Categorie archieven: Eiwitten

Ach ja synbio + ki, het kon niet uitblijven

Geplaatst op door
Beantwoorden
Ki+ synbio=?

Het ki-systeem moet eerst veel leren over wat eiwitten zijn en kunnen alvorens aan de slag te gaan (afb: Pezhman et. al/Advanced Materials)

Synthetische biologie zou je een aparte tak van de organische scheikunde kunnen noemen, maar de stoffen waarmee een synbioloog werkt zijn door de bank genomen aanzienlijk groter dan een organisch chemicus ‘aan kan’. In het huidige tijdsgewricht lijkt kunstmatige intelligentie onontkoombaar. Dus combineer die twee: ki + synbio geeft in een paar minuten beloftevolle bio-verbindingen waar de wetenschappers zonder ki jaren op zouden hebben moeten broeden, juicht het Finse technische onderzoekscentrum VTT in een persbericht. Een ‘revolutie’, volgens dat bericht. Lees verder →

Helpt het beruchte Softenon tegen kanker?

Geplaatst op door
Beantwoorden
CBRN 'verlijmd' met BCL-2

C6, een van de drie Thalomidederivaten van Cheng c.s., bindt merker CBRN ook aan gemuteerde BCL-2-eiwitten (afb: Xinlai Chen et. al/Cell)

Er is waarschijnlijk geen medicijn dat in de lage landen meer turbulentie en angst heeft veroorzaakt dan Softenon (‘zondagse’ naam thalidomide), Softenon is een merknaam), het slaapmiddel en de pijnstiller die het ongeboren leven drastisch verminkte. Overigens wordt het middel nog steeds tegen een groot aantal ziektes ingezet ook tegen kanker. Zo zou het middel de bloedvataanwas in tumoren remmen en daarmee de kankercellen doden. Thalodomide zou zeer effectief zijn tegen multipele myeloom  (ook wel ziekte van Kahler genoemd) en andere beenmergkankers. Nu hebben onderzoekers in Duitsland drie thalidomideachtige verbindingen ontwikkeld die effectief zouden kunnen zijn tegen kanker.
Lees verder →

Voegt het ‘splitsosoom’ introns weer in het DNA?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Het splitsosoom

Zo ongeveer zou het splitsosoom werken (afb: Manuel Ares/UCSC)

Introns zijn ‘rare’ stukjes in een gen waarvan vrij duister is wat hun functies zijn. Als een gen gekopieerd wordt moeten uit het ‘ruwe’ boodschapper-RNA die ‘rare’ stukjes er eerst nog uitgeknipt worden alvorens het RNA in ribosoom kan worden afgelezen en het bij het gen behorende eiwit kan worden gevormd. Het mechanisme/complex dat zorgt voor de verwijdering wordt  (door mij=as) splitsosoom genoemd. Volgens onderzoekers zou dat splitsosoom de weggeknipt stukjes ook wel weer eens in het DNA kunnen invoegen. Met welk doel? Nuttig hergebruik? Voorlopig moeten de onderzoekers dat nog uitzoeken.
Lees verder →

Mechanische stimuli bepalen mede ‘lot’ stamcellen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Jiwon Jang

Jiwon Jang (afb: Postech)

Het ziet er naar uit dat het ‘lot’ van stamcellen mede bepaald wordt door ook mechanische stimuli. Daarin zou het eiwit ETV4 een hoofdrol spelen, ontdekten onderzoekers rond Jiwon Jang van de universiteit van Pohang (Postech) in Zuid-Korea (waar hij niet te vinden is; as). Een aanverwant onderzoek onder leiding van Roberto Mayor van de universiteit van Santiago in Chili en het universiteitscollege in Londen laat zien dat ook druk het ‘lot’ van stamcellen kan veranderen.
Lees verder →

Eiwitstructuurvoorspeller AlphaFold kan dat nu ook met niet-eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
eiwitstructuur

De structuur van eiwitten zegt veel over zijn functionaliteit

De vorm van een eiwit zegt veel over waar dat voor dient. Tot niet zo heel lang geleden moest die vorm vaak met veel moeite worden achterhaald, tot Google in 2019 met AlphaFold op de proppen kwam. Dat schijnt het eiwitonder-zoek, in combi-natie met kunst-matige intelligentie, een heel eind op weg gebracht te hebben. Nu kan AlphaFold ook de structuur (en daarmee wisselwerking met andere verbindingen) voorspellen van andere biomoleculen dan eiwitten. Lees verder →

