Is het ‘overgangsorganisme’ gevonden naar de eukaryote wereld?

Lokiarchaeum ossiferumarcheon

Het gekweekte Lokiarchaeum ossiferumarcheon (afb: Thiago Rodrigues-Oliveira/Univ. van Wenen)

Een vreemd micro-organisme met tentakels zou wel eens de zogeheten Asgardmicrobe kunnen zijn, een organisme dat de overgang van de eenvoudige cellen naar complexe eukaryote cellen mogelijk zou hebben gemaakt. Overigens was er al eerder zo’n organisme gevonden, maar er bleven twijfels over de genen die aan dat Asgardorganismen werden toegeschreven.
Lees verder

Ook virussen gebruikten de CRSIPR-methode

CRISPR-complex

De structuur van Integrate-CRISPR, waarbij het donkerblauwe deel het cascade-enzym is (Cas), het roze het gids-RNA en het lichtblauwe het enzym transposase waarmee stukjes DNA in het genoom kunnen worden ‘gelast’ (afb: Sternberg & Fernández Labs, Columbiauniversiteit)

Wij mensen hebben CRISPR-methode van bacteriën. Die gebruiken CRISPR om zich tegen bacetrievirussen (bactriofagen) te beschermen. Nu schijnen die bacteriofagen juist die CRISPR-methode te hebben gejat als onderdeel van de wapenwedloop tussen beide organismen. Mogelijk dat dat tot nieuwe toepassingen van de ‘genschaar’ leidt, speculeert Mazhar Adli van de Noordwestuniversiteit, die niet bij het onderzoek betrokken was. Lees verder

CRISPR-methode gebruikt om genoom bacteriën te veranderen

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Onderzoekers van de staatsuniversiteit van Noord-Carolina hebben het van bacteriën geleende afweermiddel CRISPR gebruikt om een genetisch veranderd virus de genen in een bacterie te laten veranderen. De CRISPR-wereld op zijn kop. Lees verder

‘Borgen’ in DNA geven methaanetende bacteriën ‘superkracht’

Jill Banfield en Ken

Jill Banfield en Ken vissen hun eigen onderzoeksmateriaal op in Californië e.o.(afb: Roy Kaltschmidt/Berkeley Lab)

‘Borgen’ zijn in wetenschapsfictie meedogenloze wezens. In de genetica zijn het, sinds kort, delen van bacterieel DNA die, onder meer (?), methaan verorberen. Die Borgen schijnen bij Methanopereden de stofwisseling te versnellen. Leuk weetje voor genetici, natuurlijk, maar er zijn ook onderzoekers die dan meteen denken dat die ‘beestjes’ onze (zelf gecreëerde) problemen kunnen helpen oplossen met het broeikasgas methaan. Lees verder

Naast CRISPR/Cas hebben bacteriën nog ‘slimme’ Av’s als afweer

Bacteriofagen

Bacteriofagen vallen bacteriecel aan

Vergeleken bij eukaryote cellen als de onze zijn bacteriecellen erg simpel, maar dat betekent niet dat die eencelligen geen slimme methoden hebben om, bijvoorbeeld, ‘bacterie-etende’ virussen (bacteriofagen) van het ‘lijf’ te houden. CRISPR/Cas9 is zo’n vorm van bacteriële afweer maar nu ontdekten onderzoekers rond Feng Zhang van het MIT ook bepaalde eiwitten, Av’s (voor antiviraal),  die het die fagen erg lastig maken, waarbij die er niet mee zitten  als die fagen via mutaties hun gastheren willen misleiden. Lees verder

Onderzoekers maken ‘expressierecorder’ (voor bacteriën)

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Als je wilt weten welke genen actief zijn in een cel dan moet je het RNA daarvan verzamelen en uitzoeken welke RNA-molecuul overeenkomt met welk gen. Daarmee doodt je de cel. Nu lijkt het er op dat die genexpressie ook gemeten kan worden met een door onderzoekers van bacteriën geleende ‘recorder’, zonder dat je daarvoor de cellen hoeft te vernietigen. Voorlopig werkt dat alleen nog maar met bacteriecellen, maar het is de bedoeling die techniek ook geschikt te maken voor zoogdiercellen. Lees verder

DNA uitlezen van een cel plus de epigenetische toestand

activiteitregulering van genen

Methylering is een van de manieren om de genactiviteit te reguleren

Alle cellen in ons lichaam hebben dezelfde genen, maar de activiteit van de genen (genexpressie) in de diverse celtypen in ons lichaam is niet de zelfde. We praten dan over de epigenetica. Nu lijken onderzoekers een methode ontwikkeld te hebben om drie verschillende vormen van die regulering van genactiviteit tegelijkertijd te bepalen. Lees verder

T-cellen in opleiding in de zwezerik

Zwezerik

In de zwezerik (thymus) leren T-cellen onderscheid te maken tussen eigen en niet-eigen. Op de foto een zwezerik van een mens (afb: WikiMedia Commons)

Het afweersysteem is een prachtig systeem, ik kan het niet vaak genoeg zeggen. Grofweg kun je zeggen dat we een aangeboren afweersysteem hebben en een aangeleerd. Nu blijkt dat T-cellen, de frontstrijders van het afweersysteem, eerst naar school gaan in de zwezerik om daar te leren wat eigen en niet-eigen is, zodat ze niet het eigene aanvallen. Lees verder

Is het afweersysteem te verjongen

Het blijkt dat door de toegenomen aanmaak van bepaalde vertakte koolhydraten het afweersysteem van mensen steeds minder effectief wordt. Wellicht is op basis daarvan een manier te vinden om het afweersysteem weer zijn oude ‘vechtlust’ te geven bij oudere mensen. Lees verder

CRISPRen van meer cellen tegelijk wordt wellicht mogelijk

CRISPR en de lussen van DNA

De CRISPR/Cas9-schaar

De CRISPR-methode om het genoom van cellen te veranderen wordt in labs veel gebruikt en ook gezien als middel bij uitstek om fouten op dat genoom te repareren, maar dat gaat per celtype (leert me dit persbericht; as). Het lijkt er op dat onderzoekers nu een methode ontwikkeld hebben om tegelijkertijd het genoom te bewerken van verschillende organismen in bijvoorbeeld de darmflora of in planten. Eerst wordt gekeken welke organisme genetisch ‘bewerkbaar’ zijn. In een tweede stap worden genen, voorzien van een ‘streepcode’ ingevoegd in het genoom van de verschillende organismen. Die streepcode is bedoeld om te zien waar die invoeging is gelukt. Lees verder