Categorie archieven: Micro-organismen

Ki-systeem Evo leert prokaryote genomen te bouwen

Geplaatst op door
Beantwoorden

Genoomtimmeraar EvoOnderzoekers van de Stanforduniversiteit rond Eric Nguyen hebben het ki-systeem Evo, wijs gemaakt door de genomen van miljoenen bacteriën en bacteriefagen (bacterievirussen), zover gekregen om zelfstandig bacterie- en faaggenomen voor te stellen. Uit veiligheidsoverwegingen zijn hebben de onderzoekers geen ‘lesmateriaal’ uit de virale en eukaryote genomen meegenomen. Evo zou ook kunnen aangeven wat bepaalde veranderingen in een genoom voor het organisme zouden betekenen. Ook kan het systeem een ‘aannemelijk’ (levensvatbaar?; as) genoom van zo’n miljoen basenparen produceren. Lees verder →

Met retrons zou DNA nog beter zijn te bewerken

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR&retron-genoombewerking

De CRISPR-methode gecombineerd met retrons zou het DNA van zowel prokaryoten (bacteriën) als eukaryoten nauwkeuriger bewerken (afb: shipmanlab.org)

In bacteriecellen verijdelen stukjes DNA, retrons genaamd, virale aanvallen, maar ze kunnen meer. Onderzoekers rond Seth Shipman van Gladstone-instituten hebben aangetoond dat retrons ook heel nauwkeurig DNA kunnen bewerken. Ze kunnen zelfs worden gecombineerd met CRISPR, het veel bekendere bacteriële verdedigingssysteem dat tot veel gebruikt DNA-bewerker is uitgegroeid. Die combinatie zou nog nauwkeuriger zijn (maar dat heb ik=as al iets te vaak gehoord). Lees verder →

Synthetische molmotor ontwikkeld met groot vermogen

Geplaatst op door
Beantwoorden
De molmotor in actie

De molmotor rolt zich op tot buis en kan zich weer strekken (afb: Job Boekhoven et al./Cell Chem

Onderzoekersters van de technische universiteit van München (TUM) hebben een kunstmatige motor op supramoleculair niveau ontwikkeld die een behoorlijke kracht kan ontwikkelen, een zogeheten moleculaire motor (in afko molmotor). Deze molmotor is een lintje gemaakt van bepaalde verbindingen. Wanneer er energie aan wordt toegevoerd, strekt het het opgerolde lint zich en kan zo voorwerpjes duwen. Zijn energie haalt de molmotor uit adenosinetrifosfaat (ATP), het energiedragende molecuul in cellen. Lees verder →

Kan de CRISPR-methode nu eindelijk haar belofte waarmaken?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Integrase-invoeging in DNA

Kennelijk moet voor de integrase-invoeging van een DNA-sequentie het genoom eerst met de priemtechniek bewerkt worden (afb: Jesse Owens et al.)

Sinds de introductie van de bacteriële CRISPR-methode voor het bewerken van DNA werd alo gedroomd van een revolutionaire manier om erfelijke ziektes en andere genetische afwijkingen uit te bannen, maar dat bleek iets te rooskleurig gedacht. Een van de grotere belemmeringen voor de CRISPR-methode is het afleveren van het CRISPR-gereedschap met het genetisch materiaal aan de cellen. Nu beweren onderzoekers rond Jesse Owens van de universiteit van Hawaii een veilige en efficiënte manier gevonden te hebben om met aangepaste enzymen, integrases, hele genen te vervangen. Dat is overigens niet voor het eerst. Lees verder →

Ringvormig RNA zou effectiever zijn in RNA-therapieën

Geplaatst op door
Beantwoorden
'Ringvormig' RNA

Echt ringvormig is het RNA niet (afb: Pashan Mali et al./UCSD)

