Tag archieven: genschaar

Ki-systeem Evo leert prokaryote genomen te bouwen

Geplaatst op door
Beantwoorden

Genoomtimmeraar EvoOnderzoekers van de Stanforduniversiteit rond Eric Nguyen hebben het ki-systeem Evo, wijs gemaakt door de genomen van miljoenen bacteriën en bacteriefagen (bacterievirussen), zover gekregen om zelfstandig bacterie- en faaggenomen voor te stellen. Uit veiligheidsoverwegingen zijn hebben de onderzoekers geen ‘lesmateriaal’ uit de virale en eukaryote genomen meegenomen. Evo zou ook kunnen aangeven wat bepaalde veranderingen in een genoom voor het organisme zouden betekenen. Ook kan het systeem een ‘aannemelijk’ (levensvatbaar?; as) genoom van zo’n miljoen basenparen produceren. Lees verder →

Kleine genschaar TnpB is nu ook efficiënter (gemaakt)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas9

Cas9 is nogal ‘omvangrijk’ (afb: WkiMedia Commons)

CRISPR-Cas wordt wereldwijd gebruikt om genen in organismen te bewerken, in te voegen, te verwijderen of te reguleren. TnpB, een veel kleinere voorloper van de bekende ‘genschaar’ Cas-eiwitten, is gemakkelijker cellen te krijgen. Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Zürich hebben dat minder effectieve alternatief voor Cas-eiwitten nu verbeterd (met de onontkoombare ki) verbetert om een reëel alternatief te worden van die veel gebruikte maar erg ‘gewichtige’ Cas-eiwitten. Overigens lijkt de Chinese onderzoeker Guanghai Xiang daarin geslaagd te zijn door allerlei TnpB’s ‘door te lichten’ en daaruit de effectiefste twee heeft te kiezen: ISAam1 en ISYmu1

Lees verder →

Met CRISPR-methode glioomcellen ‘versnipperen’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Mensenglioom in muizenhersens

Mensenglioomcellen (rood) in muizenhersentjes (afb: Laakkonen et. al)

Onderzoekers gebruikten lange herhaalsequenties die alleen bij kankercellen voorkomen (in dit geval glioomcellen) om die met behulp van de CRISPR-methode te versnipperen en daarmee deze vorm van moeilijk bestrijdbare hersenkankers. Gezonde cellen blijven ongemoeid. Volgens de onderzoekers zouden kankercellen niet zo makkelijk ‘immuun’ kunnen worden voor deze bestrijdingsmethode. Dat lijkt een haalbare aanpak, maar vooralsnog is de methode alleen nog maar uitgeprobeerd op celkweken en niet in levende organismen. Een groot probleem bij het bestrijden van hersenziektes is dat ons brein via de hersen/bloedbarrière vrij goed geïsoleerd is van de (gevaarlijke) buitenwereld. Lees verder →

Nieuwe DNA-bewerker ontwikkeld met kleiner ‘gereedschap’

Geplaatst op door
Beantwoorden
PNP-methode voor genoombewerking

De werking van de PNP-methode lijkt erg op die van de CRISPR-techniek (afb: Magdy Mahfouz et. al)

Onderzoekers van de koning Abdoeluniversiteit voor wetenschap en technolgie (KAUST) hebben een nieuwe genoombewerkingstechniek ontwikkeld, PNP gedoopt, die gebruik maakt van kleiner ‘gereedschap’ dan de inmiddels welbekende CRISPR-methode. De omvang van het benodigde ‘gereedschap’, met name de genschaar Cas, zou de mogelijkheden van de CRISPR-methode beperken. Uiteindelijk moet zo’n CRISPR-pakket de celkern binnen kunnen komen om het genoom te kunnen bewerken. De PNP-methode zou ook minder onbedoelde fouten maken dan CRISPR, maar dat zal nog wel in de praktijk moeten worden bewezen. Lees verder →

Dieren gefokt met al ‘genschaar’ Cas9 in al hun cellen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Varkens en kippen met Cas9

Deze varkens en kippen hebben genschaar Cas9 in al hun cellen. Lekker handig voor het genonderzoek (afb: PNAS)

