Categorie archieven: plus (geen synbio)

Een genoom gemaakt door een DNA-generator (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-generator

Het idee van de DNA-generator (afb: univ. van Tartu)

“Een genoomdatabank is een onschatbare bron van informatie voor biomedisch onderzoek”, zegt geneticus Burak Yelmen van de universiteit van Tartu (Estland), “maar die zijn niet openbaar toegankelijk of beschermd door maatregelen die lange en moeizame procedures vergen met het oog op gerechtvaardigde ethische vragen.” Yelmen heeft nu met enkele collega’s een oplossing bedacht voor dit nijpende probleem: laat een neuraal netwerk DNA genereren. Lees verder →

Celdoodremmers heersen over leven en dood van een cel én de eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
Celdoodremmer BCL2

BCL2 (hier de structuur daarvan) is een familie van celdoodremmers (afb: WikiMedia Commons)

Ze worden in jargon IAp’s genoemd die celdoodremmers. Dat zijn eiwitten in een cel die heersen over leven en dood van een cel, maar zorgen er ook voor dat andere eiwitten in de cel in goede vorm blijven ter meerdere eer en glorie van het organisme waar die cel deel van uit maakt. Daarbij speelt de acetylering (het verbinden met de zuurrest van azijnzuur) van die eiwitten een belangrijke rol. Lees verder →

Bioprogramma maakt uitlezen herhalingen op genoom makkelijker

Geplaatst op door
Beantwoorden
Jeff Maughan

Jeff Maughan (afb: -universiteit)

Het is onvermijdelijk dat de genetica en de informatica steeds inniger met elkaar verweven raken. In krantenartikelen wordt al jaren gedaan of het eenvoudig is (geworden) om het genoom uit te lezen, maar dat is het zeker niet; zeker als je dat heel precies wil doen. Zo zijn er in het genoom hele stukken met herhalingen (eenvoudige sequentieherhalingen oftewel SSR’s in Engelse afko) die zich moeilijk precies laten uitlezen. Die coderen niet voor wat dan ook, maar zijn heel handig voor het bestuderen van organismen. Nu hebben onderzoekers een informatisch hulpmiddel gemaakt, SSRgenotyper, om die herhaalstukjes preciezer en makkelijker te kunnen uitlezen. Lees verder →

Poeptransplantatie helpt soms bij behandeling huidkanker

Geplaatst op door
Beantwoorden
Actino-bacteriën

Een vorm van straalzammen (Actinomyces israelii) (afb: WikiMedia Commons)

Immuun-behandelingen om kanker de bestrijden zijn ‘in’, maar helpen lang niet altijd. Bij 30 tot 50% van patiënten met een vorm van huidkanker (melanoom) slaat de immuuntherapie niet aan. Nu zijn er aanwijzingen dat een poeptransplanatatie dat zou kunnen veranderen.
Lees verder →

Microcapsules zouden RNA’s beter afleveren bij cellen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Microcapsules voor aflevering gemateriaal

De microcapsules worden gemaakt door calciumcarbonaat bolletjes te maken met het genmateriaal (RNA in dit geval) er op. Vervolgens worden de korrels omgeven door een polymeer (poly-
-arginine hydrochloride; PARG) en dextraansulfaat (DEXS). Daarna wordt het carbonaat verwijderd (afb: Peter de Grote PtU)

Voor het afleveren van het CRISPR-gereedschap of genmateriaal voor genoombewerking of medische doeleinden worden vaak (kreupel gemaakte) virussen gebruikt, maar die hebben zo hun beperkingen. Onderzoekers in, onder meer, Rusland hebben een vrij simpele methode ontwikkeld om ‘microcapsules’ te maken die dat werk beter zouden doen. Vooralsnog is de methode nog niet uitgeprobeerd voor het afleveren van CRISPR-gereedschap. Lees verder →

Zwakke plek van de meeste kankers ontdekt (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Celdeling

Normale celdeling (boven) in vergelijking met een deling van een cel met een ongewoon aantal chromosomen. Vlnr: beelden van een confocale microscoop met DNA (groen), het miotische spoelfiguur (rood), de aanwezigheid van KIF18A en al de ‘ingrediënten’ tezamen. De schaal is 10 micron (afb: Sara Bernhard, TU Kaiserslautern)

