Tag archieven: onbedoelde veranderingen

Gesleuteld aan Cas9 om priembewerking (nog) veiliger te maken

Geplaatst op door
Beantwoorden
Twee priembewerkingssystemen: PAM en RT

Twee priembewerkingssystemen: PAM en RT (afb: Phillip Sharp et al./Nature)

Er wordt constant volop gesleuteld aan de CRISPR-techniek die onderzoekers van de bacteriën hebben geleend om het genoom te bewerken. Een van de belangrijkste minpunten is dat die techniek nogal eens onbedoelde veranderingen in het DNA veroorzaakt. Onderzoekers van MIT lijken een manier gevonden te hebben om de genoombewerking (weer) veiliger en nauwkeuriger te maken, die dan meteen weer ‘doorbraak’ heet in het MIT-persberivht. Door de CRISPR-genschaar scheikundige wat aan te passen zou een systeem zijn gekregen dat zestig keer minder fouten maakt dan voorheen. Lees verder →

Ki geeft genoombewerking meer reikwijdte

Geplaatst op door
Beantwoorden

Ach ja. We doen wel dik over het vermogen (van bacteriën) om genooms te bewerken, maar we staan nog maar aan het begin. Onderzoekers hebben nu kunstmatige intelligentie in de arm genomen om uit te zoeken welke CRISPR-achtige systemen de beste resultaten geven. Het ki-systeem, PAMmla gedoopt, wordt ook ter beschikking van collegaonderzoekers gesteld. Heel fijn. Lees verder →

CRISPR-methode blijft voorlopig nog beloftevolle aanpak

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR-methode voor regeneratieve geneeskunde

Er zijn nog heel wat hindernissen weg te nemen voor de toepassing van de CRISPR-methode in de regeneratieve geneeskunde (afb: Kam Leong et al./Tissue Engineering)

Regeneratieve geneeskunde richt zich op het herstellen of vervangen van beschadigd weefsel en organen en biedt daarmee hoop aan patiënten met verschillende aandoeningen. Traditionele strategieën, zoals het gebruik van voorlopercellen en biologische stimuli, hebben enig succes gehad, maar ze kampen met beperkingen zoals onbedoelde veranderingen en een gebrek aan precisie. Genoombewerking, met name op CRISPR/Cas9 gebaseerde systemen, biedt een nauwkeuriger en efficiënter alternatief, maar voorlopig is die aanpak nog lang niet vrij van mankementen en zal voorlopig nog wel een (dure) belofte blijven. Lees verder →

Weer een nauwkeuriger CRISPR/Cas-techniek ontwikkeld (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
SEED/Harvest

Het SEED/Harvest-systeem in beeld (afb: Markus Affolter et. al/Cell)

Al sinds de CRISPR/Cas-methode van bacteriën wordt gebruikt voor het veranderen van erfgoed wordt er gesleuteld aan die methode om die nog betrouwbaarder te maken. De CRISPR-methode wil het genoom nog wel eens op andere dan op de voorziene plek veranderen en dat is natuurlijk niet de bedoeling. Nu denken onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Bazel (Zwi) met behulp van een ‘merker’ dat probleem te hebben opgelost (pdf-bestand). Overigens lijkt de methode niet bedoeld om fouten in het genoom te repareren, maar meer voor onderzoeksdoeleinden. Lees verder →

B-RNA-vaccins schijnen ook onbedoelde eiwitten aan te maken

Geplaatst op door
Beantwoorden
Codoncirkel

De codoncirkel te lezen van binnen naar buiten. Aan de rand is te lezen voor welk aminozuur het codon codeert. Er zijn drie stopcodons (zwarte stippen) die bij micro-organismen wel kunnen coderen voor een afwijkend aminozuur (afb: WikiMedia Commons)

Boodschapper-RNA-vaccins zijn na de successen bij de bestrijding van het coranavirus de hemel in geprezen, maar kennelijk zorgen ze er ook voor dat er eiwitten worden aangemaakt in de ‘bezochte’ cellen die nooit de bedoeling zijn geweest. Vooralsnog is onduidelijk of die in kleine hoeveelheden aangemaakte eiwitten nadelig kunnen zijn voor het herstel. De onderzoekers hebben ook een idee hoe het beter kan. Lees verder →

