Ki-systeem ontwerp DNA om de genactiviteit te sturen

DNA-sequentie biergist (

Een DNA-sequentie van biergist waarmee het ki-systeem werd getraind (af: Chalmersuniversiteit)

De meeste nieuwe medicijnen zijn eiwitten+, maar het is nogal lastig (en dus duur) die te maken. Nu hebben onderzoekers van de Zweedse Chalmersuniversiteit een stuk DNA in elkaar gezet waarmee die productie een stuk makkelijker en sneller wordt (zou kunnen worden). Lees verder

Genvariant die gevoelig maakt voor Alzheimer verstoort ook aanmaak myeline

Cyclodextrines

Cyclodextrine is een verzamelnaam. Dit zijn de drie meest voorkomende cyclodextrines. Overigens blijkt cyclodextrine niet het aangewezen medicijn te zijn.(afb: WikiMedia Commons)

Wat de oorzaken voor de ziekte van Alzheimer zijn is nog steeds niet bekend, maar een van de APOE-varianten, APOE4, schijnt dragers een grotere kans op Alzheimer te geven dan dragers van de andere drie varianten. Nu lijkt het er op dat die ‘Alzheimer-variant’ ook grote invloed heeft op de aanmaak van myeline, een stof die ‘uitlopers’ (axonen) van zenuwcellen isoleert en ook zorgt voor een snelle overdracht van signalen tussen die cellen. Lees verder

Hoe vinden cellen de juiste medecellen?

Rijpende eicel

Een rijpende eicel (afb: Weichselberger et.al)

Het begint allemaal met een bevruchte eicel die zich deelt in dezelfde type cellen enzovoort  totdat er verschillen optreden. Dat is het intrigerende begin van wat we vrucht of embryo noemen. Uiteindelijk groeit uit dat klontje identieke cellen een organisme met honderden verschillende celtypen. Dat is op zich al opzienbarend, maar hoe vinden de juiste celtypen elkaar en ontwikkelen die zich tot organen en andere weefsels? Onderzoeksters bekeken die ontwikkeling aan de hand van rijpende eicellen bij fruitvliegjes (een belangrijk proefdiertje of Drosophila melanogaster in het Latijn). Het schijnt iets met de onderlinge aantrekkingskracht tussen cellen te maken te hebben , concludeerden ze, waarbij het eiwit EYA een doorslaggevende rol lijkt te spelen. Lees verder

Via truc laat cel eiwitten met genintstructies binnen

RNA-splitsing

RNA-splitsing. De term splitsing (Engels splicing) is afkomstig van het splitsen van touw (om er een stuk aan te breien) (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers hebben een truc bedacht om cellen zover te krijgen dat ze eiwitten met ‘geninstructies’ binnen laten via een normaal, natuurlijk proces. Daardoor maken die cellen eiwitten aan die de cel zelf niet aanmaakt door een genetische afwijking. Daarmee zou een nieuwe methode ontwikkeld zijn om genetische ziektes te lijf te gaan met gentherapieën. De onderzoekers denken dan aan ziektes als Alzheimer, sommige vormen van kanker en blindheid. Lees verder

Synthetische genen herprogrammeren plantenwortels

logische gencircuits

Waar Booleaanse logica de biologie ontmoet (afb: Jennifer Brophy, Stanforduniversiteit)

Het zat er al een tijdje aan te komen. We hadden al verhalen over DNA om informatie op te slaan en over DNA-computers en logische circuits van genen, maar nu hebben onderzoekers Booleaanse logica gebruikt om met synthetische (=niet-natuurlijke) genen specifieke patronen van genexpressie (-activiteit) te bereiken. Ze gebruikten die gencircuits om de bouw van de plantenwortels aan te passen (ter meerdere eer en glorie van de economie (=opbrengst), natuurlijk). Lees verder

Synthetische cellen iets bijdehanter gemaakt

DNA-kanalen

Onderzoekers gebruikten kanalen van DNA om stoffen door te laten (afb: Johns Hopkinsuniversiteit)

Al sinds mensenheugnis dromen de kale apen van het scheppen van leven. Tot nog toe heeft die droom geen tastbaar resultaat opgeleverd. Sinds een jaar of twintig met het steeds verder ‘binnendringen’ van de biologische cel heeft die droom meer ‘kleur’ gekregen. We kunnen nu al hele simpele celletjes maken die wat taakjes kunnen verrichten. Nu lijkt het er op dat onderzoekers er voor het eerst (???; as) in geslaagd zijn materiaal en informatie door de celwand te (laten) transporteren. Weer een petieterig stapje op weg naar een synthetische cel die kan meten met de biologische. Lees verder

Weer een methode om expressie cel te bepalen zonder die te doden

Live-seq

De genexpressie van twaalf genen van een cel. Plaatje uit Nature waar ik weinig chocola van kan maken (verschoning; as) (afb: Nature)

Het zal wel komen doordat er een probleem wordt gezien, waar dan verschillende oplossingen voor worden gevonden. Als je wilt weten of welke genen actief zijn in een cel dan hoef je ‘alleen maar’ de boodschapper-RNA’s in een cel uit te lezen. Het vervelende is dat dat ook meteen het einde van die cel is. Een paar dagen geleden werd daarvoor een vernuftige oplossing voor bedacht en nu wordt er weer een gepresenteerd waarbij een speciale atoomkrachtmicroscoop bij wordt gebruikt. Lees verder

Onderzoekers maken ‘expressierecorder’ (voor bacteriën)

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Als je wilt weten welke genen actief zijn in een cel dan moet je het RNA daarvan verzamelen en uitzoeken welke RNA-molecuul overeenkomt met welk gen. Daarmee doodt je de cel. Nu lijkt het er op dat die genexpressie ook gemeten kan worden met een door onderzoekers van bacteriën geleende ‘recorder’, zonder dat je daarvoor de cellen hoeft te vernietigen. Voorlopig werkt dat alleen nog maar met bacteriecellen, maar het is de bedoeling die techniek ook geschikt te maken voor zoogdiercellen. Lees verder

CRISPR-behandeling kan het genoom beschadigen

T-cellen vallen kankercel aan

Twee T-cellen vallen een kankercel aan (foto: Science)

Toen CRISPR ontdekt werd bij bacteriën, die bij die organismen dient als afweer, werden al snel weidse vergezichten geschetst van een (mensen)wereld vrij van genetische afwijkingen. Dat de CRISPR-methode geen probleemloos terrein is, werd al snel bekend. De methode ‘repareert’ het genoom ook nogal eens op de verkeerde, onbedoelde plaatsen. Nu stellen onderzoekers in Israël dat de stabiliteit van chromosomen wel eens zou kunnen worden aangetast door een CRISPR-ingreep. Lees verder

Gedeactiveerd Cas9 gebruikt voor draaien aan knoppen genexpressie

Isaac Hilton en Kaiyuan Wang

Isaac Hilton en Kaiyuan Wang (afb: Rice-universiteit)

Onderzoekers hebben gedeactiveerd Cas9, bekend als genschaar in de CRISPR-methode om het genoom te bewerken, gebruikt om de genexpressie in een cel te veranderen. Met behulp van deze techniek zouden meer raadsels van de werking van cellen kunnen worden opgelost (denken ze). Lees verder