Codering van eiwitten minder strikt dan gedacht

De codoncirkel

De codoncirkel, te lezen van binnen naar buiten. Aan de rand is te zie voor welk aminozuur het codon codeert. Er zijn drie stopcodons (zwarte stippen) die bij micro-organismen wel kunnen coderen voor een afwijkend aminozuur

Eiwitten bestaan uit een aaneenschakeling van (maximaal) twintig verschillende eiwitten. Elk aminozuur wordt gecodeerd door een zogeheten codon, een trits DNA-‘letters’). Dat geeft 64 combinatiemogelijkheden, dus zijn er meer codons voor hetzelfde aminozuur plus nog wat stopcodons, die aangeven dat het aflezen van het boodschapper-RNA in het ribosoom moeten worden gestopt. Sommige van die stopcodons coderen bij micro-organismen echter voor het aminozuur selenocysteïne, niet een van de twintig, vonden onderzoekers in Amerika. Het systeem is flexibeler dan gedacht en wie weet wat de natuur nog meer in petto heeft? Lees verder

Weer een nieuwe theorie over het ontstaan van leven (?)

Begin van simpel leven

A) Beginsituatie
B) Door de reacties komt de vloeistof in beweging en bewegen de capsules naar de ‘enzymvlek’ (vierkantje)
C) Het reagens is op. De capsules hebben zich merendeels verzameld rond de ‘enzymvlek’ (afb: ScienceAdvances)

Over hoe het leven ooit ontstaan is wordt veel gespeculeerd, maar vooralsnog lijkt dé oplossing niet gevonden te zijn. Onderzoekers van de universiteit van Pittsburg (VS) hebben nu aan de hand van een rekenmodel ‘gezien’ hoe enzymatische reacties beweging en organisatie in microcapsules kunnen sturen. Zo zou het in de eerste voorlopers van de levende cellen kunnen zijn geweest. Het gaat om eenvoudige scheikundige en natuurkundige processen die niet gebonden zijn aan de complexe wetten van de biologie, maar van zelfassemblage en zelforganisatie.
Lees verder

De nieuwe beestjes JCVI-syn3.0 van Craig Venter

De 'nieuwe' JCVI-syn3.0-bacterie

De ‘nieuwe’ JCVI-syn3.0-bacterie

Onderzoekers zijn al heel lang bezig het minimale genoom te achterhalen. Welk DNA-molecuul bevat net genoeg genen om leven mogelijk te maken. Het J. Craig Venter-instituut slaagde er in 2010 in het genoom van de bacterie Mycoplasma mycoides na te bouwen, maar nu zijn onderzoekers van hetzelfde instituut er in geslaagd een bacterie ’te bouwen’, JCVI-syn3.0 gedoopt, met een zelf ontworpen, minimaal genoom met maar 473 genen (de mens heeft er zo’n 20 000). Het is, zo lijkt het, het eerste kunstmatige genoom, even voorbijgaand aan al die genetisch gemanipuleerde, vooral, micro-organismen die de afgelopen jaren in het lab en bij bedrijven zijn ‘ontwikkeld’. Vooralsnog zit dat nieuwe genoom nog in een van een ander organisme geleende cel. Lees verder

Italiaanse stamcelonderzoeker Macchiarini ontslagen

'Superster' en stamcelonderzoeker Paolo Macchiarini

‘Superster’ Paolo Macchiarini

De Italiaanse stamcelonderzoeker en ‘superster’ Paolo Macchiarini is ontslagen door zijn Zweedse werkgever, het Karolinska-instituut. Hij zou de uitvinder zijn van een revolutionaire luchtpijpchirurgie, waarbij dat orgaan deels was opgebouwd uit stamcellen van de patiënt, maar zes van de acht patiënten die hij met die methode behandelde gingen dood. De Italiaan is om meer dan een reden
ontslagen, onder meer voor wetenschappelijke onachtzaamheid en het vervalsen van zijn cv. Lees verder

