‘Hinderlijk’: CRISPR kan uit de band springen

CRISPR-Cas9 met gids-RNA en doel-DNA

Het Cas9-complex (blauw) ‘omarmt’ het gids-RNA (geel) en doel-DNA (rood) (afb: Bang Wong)

CRISPR/Cas9 is inmiddels meermalen hoog geprezen als een veelbelovende en betrouwbare methode om het genoom te bewerken. Er staan al wat klinische proeven op de rol waarbij gebruik gaamkt zal worden van die methode. Onderzoekers van, onder meer, de Amerikaanse Columbia-universiteit hebben echter ontdekt dat die methode honderden onbedoelde veranderingen in het genoom teweeg kan brengen (en dus alles behalve betrouwbaar zou zijn). Gebruikte algoritmes om die mutaties op te sporen blijken niet effectief. Lees verder

Herprogrammering tot pluripotente stamcellen zou veilig zijn

Pluripotente stamcellen zouden veilig zijn

Pluripotente stamcellen zouden veilig zijn

Sinds ruim tien jaar geleden Sjinja Yamanaka en Kazutoshi Takahashi een methode om uit rijpe cellen, zoals huidcellen, stamcellen te maken, heeft het stamcelonderzoek een hoge vlucht genomen. Regelmatige worden er allerlei prachtige resultaten gemeld van wat met deze geïnduceerde pluripotente stamcellen mogelijk is op medisch gebied. Deze veelbelovende cellen kunnen zich tot allerlei celtypen ontwikkelen, ook tot kankercellen, zo bleek. Nu zeggen onderzoekers van het menselijk-genoominstituut in de VS dat geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPS) niet meer mutaties veroorzaken dan cellen die worden verkregen door ‘subklonen’. Lees verder

Cpf1 lijkt deugdelijke uitbreiding CRISPR-gereedschapskist

De Cpf1-schaar uitbreiding CRISPR-gereedschapskist

De Cpf1-schaar (met aanhangsel) werd uitgeprobeerd op muisjes. De ‘schaar’ werd in de embryocellen gebracht met behulp van elektropulsjes (onder) (afb: IBS)

Iemand die de ontwikkeling rond de DNA-bewerker CRISPR een beetje heeft gevolgd, vult dat letterwoord meteen aan met de ‘schaar’ Cas9. Het schijnt dat die ‘schaar’ zich niet overal in het DNA-molecuel even goed thuis voelt en Zuid-Koreaanse onderzoekers van het instituut van fundamenteel onderzoek hebben de CRISPR-gereedschapskist nu uitgebreid met een nieuwe ‘schaar’: Cpf1. Met behulp van die ‘schaar’ hebben ze alvast maar een genetisch afwijkend muisje gemaakt (zonder en met wit haar) om de deugdelijkheid van de nieuwe (?) schaar aan te tonen. Opmerkelijk is dat het artikel al anderhalf jaar geleden bij Nature in huis was. Duidt dat op problemen? Lees verder

Hi-virus kan CRISPR/Cas9-aanval weerstaan

Hi-virus muteert na CRISPR/Cas9-aanval

Virussen die niet het loodje leggen door de CRISPR/Cas9-aanval veranderen hun DNA via het eigen reparatiemechanisme (NHEJ repair) (afb: Cell Reports)

Het van bacteriën geleende CRISPR/Cas9-systeem (het knippen en plakken van genen) wordt nu veel door onderzoekers gebruikt om DNA te bewerken, maar dat is ooit begonnen als bacteriële afweer tegen virus-en bacteriofaag-aanvallen.  Daar zou dat dan ook voor menselijke gebruik toe kunnen dienen, maar onderzoekers vonden dat het hi-virus een afweer tegen een CRISPR/Ca9-aanval kan opbouwen (pdf-bestand). De onderzoekers denken dat op zijn minst meer delen van het virus-DNA moeten worden aangepakt om dat systeem als virusverdelger (in feite wordt de vermeerdering gestopt) te kunnen gebruiken. Niet alleen bij hiv, overigens, maar daarvoor is nog een lange weg te gaan.
Lees verder

Gist leert ons of mutaties gevaarlijk zijn

Via genoom gistcellen te bepalen of mutaties schadelijk zijn

Zo ongeveer werkt de gistcelproef met gemuteerde menselijke genen: doet de gistcel het wel of niet met de ingepaste gemuteerde menselijke soortgenoot van het gistgen. Blijft de cel drijven of zinkt ie?

