Virussen met CRISPR-techniek te lijf gaan (?)

Ik zou zeggen dat die RNA-vaccins tegen het coronavirus (een virus met RNA in plaats van DNA als erfgoed) goed werk hebben geleverd, maar volgens een persbericht van het Helmholtzcentrum voor gezondheid en milieu in München zouden er nieuwe wegen gevonden moeten worden om die RNA-virussen te bestrijden. Daar zou de CRISPR-techniek kunnen helpen, maar de RNA-schaar Cas13d werkt prima in de celkern, maar een stuk minder in het celplasma, de vloeistof en de organellen buiten de celkern. Daar schijnen RNA-virussen zich nogal eens op te houden (met nare gevolgen voor de gastheercel). Cas13d-NCS blijkt de RNA-virussen in het celplasma wel effectief (dus dodelijk) aan te kunnen vallen. Lees verder

Met RNA-bewerker houden CAR-T-cellen het langer uit

CAR-T-cellen vallen kankercel aan

CAR-T-cellen (blauw) vallen kankercel aan (afb: SKI)

Voortdurend wordt er gesleuteld aan de CRISPR-methode, de van bacteriën geleende manier om kernzuren (DNA en RNA) te bewerken). Nu hebben onderzoeksters het vizier gericht op de bewerking van RNA-moleculen om T-cellen die genetisch zijn veranderd om kankercellen te doden, CAR-T-cellen, wat meer tijd van leven (en dus kankercellen doden) te geven en ook meer kans tegen vaste tumoren. De CAR-T-techniek werkt redelijk goed bij bloedkankers, maar veel minder bij vaste tumoren. Lees verder

Ki-algoritme vindt perspectiefrijke nog onontdekte CRISPR-systemen

Cas13

Er zijn verschillende Cas-eiwitten (‘genmessen’). Hier het Cas13-eiwit aan het werk geleid door gids-RNA (rood) (afb: zlab)

Met behulp van het ki-algoritme FLSHclust en diverse databanken met DNA-sequenties hebben onderzoekers bijna 200 nog onontdekte, zeldzame CRISPR-systemen gevonden bij micro-organismen, die mogelijk perspectiefrijk zijn in het bewerken van DNA of ook RNA.
Lees verder

Zijn ringvormige RNA’s in vaccins beter en veelzijdiger dan rechtlijnige?

ringRNA tegen corona

In maart 2022 wisten Chinese onderzoekers een ringRNA te synthetiseren tegen het coronavirus (afb: univ. van Peking/ Wensheng Wei et. al)

RNA-vaccins hebben furore gemaakt als bestrijders van de coronaziekte (dat heeft ook  al een Nobelprijs opgeleverd), maar het probleem is dat die RNA-moleculen maar kort leven. Binnen een paar uur knabbelen enzymen die enkelstrengige moleculen aan stukken en functioneren ze niet meer. Zouden ringvormige RNA-moleculen niet een oplossing kunnen zijn voor dat (relatieve) tekort? Daar zitten geen eindjes aan waar die enzymen hun tanden in kunnen zetten? In theorie wel, maar vooralsnog moeten die ringRNA’s zich eerst maar bewijzen. Lees verder

Nieuw ontdekt ribosoom maakt cellen toegankelijk voor klikchemie

SAMU-ribosoom

Onder SAM-achtige verbinding, in het midden het ribosoom (slangetje) en boven de adenine (basegroep van de nucleotide) waar de moleculen aan ‘geklikt’ kunnen worden (afb: Höbartner et. al/Nature)

De meesten onder ons die opgelet hebben op school bij biologie zullen weten dat ribosomen in cellen dienen om eiwitten te synthetiseren. RNA-moleculen spelen daarbij een doorslaggevende rol: als boodschapper-RNA maar ook als onderdeel van die ‘eiwitfabrieken’. Nu schijnen onderzoeksters rond Claudia Höbartner van, onder meer, de Julius-Maximilianuniversiteit in Würzburg (D) een niet eerder ontdekt ribosoom te hebben gevonden, SAMURI gedoopt, dat cellen toegankelijk maakt voor klikchemie en (dus) voor nieuwe behandelwijzen van ziektes. Lees verder

Ki zou bij CRISPR-methode precisie bewerking RNA kunnen verbeteren

Schematische voorstelling van Cas13d

Zeer schematische voorstelling van Cas13d (afb: Rahul Gupta et.al in Cell)

Als iedereen kunstmatige intelligentie (ki) gebruikt kunnen genoom-bewerkers, die toch een hele vooruitstrevende tak van de wetenschap bedrijven, niet achterblijven. De onderzoekers combineerden de twee om de genactiviteit op verschillende manieren te sturen. Het ki-systeem gaf de aanwijzingen voor het gids-RNA dat de ‘schaar’ voor RNA-bewerking, Cas13d, de weg moet wijzen. Deze gecombineerde technieken zouden kunnen resulteren in nieuwe CRISPR-therapieën, hopen de onderzoekers. Lees verder

Onderzoekers ontwikkelen ‘genremmend’ DNA-enzym

Dz 46-enzym

Dz 46 knipt de G uit het RNA-molecuul (groen) (afb: John Chaput et. al)

Onderzoekers hebben een DNA-enzym ontwikkeld dat knipt in foute RNA-sequenties en de juiste met rust laat. Het zou een nieuwe technologie zijn  om allerlei ziektes te behandelen waarbij DNA- en dus ook RNA-mutaties een rol spelen. Lees verder

RNA-bewerker ADAR2 wijst afweercellen de onheilsplek

ADAR2

ADAR-2 zet adenosine (A) om in inosine (I) maar stuurt ook afweercellen naar de plek met zuurstoftekort

Een eiwit dat RNA bewerkt, ADAR2, in de endotheelcellen (wandcellen) van bloedvaten wijst afweercellen waar ze moeten zijn om heilzame werking ten toon te spreiden, ontdekten onderzoekers. Dat opent nieuwe wegen naar behandelingen, maar die route zou ook veiliger alternatief kunnen vormen voor genoombewerking met de CRISPR-methode, denken de onderzoekers. Lees verder

Ook RNA-methylering bepaalt expressie van genen, maar hoe?

Eiwitproductie

Via boodschapper-RNA worden stukjes DNA in het ribosoom omgezet in eiwitten (afb.: vib.be)

Ooit ten tijde van het ontrafelen van de opbouw van het menselijk genoom zo’n twintig jaar geleden leefde de gedachte, ook onder wetenschappers, dat we daarmee de ‘handleiding’ van het (menselijk) leven hadden ontcijferd. Niets is minder waar. Genexpressie, welke gen is actief en in welke mate, speelt een wezenlijke rol in het proces dat we leven noemen. Nu hebben onderzoekers rond Chuan He van de universiteit van Chicago wat meer zich gekregen op een van de processen die de genexpressie sturen: de RNA-methylering. Lees verder

RNA-gereedschap kan bepaalde cellen bewerken e.a.z.

Verlichte remcellen in menselijk hersenweefsel

Met CellREADR verlichte remcellen in menselijk hersenweefsel (afb: Duke/Southwell)

Onderzoekers van onder meer de Dukeuniversiteit hebben een maatsysteem ontwikkeld waarbij met hulp van RNA-moleculen cellen bewerkt kunnen worden en hersencircuits kunnen worden ‘verlicht’. Met het CellREADR-systeem kun je aan cellen eiwitten toevoegen (???; as). Het systeem is gebaseerd op een enzym dat in elke dierencel te vinden is. Je zou er ‘ingewikkelde ziektes’ mee kunnen behandelen als schizofrenie en kanker (altijd weer kanker). Lees verder