Wetenschappers hebben een kunstmatige-intelligentiemodel ontwikkeld waarbij volwassen genomen zouden kunnen worden ontwikkeld. Het model, dat zijn ‘kennis’ heeft van 128 000 bestaande genomen die de hele levensboom bestrijken (van mensen tot eencelligen), zou hele chromosomen of zelfs (kleine) genomen kunnen ontwerpen vanaf niks. Voorlopig hebben mensen het nog niet voor elkaar gekregen dat te doen. Evo-2 – mede ontwikkeld door onderzoekers van het Arcinstituut, de Stanforduniversiteit (beide in Palo Alto) en chipmaker NVIDIA – is beschikbaar voor wetenschappers via het web. De code, gegevens en andere parameters kunnen gratis binnengehaald worden. Lees verder
CRISPR-remmers vergroten mogelijkheden genoombewerking

CRISPR-remmers geven meer ‘houvast’ bij genoombewerking (afb: Katherina Wandera et al./Molecular Cell)
De CRISPR/Cas-genschaar biedt een breed scala aan potentiële toepassingen, van de behandeling van genetische ziekten tot antivirale therapieën en diagnostiek. Om hun krachten echter veilig te benutten, zoeken wetenschappers nog steeds naar mechanismen die de activiteit van die systemen kunnen sturen. Het anti-CRISPR-eiwit AcrVIB1 is een veelbelovende remmer waarvan de exacte functie tot nu toe duister. Onderzoekersters van, onder meer, het Helmholtzinstituut voor RNA-besmetting HIRI in Würzburg hebben ontdekt hoe AcrVIB1 werkt (pdf-bestand), wat de mogelijkheden waarmee Acr’s CRISPR kunnen uitschakelen zijn toegenomen. Er liggen waarschijnlijk nog meer mogelijkheden braak. Lees verder
Splitsoom: hoe cellen b-RNA ‘fatsoeneren’

Beelden van splitsomen (afb: Irmgard Sinning/Nature Structural and Molecular Biology)
Nadat een genoom een gen heeft gekopieerd ontstaat er een RNA-molecuul dat nog niet helemaal geschikt is voor de aanmaak van het bijbehorende eiwit. Het RNA-molecuul moet eerst ontdaan worden van bepaalde delen en dat wordt splitsen genoemd, naar de manier hoe je twee stukken touw aan elkaar breit. De ‘splitsing’ is wezenlijk voor het goed functioneren van de eiwitten, de werkpaarden in de cel. Onderzoeksters van de universiteit van Heidelberg en van de Australische Nationale universiteit rond Irmgard Sinning zouden er voor het eerst in geslaagd zijn om een defect (‘verstopt’) splitsoom in hoge resolutie in beeld te brengen en te begrijpen wat er tijdens dat proces gebeurt. Lees verder
Ons DNA kan tegen een stootje

DNA is vrij goed bestand tegen structurele veranderingen (afb: Jay Shendure et al./Science)
In wat genoemd wordt de ingewikkeldste bewerking van menselijke cellijnen zou zijn aangetoond dat zelfs grote veranderingen in het genoom niet tot problemen hoeven te leiden, vooropgesteld dat we een paar belangrijke genen maar ontzien. Dit soort onderzoek verkleint het terrein nogal waar gezocht moet worden naar mutaties in het genoom die tot ziektes leiden. Lees verder
Muisjes geboren met twee vaders als (enige) ouders

Een verbeelding van het experiment om van twee mannetjesmuisjes nageslacht te kweken (afb: Wei Li et al./Cell Stem Cell)
Synthetisch genoom van bakkersgist gemaakt

Toevoeging van tRNA bleek bakkersgist beter bestand tegen hogere temperaturen te maken (afb: Hugh Goold et al./Nature Communications)
Het schijnt gelukt te zijn om een geheel genoom van een gist te synthetiseren. Onderzoekers, of waarschijnlijk hun voorlichters, spreken dan meteen weer van een mijlpaal. Het zou voor het eerst zijn dat dat gelukt is voor eukaryoot (cellen die ook zoogdieren hebben). Het is het genoom van bakkersgist (Saccharomyces cerevisiae) waaraan een tRNA-chromosoom is toegevoegd. Lees verder
Ki moet ons leven verlengen en organen kweken mogelijk maken

Met de CRISPR-methode kun je de Yamanakafactoren (hier Oct4) van cellen activeren om ze om te programmeren in stamcellen
De bedrijven OpenAI en Retro Biosciences hebben gezamenlijk het kunstmatig intelligente systeem GPT-4b micro ontwikkeld dat er op gericht is mensen langer te laten leven (tien jaar, belooft Retro Bio) en om organen-op-maat te (laten) fabriceren. Dat de twee bedrijven samenwerken is niet zo vreemd aangezien Sam Altman, oprichter en baas van OpenAI, in 2023 zelf zo’n 180 miljoen dollar in Retro Bio heeft gestoken. Vooralsnog is alleen nog maar proefgedraaid met dit aki-model (aki= algemenen kunstmatige intelligentie). Lees verder
Genoombewerking gecombineerd met knop genactiviteit

Xue (Sherry) Gao (afb: univ. van Penn)
Onderzoeksters van, onder meer, de universiteit van Pennsylvania hebben een genoombewerker gecombineerd met een ‘knop’ om de genactiviteit te veranderen. Daarmee zouden genen nauwkeurig zijn te bewerken terwijl tegelijkertijd ook de genexpressie (mate waarin gen actief is) kan worden veranderd. Die techniek zou zowel voor geneeskundige als voor onderzoeksdoelen kunnen worden ingezet, stellen de onderzoeksters. Lees verder
Nature wil discussie over polygene genoombewerking embryo’s

Jiankui He op genoomcongres in Hongkong in 2018
Veel erfelijke ziektes zijn het gevolg van mutaties op verschillende genen. Met de nieuwe methoden om het genoom te bewerken, groeit de hoop die fouten ooit te kunnen corrigeren met wat polygene genoombewerking heet. Op basis van recent onderzoek van Peter Visscher van de universiteit van Queensland en collega’s stellen de onderzoekers dat die polygene genoombewerking over enkele tientallen jaren tot de mogelijkheden gaat behoren, maar de redactie van het wetenschappelijke blad Nature vindt dat we daar eerst goed over moeten praten voor we daaraan gaan beginnen. Daar zijn Visscher c.s. het roerend mee eens. Lees verder
De dodelijke bevruchting door giftige mannetjesmuggen

Mannetjes lozen hun giftige lading. Die methode zou effectiever zijn dan gendruk (boven) (afb: Samuel Beach et al./Nature Communications)