Kanker is een verzamelnaam voor een groot aantal woekerziektes. Vaak zijn behandelingen heel specifiek gericht op een bepaald type kanker. Al lang wordt geprobeerd een methode te vinden die werkt voor alle of in ieder geval veel kankersoorten. Nu schijnen onderzoeksters in Duitsland, Israël, Italië en de VS een zwakke plek gevonden hebben die meer dan 90% van alle kankers gemeen hebben: de overmaat aan chromosomen in kankercellen. Lees verder →

TALEN zou CRISPR/Cas9 verslaan in compact DNA

Geplaatst op door
Beantwoorden
TALEFok1

TALE (blauw) plus Fok1 gebonden aan DNA (bruin). Het TALE-stuk kan bewerkt worden om zich te hechten aan een bepaald deel van het DNA (afb: WikiMedia Commons)

Als je het over genoombewerking hebt dan heb je het tegenwoordig over de CRISPR-methode, maar voordat er CRISPR was waren er al andere methodes om het genoom te bewerken. TALEN was daar een van. Nu schijnt die ‘oude’ methode vijf keer beter te werken in dicht gepakt DNA, het zogeheten heterochromatine. Bepaalde ziektes zoals sikkelcelanemie vinden hun oorsprong bij genen in dit compacte DNA. Lees verder →

RNAi mogelijk alternatief voor gevaarlijke bestrijdingsmiddelen

Geplaatst op door
Beantwoorden
RNA-interferentie

Het geactiveerde RNA-molecuul dokt aan op boodschapper-RNA (Een na onderste plaatje) en voorkomt de productie van dat eiwit (afb: Cell)

Gevaarlijke bestrijdingsmiddelen is bijna een pleonasme (iets nader benoemen wat al in het begrip zit), want er zijn weinig bestrijdingsmiddelen waar geen vlekje aan zit. Het zou mooi zijn als we daar van af zouden kunnen komen. RNA-interferentie is een natuurlijk biologisch proces dat een gezond alternatief zou kunnen zijn, denken onderzoekers (welke kan ik zo gauw niet vinden). Lees verder →

Weer een ‘kankerdoelwit’ (beter) in het oog: histondeacetylases

Geplaatst op door
Beantwoorden
Chromatine

Chromatine is de dicht gepakte structuur van DNA en histonen (gekleurd) in de celkern

Over de hele wordt worden zeer regelmatig nieuwe ‘doelwitten’ benoemd die kunnen worden gebruikt om kanker de das om te doen. Ja, het lichaam zit iet eenvoudig in elkaar het het bestrijden van afwijkingen (ziektes) is ook niet makkelijk. Nu komen onderzoekers van de universiteit met het idee de enzymfamilie histondeacetylases (HDAC’s) op de korrel te nemen. Die eiwitten regelen mede de genexpressie. Ze hebben een methode ontwikkeld waarmee ze hebben onderzochten hoe die enzymen chemisch functioneren om zo medicijnen tegen kanker te achterhalen met zo min mogelijk bijwerkingen. Lees verder →

Astrocyten in de hersens (b?)lijken gestuurd door darmflora

Geplaatst op door
Beantwoorden

Stercellen of astrocyten

Stercellen vervullen veel nuttige taken, maar lijken niet alleen bij MS-patiënten in de fout te gaan.

Astrocyten, ook wel stercellen genoemd, zijn de meeste komende cellen in het centrale zenuwstelsel. Toch zijn die niet erg goed onderzocht. Lange tijd werd aangenomen dat ze zorgden voor voeding en ondersteuning van andere beter onderzochte cellen in hersens en ruggenmerg. Zo langzamerhand rijst echter het beeld op dat die stercellen ook een rol (kunnen) spelen bij de achteruitgang van de hersens, ontstekingen en hersenziektes. Nu blijkt uit onderzoek dat een ondersoort het tegenovergestelde kan doen, ‘gestuurd’ door de darmflora. Lees verder →