en biotechnologie. Lees verder →