Categorie archieven: RNA

Laat de genen stralen

Geplaatst op door
Beantwoorden
NIS-Seq-methode om genactiviteit te detecteren

Zo werkt NIS-Seq. T7 zou dan de faagpromotor zijn (afb: Jonathan Schmid-Burgk et al./Nature Biotechnology)

Nee, dat doen ze normaal niet, maar onderzoekers van de universiteit van Bonn hebben een proces ontwikkeld dat het makkelijker maakt te achterhalen welke genen bij bepaalde ziektes (of welk biologisch proces ook) zijn betrokken. Daar zijn. natuurlijk ook andere methoden voor, maar deze methode, NIS-Seq gedoopt, zou snel en gemakkelijk zijn om bij vrijwel elk biologisch proces te achterhalen welke genen actief zijn. Lees verder →

Onderzoekers vragen om verbieden ‘spiegelbacteriën’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Chiraliteit

Elkaars spiegelbeelden (afb: WikiMedia Commons)

In de koolstofchemie zijn veel verbindingen optisch actief: ze vormen, ten minste, twee spiegelvormen die qua opbouw gelijk zijn maar een gespiegelde structuur hebben zoals je linker- en je rechterhand. De natuur is heel kieskeurig en gebruikt, bijvoorbeeld, (vrijwel) alleen aminozuren die linksdraaiend zijn. De kernzuren RNA en DNA zijn dan weer rechtsdraaiend. Gebruik je  de rechtsdraaiende vorm van aminozuren en de linksdraaiende van kernzuren dan zou je als je dat in bacteriën toepast ‘spiegelbacteriën’ kunnen krijgen. Hoe die zich gedragen in de natuur is onbekend en daarom dringen 38 vooraanstaande onderzoekers aan op een verbod op het ontwikkelen van zulke spiegelorganismen. Lees verder →

Ki-systeem Evo leert prokaryote genomen te bouwen

Geplaatst op door
Beantwoorden

Genoomtimmeraar EvoOnderzoekers van de Stanforduniversiteit rond Eric Nguyen hebben het ki-systeem Evo, wijs gemaakt door de genomen van miljoenen bacteriën en bacteriefagen (bacterievirussen), zover gekregen om zelfstandig bacterie- en faaggenomen voor te stellen. Uit veiligheidsoverwegingen zijn hebben de onderzoekers geen ‘lesmateriaal’ uit de virale en eukaryote genomen meegenomen. Evo zou ook kunnen aangeven wat bepaalde veranderingen in een genoom voor het organisme zouden betekenen. Ook kan het systeem een ‘aannemelijk’ (levensvatbaar?; as) genoom van zo’n miljoen basenparen produceren. Lees verder →

Tragere bewerking van bRNA’s leidt tot celdood

Geplaatst op door
Beantwoorden
Splitsoom

Fouten bij het splitsen van bRNA kunnen leiden tot de celdood (afb: Ivan Đikić et al./Science)

Mensen hebben zo’n 20 000 genen, maar toch zijn cellen in staat op honderdduizenden verschillende eiwitten te produceren. Die verscheidenheid wordt mogelijk gemaakt door nabewerking van boodschapper-RNA’s die de ‘mal’ vormen voor die verscheidenheid.
Dat splitsproces wordt door verschillende eiwitten uitgevoerd dat in het Engels tezamen het spliceosome wordt genoemd, maar dat ik in dit blog splitsoom noem. Daarbij kan wel eens iets fout gaan en dan loopt de benodigde eiwitproductie in de soep en sterft de cel. Wellicht een doel voor een kanker- of Alzheimertherapie, denken de onderzoekers. Lees verder →

Nieuwe route naar genezing Alzheimer ontdekt?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Alzheimer-eiwit

RTP801 zou de nabewerking van bRNA en tRNA en daarmee de aanmaak van eiwitten verstoren bij Alzheimer (afb: Cristina Malagelada et al./Nuclear Acids Research)

Dementie, waarvan Alzheimer de belangrijkste vorm is, wordt al tig jaren onderzocht, maar al dat onderzoek lijkt alleen maar nieuwe ‘routes’ naar een behandeling van die ziektes op te leveren. Tot nu toe heeft dat geen bevredigend eindresultaat (=geneesmiddel) opgeleverd. Nu denken neurowetenschappersters rond Crisitina Malagelada en Genís Campoy-Campos van de universiteit van Barcelona dat ze in het stresseiwit RTP801 weer een goede behandelkandidaat voor Alzheimer gevonden te hebben. Dat eiwit verstoort (ook?) de aanmaak van eiwitten. Lees verder →

