Voor lezers van dit blog mag bekend worden verondersteld dat ze weten dat het overgrote deel van het genoom bestaat uit niet-coderend DNA (nc-DNA). Het coderende deel, de genen, maken maar 2% uit van ons erfgoed. Het overgrote deel van de mutaties die worden geassocieerd met kanker komen uit dit niet-coderende deel. Het lijkt er op dat lang niet al die mutaties van belang zijn. Onderzoekers hebben nu een 200-tal nc-mutaties aangemerkt die er daadwerkelijk toe zouden doen.
“Van die mutaties in nc-DNA die geassocieerd worden met kanker zijn er zo ontzettend veel, maar het is onduidelijk hoe ze de tumorgroei beïnvloeden en hoe relevant ze zijn, of ze niet meer zijn dan ruis”, zegt onderzoeker Trey Ideker van de universiteit van Californië in San Diego. “We hebben 200 mutaties gevonden in niet-coderend DNA die van belang zijn voor kanker en dat zijn er ongeveer 199 meer dan we kenden.”
‘Kankergenen’
Als artsen en wetenschappers het over ‘kankergenen’ hebben dan hebben ze het gewoonlijk over de paar honderd genen die in gemuteerde vorm bijdragen aan de ontwikkeling en groei van een kankergezwel. Zo’n mutatie kan er, bijvoorbeeld, voor zorgen dat het bijhorende eiwit juist wel of niet geproduceerd wordt of in een gewijzigde vorm, die niet doet wat het originele eiwit deed.
Bij dit soort mutaties kan het (gemuteerd) gen worden aangepakt om de tumorgroei te stoppen dan hebben we het het over gepersonifieerde of precisiegeneeskunde
Ideker en de zijn vroegen zich af hoe de mutaties in het nc-DNA passen in het kankerverhaal. Bijna geen patiënt met kanker heeft precies dezelfde mutaties. Wat doen die eigenlijk? Vormen die ruis of hebben die mutaties werkelijk invloed op de ontwikkeling van kanker? Hoe verschilt dat tussen twee patiënten?
Onderzoekers probeerden tot nu toe antwoorden op die vragen te vinden in de kankergenoomatlas, een ‘atlas’ van zo’n 15 000 ‘kankersequenties’ van veel verschillende kankers, maar vonden dat slechts een (schrijve 1) mutatie in nc-DNA een rol zou spelen (TERT).
De onderzoekers grepen ook terug op de ‘kankeratlas’ (TCGA), maar vergeleken ook de sequenties van 930 kankerpatiënten: die van zowel de kankercellen al van de gezonde cellen. Ideker: “We keken ook naar de veranderingen in de genexpressie.”
Bijna 200 mutaties in nc-DNA bleken de genexpressie te veranderen. Ze probeerden er drie van in het lab uit. Ze repliceerden de nc-mutaties in cellen en keken wat die met de genexpressie doen. “Een daarvan had effect op de expressie (=activiteit; as) van het DAAM1-gen”, zegt medeonderzoeker Wei Zhang. “Activering van DAAM1 maakt kankercellen agressiever en beter in staat omringende weefsels te penetreren.”
De onderzoekers gaan nu op zoek naar patronen van mutaties in zowel genen als nc-DNA die leiden tot bepaalde typen borstkanker, bijvoorbeeld, om zo kanker en behandeling beter op elkaar te kunnen afstemmen. Daarbij zijn de 200 nu ook behandelingsdoelwitten.
Bron: EurekAlert