Categorie archieven: RNA

Nieuw ontdekt ribosoom maakt cellen toegankelijk voor klikchemie

Geplaatst op door
Beantwoorden
SAMU-ribosoom

Onder SAM-achtige verbinding, in het midden het ribosoom (slangetje) en boven de adenine (basegroep van de nucleotide) waar de moleculen aan ‘geklikt’ kunnen worden (afb: Höbartner et. al/Nature)

De meesten onder ons die opgelet hebben op school bij biologie zullen weten dat ribosomen in cellen dienen om eiwitten te synthetiseren. RNA-moleculen spelen daarbij een doorslaggevende rol: als boodschapper-RNA maar ook als onderdeel van die ‘eiwitfabrieken’. Nu schijnen onderzoeksters rond Claudia Höbartner van, onder meer, de Julius-Maximilianuniversiteit in Würzburg (D) een niet eerder ontdekt ribosoom te hebben gevonden, SAMURI gedoopt, dat cellen toegankelijk maakt voor klikchemie en (dus) voor nieuwe behandelwijzen van ziektes. Lees verder →

Nieuwe DNA-bewerker ontwikkeld met kleiner ‘gereedschap’

Geplaatst op door
Beantwoorden
PNP-methode voor genoombewerking

De werking van de PNP-methode lijkt erg op die van de CRISPR-techniek (afb: Magdy Mahfouz et. al)

Onderzoekers van de koning Abdoeluniversiteit voor wetenschap en technolgie (KAUST) hebben een nieuwe genoombewerkingstechniek ontwikkeld, PNP gedoopt, die gebruik maakt van kleiner ‘gereedschap’ dan de inmiddels welbekende CRISPR-methode. De omvang van het benodigde ‘gereedschap’, met name de genschaar Cas, zou de mogelijkheden van de CRISPR-methode beperken. Uiteindelijk moet zo’n CRISPR-pakket de celkern binnen kunnen komen om het genoom te kunnen bewerken. De PNP-methode zou ook minder onbedoelde fouten maken dan CRISPR, maar dat zal nog wel in de praktijk moeten worden bewezen. Lees verder →

Ook een CRISPR-achtig systeem in eukaryote cellen ontdekt: Fanzor

Geplaatst op door
Beantwoorden
Fanzorgenschaar

De structuur van de Fanzorgenschaar (afb: Zhanglab/MIT)

Nature heeft een ‘haastuitgave’ doen verschijnen van een artikel over een ‘genschaar’ (een endonuclease) die gevonden is in eukaryote cellen zoals die van schimmels, planten en dieren. Het zogeheten Fanzorsysteem (heeft iets met Fz-eiwitten te maken: frizzled (gekroesd) class receptors) zou niet zo effectief zijn als de bekende CRISPR-genscharen als Cas9 of Cas-12 maar zou nauwkeuriger zijn, dat wil zeggen minder onbedoelde genveranderingen veroorzaken; een groot manco van de CRISPR-methode. Bovendien zou de Fanzorschaar en hulpmiddelen makkelijker af te leveren zijn aan de cellen. Waarom Nature zo’n haast had met publicatie is (mij=as) niet bekend. Lees verder →

Ki zou bij CRISPR-methode precisie bewerking RNA kunnen verbeteren

Geplaatst op door
Beantwoorden
Schematische voorstelling van Cas13d

Zeer schematische voorstelling van Cas13d (afb: Rahul Gupta et.al in Cell)

Als iedereen kunstmatige intelligentie (ki) gebruikt kunnen genoom-bewerkers, die toch een hele vooruitstrevende tak van de wetenschap bedrijven, niet achterblijven. De onderzoekers combineerden de twee om de genactiviteit op verschillende manieren te sturen. Het ki-systeem gaf de aanwijzingen voor het gids-RNA dat de ‘schaar’ voor RNA-bewerking, Cas13d, de weg moet wijzen. Deze gecombineerde technieken zouden kunnen resulteren in nieuwe CRISPR-therapieën, hopen de onderzoekers. Lees verder →

Kunnen RNA-vaccins iets betekenen in de strijd tegen alvleesklierkanker?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Alvleeskliertumor

Tumor in de alvleesklier (afb: WikiMedia Commons)

Het lijkt er op dat op de patiënt afgestemde bRNA-vaccins een kans maken tegen alvleesklierkanker, een kankersoort die in de meeste gevallen een dodelijke afloop heeft. De fase I-proeven bij een kleine groepje (17) patiënten zou bij een deel van hen het terugkeren van de kankersoort na verwijdering van de tumor hebben voorkomen in de achttien maanden die de proef duurde. Bij patiënten waarbij het vaccin niet werkte kwam de kanker na gemiddeld dertien maanden terug. Lees verder →

