Tag archieven: onbedoelde veranderingen

B-RNA-vaccins schijnen ook onbedoelde eiwitten aan te maken

Geplaatst op door
Beantwoorden
Codoncirkel

De codoncirkel te lezen van binnen naar buiten. Aan de rand is te lezen voor welk aminozuur het codon codeert. Er zijn drie stopcodons (zwarte stippen) die bij micro-organismen wel kunnen coderen voor een afwijkend aminozuur (afb: WikiMedia Commons)

Boodschapper-RNA-vaccins zijn na de successen bij de bestrijding van het coranavirus de hemel in geprezen, maar kennelijk zorgen ze er ook voor dat er eiwitten worden aangemaakt in de ‘bezochte’ cellen die nooit de bedoeling zijn geweest. Vooralsnog is onduidelijk of die in kleine hoeveelheden aangemaakte eiwitten nadelig kunnen zijn voor het herstel. De onderzoekers hebben ook een idee hoe het beter kan. Lees verder →

Ook een CRISPR-achtig systeem in eukaryote cellen ontdekt: Fanzor

Geplaatst op door
Beantwoorden
Fanzorgenschaar

De structuur van de Fanzorgenschaar (afb: Zhanglab/MIT)

Nature heeft een ‘haastuitgave’ doen verschijnen van een artikel over een ‘genschaar’ (een endonuclease) die gevonden is in eukaryote cellen zoals die van schimmels, planten en dieren. Het zogeheten Fanzorsysteem (heeft iets met Fz-eiwitten te maken: frizzled (gekroesd) class receptors) zou niet zo effectief zijn als de bekende CRISPR-genscharen als Cas9 of Cas-12 maar zou nauwkeuriger zijn, dat wil zeggen minder onbedoelde genveranderingen veroorzaken; een groot manco van de CRISPR-methode. Bovendien zou de Fanzorschaar en hulpmiddelen makkelijker af te leveren zijn aan de cellen. Waarom Nature zo’n haast had met publicatie is (mij=as) niet bekend. Lees verder →

Ki zou bij CRISPR-methode precisie bewerking RNA kunnen verbeteren

Geplaatst op door
Beantwoorden
Schematische voorstelling van Cas13d

Zeer schematische voorstelling van Cas13d (afb: Rahul Gupta et.al in Cell)

Als iedereen kunstmatige intelligentie (ki) gebruikt kunnen genoom-bewerkers, die toch een hele vooruitstrevende tak van de wetenschap bedrijven, niet achterblijven. De onderzoekers combineerden de twee om de genactiviteit op verschillende manieren te sturen. Het ki-systeem gaf de aanwijzingen voor het gids-RNA dat de ‘schaar’ voor RNA-bewerking, Cas13d, de weg moet wijzen. Deze gecombineerde technieken zouden kunnen resulteren in nieuwe CRISPR-therapieën, hopen de onderzoekers. Lees verder →

Het blijft martelen met de CRISPR-methode (of niet?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bao

Gang Bao (r) met medewerkers (afb: Rice)

De CRISPR-methode om het genoom te bewerken werd alom toegejuicht als een efficiënte manier om DNA en zelfs RNA te bewerken, maar daar zaten nog wel wat haken en ogen aan. Soms wordt het genoom ook bewerkt op plaatsen waar dat niet de bedoeling was, maar ook als de knip/vervang naar behoren geschiedt, zo lijkt het althans, kan er toch iets misgaan. Die tot nu toe ongeziene missers moeten ook in beeld gebracht worden wil de CRISPR-methode als echt veilig en doeltreffend kan/mag worden ingezet. Lees verder →

‘Zachte’ CRISPR zou nauwkeuriger zijn en ‘natuurlijker’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Nickasereparatie

Nickases werken beter bij reparatie van ziekmakende genen dan genschaar Cas9, waarbij een DNA-reaparatiesysteem van de cel het herstelwerk doet (afb: UCSD)

