Nietcoderende RNA-poortwachter speelt rol in genactiviteit

DNA-lussen

Jpx opent en sluit deuren (CTCF) op het DNA (afb: Lee et. al.)

Jaren geleden dacht de mens (ik tenminste) dat we het wel zo’n beetje wisten hoe het er toe ging in de cel. We hebben DNA met de codes voor eiwitten. Die worden bij tijd en wijlen gekopieerd op RNA, dat vervolgens als mal dient voor het eiwit in de eiwitfabriek (het ribosoom). Het zit natuurlijk veel ingewikkelder in elkaar niet al die genen zijn actief en ook de genactiviteit kan variëren. De genexpressie wordt mede bepaald door de compactering van de chromosomen (het DNA). Nu blijkt dat een nietcoderend RNA-molecuul (Jpx-RNA) een belangrijke rol in speelt in hoe het DNA zich vormt (krult) en daarmee in de genexpressie (-activiteit). Lees verder

Kunstmatig DNA dupliceert zich ook buiten een cel

Zelfreproducerend DNA

Zelfreproducerend DNA in een kunstmatig systeem (afb: 2004 ACS)

Onderzoekers rond Norikazu Ichihashi van de universiteit van Tokio lijken het voor elkaar gekregen te hebben dat kunstmatig DNA zichzelf reproduceert, ook buiten een cel. Dat zou mogelijkheden openen om kunstmatige cellen te maken die naar wens stoffen zouden kunnen aanmaken. Lees verder

Sommige genen in hersencellen coderen voor 100 eiwitten

Eiwitproductie

Via boodschapper-RNA worden stukjes DNA in het ribosoom omgezet in eiwitten (afb.: vib.be)

Elk gen in ons DNA codeert voor een eiwit. We hebben zo’n 20 000 genen, dus…? Zo simpel blijkt het niet te zijn. Onderzoekers hebben eens bekeken welke boodschapper-RNA-moleculen hersencellen aanmaken (het transcriptoom). Sommige genen zijn daarbij goed voor tientallen en soms wel honderd verschillende eiwitten. Ons DNA zit ingewikkelder in elkaar dan we denken/dachten, blijkt telkens maar weer. “Dezelfde genetische informatie kan veel verschillende eindpunten opleveren”, zegt Jonathan Mill van de universiteit van Exeter Lees verder

Fungeren rode bloedlichaampjes ook als afweercellen?

Rode bloedlichaampjesRode bloedlichaampjes, zo leren we op school, transporteren zuurstof naar de cellen in ons lichaam, maar ze zouden ook nog iets anders doen. Ze zouden fungeren als een soort afweercellen die speuren naar indringers en beschadigingen. Ze zouden DNA van de ziekteverwekkers of van beschadigd weefsel ‘strikken’ en het afweersysteem alarmeren. Lees verder

Vreemd DNA in wormcellen wordt ‘liefdevol’ behandeld

Centromeer

Het centromeer van een chromosoom (afb: WikiMedia Commons)

Wat gebeurt er als vreemd DNA in een cel verschijnt? Dat onderzochten wetenschapsters rond Karen Wing Wee Yuen van de universiteit van Hongkong in embryo’s van het minuscule wormpje Caenorhabditis elegans. Ze introduceerden in die cellen een kunstmatig chromosoom en dat bleek, heel opmerkelijk, ‘vriendelijk’ behandeld te worden. Dat vreemde DNA bleek in de embryocellen van het wormpje netjes ingepakt te worden in eiwitten om chromatine te vormen, net als het eigen DNA. Lees verder

Wat maakt ons mens? Ons DNA (?)

Chimpanseemannetje Titan

Titan, een chimpanseemannetje (foto: Ian Gilby)

Mensen hebben zich lang zo bijzonder gevonden, en nog steeds, dat ze zich een aparte status in de natuur (het leven ) hebben toegemeten. Waar dat toe kan leiden toont ons tijdsgewricht met zijn klimaatverandering en zijn grote verlies aan biodiversiteit. Toch kun je er niet om heen dat de diersoort mens heel wat meer (wan?)presteert als elke andere diersoort, ook de mensapen.  Als ons leven en onze mogelijkheden liggen opgeslagen in ons DNA, zoals nogal eens wordt beweerd, dan kan dat niet kloppen want dat lijkt heel sterk op dat van chimpansees, onze naaste ‘verwanten’. Of juist wel en dan te vinden in het ‘ongeliefde’ deel dat vroeger troep-DNA werd genoemd (maar dat allerminst is)? Lees verder

We kunnen nu eiwitinhoud van elke cel analyseren

Massaspectrometer

Een massaspectrometer voor de bepaling van eiwitten in een cel (afb: Northeastern University)

De eiwitinhoud van een cel vertelt veel over de functies van die cel en wat er eventueel mee mis zou zijn. Het lijkt er op dat die ’tak van sport’ steeds belangrijker wordt in de onderzoek maar ook in het klinisch (praktisch) gebruik. Het vakgebied ontwikkelt zci razendsnel.
Lees verder

De ’troep’ van DNA is niet gewoon maar rotzooi

DNAHet DNA-molecuul is, uitgerekt, zo’n 2 m lang, voor een molecuul gigantisch. Slechts rond 2% van dat immense molecuul codeert voor eiwitten. De rest werd ooit beschouwd als ’troep’ (in het Engels ‘junk’). Van dat idee zijn de wetenschappers onderhand wel af, want zeker een deel van die 98% is wezenlijk voor het leven. Langzamerhand krijgen genomici steeds meer zicht op wat de troep voorstelt. Dat geeft een hoop discussie… Lees verder

DNA hersencellen breekt in stukken om snel te reageren (?)

DNA-breuk

DNA-breuk (afb: quantamagazine.org )

Dat je hersens een bijzonder orgaan zijn (?) staat buiten kijf, maar het lijkt steeds gekker te worden. Nieuw onderzoek zou hebben aangetoond (aannemelijk hebben gemaakt) dat het DNA in neuronen in stukken breekt om bepaalde genen die te maken hebben met leren en geheugen snel te laten aanmaken. Normaal worden breuken in de dubbele DNA-streng geassocieerd met hersenziektes, veroudering en kanker, maar in dit geval helpen die ons snel te reageren op nieuwe omstandigheden (zo lijkt het). Lees verder

PEG10 zorgt voor veilige en gerichte afgifte RNA een cellen

Eiwitproductie

Via boodschapper-RNA worden stukjes DNA in het ribosoom omgezet in eiwitten (afb.: vib.be)

De boodschapper-RNA-therapie heeft de volle aandacht gekregen in de race om coronavaccins te ontwikkelen, maar dat betekent niet dat b-RNA-techniek een gelopen race is. Om dat grote RNA-molecuul in alle cellen te krijgen is nog niet eenvoudig aangezien het lichaam gewend is rondzwervend afval op te ruimen. In het geval van RNA zorgen daar de nucleases voor. Dus moet RNA verpakt worden om ‘onzichtbaar’ te worden. Onderzoekers hebben nu een (mensen)eiwit gebruikt om er voor te zorgen dat het b-RNA onbeschadigd in cellen terechtkomt en alleen in vooraf bepaalde cellen. Lees verder