Ki-systeem verbetert bRNA-vaccins aanzienlijk

Geplaatst op door
Beantwoorden

DNA & RNA

Normaal zijn RNA-moleculen enkelstrengig (afb: WikiMedia Commons)

Met behulp van kunstmatige intelligentie hebben onderzoekers van Baidu Research bRNA-vaccins, die onder meer gebruikt zijn bij de bestrijding van het coronavirus, aanzienlijk verbeterd. Lees verder →

RNA-bewerker ADAR2 wijst afweercellen de onheilsplek

Geplaatst op door
Beantwoorden
ADAR2

ADAR-2 zet adenosine (A) om in inosine (I) maar stuurt ook afweercellen naar de plek met zuurstoftekort

Een eiwit dat RNA bewerkt, ADAR2, in de endotheelcellen (wandcellen) van bloedvaten wijst afweercellen waar ze moeten zijn om heilzame werking ten toon te spreiden, ontdekten onderzoekers. Dat opent nieuwe wegen naar behandelingen, maar die route zou ook veiliger alternatief kunnen vormen voor genoombewerking met de CRISPR-methode, denken de onderzoekers. Lees verder →

Genen worden bij ouderen sneller en slordiger gekopieerd…

Geplaatst op door
Beantwoorden
Afleessnelheid 4sUDRB-gen

Afleessnelheidsverdeling van het 4sUDRB-gen in menselijke cellen. Links bij gezonde, delende cellen, rechts van verouderde menselijke cellen (afb: Andreas Beyer et. al)

Het lijkt voor de hand te liggen: dingen verslijten en dus hebben ze niet het eeuwige ‘leven’. Zoiets zou je ook van levende organismen kunnen zeggen: aan alles zit een ‘houdbaarheidsdatum’. Onderzoekers willen daar niet aan en zoeken naar de oorzaken van de veroudering en naar manieren om dat proces te vertragen. Nu hebben onderzoekers ontdekt dat als organismen ouder worden de genen sneller en (dus?) slordiger worden afgelezen. Wat meer is, ze hebben ook ontdekt hoe je dat proces zou kunnen ‘repareren’ (stellen ze). Ze hebben dat onderzocht bij vijf zogeheten ‘modelorganismen’, waaronder mensen(cellen), bestudeerd en in verschillende weefsels van die organismen. Lees verder →

Eiwitten in cellen gespoten met bacteriële ‘spuit’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriële spuit

De bacteriële spuit, door de onderzoekers PVc gedoopt. Aan de rechter kant met de naald(‘spike’) zitten ook de staartvezels (’tail fibres’) De lading (eiwitten e.d.) komen links terecht (afb: F. Zhang et. al)

Vaak worden er lam gemaakte virussen gebruikt om allerlei ‘spullen’ in cellen af te leveren, zoals CRISPR-gereedschap, maar ditmaal leenden de onderzoekers een methode van bacteriën om eiwitten in (menselijke) cellen te spuiten. Daartoe hebben sommige bacteriën en groot molecuul dat fungeert als een soort injectienaald en onmiddellijk hebben onderzoekers het dan weer over een ‘doorbraak’ (van het celmembraan misschien). De ‘spuit’ zou, met enige veranderingen, ook kunnen fungeren om het werk van die lamme virussen over te nemen, denken de onderzoekers.
Lees verder →

DART VADAR maakt RNA-techniek gerichter

Geplaatst op door
Beantwoorden
DART VADAR

Het proces in beeld. Als A in I wordt omgezet wordt de ADAR-sequentie (oranje) afgelezen dat weer zorgt enz. Inmiddels is de ADAR-sequentie in het circuit-RNA vervangen door de veel kleinere MCP-ADAR-sequentie (afb: Wyssinstituut)

Darth Vader is een figuur uit de Star Wars-films. Onderzoekers van het Wyssinstituut in de VS moeten  daar bij de naamgeving van hun methode (DART VADAR) ongetwijfeld aan gedacht hebben. Met die RNA-techniek zouden RNA-therapieën gerichter hun werk kunnen doen zonder over de schreef te gaan. De techniek zorgt er voor dat het aan cellen toegevoegde materiaal pas ‘in actie’ komt in afhankelijkheid van de omstandigheden in de cellen.
Lees verder →