De van bacteriën geleende genoom-bewerkings-techniek CRISPR (eigenlijk een afweersysteem) wordt een grote toekomst toegedicht in het repareren van genetische fouten, maar kampt met nogal wat ‘kinderziektes’ waaronder onbedoelde effecten. Nu zou en groep biologen van de universiteit van Californië in San Diego in de groep van Ethan Bier een ‘zachte’ variant van de CRISPR-methode hebben ontwikkeld die gebruik maakt van nickases en van de natuurlijke DNA-reparatiemethodes, die daardoor ook nauwkeuriger zou zijn. Lees verder →

Epigenoom bewerken een veiliger alternatief voor bewerken genoom(?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Epigenoombewerking

Zo zou de epigenoombewerking ongeveer in zijn werk gaan volgens Science (afb: Science)

Al een aantal jaren zijn genetici en andere vakdisciplines geestdriftig over de mogelijkheid het genoom te bewerken met de CRISPR-methode (de ‘genschaar’). Het blijkt echter dat deze van de bacteriën geleende methode toch niet helemaal zo werkt als nodig is voor een veilige verandering van het genoom. Zou dan het bewerken van het epigenoom (welke genen zijn wel actief en welke niet) een veilig alternatief kunnen zijn? Daarmee verandert het genoom zelf niet en dat zou daarmee veiliger zijn dan het veranderen van het genoom. Die veranderingen worden dan ook doorgegeven aan het nageslacht. Lees verder →

Basebewerkers van mitochondriaal DNA hebben effect op kern-DNA

Geplaatst op door
Beantwoorden

Het lijkt er op dat systemen om mitochondriaal DNA te bewerken ook effect hebben op het DNA in de celkern. Alvorens die zouden mogen worden ingezet voor het corrigeren van ongewenste mutaties zal eerst goed uitgezocht moeten worden welke die ongewenste bijwerkingen zijn en hoe veilig het mitochondriaal DNA valt te bewerken. Lees verder →

CRISPR-kist uitgebreid met peptidekernzuur-techniek

Geplaatst op door
Beantwoorden
Genoombewerkers

Er zijn meer genoombewerkers dan CRISPR/Cas (afb: SCGE)

De CRISPR-methode om het genoom te bewerken heeft een revolutie veroorzaakt in de genetica. Het probleem blijft echter dat die methode nog niet veilig en effectief genoeg is om die te gebruiken in de ‘normale’ klinische praktijk. Nu schijnt er een middel aan de gereedschapskist te zijn toegevoegd die die veiligheid en effectiviteit zouden moeten vergroten: de peptidekernzuurtechniek (in afko: PNA-techniek). Daar blijft het waarschijnlijk niet bij. Lees verder →

CRISPR/Cas9-nuclease nog steeds erg onnauwkeurig

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR/Cas9-techniek verbeterd

De CRISPR-techniek zou nog niet precies genoeg zijn om mensen te behandelen (afb: Wiki Commons)

Al jaren woedt er een heftig dispuut over de betrouwbaarheid/nauwkeurigheid van de CRISPR-techniek om het genoom te bewerken, maar de laatste tijd werd er steeds vaker melding gemaakt van grote vooruitgang op dit terrein. Het resultaat van een onderzoek aan menselijke embryo’s in het VK moet voor het veld aanvoelen als een grote domper op het groeiende enthousiasme over de CRISPR-techniek. De helft van de embryo’s had mutaties op de verkeerde plaats en/of miste stukken DNA.  In het blad Nature worden meer voorbeelden gegeven van waar het mis ging. Terug naar af? Lees verder →

Een weer nauwkeuriger CRISPR-methode ontwikkeld (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden

CRISPR-Cas9 met gids-RNA en doel-DNA

Het Cas9-complex (blauw) ‘omarmt’ het gids-RNA (geel) en doel-DNA (rood) (afb: Bang Wong)

De ontdekking van het CRISPR-mechanisme in bacteriën, daar fungerend als afweersysteem tegen virussen, heeft het genetisch onderzoek op zijn kop gezet. Wereldwijd gingen onderzoekers er mee aan de slag om DNA-moleculen te veranderen, maar er kwamen steeds meer verhalen dat de CRISPR-methode niet zo nauwkeurig was als aanvankelijk werd aangenomen. De laatste tijd zijn er nogal wat methodes bedacht die die onnauwkeurigheid moesten verminderen en vandaag hebben we er weer een, nu uit Duitsland. Die is gericht op de populaire genschaar Cas9. Lees verder →