Neurale stamcellen in kippenei met mri gevolgd

Stamcel in een kippenei

Stamcel in kippenei

We doen wel geleerd, maar van veel dingen weten we nog maar heel weinig. Het lijkt er zelfs op hoe verder we komen, hoe meer gaten in onze kennis we ontdekken. Dat geldt zeker voor het immer verbazende proces dat we leven hebben genoemd (zonder dat we daar een definitie van kunnen geven). Zo is het wordingsproces van een levend wezen bijna één groot raadsel, maar laten we het simpel houden: hoe ontwikkelt zich en wat doet een hersenstamcel? Geen idee. Onderzoekers van de universiteit van Georgia (VS) hebben nu met behulp van mri een met ijzer gekleurde hersenstamcel dagenlang gevolgd in een kippenei. Spannend. Lees verder

RNA uitlezen geeft meer informatie over ziekte

Het uitlezen van RNA

Het uitlezen van RNA

RNA uitlezen zou veel meer informatie over het ‘mankement’ van een patiënt geven dan welke diagnosemethode ook, schrijven onderzoekers van het instituut voor translatiegenomie in Phoenix (VS) in een overzichtsartikel. Zij noemen RNA-uitlezing zelfs de kern van de ‘precisiegeneeskunde’, de op de patiënt afgestemde geneeswijze. Lees verder

Stamcellen door tijdelijke blokkering gen in epiblastcellen

Muizenstamcellen verkregen mbv MM-401

Boven de epiblastcellen, onder de gevormde stamcellen na behandeling met MM-401 (afb: univ. van Michigan)

Met een stof, voorlopig MM-401 gedoopt, die het ‘genetische geheugen’ van een cel wist zouden enigszins gerijpte cellen eenvoudigweg kunnen worden omgetoverd in de zo fel begeerde embryonale stamcellen, zo lijken onderzoekers van de universiteit van Michigan gevonden te hebben. Bij muizen, dan. Nu maar afwachten of we niet weer te maken hebben met in sprookje, zoals in het begin van 2104, toen Haruko Obokata alleen een zuur badje nodig had om stamcellen te maken. Ik vraag me overigens af of deze methode echt een alternatief is/kan/worden voor de genetische methode van Takahashi en Yamanaka die uitgaat van volledige gerijpte cellen. Lees verder

Alzheimercapsules voorkomen plaques bij muizen

De capsule met antilichamenproducerende cellen weer Alzheimer

De capsule met antilichamenproducerende cellen (afb: Patrick Aebischer (EPFL)

Onderzoekers van de polytechnische hogeschool in Lausanne (EPFL/Zwi) zouden hebben bewezen dat muizen geen Alzheimer kregen als ze een capsule onder de huid kregen geïmplanteerd met genetisch veranderde cellen die bepaalde antilichamen produceerden. Of de Alzheimercapsule praktisch is, is nog maar de vraag, maar opzienbarend is het wel.  Lees verder

Eiwit C/EBPa maakt stamcelvorming heel effectief

Effectieve omvorming in pluripotente stamcellen

Met behulp van het eiwit C/EBPa zijn B-cellen voor 95% om te zetten in pluripotente stamcellen (afb: Janus Johanson)

Sinds zo’n jaar of tien worden er nu rijpe cellen ‘omgeprogram-meerd’ tot (pluripotente) stamcellen. Daar wordt veel onderzoek mee gedaan, maar het probleem is de gebrekkige opbrengst. Nou schijnen onderzoekers rond Thomas Graf van het centrum voor genomie in Barcelona (Sp) grote vorderingen op dit terrein te hebben gemaakt met de ontdekking van een verrassend verband tussen geinduceerde pluripotente stamcellen, de vorming van bloedcellen en bloedkanker (leukemie). Met het eiwit C/EBPa zijn afweercellen om te vormen tot, wat genoemd wordt, ‘elitecellen’ die bijna een op een zijn om te vormen tot stamcellen. Lees verder

Kloppende hartspier gemaakt uit ontcelde harten

Een hart uit een bioreactor

Het ‘hart’ in wording (foto: Berhard Jank)

In het algemeen ziekenhuis van Massachusetts (VS) hebben onderzoekers kloppend hartweefsel gemaakt uitgaande van ontcelde mesenlijke donorharten en dat ‘karkas’ weer gevuld met hartspiercellen die waren ontwikkeld uitgaande van pluripotente stamcellen. Het is het idee dat op een dag op een soortgelijke wijze een hart voor transplantatie gemaakt kan worden met cellen van de ontvanger zelf, waardoor het eigen afweersysteem zich niet keert tegen het nieuwe hart (zoals bij donororganen met, uiteraard, vreemde cellen). Zover is het nog niet. Lees verder