Eiwitstructuurvoorspeller AlphaFold kan dat nu ook met niet-eiwitten

eiwitstructuur

De structuur van eiwitten zegt veel over zijn functionaliteit

De vorm van een eiwit zegt veel over waar dat voor dient. Tot niet zo heel lang geleden moest die vorm vaak met veel moeite worden achterhaald, tot Google in 2019 met AlphaFold op de proppen kwam. Dat schijnt het eiwitonder-zoek, in combi-natie met kunst-matige intelligentie, een heel eind op weg gebracht te hebben. Nu kan AlphaFold ook de structuur (en daarmee wisselwerking met andere verbindingen) voorspellen van andere biomoleculen dan eiwitten. Lees verder

Zijn ringvormige RNA’s in vaccins beter en veelzijdiger dan rechtlijnige?

ringRNA tegen corona

In maart 2022 wisten Chinese onderzoekers een ringRNA te synthetiseren tegen het coronavirus (afb: univ. van Peking/ Wensheng Wei et. al)

RNA-vaccins hebben furore gemaakt als bestrijders van de coronaziekte (dat heeft ook  al een Nobelprijs opgeleverd), maar het probleem is dat die RNA-moleculen maar kort leven. Binnen een paar uur knabbelen enzymen die enkelstrengige moleculen aan stukken en functioneren ze niet meer. Zouden ringvormige RNA-moleculen niet een oplossing kunnen zijn voor dat (relatieve) tekort? Daar zitten geen eindjes aan waar die enzymen hun tanden in kunnen zetten? In theorie wel, maar vooralsnog moeten die ringRNA’s zich eerst maar bewijzen. Lees verder

Methode ontwikkeld om te achterhalen wat cellen ‘uitvoeren’

10x Genomics

10xgenomics.com

Met de nieuwe methode zou met grote nauwkeurigheid zijn te bepalen wat in een weefsel de genactiviteit is van de diverse cellen en welke eiwitten er aan het werk zijn. Het een is natuurlijk gekoppeld aan het ander, maar het lijkt me voor onderzoekers erg handig, zeker als je het ‘plaatje’ ziet van zieke organen/weefsels en gezonde. Lees verder

Nieuwe kleurtechniek toont organen en celtypen in lichaam

Een 'vlekken'beeld van een jong zijdeaapje

Een ‘vlekken’opname van een jong zijdeaapje (afb: RIKEN)

Een groep onderzoekers van het Japanse RIKEN heeft een ‘kleurtechniek’  zodanig verbeterd dat daarmee organen in het lichaam zichtbaar zijn te maken, maar ook een bepaalde type cellen. Met die techniek zijn, bijvoorbeeld, ook bepaalde hersencellen zichtbaar te maken. Die techniek zou handig zijn bij het vergelijken van weefsels/organen tussen soorten, maar ook tussen gezonde en zieke mensen en zou kunnen helpen bij het stellen van een diagnose. Lees verder

Virussen: de onverslaanbare sluipmoordenaars

Hi-virussen op een T-cel

Hi-virussen (paars) op een T-cel

Virussen zijn stukjes RNA of DNA die coderen voor eiwitten met een ‘velletje’ er omheen. RNA-virussen zijn virussen waarvan het erfelijk materiaal uit RNA in plaats van DNA bestaat. Bekende voorbeelden Virussen zijn stukjes erfelijk materiaal met een eiwitmantel eromheen, nauwelijks leven. Toch kunnen ze grote rampen veroorzaken.van RNA-virussen zijn het griep-, ebola- en hepatitis-C-virus. Lees verder

Goedkoop antilichamen maken (?)

Synthetische 'antilichamen'

De synthetische ‘antilichamen (rood/blauw) netjes vastgezet op een nanovel binden zich heel specifiek aan een ziekteverwekkend eiwit (afb: Zuckermann et.al.)

Antilichamen herkennen specifieke ziekteverwekkers en vormen een wezenlijk onderdeel van het afweersysteem. Steeds vaker worden er therapieën bedacht waarbij synthetische antilichamen ‘de weg wijzen’, maar het maken van die antilichamen ia lastig en dus duur. Onderzoekers in de VS schijnen daar iets op gevonden te hebben. Lees verder

Alvleesklierkanker lijkt tijdig te ontdekken

Vezelachtig weefsel schermt alvleeskliertumor af

Alvleeskliertumoren worden omringd door vezeligachtig weefsel (rood) dat de kankercellen effectief afschermt (afb: DeNardo-lab)

Het grootste probleem met alvleesklierkanker is dat de woekering pas in een laat stadium wordt ontdekt als de kanker al veel verwoestend werk heeft gedaan en er vaak al uitzaaiingen zijn naar andere organen. Met een diagnose alvleesklierkanker heb je in vrijwel alle gevallen hooguit nog maar een jaar of vijf te leven. Het idee is dat het genezingspercentage aanzienlijk zou stijgen als er een methode zou zijn die moorddadige ks
nker bijtijds te ontdekken. Nu lijken onderzoeksters in Australië onder leiding van Yuling Wang er in geslaagd te zijn met behulp van met antilichamen bedekte nanodeeltjes alvleesklierkanker in het bloed aan te tonen. Het punt is alleen of dat echt helpt. Lees verder

Antilichaam ingezet in de strijd tegen Alzheimer

Antilichaam activeert microgliacellen

Het antilichaam voor de TREM2-receptor (rechts) stimuleert microgliacellen (afb: EMBO Journal)

Zo’n tweeënhalf jaar geleden stond in dit blog een verhaal over de positieve rol van microgliacellen
in de bestrijding/voorkoming van hersenziektes. Die afweer- en onderhoudscellen in de hersens waren ook het onderzoeksonderwerp van wetenschappers in Duitsland op zoek naar een geneeswijze voor de ziekte van Alzheimer. Ze stimuleerden die afweercellen zo dat ze langer leefden en meer deelden. Bij muisjes met een vorm van Alzheimer had die stimulans positieve gevolgen. Lees verder

Kandidaat-Alzheimermedicijnen werken niet

Beta-amyloïdeplaques

Beta-amyloïdeplaques (geel)

Het lijkt er op dat twee beloftevolle kandidaatmedicijnen voor Alzheimer niet werken. Het gaat om solanezumab, geproduceerd door Eli Lilly & Co, en om gantenerumab van Genentech, beide antilichamen. De middelen werden beproefd in klinische proeven in het kader van een internationaal evaluatieprogramma DIAN-TUA, waarbij mensen worden getest met  met een zeldzame, aangeboren genetische afwijking, waardoor ze op relatief jonge leeftijd Alzheimer krijgen. Hoewel de onderzoekers teleurgesteld zijn willen ze nog niet meteen de handdoek in de ring gooien. Het is mogelijk dat de gebruikte doseringen in de klinische proef niet deugden. Lees verder

Muggen genetisch aangepast in strijd tegen knokkelkoorts

konokkelkoortsantilichaam

Het menselijk knokkelkoortsantilichaam zou de vier bekende varianten van het knokkelkoortsvirus onschadelijk moeten maken (afb: UCSD)

Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Californië in San Diego hebben muggen genetisch zo aangepast dat ze niet langer in staat zouden zijn om knokkelkoorts door te geven. Vrouwtjesmuggen kregen een menselijk gen dat een antilichaam tegen die ziekte aanmaakt. De aanpak zou de besmetting met de vier bekende vormen van knokkelkoorts onmogelijk moeten maken.
Lees verder