Chemicaliën kunnen genactiviteit veranderen

Carl-Gustaf Bornehag

Carl-Gustaf Bornehag (afb: univ. van Karlstadt)

Het lijkt dat bepaalde chemicaliën de activiteit van genen kunnen veranderen door methylering van genen. Onderzoekers in Zweden denken aangetoond te hebben dat op die manier de stof bisfenol F (bis(4-hydroxyfenyl)methaan), die toegepast wordt in kunststoffen, verantwoordelijk is voor een storing in de ontwikkeling van de hersens in ongeboren kinderen. Daardoor zou hun iq op latere leeftijd lager liggen dan van hun leeftijdgenoten. Lees verder

DNA eicel en zaadcel combineert vaak slecht

Eicel met zaadcellen

Een menselijke eicel ‘belaagd’ door de, veel kleinere, zaadcellen.

Appeltje-eitje zou je zeggen, maar de eerste stap in het leven van een organisme gaat minstens zo vaak fout als goed. We hebben het dan over het combineren van het DNA van de zaad- en van de eicel tot een dubbele helix (enzovoort.). Dat zou zijn gebleken uit hogeoplossingsbeelden van die ‘vereniging’. Lees verder

Worden retrons de nieuwe middelen voor genoombewerking ?

Retronrecombinatie

De retronsequentie bevat en mutatiesequentie (rood), die ingebouwd wordt in het bacteriële DNA (afb: Max Schubert/Harvard)

De CRISPR-methode heeft in een relatief korte tijd grote furore gemaakt als manier om het genoom te bewerken, maar er kleven wel wat problemen aan zoals ongewenste mutaties in het DNA en ook een bescheiden ‘actieradius’. Onderzoekers van, onder meer, Harvard hebben nu een nieuwe techniek ontwikkeld waarbij zogeheten retrons (zie voor uitleg verderop onder ‘Retrons’) worden ingezet om tegelijkertijd miljoenen veranderingen in het genoom aan te brengen en waarmee een groot aantal cellen is te verifiëren. Die techniek, retronbibliotheekrecombinatie genoemd (in Engels afko RLR), zou kunnen worden gebruikt als de CRISPR-methode niet (goed) werkt en de bewerkingsresultaten beter zouden moeten zijn, stellen de onderzoekers. Lees verder

Sommige fagen hebben afwijkende Z-nucleotide

Z-DNA

De fagen hebben een Z-nucleotide in plaats van een A (afb: Nature)

Sommige bacteriofagen (virussen die het op bacteriën gemunt hebben) hebben in plaats van de vier geijkte DNA-letters (A, C, T en G) een afwijkend Z-nucleotide in plaats van A. Dat was ruim veertig jaar geleden al ontdekt, maar nu schijnen onderzoeksters er achter gekomen te zijn hoe dat werkt. Lees verder

DNA zou hoofdrol hebben in verouderingsproces

Björn Schuhmacher

Björn Schuhmacher (afb: univ. van Keulen)

Veroudering is een ingewikkeld proces dat leidt tot achteruitgang in organen en weefsels. Hoe dat komt is nog voornamelijk duister. Nu denken onderzoekers van de universiteit van Keulen en de Rotterdamse Erasmusuniversiteit aanwijzingen gevonden te hebben dat DNA bij de veroudering de hoofdrol speelt. Lees verder

Genactiviteit te regelen met nieuwe CRISPR-methode

genactiviteitsturing

Door een methylgroep aan een C (naast een G) te koppelen wordt een gen inactief. Met CRISPRon wordt de boel weer ingeschakeld (afb: Cell)

De CRISPR-methode is inmiddels een breed geprezen (maar nog lang niet volmaakt) middel om DNA te bewerken. Nu lijkt het er op dat onderzoekers die methode zo hebben veranderd dat daarmee ook de expressie van genen (de genactiviteit) is te veranderen. Dat biedt nieuwe mogelijkheden die buiten het louter genetische liggen. Lees verder

Kan scheikunde baat hebben bij de chemie van het leven?

Wilhelm Huck

Wilhelm Huck (afb: Radbouduniversiteit)

Stoffen worden in levende systemen ‘al spelend’ aangemaakt, waarmee wij aardlingen grote problemen hebben om die na te bootsen. Scheikundigen hebben allerlei soms vernuftige, soms rondweg grove manieren gevonden om stoffen te synthetiseren, maar al te vaak gaan die toch gepaard met veel geweld (hoge temperatuur en druk). Aleksander Pogodajev heeft in zijn promotieonderzoek aan de Radbouduniversiteit onderzoek gedaan naar een soort netwerken van chemische reacties die de soepelheid en verwevenheid van reacties in levende systemen moeten nabootsen.
Lees verder

DNA gaat in hersencellen vaak op bepaalde plaatsen stuk

DNA-breuken

Hersencellen (paars) waar DNA-schade wordt gerepareerd (geel). DNA zelf is lichtblauw (cyaan), maar met geel wordt dat groen. Overigens lijkt het in dit plaatsje alsof de kern net zo groot is als de cel. (afb: Nussenzweig et. al.)

Het lijkt er op dat DNA in hersencellen vaak op bepaalde plaatsen beschadigd raken. Die schade zou verband houden met de sturing van de genactiviteit. De ophoping van die DNA-breuken zou uniek voor hersencellen zijn. Deze ontdekking zou de huidige kennis over oorzaken van DNA-schade en de mogelijke gevolgen daarvan voor hersenziektes in een nieuw daglicht zetten. Lees verder

Celdeling: mitose en meiose

Mitose is de gewone celdeling. Meiose is de rijpingsdeling van geslachtscellen.

Als cellen delen komt er een hele machinerie in werking om het DNA te splitsen en te repliceren, zodat elke cel weer een  volledig genoom krijgt. In cellen met een kern (eukaryoten) zijn daar, onder meer, enzymen helicasen en polymerasen voor nodig. De eencellige eukaryoot (en parasiet) Carpediemonas membranifera blijkt die noodzakelijk geachte ‘instrumenten’ echter te missen. Dat is vrij uniek voor eukaryoten. Onderzoeksters rond Dayana Salas-Leiva van de Dalhousie-universiteit in Canada vermoeden dat deze zogeheten metamonaden hun zaakjes op een andere manier regelen. Lees verder

Je kunt nu genactiviteit van cellen in een weefsel zichtbaar maken

Genactiviteit van afzonderljike cellen meten

De genactiviteit van vele genen (gekleurde stipjes) in afzonderlijke cellen (blauwe lijnen) aangegeven (afb: NanoString)

Net als dat voor je woongenot de locatie van je woning belangrijk is geldt dat ook voor cellen. Tot voor kort moesten onderzoekers die de genactivteit wilden weten dat per cel bepalen, zonder dat ze wisten waar die cel vandaan kwam of ze maten gemiddelde over duizenden cellen. Inmiddels is er een techniek ontwikkeld, aangeduid met ruimtelijke transcriptomie, dat van duizenden cellen tegelijk de genactiviteit kan bepalen. Dat verandert het spel voor onderzoekers drastisch. Lees verder