Het uitlezen van DNA is simpeler en sneller dan het ooit geweest is, maar dat betekent niet dat we dan ook meteen weten welk risico op welke ziekte we hebben. Onderzoekers hebben nu gistcellen te hulp geroepen om bij sommige genen te achterhalen of mutaties bij mensen schadelijk zijn of niet. De vinding van Fritz Roth van de universiteit van Toronto Canada is in wezen heel simpel. Kijk hoe die mutatie het in het genoom van een gistcel doet, dan weet je of de mutatie schadelijk is of niet. Lees verder

Weesgenen vinden hun oorsprong in niet-coderend DNA

DNANieuwe genen ontstaan uit oude, is de laatste 40 jaar het idee. Je kunt ze via een soort stamboom terugvoeren naar de ‘stamvader’. Bij sommige genen lukt dat echter niet. Het probleem van die weesgenen heeft (sommige) genetici jarenlang beziggehouden. Pas de laatste twee jaar is daar ietsje meer klaarheid over gekomen. Veel van die wezen zouden hun oorsprong vinden in het niet-coderende DNA (het troep-DNA). Ooit werd dat voor onmogelijk gehouden, maar inmiddels zijn er genetici die denken dat dit vrij normaal is. Vorige maand presenteerde de Spaanse evolutionair bioloog Mar Albà op een bijeenkomst in Wenen een lijst van 600 mogelijk nieuwe genen bij de mens. Lees verder

Stamceltherapie gestaakt vanwege kankerrisico

Stamcelonderzoekster Masayo Takahashi

Stamcelonderzoekster Masayo Takahashi van het Riken-instituut in Kobe (Japan)

Stamceltherapieën worden allerwegen beschouwd veelbelovend middel in de als strijd tegen nu veelal nog ongeneesbare ziektes, maar die behandelings-methode houdt ook risico’s in. Een onderzoek om bepaalde vorm van blindheid (netvliesveroudering) te bestrijden met stamcellen, in dit geval pluripotente, is gestaakt, omdat er mutaties gevonden waren in de uit huidcellen van de tweede proefpersoon gevormde stamcellen, die wellicht to kanker kunnen leiden.  Lees verder

Minilongen gekweekt als proefobject

Minilongen

De gekweekte minilongen (afb: univ. va Michigan)

Vrijwel gelijktijdig komen onderzoeksgroepen uit Engeland (universiteit van Cambridge) en en Amerika (universiteit van Michigan) met de mededeling dat ze minilongen hebben gekweekt. De onderzoekers uit Engeland deden dat in verband met de bestudering van de taaislijmziekte (cystische fibrose), de onderzoekers uit Amerika vooral om het kweken van organen in de vingers te krijgen. Verderop in dit artikel hun recept. Uitgangspunt waren stamcellen, multipotente voor de Engelsen en embryonale stamcellen bij de Amerikanen. Zo langzamerhand beginnen gekweekte organen een serieuze aangelegenheid te worden. Vooralsnog worden die kweekorganen vooral gebruikt als materiaal om behandelingen en geneesmiddelen op uit te proberen. Lees verder

De eigen afweer oppeppen om Alzheimer te bestrijden

BDNF

De structuur van BDNF (afb: Wiki Commons)

Onderzoekers van de universiteit van Californië in San Diego hebben een methode ontwikkeld om het eigen afweersysteem te stimuleren de strijd aan te gaan met de ziekte van Alzheimer. Niet iedereen schijnt daar gevoelig voor te zijn, dat hangt af van een bepaalde genvariant. De methode is uitgeprobeerd op uit volwassen stamcellen verkregen hersencellen.
Lees verder

Onderzoekers ‘redigeren’ bloedstamcellen

CCR5

CCR5 (afb: Wiki Commons)

Onderzoekers van, onder meer, het stamcelinstituut van de Harvard-universiteit zouden voor het eerst de CRISPR-Cas9-techniek hebben gebruikt om het DNA van bloedstamcellen en afweercellen te redigeren. Ze deden dat om het HI-virus, dat AIDS veroorzaakt, onmogelijk te maken het afweersysteem te ruïneren. De onderzoekers houden wat betreft de waarde van hun methode om de schade van HIV te pareren nog een slag om de arm. Lees verder