Tag archieven: niet-coderend DNA

Met CRISPR-methode glioomcellen ‘versnipperen’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Mensenglioom in muizenhersens

Mensenglioomcellen (rood) in muizenhersentjes (afb: Laakkonen et. al)

Onderzoekers gebruikten lange herhaalsequenties die alleen bij kankercellen voorkomen (in dit geval glioomcellen) om die met behulp van de CRISPR-methode te versnipperen en daarmee deze vorm van moeilijk bestrijdbare hersenkankers. Gezonde cellen blijven ongemoeid. Volgens de onderzoekers zouden kankercellen niet zo makkelijk ‘immuun’ kunnen worden voor deze bestrijdingsmethode. Dat lijkt een haalbare aanpak, maar vooralsnog is de methode alleen nog maar uitgeprobeerd op celkweken en niet in levende organismen. Een groot probleem bij het bestrijden van hersenziektes is dat ons brein via de hersen/bloedbarrière vrij goed geïsoleerd is van de (gevaarlijke) buitenwereld. Lees verder →

Grote brein mens ontstond uit ‘rotzooi’

Geplaatst op door
Beantwoorden
lncRNA

DNA codeert ook voor ‘nutteloze’ lange, nietcoderende RNA-moleculen (afb: Chang-lab)

Gaandeweg de evolutie veranderen genen, maar genen kunnen ook ‘uit het niets’ ontstaan. Dat ‘niets’ is dan dat grote deel van het zoogdiergenoom dat nog niet zo lang geleden als ‘rotzooi’ werd gezien: het niet-coderende deel (zeggen wetenschappers nu voorzichtig). Volgens recent onderzoek zouden 74 uit die ‘rotzooi’ ontstane genen de mens zijn grote hersens hebben bezorgd. Als muisjes met de genen werden opgezadeld, dan kregen ze ook grotere hersens. De vraag is natuurlijk of ‘groter ‘ook synoniem is voor ‘superieur’ gezien alle problemen die de mens de wereld bezorgt. Lees verder →

Gedeactiveerd Cas9 gebruikt voor draaien aan knoppen genexpressie

Geplaatst op door
Beantwoorden
Isaac Hilton en Kaiyuan Wang

Isaac Hilton en Kaiyuan Wang (afb: Rice-universiteit)

Onderzoekers hebben gedeactiveerd Cas9, bekend als genschaar in de CRISPR-methode om het genoom te bewerken, gebruikt om de genexpressie in een cel te veranderen. Met behulp van deze techniek zouden meer raadsels van de werking van cellen kunnen worden opgelost (denken ze). Lees verder →

Methode ontdekt om mutaties in ’troep’-DNA te koppelen aan kanker

Geplaatst op door
Beantwoorden
Niet-coderend DNA

Niet-coderend DNA is niet bepaald nutteloos

Het lijkt er op dat wat ooit troep-DNA is genoemd niet alleen geen waardeloze rommel is, maar wel degelijk effect heeft op dat deel van DNA dat wel functioneel zou zijn, de genen. Mutaties in dat wat tegenwoordig het niet-coderende deel van DNA wordt genoemd kunnen dan ook invloed hebben op de activiteit van genen en vooral de relatie met ziektes als kanker, maar hoe was een groot vraagteken. Nu schijnen onderzoekers daarover iets meer aan de weet te zijn gekomen en dan preluderen ze maar meteen op nieuwe behandelwijzen, maar dat lijkt me wat al te voorbarig. Lees verder →

Wat maakt ons mens? Ons DNA (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Chimpanseemannetje Titan

Titan, een chimpanseemannetje (foto: Ian Gilby)

Mensen hebben zich lang zo bijzonder gevonden, en nog steeds, dat ze zich een aparte status in de natuur (het leven ) hebben toegemeten. Waar dat toe kan leiden toont ons tijdsgewricht met zijn klimaatverandering en zijn grote verlies aan biodiversiteit. Toch kun je er niet om heen dat de diersoort mens heel wat meer (wan?)presteert als elke andere diersoort, ook de mensapen.  Als ons leven en onze mogelijkheden liggen opgeslagen in ons DNA, zoals nogal eens wordt beweerd, dan kan dat niet kloppen want dat lijkt heel sterk op dat van chimpansees, onze naaste ‘verwanten’. Of juist wel en dan te vinden in het ‘ongeliefde’ deel dat vroeger troep-DNA werd genoemd (maar dat allerminst is)? Lees verder →

