Tas-eiwit (afb: McGoverninstituut/Max Wilkinson)
RNA’s en Tas-eiwitten maken genoombewerking ‘completer’
Beantwoorden
Categorie archieven: Micro-organismen
CRISPR-remmers vergroten mogelijkheden genoombewerking
CRISPR-remmers geven meer ‘houvast’ bij genoombewerking (afb: Katherina Wandera et al./Molecular Cell)
De CRISPR/Cas-genschaar biedt een breed scala aan potentiële toepassingen, van de behandeling van genetische ziekten tot antivirale therapieën en diagnostiek. Om hun krachten echter veilig te benutten, zoeken wetenschappers nog steeds naar mechanismen die de activiteit van die systemen kunnen sturen. Het anti-CRISPR-eiwit AcrVIB1 is een veelbelovende remmer waarvan de exacte functie tot nu toe duister. Onderzoekersters van, onder meer, het Helmholtzinstituut voor RNA-besmetting HIRI in Würzburg hebben ontdekt hoe AcrVIB1 werkt (pdf-bestand), wat de mogelijkheden waarmee Acr’s CRISPR kunnen uitschakelen zijn toegenomen. Er liggen waarschijnlijk nog meer mogelijkheden braak. Lees verder
Ki-systeem Evo leert prokaryote genomen te bouwen
Onderzoekers van de Stanforduniversiteit rond Eric Nguyen hebben het ki-systeem Evo, wijs gemaakt door de genomen van miljoenen bacteriën en bacteriefagen (bacterievirussen), zover gekregen om zelfstandig bacterie- en faaggenomen voor te stellen. Uit veiligheidsoverwegingen zijn hebben de onderzoekers geen ‘lesmateriaal’ uit de virale en eukaryote genomen meegenomen. Evo zou ook kunnen aangeven wat bepaalde veranderingen in een genoom voor het organisme zouden betekenen. Ook kan het systeem een ‘aannemelijk’ (levensvatbaar?; as) genoom van zo’n miljoen basenparen produceren. Lees verder
Met retrons zou DNA nog beter zijn te bewerken
De CRISPR-methode gecombineerd met retrons zou het DNA van zowel prokaryoten (bacteriën) als eukaryoten nauwkeuriger bewerken (afb: shipmanlab.org)
In bacteriecellen verijdelen stukjes DNA, retrons genaamd, virale aanvallen, maar ze kunnen meer. Onderzoekers rond Seth Shipman van Gladstone-instituten hebben aangetoond dat retrons ook heel nauwkeurig DNA kunnen bewerken. Ze kunnen zelfs worden gecombineerd met CRISPR, het veel bekendere bacteriële verdedigingssysteem dat tot veel gebruikt DNA-bewerker is uitgegroeid. Die combinatie zou nog nauwkeuriger zijn (maar dat heb ik=as al iets te vaak gehoord). Lees verder
Synthetische molmotor ontwikkeld met groot vermogen
De molmotor rolt zich op tot buis en kan zich weer strekken (afb: Job Boekhoven et al./Cell Chem
Onderzoekersters van de technische universiteit van München (TUM) hebben een kunstmatige motor op supramoleculair niveau ontwikkeld die een behoorlijke kracht kan ontwikkelen, een zogeheten moleculaire motor (in afko molmotor). Deze molmotor is een lintje gemaakt van bepaalde verbindingen. Wanneer er energie aan wordt toegevoerd, strekt het het opgerolde lint zich en kan zo voorwerpjes duwen. Zijn energie haalt de molmotor uit adenosinetrifosfaat (ATP), het energiedragende molecuul in cellen. Lees verder
Kan de CRISPR-methode nu eindelijk haar belofte waarmaken?
Kennelijk moet voor de integrase-invoeging van een DNA-sequentie het genoom eerst met de priemtechniek bewerkt worden (afb: Jesse Owens et al.)
Sinds de introductie van de bacteriële CRISPR-methode voor het bewerken van DNA werd alo gedroomd van een revolutionaire manier om erfelijke ziektes en andere genetische afwijkingen uit te bannen, maar dat bleek iets te rooskleurig gedacht. Een van de grotere belemmeringen voor de CRISPR-methode is het afleveren van het CRISPR-gereedschap met het genetisch materiaal aan de cellen. Nu beweren onderzoekers rond Jesse Owens van de universiteit van Hawaii een veilige en efficiënte manier gevonden te hebben om met aangepaste enzymen, integrases, hele genen te vervangen. Dat is overigens niet voor het eerst. Lees verder
Ringvormig RNA zou effectiever zijn in RNA-therapieën
Echt ringvormig is het RNA niet (afb: Pashan Mali et al./UCSD)
RNA-therapieën zijn momenteel erg in zwang, maar dan gaat het altijd om RNA-strengen. Ringvormige RNA’s effectiever en stabieler zijn dan hun ‘rechtlijnige’ tegenhangers, maar het was nogal lastig die te maken Onderzoekers van de universiteit van Californië in San Diego zouden nu een effectieve manier hebben ontwikkeld om ringRNA’s te maken . Lees verder
Onderzoekers ontdekken ‘wondereiwit’ dat ernstige DNA-schade herstelt
Zo zou DdrC breuken in het DNA van D, radiodurans repareren (afb: Robert Szabla et al./Nucleic Acids Research)
Onderzoekers van de westelijke universiteit in Canada hebben bij de vrij bekende bacterie Deinococcus radiodurans een eiwit ontdekt (DdrC) dat ook ernstige schade van DNA zou herstellen en onmiddellijk vliegen allerlei wilde verwachtingen over de beeldschermen wereldwijd over een oplossing voor kankers, klimaatbestendige planten en meer van dat moois, niet in de laatste plaats gevoed door de onderzoekers zelf. Lees verder
Knipenzym TnpB is een stuk kleiner dan de Cas-eiwitten
Cas9 is nogal ‘omvangrijk’ (afb: WkiMedia Commons)
Cas-ewitten die worden gebruikt zijn nogal omvangrijk en maken het lastig om bepaalde CRISPR-genoom-bewerkingen uit te voeren. De bezorgers (vectoren), meestal kreupel-gemaakte virus-sen, kunnen al die gigantische moleculen niet bergen. Nu hebben onderzoekers de nuclease TnpB, een enzym, gevonden dat hetzelfde werk als de Cas-eiwitten zou doen dan maar een stuk kleiner is dan de alternatieve eiwitten. Ze zien hun vinding vooral voor toepassing in planten. Lees verder
Bacteriën in darmflora muisjes met basebewerker genetisch veranderd
De DNA-basen (afb: WikiMedia Commons)
Onderzoekers rond Xavier Duportet van het Franse bedrijf Eligo Bioscience hebben het DNA van Escherichia coli-bacteriën in de darmen van (levende) muisjes genetisch veranderd. Dat zou gelukt zijn bij ruim 90% van de E. coli’s in de muizendarmpjes. De onderzoekers waren er op uit het genoom van de bacteriën te veranderen zonder de darmflora te vernietigen. Lees verder