Genetische code uitbreiden biedt mogelijkheden

De codoncirkel

De codoncirkel te lezen van binnen naar buiten. Aan de rand is te lezen waarvoor het codon codeert. Er zijn drie stopcodons (zwarte stippen) die bij micro-organismen wel kunnen coderen voor een afwijkend aminozuur

Normaal coderen drie opeenvolgende basen (onderdeel van de DNA-bouwstenen), het zogeheten codon, voor een van de twintig aminozuren waaruit de natuurlijke eiwitten bestaan.   Synthetisch biologen zijn al langer om aan die genetische code die in de natuur geldt te knutselen. Met een codon van vier basen kun je een cel andere eiwitten laten aanmaken die ons, is de mens,  misschien van dienst kunnen zijn als geneesmiddelen e.d. Lees verder

We kunnen nu eiwitinhoud van elke cel analyseren

Massaspectrometer

Een massaspectrometer voor de bepaling van eiwitten in een cel (afb: Northeastern University)

De eiwitinhoud van een cel vertelt veel over de functies van die cel en wat er eventueel mee mis zou zijn. Het lijkt er op dat die ’tak van sport’ steeds belangrijker wordt in de onderzoek maar ook in het klinisch (praktisch) gebruik. Het vakgebied ontwikkelt zci razendsnel.
Lees verder

Wat weten we eigenlijk van het communicatiesysteem tussen cellen?

Michael Elowitz

Michael Elowitz (afb: quantamagazine.org)

Cellen communiceren met elkaar. Die communicatie is wezenlijk voor het overleven van een organisme maar hoe dat precies gebeurt is nog verre van duidelijk. Het lijkt in ieder geval niet op de simpele manier waarop elektronische schakelingen werken. De manier is aanzienlijk ingewikkelder. Het antwoord op de bovenstaande vraag luid dan ook: weinig (veel te weinig). Eiwitten ‘doen het’ met veel meer andere eiwitten dan tot nu toe voor mogelijk is gehouden. Ze zijn nogal ‘overspelig’ Lees verder

De ’troep’ van DNA is niet gewoon maar rotzooi

DNAHet DNA-molecuul is, uitgerekt, zo’n 2 m lang, voor een molecuul gigantisch. Slechts rond 2% van dat immense molecuul codeert voor eiwitten. De rest werd ooit beschouwd als ’troep’ (in het Engels ‘junk’). Van dat idee zijn de wetenschappers onderhand wel af, want zeker een deel van die 98% is wezenlijk voor het leven. Langzamerhand krijgen genomici steeds meer zicht op wat de troep voorstelt. Dat geeft een hoop discussie… Lees verder

Nieuwe organellen kunnen ‘spannende’ eiwitten aanmaken

Eiwitproductie

Via boodschapper-RNA worden stukjes DNA in het ribosoom omgezet in eiwitten (afb.: vib.be)

Onderzoekers van, onder meer, de Johannes Gutenberg-universiteit in Mainz hebben heel platte ‘cellichaampjes’ gemaakt die nieuwe functies aan een cel kunnen toevoegen, door, onder meer, speciale eiwitten aan te maken. In wetenschappelijke termen heet dat het scheiden van de translatie (aanmaak van eiwitten) in eukaryote cellen. Lees verder

Celdeling afhankelijk van ‘omarming’ van enzymen

deactivering separase

Het enzym separase wordt streng bewaakt om te voorkomen dat dat enzym, belangrijk bij celdeling, ontijdig actief wordt. Hier twee ‘bewakers’: securine en het CDK 1-complex (afb: Nature)

Celdeling is een ingrijpend proces dat wordt gestuurd door een aantal enzymen, waarvan separase en cyclineafhankelijke kinase de ‘dirigenten’ zijn. Nieuw onderzoek onder leiding van Jun Yu van de universiteit van Genève heeft inzicht gegeven in de werking van die ‘orkestratie’. Beide ‘dirigenten’ zijn inactief zolang ze elkaar omarmen. Ik moet wel zeggen dat dit stukje alleen voor fijnproevers is. Het vertelt niks over kanker of CRISPR, maar wel veel over het ‘vernuft’ van het leven… Lees verder

Synbiologie gebruikt om cellen snel te laten reageren

Deepak Mishra

Deepak Mishra (afb: MIT)

Onderzoekers van het MIT hebben een systeem ontworpen om cellen binnen seconden op bepaalde veranderingen of stoffen te laten reageren, dat is gebaseerd op de wisselwerking tussen eiwitten. Dat zou onder meer te gebruiken zijn voor diagnostiek of voor het meten van bepaalde stoffen in het milieu. Lees verder

DNA eicel en zaadcel combineert vaak slecht

Eicel met zaadcellen

Een menselijke eicel ‘belaagd’ door de, veel kleinere, zaadcellen.

Appeltje-eitje zou je zeggen, maar de eerste stap in het leven van een organisme gaat minstens zo vaak fout als goed. We hebben het dan over het combineren van het DNA van de zaad- en van de eicel tot een dubbele helix (enzovoort.). Dat zou zijn gebleken uit hogeoplossingsbeelden van die ‘vereniging’. Lees verder

Epigenoom van veel cellen tegelijk bepalen lijkt mogelijk

Chromatine

Chroma tinestructuur is (mede)bepalend voor de werking van een cel (afb: WikiMedia Commons)

Het epigenoom van een cel geeft aan welke genen daarin actief zijn en welke niet. Dat bepaalt ook de actieve functies en de rol van een cel. Het lijkt er op dat onderzoekers van het Zweedse Karolinska-instituut een methode gevonden hebben om van tienduizenden cellen tegelijk de (afzonderlijke) genexpressie te bepalen.
Lees verder

Levende ‘robots’ gemaakt van huidcellen van een kikker

Lvende machines

Een xenobot (afb: Douglas Blackisgon)

Vorig jaar werden voor het eerst zogeheten xenobots gefabriekt, naar de naam van de kikker Xenopus laevis. Daarvan waren huid- en hartspiercellen gebruikt om die ‘levende machines’ te maken. Nu hebben de onderzoekers hun ontwerp verbeterd en laten zien dat die tot meer in staat zijn. Lees verder