Genactiviteit te regelen met nieuwe CRISPR-methode

genactiviteitsturing

Door een methylgroep aan een C (naast een G) te koppelen wordt een gen inactief. Met CRISPRon wordt de boel weer ingeschakeld (afb: Cell)

De CRISPR-methode is inmiddels een breed geprezen (maar nog lang niet volmaakt) middel om DNA te bewerken. Nu lijkt het er op dat onderzoekers die methode zo hebben veranderd dat daarmee ook de expressie van genen (de genactiviteit) is te veranderen. Dat biedt nieuwe mogelijkheden die buiten het louter genetische liggen. Lees verder

DNA gaat in hersencellen vaak op bepaalde plaatsen stuk

DNA-breuken

Hersencellen (paars) waar DNA-schade wordt gerepareerd (geel). DNA zelf is lichtblauw (cyaan), maar met geel wordt dat groen. Overigens lijkt het in dit plaatsje alsof de kern net zo groot is als de cel. (afb: Nussenzweig et. al.)

Het lijkt er op dat DNA in hersencellen vaak op bepaalde plaatsen beschadigd raken. Die schade zou verband houden met de sturing van de genactiviteit. De ophoping van die DNA-breuken zou uniek voor hersencellen zijn. Deze ontdekking zou de huidige kennis over oorzaken van DNA-schade en de mogelijke gevolgen daarvan voor hersenziektes in een nieuw daglicht zetten. Lees verder

Genschakelaars dubbel gezekerd

Neuronen ontwikkeld uit pluripotente stamcellen

Uit stamcellen ontwikkelde hersencellen

Het traject van stamcel naar rijpe cel schijnt goed ‘afgepaald’ te zijn, zo ontdekten onderzoekers van de Ludwig-Maximilian-universiteit in München. De voor die differentiëring belangrijke genschakelaars blijken dubbel gezekerd te zijn tegen onbedoelde activiteit. Lees verder

Het lijkt er op dat cellen een ‘geheugen’ hebben

Celgeheugen

Het celgeheugen zou ook weer gebruikt kunnen worden om de weg terug af te leggen (?) (afb: Molecular Cell)

Het lijkt er op op dat cellen hun eigen geschiedenis kennen. In hun DNA zou staan geschreven van welke embryocellen ze afstammen (waar beginnen we dan te ’tellen’?; as). Cellen zouden zelfs in staat zijn de omgekeerde weg af te leggen door genen in te schakelen die actief waren in de foetale fase. Geloof het of niet. Lees verder

Cellen makkelijker omprogrammeren met vitamines

C-methylering van DNA

Methylering van de C dempt de activiteit van genen

Vitamine A en C schijnen niet alleen goed te zijn voor je gezondheid, maar ook voor het verbeteren van de ‘ompro-grammering’ van rijpe cellen in pluripotente stamcellen. De vitamines zouden helpen hetepigenetische ‘geheugen’ te wissen, waardoor de cellen makkelijker zouden zijn om te programmeren tot pluripotente stamcellen. Lees verder

Stamcellen door tijdelijke blokkering gen in epiblastcellen

Muizenstamcellen verkregen mbv MM-401

Boven de epiblastcellen, onder de gevormde stamcellen na behandeling met MM-401 (afb: univ. van Michigan)

Met een stof, voorlopig MM-401 gedoopt, die het ‘genetische geheugen’ van een cel wist zouden enigszins gerijpte cellen eenvoudigweg kunnen worden omgetoverd in de zo fel begeerde embryonale stamcellen, zo lijken onderzoekers van de universiteit van Michigan gevonden te hebben. Bij muizen, dan. Nu maar afwachten of we niet weer te maken hebben met in sprookje, zoals in het begin van 2104, toen Haruko Obokata alleen een zuur badje nodig had om stamcellen te maken. Ik vraag me overigens af of deze methode echt een alternatief is/kan/worden voor de genetische methode van Takahashi en Yamanaka die uitgaat van volledige gerijpte cellen. Lees verder

Het epigenoom (deels) in kaart gebracht

Stukje DNAZo’n 15 jaar geleden werd het hele menselijke genoom ruwweg in kaart gebracht. Nu hebben we het, dachten we. Nu hoeven we alleen nog maar te weten welke genen met welke ziektes verbonden zijn en we roeien erfelijke aandoeningen radicaal uit. Ach, welk simplisme. Dat hele ‘levensscript’ dat in ons DNA zou zijn vastgelegd zit iets ingewikkelder in elkaar. Er bestaat nog zoiets als een epigenoom, een laag ‘boven’ het moleculaire domein van het erfmolecuul, waarin vastgelegd is welke genen wel en welke niet actief zijn. Dat epigenoom is minstens zo belangrijk als het genoom en onderzoekers hebben zich verbonden in een epigenoom-consortium om die ’tweede laag’ in kaart te brengen. De eerste ruwe opzet is nu klaar en heeft geleid tot een twintigtal artikelen in Nature. Lees verder

