Ki komt ook synthetische biologie te hulp

algoritmes en synbiologie

Tijana Radivojevic en Hector Garcia Martin aan het werk (afb: Berkeleylab)

Ach ja, je kon er op wachten. Eindelijk na veertig jaar een belofte te zijn geweest begint kunstmatige intelligentie iets voor te stellen en bij het ene na het andere onderzoeksgebied wordt ki erbij gesleept om dat nog verder op te stoten in de vaart der wetenschappen. Synthetische biologie, de mens gemaakte biologie, is ook iets waarvan veel verwacht wordt, dus waarom die twee niet in symbiose gebracht en waarlijk het voorspelbare is geschied. Ki heeft synbio gevonden mede door toedeon van onderzoekers van het Lawrence Berkeley Nationale Lab. Die ontwikkelden een methode om zelflerende algoritmes aan te passen aan de noden van de synthetische biologie… Lees verder

Nieuwe aflevermethode CRISPR-gereedschap bedacht

Het klinkt eenvoudig maar is lastig: het afleveren van materiaal om in cellen genetische werkzaamheden te verrichten met, onder meer, de CRISPR-methode. Vaak worden daarvoor kreupel gemaakte virussen gebruikt, maar onderzoekers lipidestructuren gemaakt om de ‘instructies in de cellen te brengen. Die structuren schijnen in dierproeven hun bruikbaarheid te hebben bewezen. Lees verder

Hoe sturen plantencellen hun epigenoom?

Zandraket

Zandraket (Arabidopsis thaliana)

Wat er met ons lichaam gebeurt staat allemaal opgetekend in het genoom, maar er zijn zo’n tweehonderd verschillende cellen in ons lichaam die ook nog eens reageren op hun omgeving. Dan komt het epigenoom om de hoek kijken, het systeem dat de activiteit van de genen bepaalt. Onderzoekers in Japan zijn bij planten eens gaan kijken hou dat epigenoom in elkaar steekt. Het lijkt er op dat dat epigenoom weer ingewikkelder in elkaar steekt dan gedacht, waarbij genen het zwijgen wordt opgelegd en springende genen aan banden worden gelegd, maar dat in een ingewikkeld samenspel met stress- en ontwikkelingsgenen. Lees verder

Digitale cel voorspelt hoe kankers uitzaaien

Virtuele cel

Claudine Chaouiya (afb: Gulbenkianinstituut)

Een ‘virtuele’ cel voorspelt hoe de omgeving van kankergezwellen van invloed is op de uitzaaiing. Met die techniek zou het (ook) mogelijk zijn de complexiteit van moleculen te begrijpen die betrokken zijn bij het fenomeen kanker. Die kennis zou kunnen leiden tot het manipuleren van signalen die die moleculen afgeven om de agressiviteit van een kanker te temperen. Lees verder

Celverjonging als middel tegen gewrichtsproblemen

Shinja Yamanaka, de 'vader' van de pluripotente stamcel

Shinja Yamanaka, de ‘vader’ van de pluripotente stamcel

Alles wordt minder als je ouder wordt, behalve je vrije tijd en het aantal kwalen (en vast nog wel een paar dingen zoals, vaak, geld). Onderzoekers van de Stanforduniversiteit (VS) hebben nu aangetoond dat ook bij menselijke cellen de epigenetica weer op orde wordt gebracht als de cellen worden geherprogrammeerd tot stamcellen en vervolgens weer tot tot rijpe cellen. Bij muisjes was dat al aangetoond. Lees verder

Een visembryo dat even niet ouder wordt

Killivisembryo's kunnen ontwikkeling stilzetten

Killivisje (afb: WikiMedia Commons)

De killi turqoise (Nothobranchius furzeri), geen idee of dat visje ook een Nederlandse naam heeft, lijkt een bijzondere vaardigheid te hebben. In embryonale toestand kan het beestje zijn ontwikkeling een tijdje stilleggen als de omstandigheden slecht zijn. Maanden later kan die weer verder gaan alsof er niks aan de hand is geweest. Lees verder

Is met biologische klok kankerproces te vertragen?

biologische klok en borstkanker

David Ann:… niet al te veel vetten…  (afb: City of Hope)

Het klinkt als hocus-pocus maar kennelijk hebben de biologische klok en het voortschrijden van het kankerproces iets met elkaar te maken. Die biologische klok maakt dat ons lichaam zich aan periodiciteit aanpast, zoals het dag/nachtritme. Onderzoekers van de Stad van Hoop in Californië ontdekten bij muisjes dat als een gen dat (mede) verantwoordelijk is voor de biologische klok defect (gemuteerd) is het borstkankerproces bij dikke muisjes versnelde. Wellicht dat daar een ‘knop’ te vinden is om dat proces te vertragen of zelfs helemaal stop te zetten, speculeren de onderzoekers. Lees verder

Met ‘minigen’-aanpak repareert CRISPR aangeboren leverziekte

Minigen

Het gen werd niet vervangen de mutaties niet gerepareerd, maar er werd een minigen (gekleurd) ingebouwd (afb: PennState)

Bij muisjes, moet ik er eerlijkheidshalve bij zeggen, wat nog niet meteen betekent dat dat bij mensen ook gebeurt. Het bijzondere is dat het hier om een leverziekte gaat waarbij een gen op honderden plaatsen is gemuteerd. Die werden gecorrigeerd door een nieuw stukje gen in te voegen in het niet goed functionerende OTC-gen, vandaar dat ‘minigen’. Ik begrijp niet goed waarom die onderzoekers dan niet het hele OTC-gen vervangen. Het zou te maken kunnen hebben met de grootte van het gen. Bij de CRISPR-methode, waar we het hier over hebben, moet je je gereedschap en het in te bouwen genetische materiaal wel de cel binnen kunnen loodsen. Dat gebeurt met ‘lamgemaakte’ virussen, maar daarbij mag de ‘lading’ niet al te groot zijn. Deze minigenaanpak zou volgens de onderzoekers te gebruiken zijn voor erfelijke ziektes met meer mutaties in hetzelfde gen. Lees verder

Springende genen stabiliseren vouwpatroon DNA

DNA en histonen

DNA wordt stevig ingepakt, maar genen die actief (moeten) zijn, moeten wel afgelezen kunnen worden

Springende genen zijn rare elementen in ons DNA die zich verplaatsen in het genoom. Dat zou goed zijn voor de genetische diversiteit. Die springende genen, ook wel transposonen genoemd, lijken nog een andere eigenschap te hebben die de stabiliteit van het genoom verhoogt, hoe merkwaardig dat ook mag klinken. Volgens onderzoekers van de universiteit van Washington in St. Louis hebben die loszittende genen invloed op het vouwpatroon van dat immense kernzuurmolecuul in de celkern. Lees verder

Weghalen biologischeklokgen helpt muisjes longontsteking weren

Macrofaag

Een macrofaag (afb: WikiMedia Commons)

Door bij afweercellen van muisjes het BMAL1-gen te verwijderen, een van de genen die coderen voor eiwitten die de biologische klok sturen, zouden die effectiever kunnen optreden tegen bacteriën die longontsteking veroorzaken, ontdekten onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Oxford. Lees verder