Categorie archieven: Micro-organismen

Bacteriën die kankercellen wegvreten? Mogelijk

Geplaatst op door
Beantwoorden
'Kankervretende' bacteriën

‘Kankervretende’ anaërobe bacteriën met enige zuurstoftolerantie (extra gen) zouden vaste tumoren van binnenuit moeten wegvreten maar elders niet actief mogen zijn (quorummeting) (afb: Marc Aucoin et al./ACS)

Er worden, zou ik(=as) bijna willen zeggen, geen dag voorbij of er wordt een nieuwe kan-kerbehandeling gepresenteerd, maar als mijn (slechte) geheu-gen me niet bedriegt heb ik deze nog niet eerder gehoord; de bacteriële route. Onderzoekers in Canada  hebben het idee dat op een dag bacteriën kunnen worden ingezet om hardnekkige, vaste tumoren weg te vreten. Lees verder →

CRISPR in de strijd geworpen tegen antibioticaresistentie

Geplaatst op door
Beantwoorden
Conjugale overdracht

Conjugale (‘parings’-)overdracht van het genmateriaal aan andere bacteriën die ervoor zorgt dat die de resistentiegenen kwijt raken (afb: Ethan Bier et al./Nature Antimicrobials and Resistance)

Alweer een stukje over antibioticare-sistentie. Dat dreigt een groot probleem te worden. Weten-schappers van UC San Diego zouden nu een nieuwe CRISPR-techno-logie hebben ont-wikkeld die niet alleen resistente bacteriën bestrijdt, maar hun resis-tentie tegen geneesmiddelen ook actief kan verwijderen. Geïnspireerd door gendruk die bij de bestrijding van insecten wordt gebruikt, verspreidt de technologie een genetische ‘oplossing’ door bacteriële populaties, zelfs in hardnekkige biolagen die microben beschermen tegen antibiotica, zo luidt het verhaal. Lees verder →

Gistenzym herstelt fouten in mitochondriën mensencellen

Geplaatst op door
Beantwoorden
ScURA en de aanmaak van nucleotiden

Het gidsenzym ScURA zorgt ervoor dat ook cellen met gestoorde mitochondrionfuncties gewoon kunnen delen (afb: José Antonio Enríquez et al./Nature Metabolism)

Nucleotidesyn-these – de aan-maak van de bouwstenen van de kernzuren DNA en RNA – is essentieel voor celgroei en -deling. In de meeste dierlijke cellen is dit proces nauw verbonden met goed fun-ctionerende mitochondriën, de organellen die verantwoordelijk zijn voor celademhaling en (daarmee de) energieproductie. Wanneer de mitochondriale ademhaling faalt, een veelvoorkomend kenmerk van mitochondriale ziekten en verschillende vormen van kanker, verliezen cellen het vermogen om normaal te delen. Nieuw onderzoek toont nu aan dat het gistgen ScURA die aanmaak weer op gang brengt. Lees verder →

Bacteriofagen bouwen om resistente bacteriën te doden

Geplaatst op door
Beantwoorden
Het 'bouwen' van een synthetisch faaggenoom

In deze methode wordt stukjes faag-DNA letter voor letter ‘opgebouwd’ waarna de DNA-stukken (hier 21) aaneen worden ‘gelast’. Rechtsonder de uieindelijke faag. (afb: Andy Sikkema et al./ACS Synthetic Biology)

Onderzoekers van New England Biolabs (NEB) en de Yale-universiteit zouden het eerste volledig kunstmatige systeem hebben ontwikkeld voor het ‘bouwen’ van bacteriofagen (letterlijk bacterievreters) voor Pseudomonas aeruginosa. Die bacterie is over de hele wereld ongevoelig geworden voor antibiotica en dat is niet goed (voor de mens, die overigens zelf heeft gezorgd voor die resistentie). Daarbij is het HC-GGA-platform van NEB gebruikt. Daarmee kunnen onderzoekers bacteriofagen ‘bouwen’ met behulp van DNA-sequenties in plaats van het assembleren van (grotere) stukken bestaand DNA-erfgoed. Lees verder →

E. coli’s verleid om synthetische eiwitten aan te maken

Geplaatst op door
Beantwoorden
Aanmaak van synthetische eiwitten door E. coli's

Het transportsysteem wordt ‘verleid’ om niet natuurlijke aminozuren in de E- coli-cel binnen te laten, waar die, na wat manipulatie, ook daadwerkelijke niet-natuurlijke eiwitten gaat aanmaken (afb: Kathrin Lang et al./Nature)

