Naast bacteriën en virussen bevatten je ingewanden ook obelisken (schijnt)

Obelisk obline-1

De obelisk obline-1 volgens Ivan Zheludev et. al (afb: Ivan Zheludev et.al)

In ons binnenste en, naar mag worden aangenomen, van de meeste levende wezens, leven naast allerlei micro-organismen en virussen ook obelisken, stukjes RNA, zo lijken onderzoekers te hebben uitgevist (het artikel is nog niet beoordeeld). Die obelisken zijn nog kleiner dan virussen en ze zouden niet tot het leven gerekend mogen worden, maar ze coderen voor verbindingen (bevatten sequenties) die de wetenschappers nog niet kenden. Uiterst vreemd. Lees verder

Ki-algoritme vindt perspectiefrijke nog onontdekte CRISPR-systemen

Cas13

Er zijn verschillende Cas-eiwitten (‘genmessen’). Hier het Cas13-eiwit aan het werk geleid door gids-RNA (rood) (afb: zlab)

Met behulp van het ki-algoritme FLSHclust en diverse databanken met DNA-sequenties hebben onderzoekers bijna 200 nog onontdekte, zeldzame CRISPR-systemen gevonden bij micro-organismen, die mogelijk perspectiefrijk zijn in het bewerken van DNA of ook RNA.
Lees verder

CRISPR-methode gebruikt om kippen resistenter te maken tegen vogelgriep

Kippen buitenVogelgriep heerst weer eens en dat kost veel vogellevens. Onderzoekers hebben geprobeerd met behulp van de CRISPR-methode kippen resistent voor vogelgriep te maken, maar dat lijkt niet helemaal gelukt te zijn.  Die methode heeft zo haar beperkingen, blijkt maar weer eens, al lijkt het vooral de razendsnelle genetische veranderingen die virussen ondergaan die hun bestrijding moeilijk maakt. Lees verder

Uit hoeveel cellen bestaat een mens?

Cellen in lichaam mens

Bloedcellen (rood) zijn het talrijkst in ons lichaam (l), de skeletspiercellen (blauw) zijn bij een man van 70 kg goed voor 23,5 kg (r). Dan zijn er nog eens 38 biljoen micro-organismen in (en om?) deze man van 70 kg (afb: Max Planckinstituut/Ian Hatton et. al)

Ik weet niet waar het goed voor is (en eigenlijk een igNobelprijs waard), maar onderzoekers hebben eens uitgezocht uit hoeveel cellen en celsoorten een mens bestaat. Veel, blijkt.  Een man van 70 kg (bestaan die nog?) heeft 36 biljoen (36 000 000 000 000) cellen. Een vrouw van 60 kg heeft er zo’n 28 biljoen en een kind van tien jaar 17 biljoen. Bloedcellen zijn het talrijkst, skeletspiercellen en vetcellen wegen het zwaarst. Nog een leuk weetje: hoe groter een cel(type) hoe minder er van zijn. Dan hebben we nog niet eens de cellen van micro-organismen in en aan ons lijf meegerekend (zie plaatje). Lees verder

Eiwitten in cellen gespoten met bacteriële ‘spuit’

Bacteriële spuit

De bacteriële spuit, door de onderzoekers PVc gedoopt. Aan de rechter kant met de naald(‘spike’) zitten ook de staartvezels (’tail fibres’) De lading (eiwitten e.d.) komen links terecht (afb: F. Zhang et. al)

Vaak worden er lam gemaakte virussen gebruikt om allerlei ‘spullen’ in cellen af te leveren, zoals CRISPR-gereedschap, maar ditmaal leenden de onderzoekers een methode van bacteriën om eiwitten in (menselijke) cellen te spuiten. Daartoe hebben sommige bacteriën en groot molecuul dat fungeert als een soort injectienaald en onmiddellijk hebben onderzoekers het dan weer over een ‘doorbraak’ (van het celmembraan misschien). De ‘spuit’ zou, met enige veranderingen, ook kunnen fungeren om het werk van die lamme virussen over te nemen, denken de onderzoekers.
Lees verder

RNA-vaccin bij proefdieren effectief tegen pestbacterie

Pestbacterie

Pestbacterie (paars) (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers van de universiteit van Tel Aviv zouden voor het eerst een werkend RNA-vaccin hebben ontwikkeld tegen een bacterie. De bacterie in kwestie veroorzaakt de pest (Yersinia pestis). Die schijnt in toenemende mate ongevoelig te zijn voor antibiotica.
Lees verder

‘Nieuwe’ genschaar zou iets kunnen betekenen voor virusdiagnoses

Cas12a2

Zo stellen Dmytrenko c.s. zich voor dat Cas12a2 (de ‘hamburgers’) functioneert (afb: Dmytrenko et. al.)

Cas9 is voor bezoekers van dit blog inmiddels een bekende. Dit van bacteriën geleende eiwit fungeert als genschaar. Daarmee kan, met nog wat andere ingrediënten, het genoom worden bewerkt. Deze genschaar is inmiddels vrij populair, maar andere bacteriestammen gebruiken andere Cas-eiwitten. Onderzoekers hebben ontdekt dat de genschaar Cas12a2 door virussen besmette cellen uit de roulatie haalt. Die eigenschap zou iets kunnen betekenen voor het stellen van diagnoses en wellicht meer dan dat. Lees verder

Is het ‘overgangsorganisme’ gevonden naar de eukaryote wereld?

Lokiarchaeum ossiferumarcheon

Het gekweekte Lokiarchaeum ossiferumarcheon (afb: Thiago Rodrigues-Oliveira/Univ. van Wenen)

Een vreemd micro-organisme met tentakels zou wel eens de zogeheten Asgardmicrobe kunnen zijn, een organisme dat de overgang van de eenvoudige cellen naar complexe eukaryote cellen mogelijk zou hebben gemaakt. Overigens was er al eerder zo’n organisme gevonden, maar er bleven twijfels over de genen die aan dat Asgardorganismen werden toegeschreven.
Lees verder

Ook virussen gebruikten de CRSIPR-methode

CRISPR-complex

De structuur van Integrate-CRISPR, waarbij het donkerblauwe deel het cascade-enzym is (Cas), het roze het gids-RNA en het lichtblauwe het enzym transposase waarmee stukjes DNA in het genoom kunnen worden ‘gelast’ (afb: Sternberg & Fernández Labs, Columbiauniversiteit)

Wij mensen hebben CRISPR-methode van bacteriën. Die gebruiken CRISPR om zich tegen bacetrievirussen (bactriofagen) te beschermen. Nu schijnen die bacteriofagen juist die CRISPR-methode te hebben gejat als onderdeel van de wapenwedloop tussen beide organismen. Mogelijk dat dat tot nieuwe toepassingen van de ‘genschaar’ leidt, speculeert Mazhar Adli van de Noordwestuniversiteit, die niet bij het onderzoek betrokken was. Lees verder

CRISPR-methode gebruikt om genoom bacteriën te veranderen

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Onderzoekers van de staatsuniversiteit van Noord-Carolina hebben het van bacteriën geleende afweermiddel CRISPR gebruikt om een genetisch veranderd virus de genen in een bacterie te laten veranderen. De CRISPR-wereld op zijn kop. Lees verder