Staat de elektrospin aan de basis van leven? Nou uhh nee

Geplaatst op door
Beantwoorden
Onderscheid enantiomeren

Linksdraaiend helicine heeft een voorkeur voor het rechter kobalteilandje, terwijl bij het kobalteiland links met een tegenovergestelde magnetiseringsrichting die linksdraaiende helicines slechts aan de rand verschijnen (afb: Empa/Karl-Heinz Ernst et. al)

Enantiomeren zijn stoffen die dezelfde scheikundige opbouw en eigenschappen hebben, maar met gespiegelde structuren die niet overlappen zoals de linker- en rechterhand. De verschillen zijn te zien door de draaiing die beide optische isomeren geven aan gepolariseerd licht: links- of rechtsom. Opmerkelijk is dat het leven van deze optisch actieve stoffen steeds de ene variant kiest. Zo zijn alle aminozuren die het leven gebruikt linksdraaiend. Waarom dat zo is heeft al heel wat wetenschappers onoplosbare hoofdbrekens bezorgt sinds de ontdekking van de enantiomerie door Louis Pasteur. Zouden elektrische of magnetische velden daar de oorzaak van kunnen zijn? Dat weten we nog niet zeker, maar het zou kunnen. Lees verder →

Lijmenzym repareert DNA bij dubbele breuk

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-reparatie

DNA-reparatie na een dubbele strengbreuk. PARP1 is en dirigent van het proces. FET staat voor drie hersteleiwitten waaronder FUS (afb: Nagaraja Chappidi et. al/Cell)

DNA is een ongelooflijk lang molecuul. Dat werkt alleen goed in zijn oorspronkelijke ‘gestalte’, maar door verschillende oorzaken kan dat gigantische molecuul stuk gaan. Als een van de twee strengen breken dan is dat probleem vrij simpel op te lossen (de ene streng is een spiegelbeeld van de andere), maar als beide strengen breken hebben we een probleem. Naar nu blijkt zorgt het enzym PARP1 ervoor dat beide delen niet te ver uit elkaar drijven en weer netjes aan elkaar gehecht kunnen worden. Lees verder →

Ligt oorzaak Parkinson in de mitochondriën?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Mitochondriën

Mitochondriën

Uit onderzoek van de universiteit van Californië in Los Angeles zou zijn gebleken dat een van de oorzaken voor Parkinson in de mitochondriën van cellen zou kunnen liggen. Deze energiecentrales van de cellen bevatten een klein, eigen DNA. Een mutatie in een van de mitochondriale genen, SHLP2, zou mensen enigszins beschermen tegen de ziekte van Parkinson, zo stellen de onderzoekers rond Pinchas Cohen. Lees verder →

Is rammelende afvalafvoer cel oorzaak Alzheimer en Parkinson?

Geplaatst op door
Beantwoorden

DNA-afbraak met PLD3

DNA-afbraak met PLD3 (afb: Oliver Daumke et. al)

Een cel is een wereld op zich, een knap ingewikkelde wereld. Er worden stoffen aangemaakt, maar ook weer afgebroken (waarna de brokstukken vaak weer worden hergebruikt en anders afgevoerd). Die afbraak is net zo belangrijk voor een cel als de aanmaak/opbouw van verbindingen. Twee Duitse onderzoeksgroepen hebben dat afbraakproces eens nader onder de loep genomen en zagen verbanden met hersen- en autoimmuunziektes.
Een groep rond Oliver Daumke van het Max Delbrückcentrum vond een relatie met autoimmuunziektes en dementie bij een slechte afvalverwerking in de cel. Het eiwit PLD3 zou daar een belangrijke rol spelen.
Een groep rond Konstanze Winklhofer van de universiteit van Bochum vatte het eiwit NEMO bij de ‘hoorns’ en zag een relatie met Parkinson, waarbij, net zoals bij Alzheimer eiwitophopingen een kenmerkend verschijnsel is. Lees verder →

Ki-algoritme vindt perspectiefrijke nog onontdekte CRISPR-systemen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas13

Er zijn verschillende Cas-eiwitten (‘genmessen’). Hier het Cas13-eiwit aan het werk geleid door gids-RNA (rood) (afb: zlab)

Met behulp van het ki-algoritme FLSHclust en diverse databanken met DNA-sequenties hebben onderzoekers bijna 200 nog onontdekte, zeldzame CRISPR-systemen gevonden bij micro-organismen, die mogelijk perspectiefrijk zijn in het bewerken van DNA of ook RNA.
Lees verder →