Ook een CRISPR-achtig systeem in eukaryote cellen ontdekt: Fanzor

Geplaatst op door
Beantwoorden
Fanzorgenschaar

De structuur van de Fanzorgenschaar (afb: Zhanglab/MIT)

Nature heeft een ‘haastuitgave’ doen verschijnen van een artikel over een ‘genschaar’ (een endonuclease) die gevonden is in eukaryote cellen zoals die van schimmels, planten en dieren. Het zogeheten Fanzorsysteem (heeft iets met Fz-eiwitten te maken: frizzled (gekroesd) class receptors) zou niet zo effectief zijn als de bekende CRISPR-genscharen als Cas9 of Cas-12 maar zou nauwkeuriger zijn, dat wil zeggen minder onbedoelde genveranderingen veroorzaken; een groot manco van de CRISPR-methode. Bovendien zou de Fanzorschaar en hulpmiddelen makkelijker af te leveren zijn aan de cellen. Waarom Nature zo’n haast had met publicatie is (mij=as) niet bekend. Lees verder →

Ki zou bij CRISPR-methode precisie bewerking RNA kunnen verbeteren

Geplaatst op door
Beantwoorden
Schematische voorstelling van Cas13d

Zeer schematische voorstelling van Cas13d (afb: Rahul Gupta et.al in Cell)

Als iedereen kunstmatige intelligentie (ki) gebruikt kunnen genoom-bewerkers, die toch een hele vooruitstrevende tak van de wetenschap bedrijven, niet achterblijven. De onderzoekers combineerden de twee om de genactiviteit op verschillende manieren te sturen. Het ki-systeem gaf de aanwijzingen voor het gids-RNA dat de ‘schaar’ voor RNA-bewerking, Cas13d, de weg moet wijzen. Deze gecombineerde technieken zouden kunnen resulteren in nieuwe CRISPR-therapieën, hopen de onderzoekers. Lees verder →

Het blijft martelen met de CRISPR-methode (of niet?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bao

Gang Bao (r) met medewerkers (afb: Rice)

De CRISPR-methode om het genoom te bewerken werd alom toegejuicht als een efficiënte manier om DNA en zelfs RNA te bewerken, maar daar zaten nog wel wat haken en ogen aan. Soms wordt het genoom ook bewerkt op plaatsen waar dat niet de bedoeling was, maar ook als de knip/vervang naar behoren geschiedt, zo lijkt het althans, kan er toch iets misgaan. Die tot nu toe ongeziene missers moeten ook in beeld gebracht worden wil de CRISPR-methode als echt veilig en doeltreffend kan/mag worden ingezet. Lees verder →

‘Zachte’ CRISPR zou nauwkeuriger zijn en ‘natuurlijker’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Nickasereparatie

Nickases werken beter bij reparatie van ziekmakende genen dan genschaar Cas9, waarbij een DNA-reaparatiesysteem van de cel het herstelwerk doet (afb: UCSD)

De van bacteriën geleende genoom-bewerkings-techniek CRISPR (eigenlijk een afweersysteem) wordt een grote toekomst toegedicht in het repareren van genetische fouten, maar kampt met nogal wat ‘kinderziektes’ waaronder onbedoelde effecten. Nu zou en groep biologen van de universiteit van Californië in San Diego in de groep van Ethan Bier een ‘zachte’ variant van de CRISPR-methode hebben ontwikkeld die gebruik maakt van nickases en van de natuurlijke DNA-reparatiemethodes, die daardoor ook nauwkeuriger zou zijn. Lees verder →

Epigenoom bewerken een veiliger alternatief voor bewerken genoom(?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Epigenoombewerking

Zo zou de epigenoombewerking ongeveer in zijn werk gaan volgens Science (afb: Science)

Al een aantal jaren zijn genetici en andere vakdisciplines geestdriftig over de mogelijkheid het genoom te bewerken met de CRISPR-methode (de ‘genschaar’). Het blijkt echter dat deze van de bacteriën geleende methode toch niet helemaal zo werkt als nodig is voor een veilige verandering van het genoom. Zou dan het bewerken van het epigenoom (welke genen zijn wel actief en welke niet) een veilig alternatief kunnen zijn? Daarmee verandert het genoom zelf niet en dat zou daarmee veiliger zijn dan het veranderen van het genoom. Die veranderingen worden dan ook doorgegeven aan het nageslacht. Lees verder →