Bij het biomedisch onderzoek spelen genetisch veranderde proefdieren een grote rol. Vaak worden daar muisjes voor gebruikt omdat die zou ‘handig’ te fokken en te houden zijn (en niet te veel rommel geven bij het opruimen). De voorspellende kracht van proeven met muisjes is lang niet een op een te vertalen naar mensen. Proeven met varkens zouden meer ‘zeggingskracht hebben, maar het duurt veel langer om varkens te fokken (en te houden) en het schijnt nogal lastig te zijn die genetisch te veranderen. Geen nood, dan fokken we toch gewoon varkens (en kippen?) met een genschaar in hun cellen? Zo bedacht zo gedaan. Ik (=as) vind het iets zieks hebben.  Lees verder →

Genactiviteit te regelen met nieuwe CRISPR-methode

Geplaatst op door
Beantwoorden
genactiviteitsturing

Door een methylgroep aan een C (naast een G) te koppelen wordt een gen inactief. Met CRISPRon wordt de boel weer ingeschakeld (afb: Cell)

De CRISPR-methode is inmiddels een breed geprezen (maar nog lang niet volmaakt) middel om DNA te bewerken. Nu lijkt het er op dat onderzoekers die methode zo hebben veranderd dat daarmee ook de expressie van genen (de genactiviteit) is te veranderen. Dat biedt nieuwe mogelijkheden die buiten het louter genetische liggen. Lees verder →

CRISPR-methode verfijnder gemaakt met twee ‘knoppen’

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR/Cas9 aan het werk met DNA

Het CRISPR/Cas9-complex aan het werk aan DNA (rood) (afb: univ. van Californië)

Twee moleculen zouden de genoom-bewerkings-methode CRISPR kunnen verfijnen en daarmee veiliger kunnen maken, denken onderzoekers van, onder meer, de Havard-universiteit. Lees verder →

DNA-versnipperaar gaat verder dan CRISPR/Cas9-schaar

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas3 versnippert lange delen DNA

Het ‘recept’ voor de CRISPR/Cas3-aanpak (afb: Zhang Lab)

Als we het over de CRISPR-methode hebben dan het hebben we het over de ‘genschaar’ Cas9, die stukken uit DNA knipt, maar de CRISPR-methode kent meer genscharen. Nu schijnen onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Michigan een andere bacteriële genschaar ontdekt te hebben die lange stukken DNA opzoekt, wegknipt en versnippert: type I CRISPR/Cas3. Dat biedt nieuwe mogelijkheden voor genoombewerking, denken ze, maar ook voor de bestudering van het niet-coderende deel van DNA (98%). Lees verder →

CRISPR ook te gebruiken als virusbestrijder (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas9 wordt actief in nabijheid protease

Het op slot gezette Cas9-eiwit (afb: Savagelab)

De CRISPR-methode mag zich verheugen in een grote populariteit, maar dan hebben we het vooral over toepassingen aan het genoom die zijn bedoeld om ziektes te vermijden of te bestrijden die het gevolg zijn van erfelijke aandoeningen en ziekmakende mutaties. Onderzoekers van de universiteit van Californië in Berkeley rond David Savage hebben een truc bedacht om de methode ook in te zetten bij virusinfecties. Lees verder →

Naar verluidt eerste ‘inwendige’ gentherapie uitgevoerd.

Geplaatst op door
Beantwoorden
Zinkvingers

Een zinkvinger waarmee DNA kan worden doorgeknipt (afb: WikiMedia Commons)

In de VS zou onlangs voor het eerst een ‘inwendige’ gentherapie zijn uitgevoerd, waarbij het de bedoeling is dat het genoom in (lever)cellen vanuit het lichaam wordt/kan worden bewerkt om een genetische ziekte te ‘repareren’. De therapie is uitgevoerd bij de 44-jarige Amerikaan Brian Madeux die een vrij zeldzame stofwisselingsziekte heeft, de ziekte van Hunter. Madeux kreeg miljoenen exemplaren van het juiste gen ingespoten, tezamen met de zogeheten een kreupel virus voor de aanmaak van zogeheten zinkvingers, die het gen in het DNA inbouwen. “Hopelijk helpt dat mij en anderen”, zei de patiënt. Binnen een maand moet duidelijk zijn of de aanpak werkt. Lees verder →