Ki komt ook synthetische biologie te hulp

algoritmes en synbiologie

Tijana Radivojevic en Hector Garcia Martin aan het werk (afb: Berkeleylab)

Ach ja, je kon er op wachten. Eindelijk na veertig jaar een belofte te zijn geweest begint kunstmatige intelligentie iets voor te stellen en bij het ene na het andere onderzoeksgebied wordt ki erbij gesleept om dat nog verder op te stoten in de vaart der wetenschappen. Synthetische biologie, de mens gemaakte biologie, is ook iets waarvan veel verwacht wordt, dus waarom die twee niet in symbiose gebracht en waarlijk het voorspelbare is geschied. Ki heeft synbio gevonden mede door toedeon van onderzoekers van het Lawrence Berkeley Nationale Lab. Die ontwikkelden een methode om zelflerende algoritmes aan te passen aan de noden van de synthetische biologie… Lees verder

B-RNA al of niet afbreken via een ‘lichtschakelaar’

b-RNA-versnipperaar

Als PAL met behulp van de aptameer het regel-RNA (= ‘vlag’ in mijn verhaal) ‘kaapt’ (r) wordt het b-RNA niet afgebroken. De vorm van PAL is gevoelig voor blauwe licht (afb: Nature)

Er is al vaker gewerkt met licht om de genactiviteit te sturen, maar nu zeggen onderzoekers in Duitsland dat ze een lichtmethode hebben ontwikkeld om dat heel precies te doen. Hier gaat het dan in feite om de afbraak van boodschapper-RNA, de mal voor het aanmaken van een eiwit. Die methode zou vooral van belang zijn voor onderzoek, want veel praktische waarde in het ziekenhuis lijkt me die niet te hebben (al kan ik het natuurlijk faliekant mis hebben). Lees verder

Biosensor geeft aan hoe virus het ribosoom van een cel kaapt

Virussensor

Opname van een virussensor. De opname zou verschillende ‘translaties’ weergeven in een cel (afb: CSU)

Een van de dingen die me hogelijk verbaasde rond dat hele coronagedoe is dat niet bekend was hoe dat virus zich verspreidde. Nou weet ik wel dat er misschien wel miljarden virussen zijn, maar al eerder in 2003 was er een uitbraak van een SARS-virus in China, familielid van het virus waar we nu mee te maken hebben (heb ik begrepen). Ik heb het niet heel precies bijgehouden, maar het lijkt nog steeds niet geheel duidelijk of het het nieuwe SARS-coronavirus ons ook via de lucht kan besmetten. Dan is een apparaatje dat aangeeft hoe een virus onze cellen aanvalt wel handig. Dat vertelt niet meteen of het coronavirus ook via de lucht kan besmetten, maar alle beetjes kennis helpen (toch?). Lees verder

Weer een manier om beschadigd zenuwweefsel te herstellen (?)

Zenwustelsel

Zenuwcellen in het centraal zenuwstelsel herstellen niet, wel die in het perifere zenuwstelsel (afb: gezondheidsuniversiteit.nl)

Zoals ik ook gisteren al zei zijn onderzoekers al tientallen jaren op zoek naar manieren om schade aan het centrale zenuwstelsel te herstellen. Gister maakte ik melding van een ‘op het oog’ veelbelovende aanpak en vandaag melden onderzoeksters van de Amerikaanse Templeuniversiteit en van de (ook Amerikaanse) universiteit van Pennsylvania dat ze een simpele manier hebben gevonden om beschadigd zenuwweefsel te herstellen: toediening van lactaat. Lees verder

CPTX lijkt het goed te doen bij hersen- en ruggenmergschade

CPTX

Het synthetische ‘brugmolecuul’ CPTX kijkt verbroken verbindingen tussen zenuwcellen te kunnen herstellen (afb: Science)

Onderzoekers uit Japan, Duitsland het het VK hebben een verbinding gesynthetiseerd, aangeduid met CPTX, die in dierproeven goede resultaten laat zien bij hersen- en ruggenmergschade, maar ook bij Alzheimer. Het lijkt te zorgen voor het herstel van celfuncties in het zenuwstelsel. Lees verder

‘Legomolecuul’ zou alleen kankercellen doden

Legoweb doodt kankercellen

Legomoleculen vormen onder bepaalde, kankerspecifieke omstandigheden binnen kankercellen een verwoestend netwerk (afb: Max Planck-instituut)

Kanker wordt meestal bestreden door bestraling of chemotherapie, maar het probleem met beide behandelwijzen is dat ook gezonde cellen daar last van hebben. Nu wordt er al sinds jaar en dag gezocht naar methodes om heel gericht kankercellen te doden, maar kennelijk zijn die nog niet zo succesvol dat ze ook breed worden ingezet. Onderzoekers van het Max Planckinstituut voor polymeeronderzoek rond David Ng hebben nu een molecuul ontworpen dat alleen ‘in actie’ komt als bepaalde voor kanker specifieke omstandigheden aanwezig zijn en in de kankercellen een web vormt waarna die het loodje leggen (is het idee). Labproeven met celkweken zouden de bruikbaarheid van de methode hebben aangetoond. Lees verder

“Nog te vroeg om genoom mensenembryo te bewerken”

Jennifer Doudna

Jennifer Doudna, een van de ontwikkelaars van de CRISPR-methode (afb: KNAW)

Een internationaal forum van medische deskundigen vindt het nog te vroeg om DNA van mensenembryo’s te bewerken om die te ‘ontdoen’ van aangeboren, ziekmakende genetische afwijkingen. De techniek, op het moment is dat de CRISPR-methode, is nog niet nauwkeurig genoeg en heeft nog te kampen met veiligheidsproblemen. Desalniettemin wil de Russische bioloog Denis Rebrikov zijn plannen doorzetten om CRISPR te gebruiken om te voorkomen dat kinderen doof ter wereld komen. Lees verder

Nummeren DNA’s vergemakkelijkt speurtocht naar mutaties

Mo Li in zijn KAUST-lab

Mo Li in zijn lab (afb: KAUST)

Met de huidige uitleestechnieken is het lastig om zeldzame mutaties in een ‘hossie’ cellen te vinden. Onderzoekers van de Koning Abdoellah-universiteit in Saoedi-Arabië hebben nu een methode ontwikkeld, die ze IDMseq hebben gedoopt , om de DNA-moleculen te ‘nummeren’ waardoor het mogelijk wordt die mutaties te vinden in een verzameling van 10 000 cellen. Ze gebruikten de methode om het resultaat van een knip-en-plakbeurt van de CRISPR-methode te evalueren. Lees verder

Het vreemde glasgedrag van misvormde eiwitten

Ian Morgan

Ian Morgan aan het spelen met misvormde eiwitten (afb: UC Santa Barbara)

Glas is in feite een (min of meer) vaste vloeistof zonder een kristallijne structuur. Het lijkt er op dat misvormde (?) eiwitten vreemde, glasachtige eigenschappen hebben en een ‘geheugen’. Een curieus verhaal, maar wat leert ons dat over misvormde eiwitten? Lees verder

Aangepast enzym helpt schade aan zenuwcellen te herstellen

Molly Shoichet

Molly Shoichet (r) (afb: univ. van Toronto)

Onderzoeksters van, onder meer, de universiteit van Toronto hebben een natuurlijk, bacterieel enzym aangepast waarna het , in ieder geval in theorie, een gunstige uitwerking bleek te hebben op de hergroei van zenuwweefsel na beschadiging door een beroerte. De synthetische versie zou stabieler zijn als de natuurlijke en langer actief zijn. Lees verder