Epigenetische deactivering in kaart gebracht

PCH

Het pericentrische heterochromatine op het DNA-molecuul.  (afb.: Molecular Systems Biology)

Duitse onderzoeksgroepen hebben op basis van computerberekeningen een wiskundig gemaakt van een epigenetisch netwerk. Epigenetica zou je kunnen zien als een ‘laag’ op het genoom dat er voor zorgt dat bepaalde genen gedeactiveerd worden. Inzicht in epigenetica zou aangrijpingspunten opleveren voor het bestrijden van ziektes en/of helpen om gerichter te zoeken naar geneesmiddelen.
Lees verder

Epigenetische eigenschappen overerfelijk bij zandraket

Zandraket

Zandraket (Arabidopsis thaliana)

We hebben het al vaker over epigenetica gehad, het patroon van aan- en uitgeschakelde genen. Het patroon is vastgelegd in wat ook de histoncode wordt genoemd, een code ‘boven’ de code die is vastgelegd in het DNA. Groninger onderzoekers toonden onlangs aan dat die epigenetische eigenschappen bij een plantkje, de zandraket, worden overgeërfd. Onderzoekers van de universiteit van Indiana (VS) rond Craig Pikaard denken nu te weten hoe die epigenetische code bij dat plantje wordt doorgegeven naar het volgende geslacht. Lees verder

Beweging werkt op onze genen

Ooit dacht men, en dat is nog niet eens zo lang geleden, dat als men maar eenmaal de basenvolgorde in het DNA kende, men een blauwdruk van het leven van het bijbehorende individu zou hebben. We moesten dan nog wel even uitzoeken wat die genen precies uitvoeren, maar dan hadden we ook het Boek des Levens.
vetsport
Niet dus. Wat we doen, eten en meemaken heeft invloed op de ‘activiteit’ van genen. Door dergelijke invloeden kunnen genen aan- of uitgezet worden. We noemen dat epigenetica.
Zo heeft fysieke activiteit effect op het epigenoom. Een onderzoek van
Charlotte Ling van de universiteit van Lund in Zweden heeft aangetoond dat beweging invloed heeft op de genen van vetcellen. Normaal zou het zijn als gekeken werd naar de invloed van sport op de genen van skeletspieren, maar Ling keek naar de cellen waar de energie wordt opgeslagen, de vetcellen, dus. Haar onderzoek laat zien dat sport effect heeft op genen die betrokken zijn bij zwaarlijvigheid en ouderdomssuiker (type 2).
23 mannen van ongeveer 35 dienden als proefkonijn. Ze waren gezond maar iets te ‘gewichtig’, want niet erg sportief. Ze stemden er in toe een half jaar drie keer per week aerobics te praktiseren. Dat lukte niet helemaal. Ze kwamen slechts tot een weekgemiddelde van 1,8. De onderzoekers volgden de effecten door het onderhuidse vet te meten. Om er zeker van te zijn dat sport de enige verandering in hun leven was, werd de proefpersonen gevraagd verder normaal met hun leven en gewoontes door te gaan.
Door het analyseren van 480 000 posities op het DNA, (overeenkomend met 7000 genen), konden ze constateren waar de veranderingen waren opgetreden (gekeken werd naar de methylering van het DNA, waardoor genen inactief worden) door het sporten. Op die manier kon een methyloom van het vetweefsel gemaakt worden, een soort ‘kaart’ van het gemethyleerde DNA. De onderzoekers hadden vooral belangstelling voor de genen die betrokken zijn bij zwaarlijvigheid en ouderdomssuiker.
Sport bleek invloed op die genen te hebben, zoals gezegd. Hoewel de onderzoekers het nog te vroeg vinden definitieve conclusies te trekken voor het hele lijf, lijkt het er volgens hen toch wel degelijk op dat lichamelijke activiteit minder kans geeft op ouderdomssuiker en zwaarlijvigheid. Dat laatste zal niet verbazen. De eerste ook niet, trouwens. Wel dat sport geen aan- en uitzet.