RNA draait ook aan de knoppen van onze genen

Geplaatst op door
Beantwoorden

RNA-bindende eiwitten

De technieken die gebruikt werden om de RNA-bindende eiwtten te karakteriseren (afb: Nature)

Het is al vaker verteld: menselijk DNA heeft zo’n 20 000 genen en de andere 98% zou troep zijn (dacht men ooit). Steeds duidelijker wordt dat dat flauwekul is. In het grootschalige project ENCODE (Encyclopedie voor DNA-elementen) houden honderden onderzoekers zich bezig met het opvullen van de ‘lege’ plekken op het genoom. Zo hebben ze inmiddels vele plekken geïdentificeerd waar bepaalde regeleiwitten, de helpen met het in- of uitschakelen van genen, binden aan het DNA.  Nieuw onderzoek binnen dat project heeft nou andere plaatsen op DNA ‘blootgelegd’ die coderen voor RNA. Die RNA-moleculen coderen niet voor eiwitten (zoals boodschapper-RNA) maar spelen zeer waarschijnlijk een rol in de genexpressie (welke genen zijn actief en in welke mate en welke niet). Lees verder →

Springende genen stabiliseren vouwpatroon DNA

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA en histonen

DNA wordt stevig ingepakt, maar genen die actief (moeten) zijn, moeten wel afgelezen kunnen worden

Springende genen zijn rare elementen in ons DNA die zich verplaatsen in het genoom. Dat zou goed zijn voor de genetische diversiteit. Die springende genen, ook wel transposonen genoemd, lijken nog een andere eigenschap te hebben die de stabiliteit van het genoom verhoogt, hoe merkwaardig dat ook mag klinken. Volgens onderzoekers van de universiteit van Washington in St. Louis hebben die loszittende genen invloed op het vouwpatroon van dat immense kernzuurmolecuul in de celkern. Lees verder →

Genen kunnen ook ‘uit het niks’ komen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Kabeljauw heeft 'antivriesgen'

Kabeljauw heeft een de novo-‘antivriesgen’ (afb: WikiMedia Commons)

Lang is gedacht dat nieuwe genen varianten van oude genen zijn, maar het wordt steeds duidelijker dat de natuur veel vindingrijker is dan dat. Genen kunnen ook zo maar ‘uit het niks’ ontstaan, uit stukken en brokken niet-coderend DNA. Lees verder →

Puntmutatie in duister-DNA zou kanker veroorzaken (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden

Kankerspecialist Lincoln Stein

Lincoln Stein (afb: OICR)

Onderzoekers in Canada denken te weten dat een puntmutatie in het troep-DNA, schijnt tegenwoordig duister-DNA genoemd te worden, kanker zou kunnen veroorzaken. Die mutatie zou iets hebben te maken met de vorming van boodschapper-RNA bij het afschrijven het genoom. Ik vraag me, als oprechte leek op elk terrein, af hoe serieus die ontdekking is. Het zou gaan om diverse typen kanker. De onderzoekers hebben het dan meteen heel optimistisch over een nieuwe manier om kanker aan te pakken…. Hoe dan ook, deze ontdekking lijkt te illustreren hoe weinig we nog van deze materie weten. Lees verder →

Bacteriën maken nieuwe genen uit ’troep-DNA’

Geplaatst op door
Beantwoorden

Ontstaan nieuwe genen in E. coli's

Nieuwe genen onstaan bij E. coli-bacteriën uit willekeurige sequenties in het ‘niet-coderende’ DNA. In het ringvormige DNA van de bacterie plaatsten onderzoeker een halfmiljard willekeurige stukjes DNA (afb: univ. van Uppsala)

Een van de (vele) vragen die ontwikkelingsbiologen zich stellen is hoe nieuwe genen ontstaan. Onderzoekers in Zweden denken nu te weten hoe dat bij bacteriën werkt. Die neiuwe genen kunnen worden gevormd uit DNA-sequenties die functieloos zouden zijn, ooit junk(=troep)-DNA genoemd. Lees verder →