Het (ook ons) leven gebruikt maar twintig aminozuren om de werkpaarden van dat leven te bouwen: de eiwitten. Onderzoeksters van ETH Zürich hebben nu een bacterieel transportsysteem zo aangepast dat het efficiënt grote hoeveelheden onnatuurlijke aminozuren, vermomd als een Trojaans paard, in cellen kan aanmaken. Daardoor zouden eiwitten kunnen worden gemaakt met meer, andere functies dan de natuurlijke is de gedachte. Of dat echt zo is moet nog wel worden aangetoond. Lees verder →

Kleinere Cas9-variant maakt meer mogelijk bij genoombewerking

Geplaatst op door
Beantwoorden
De structuur van nsCas9d

De structuur van het kleinere NsCas9d-eiwit (afb: Yanli Wang et al./Nature Communications)

De CRISPR/Cas9-methode is in relatief weinig jaren een populaire methode geworden om genomen te bewerken. Helaas is het veelgebruikte Cas9-eiwit dat daarvoor gebruikt wordt nogal omvangrijk en dat beperkt de mogelijkheden aangezien het CRISPR-gereedschap moet passen in een virus. Nu hebben onderzoeksters rond Yanli Wang (koppeling geeft bij mij=as veiligheidswaarschuwing) van het biofysisch instituut van de Chinese academie van wetenschappen een bacterie (een Nitrospirae-stam) gevonden die een veel kleiner Cas9-eiwit gebruikt bestaand uit ‘slechts’ 762 aminozuren. Daarmee worden genoombewerkingen mogelijk die met het grote Cas9-molecuul van Streptococcus pyogenes niet mogelijk zouden zijn. Lees verder →

Weer methode geleend van bacteriën om DNA te bewerken

Geplaatst op door
Beantwoorden
Afweermechanisme bacteriën tegen fagen

DarT2 zorgt dat het genmateriaal van fagen niet wordt gekopieerd. Als de dreiging voorbij is heft DarG dat weer op. NAM staat voor niacinamide (afb: Chase Beisel et al./Nature Bioltechnology)

Onderzoekers van het Helmholtz Instituut voor RNA-gebaseerd Infectieonderzoek (HIRI) en collega’s hebben een methode ontwikkeld voor het verfijnen van bewerken van genetisch materiaal. Dit omvat het gericht toevoegen van chemische ‘vlaggen’ aan het genoom, wat nieuwe mogelijkheden biedt voor genoombewerking in de geneeskunde, landbouw en biotechnologie. Lees verder →

Nieuw inzicht in het ontstaan van meercellige organismen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Mitose

Gewone celdeling (mitose). Meercelligen zouden kunnen zijn ontstaan doordat de cellen zich na celdeling niet hebben gescheiden. De celdeling was dus niet volledig.

Dieren, van wormen en sponzen tot kwallen en walvissen, bevatten tussen de paar duizend en tientallen biljoenen genetisch vrijwel identieke cellen. Afhankelijk van het organisme rangschikken deze cellen zich in een verscheidenheid aan weefsels en organen, zoals de darmen, spieren en zintuigen. Hoewel niet alle dieren al deze weefsels hebben, hebben ze wel allemaal één weefsel, de kiembaan, dat zaad- of eicellen produceert om de soort voort te planten. Hoe en wanneer die afzonderlijke cellen hebben besloten samen te gaan is niet bekend, maar een celbioloog van de universiteit van Chicago denkt nu een tipje van die sluier te hebben opgelicht. Lees verder →

‘Nieuwe’ Ssn-genschaar knipt enkelstrengs-DNA op specifieke plaats

Geplaatst op door
Beantwoorden
Ssn-endonuclease 'schaar' voor specifieke enkelstrengs-DNA-knip

De Ssn-endonucelase knipt enkelstrengs-DNA heel specifiek bij een bepaalde basevolgorde door (afb: Frédéric Veyrier et al./Nature Communications)

Onderzoekers in Canada rond Frédéric Veyrier van INRS ontdekten een nieuwe familie enzymen (aangeduid met Ssn) die in staat is om heel gericht een enkele DNA-streng door te knippen. Ze denken dat deze nieuwe genoombewerkers weer nieuwe mogelijkheden zouden kunnen bieden dan de nu overheersende CRISPR-techniek op het gebied van genoombewerking. Lees verder →

RNA’s en Tas-eiwitten maken genoombewerking ‘completer’

Geplaatst op door
Beantwoorden

Tas-eiwit

Tas-eiwit (afb: McGoverninstituut/Max Wilkinson)

Een oud RNA-gestuurd systeem zou de aflevering van genbewerkings’gereedschappen’ in celkernen vereenvoudigen en meer, zo niet alles, van het een genoom bewerkbaar maken. Een Tas-eiwit gebruikt daarbij, net als bij de CRISPR-methode, een RNA-gids om een ​​specifieke doelsequentie in het DNA te herkennen om daar aan het werk te gaan. Lees verder →