RNA-therapieën zijn momenteel erg in zwang, maar dan gaat het altijd om RNA-strengen.  Ringvormige RNA’s effectiever en stabieler zijn dan hun ‘rechtlijnige’ tegenhangers, maar het was nogal lastig die te maken Onderzoekers van de universiteit van Californië in San Diego zouden nu een effectieve manier hebben ontwikkeld om ringRNA’s te maken . Lees verder →

Onderzoekers ontdekken ‘wondereiwit’ dat ernstige DNA-schade herstelt

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-reparatie D. radiodurans

Zo zou DdrC breuken in het DNA van D, radiodurans repareren (afb: Robert Szabla et al./Nucleic Acids Research)

Onderzoekers van de westelijke universiteit in Canada hebben bij de vrij bekende bacterie  Deinococcus radiodurans een eiwit ontdekt (DdrC) dat ook ernstige schade van DNA zou herstellen en onmiddellijk vliegen allerlei wilde verwachtingen over de beeldschermen wereldwijd over een oplossing voor kankers, klimaatbestendige planten en meer van dat moois, niet in de laatste plaats gevoed door de onderzoekers zelf. Lees verder →

Knipenzym TnpB is een stuk kleiner dan de Cas-eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas9

Cas9 is nogal ‘omvangrijk’ (afb: WkiMedia Commons)

Cas-ewitten die worden gebruikt zijn nogal omvangrijk en maken het lastig om bepaalde CRISPR-genoom-bewerkingen uit te voeren. De bezorgers (vectoren), meestal kreupel-gemaakte virus-sen, kunnen al die gigantische moleculen niet bergen. Nu hebben onderzoekers de nuclease TnpB, een enzym, gevonden dat hetzelfde werk als de Cas-eiwitten zou doen dan maar een stuk kleiner is dan de alternatieve eiwitten. Ze zien hun vinding vooral voor toepassing in planten. Lees verder →

Bacteriën in darmflora muisjes met basebewerker genetisch veranderd

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-basen

De DNA-basen (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers rond Xavier Duportet van het Franse bedrijf Eligo Bioscience hebben het DNA van Escherichia coli-bacteriën in de darmen van (levende) muisjes genetisch veranderd. Dat zou gelukt zijn bij ruim 90% van de E. coli’s in de muizendarmpjes. De onderzoekers waren er op uit het genoom van de bacteriën te veranderen zonder de darmflora te vernietigen. Lees verder →

Fagen gebruiken springende genen om concurrent te ontregelen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriofaag

Een bacteriofaag oftewel bacterie-eter

Tientallen jaren vroegen genetici afgevraagd wat ze met die vervelende springende genen aan moeten die zich willekeurig door het genoom verspreiden. Nu hebben onderzoekers bij reuzenfagen gezien dat ze die springende genetische elementen gebruiken om concurrentie de voet dwars te zetten. Kennis daarover zou het gebruik van fagen als antibiotica een stuk vooruit helpen in de strijd tegen de dreigende antibioticumresistentie. Lees verder →

Zijn enzymen voor springende genen de nieuwe CRISPR?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Springende genen in maïs

Springende genen in maïs zogen voor zeer diverse kleurpatronen van de korrels (afb: WikiMedia Commons)

Een moleculaire eigenaardigheid gevonden in bacteriën zou wel eens een nieuwe grote stap in de genoombe-werking kunne zijn, waardoor onderzoekers grote segmenten DNA kunnen invoegen, verwijderen of omdraaien. De techniek, beschreven in drie artikelen die deze maand in Nature (1 en 2) en in Nature Communications  zijn gepubliceerd, maakt gebruik van het natuurlijke vermogen van de zogenaamde springende genen om zichzelf in genomen in te voegen. Als deze ’truc’ van bacteriën ook in zoogdierencellen werkt, dan zou deze techniek weleens een concurrent kunnen worden van de CRISPR-methode om het genoom te bewerken. Tot nu toe lijkt die techniek haar belofte nog steeds niet echt te hebben ingelost. Lees verder →