Nobelprijs voor geneeskunde voor ontdekking microRNA’s

Geplaatst op door
Beantwoorden
MicroRNA's

MicroRNA in actie in wormpjes (afb: Nobelcomité/Mattias Karlén)

De Amerikaanse onderzoekers Victor Ambros van de universiteit van Massachusetts en Gary Ruvkun van de Harvarduniversiteit ontvangen dit jaar de Nobelprijs voor de Geneeskunde voor de ontdekking van microRNA’s en hun rol in genregulatie. Dat maakte het Nobelcomité van het Karolinska-instituut in Zweden vandaag bekend. Daarmee verhelderde het tweetal niet alleen een belangrijk deel van de beheersing van cellulaire processen, maar legden het ook de basis voor nieuwe soorten medicijnen, aldus het comité. Lees verder →

RNA-transcript helpt bij DNA-schade maar kan ook ‘besmet’ worden

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-breuken

Hersencellen (paars) waar DNA-schade wordt gerepareerd (geel). DNA zelf is lichtblauw (cyaan), maar met geel wordt dat groen. (afb: Nussenzweig et al.)

Een cel heeft verschillende mechanismes om schade aan DNA te herstellen. Een groep van wetenschappers rond Kaspar Burger van de Julius-Maximilians-universiteit Würzburg (JMU) heeft nu een van deze signaalpaden wat nader bekeken. Ze zagen een nieuw mechanisme van de DNA-schaderespons dat gebruik maakt een RNA-transcript NEAT1. De resultaten helpen een beter zicht te krijgen op de manieren waarop cellen schade aan DNA herstellen en mogelijk ook de basis te leggen voor het ‘repareren’ van genetische ziektes. Lees verder →

Kunnen we eindelijk de therapeutische siRNA’s in de kern krijgen?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Fulvestrantachtige verbindingen

De fulvestrantachtige verbindingen die de onderzoeksters in combinatie met siRNA gebruikt hebben (afb: Molly Shoichet et al./Advanced Materials)

SiRNA is goed gereedschap, alleen nu nog een goede bezorger, meldde ik in dit blog een paar jaar geleden. Mogelijk dat onderzoeksters onder leiding van Molly Shoichet van de universiteit van Toronto die goede bezorger gevonden hebben in de ioniseerbare stoffen die ze met de riRNA’s meestuurden om de korte kernzuren op de gewenste plaats in de cellen te krijgen. Lees verder →

E. coli’s maken niet-natuurlijke cyclische peptiden aan

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cyclische peptiden

Twee van de honderd cyclische peptiden die de Scrippsonderzoekers lieten aanmaken door aangepaste E. coli-cellen (afb: Scripsinstituut)

Eiwitten bestaan uit slechts twintig verschillende aminozuren, die ‘essentieel’ genoemd worden. Synbiologen, die op zoek zijn naar synthetisch leven en niet natuurlijk ‘biomoleculen’, zijn allang bezig dat te veranderen. In de natuur coderen drie opvolgende nucleotiden (basen) (codon of triplet genoemd) in een gen welk van de twintig het wordt. Onderzoekers van het Amerikaanse Scrippsinstituut hebben nu niet-natuurlijke codons gemaakt die bestaan uit vier nucleotiden en coderen voor andere dan de essentiële aminozuren. Lees verder →

Planten hebben een eigen manier om genen af te lezen

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-transcriptie

Het transcriptieproces (afb: WikiMedia Commons)

Het leven is ooit begonnen met eencelligen, maar op een gegeven moment hebben die hun boeltje bij elkaar gegooid en ontstonden en meercellige organismen. Het lijkt er om dat dat ‘samenwonen’ zich bij planten anders ontwikkeld heeft als bij dieren. Dieren en planten hebben verschillende oplossingen om een ​​groter organisme te vormen, zoals de noodzaak om te communiceren en zich op elkaar in te stellen, om voedingsstoffen te delen en te transporteren en om gespecialiseerde structuren te vormen. Zo blijkt ook de transcriptie, het aflezen van de genen op boodschapper-RNA bij planten anders dan bij dieren, zagen onderzoekers rond Magnus Nordborg van het Gregor Mendelinstituut in Wenen. Lees verder →