Weer een basebewerker genoom ontwikkeld: van C naar G

Geplaatst op door
Beantwoorden
Stukje DNA-trap

De basen zijn de vier gekleurde staafjes (geel, groen, blauw en oranje) die de treden van de DNA-wenteltrap lijken

Het lijkt wel of basebewerkers de nieuwe mode zijn in CRISPR-land. Hadden we een paar dagen geleden het verhaal over een basebewerker die cytosine (C) omzette in thymine (T), nu hebben een basebewerker in de aanbieding die cytosine vervangt door guanine (G) getooid met de wat fantasieloze naam CGBE1. Voordeel van die basebewerkers zou zijn dat ze minder last hebben van onbedoelde mutaties. Lees verder →

CAR-T zou met succes tegen lymfeklierkanker zijn ingezet

Geplaatst op door
Beantwoorden
Hodgkinlymfoom

Een röntgenopname van een Hodgkinpatiënt (afb: hematologiegroningen.nl)

De CAR-T-technologie, een vorm van immuuntherapie, zou voor het eerst met succes zijn ingezet tegen Hodgkinlymfoon, een vorm van lymfeklierkanker. Overigens was die klinische proef in eerste instantie vooral bedoeld om de veiligheid ervan te testen. Lees verder →

Witte bloedcellen nodig voor hersenontwikkeling (muisjes)

Geplaatst op door
Beantwoorden
T-helpercellen in muizenhersens

De T-helpercellen in muizenhersens. De gliacellen zijn wit (afb: James Dooley, Brabahaminstituut)

Of er afweercellen, witte bloedlichaampjes, in de hersens aanwezig zijn is lang een punt van wetenschappelijke discussie geweest. En als dat zo is, wat doen die daar dan? Nu lijkt het er op dat onderzoekers uit het VK en Leuven gespecialiseerde witte bloedlichaampjes in de hersens van muisjes en mensen hebben gevonden. Volgens hen zijn die in ieder geval bij muisjes wezenlijk voor de normale ontwikkeling van de hersens. Lees verder →

Bloedtest zou in staat zijn vroegtijdig kanker te ontdekken

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-methylering

Door methylering van DNA (in feite de base cytosine, de C in het DNA-alfabet) wordt het aflezen van het bijbehorende gen onmogelijk

Onderzoekers in China hebben een test ontwikkeld waarmee op basis van het daarin ontdekte DNA (of eigenlijk de methylering daarvan) vroegtijdig kanker kan worden ontdekt, nog voor de symptomen van de ziekte zich voordoen. Succes bij de bestrijding van de ziekte wordt, normaal gesproken, groter naarmate die eerder ontdekt wordt. Lees verder →

Vierstrengig DNA in mensencellen aangetoond

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-wenteltrap

Een stukje DNA, maar zit het wel zo in elkaar? (afb: LUM)

Normaal bestaat DNA uit een gepaarde, dubbele streng: de befaamde dubbele helix. Onderzoekers hebben nu echter ook vierstrengig DNA aangetroffen in cellen van geheel gezonde mensen. Moeten we ons beeld van DNA aanpassen? Lees verder →

Fagocyten helpen bij het weer aangroeien van afgeworpen staart

Geplaatst op door
Beantwoorden
Staart Uromastyx hardwickii

Staart van een hagedis (Uromastyx hardwickii). Bij gevaar kunnen hagedissen hun staart loslaten die later weer aangroeit maar vaak minder groot wordt (afb: WikiMedia Commons)

Het blijkt dat afweercellen in hagedissen – fagocyten, die normaal (tenminste in mensen) de rommel opruimen – helpen bij het weer aangroeien van afgerukte of zelfopgegeven (met name de staart; autotomie) lichaamsdelen. De onderzoekers hopen en denken dat hun ontdekking van belang is voor het kweken van nieuw weefsel en voor regeneratieve geneeskunde, dat nastreeft wat de hagedissen van nature kunnen. Lees verder →

Ontdekt hoe T-cellen moordenaars worden

Geplaatst op door
Beantwoorden
Susana Minguet Freiburg)

Susana Minguet (afb: beeld uit filmpje univ. van Freiburg)

Onderzoeksters van, onder meer, de universiteit van Freiburg (D) rond Susana Minguet zouden ontdekt hebben hoe een bepaald type afweercellen, de T-cellen, wordt aangezet tot het doden van indringers en in het ongerede geraakte cellen (zoals tumorcellen). Daarbij zou een bepaald deel van een receptor op de T-cellen, het zogeheten RK-motief, een doorslaggevende rol spelen. Lees verder →

MutS en MutL laten fouten bij replicatie DNA direct repareren

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-replicatie

De replicatie: de leidende (onder) en de volgende streng (boven) worden op een andere wijze verdubbeld (afb: Wiki Commons)

Onderzoeksters van de universiteit van Noord-Carolina hebben het gedrag van twee eiwitten geïdentificeerd, MutL en MutS (een variatie kennelijk op Jut en Jul), die bij de celdeling in de gaten houden of de replicatie van DNA wel goed gaat. Als ze fouten constateren dan vormen ze ter plekke een ‘stijve’ structuur en roepen andere eiwitten te hulp om de schade te herstellen. Lees verder →

Mini-Cas ontdekt om genoom te bewerken

Geplaatst op door
Beantwoorden
Megafaag met eigen Cas-eiwit

De megeafaag (rood) spuit zijn eigen genoom in een bacterie plus CasΦ om concurrente fagen (blauw) de pas af te snijden. Het bacteriegenoom is paars (afb: Basem Al-Shayeb en Patrick Pausch)

Een van de problemen die bestaan bij de CRISPR-methode om een genoom te bewerken is het bewerkingsgereed-schap in de celkern te krijgen. Dan is het handig als dat gereedschap niet al te groot is. Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Californië in Berkeley hebben in een bacteriofaag (een virus dat het op bacteriën heeft voorzien) een uiterst compact Cas-eiwit gevonden dat nauwkeurig (maar waar hebben we dat meer gehoord?) de dubbele streng van het DNA doorknipt: CasΦ. Lees verder →

En weer is CRISPR nauwkeuriger gemaakt, althans A3G

Geplaatst op door
Beantwoorden
Basebewerker A3G

Waarom alleen de tweede C moet worden vervangen door T is (mij) niet duidelijk (afb: Riceuniversiteit)

Ik wil niet veel zeggen, maar het lijkt er op dat allerwegen wordt geprobeerd de CRISPR-methode om het genoom te bewerken nauwkeuriger te maken. Ik ben de tel van de verhalen over een ‘nog nauwkeuriger CRISPR’ inmiddels al kwijt. Nu meldden onderzoeksters van de Riceuniversiteit rond Xue Sherry Gao in de VS dat hun basebewerker A3G die zich louter richt op de C (cytosine) in het DNA met extra cytosines (‘omstanders’) minder ongewenst knip-en-plakwerk verricht. Die zou, in sommige gevallen, ruim 6000 keer (!) beter scoren dan de basebewerker BE4max, die op het ogenblik het neusje van de zalm schijnt te zijn. Lees verder →