Een magneetfaag (met pootjes) bij een E. coli (afb: Cornelluniversiteit)
Je rommelt wat met hun DNA en stopt er wat nanodeeltjes is. Zo kun je bacteriofagen omvormen tot bacteriezoekers (-en opruimers), die, bijvoorbeeld, daar in (menselijk) voedsel naar op zoek gaan om te kijken of dat veilig is. Lees verder
Een bacteriofaag
Onderzoekers hebben met behulp van bacteriofagen (bacterievreters) en bacteriën een ‘evolutiemachine’ gemaakt in de hoop dat daar interessante biomoleculen uit rollen. Antibiotica, bijvoorbeeld! Lees verder
Staphylococcus aureus (afb: WikiMedia Commons)
Eigenlijk is het lood om oud ijzer: bacteriofagen of antibiotica. Beide ‘verslinden’ bacteriën, met dat verschil dat bacteriofagen wat kieskeuriger zijn. Ze werken alleen bij een bepaalde bacterie terwijl zogeheten breedspectrum-antibiotica grote delen van het bacteriële leven verdelgen. Groot nadeel van antibiotica is dat bacteriën er immuun voor kunnen worden. Dan kan veel moeilijker met fagen. Dat zijn virussen. Nu steeds meer antibiotica onwerkzaam zijn bij steeds meer bacterisoorten zijn de fagen misschien een alternatief. Twee patiënten in Frankrijk met chronische gewrichtsontstekingen zijn daar dankzij de fagen vanaf. Lees verder
Bacteriofagen (virussen) bestrijden de CRISPR-defensie van bacteriën door de Cas9-‘schaar’ te blokkeren met een eiwit (Acr) (afb: Cell)
Ik heb altijd begrepen dat de genoombewerkingsmethode CRISPR/Cas9 heel precies genen uit het DNA-molecuul kan wegsnijden. Kennelijk gaat dit ‘onfeilbare’ van bacteriën geleende systeem toch nog wel eens in de fout. Onderzoekers van de medische afdeling van MIT in Cambridge (VS) en van de universiteit van Toronto (Can) hebben nu drie eiwitfamilies ontdekt die het knip- en plakwerk van de CRISPR/Cas9 kunnen uitzetten. Daarmee zou de bewerkingstechniek nog ‘feillozer’ worden (als de vergrotende trap van feilloos zou hebben bestaan).
Lees verder
Virusdeeltjes volgestopt met hydrogenase maken uit waterstofionen en elektronen waterstofgas (afb: Ella Marushchenko)
Afsluiting of omhulling is een van de geheimen van het leven. Die verslaat de tweede wet van de thermodynamica (ruwweg: alles tendeert naar chaos) en zorgt dat de juiste moleculen elkaar goed kunnen vinden. Dat was het idee toen onderzoekers bij de bacteriofaag P22 aanklopten om virusdeeltjes aan te maken waarin het enzym hydrogenase werd verpakt. Daarvoor moest het DNA van de bacterievreter (dat is een bacteriofaag) wel wat aangepast worden. Hydrogenase is een enzym dat uit waterstofionen en elektronen de schone brandstof waterstof maakt. Er moet nog wel wat gesleuteld worden aan het geheel, want het systeem zou nog te weinig waterstof produceren om economisch interessant te zijn. Lees verder
Sommige dingen in heel ingewikkelde systemen zijn of lijken erg eenvoudig. Het systeem dat leven heet is knap ingewikkeld en ook het eindeloze DNA-molecuul in elke menselijke cel kent vele geheimen en donkere krochten, maar het leek toch duidelijk hoe dat molecuul codeert. Elke drietal opeenvolgende ‘letters’ van het vier letters tellende DNA-alfabet (A, C, G, T) staat voor een aminozuur. Die code wordt via boodschapper-RNA overgebracht op de eiwitfabriek, het ribosoom, waar het eiwit wordt geassembleerd. Zogeheten start- en stopcodons vertellen het ribosoom waar te beginnen en waar op te houden. Dat beeld blijkt niet helemaal te kloppen. Soms blijken start- of stopcodons (een codon is een trits nucleotiden achter elkaar) genegeerd te worden, ontdekte Natalia Ivanova van het het genoominstituut van het Amerikaanse ministerie van defensie van Walnut Creek (Cal) bij bacteriën. Er staat niet wat er staat. Lees verder