Nieuwe aflevermethode CRISPR-gereedschap bedacht

Het klinkt eenvoudig maar is lastig: het afleveren van materiaal om in cellen genetische werkzaamheden te verrichten met, onder meer, de CRISPR-methode. Vaak worden daarvoor kreupel gemaakte virussen gebruikt, maar onderzoekers lipidestructuren gemaakt om de ‘instructies in de cellen te brengen. Die structuren schijnen in dierproeven hun bruikbaarheid te hebben bewezen. Lees verder

RNA draait ook aan de knoppen van onze genen

RNA-bindende eiwitten

De technieken die gebruikt werden om de RNA-bindende eiwtten te karakteriseren (afb: Nature)

Het is al vaker verteld: menselijk DNA heeft zo’n 20 000 genen en de andere 98% zou troep zijn (dacht men ooit). Steeds duidelijker wordt dat dat flauwekul is. In het grootschalige project ENCODE (Encyclopedie voor DNA-elementen) houden honderden onderzoekers zich bezig met het opvullen van de ‘lege’ plekken op het genoom. Zo hebben ze inmiddels vele plekken geïdentificeerd waar bepaalde regeleiwitten, de helpen met het in- of uitschakelen van genen, binden aan het DNA.  Nieuw onderzoek binnen dat project heeft nou andere plaatsen op DNA ‘blootgelegd’ die coderen voor RNA. Die RNA-moleculen coderen niet voor eiwitten (zoals boodschapper-RNA) maar spelen zeer waarschijnlijk een rol in de genexpressie (welke genen zijn actief en in welke mate en welke niet). Lees verder

Implantaat produceert insuline via radiosignaal app

Insuline van virussen verantwoordelijk voor suikerziekte en kanker?

De molecuulsstructuur van insuline (afb: WikiMedia Commons)

Het moet toch niet gekker worden. Onderzoekers onder aanvoering van Martin Fussenegger hebben een implantaat bedacht van elektronica en insulineproducerende cellen dat samen met een progje op je telefoon werkt om op tijd insuline aan te maken. Zouden diabetici daar nu blij van worden (vraag ik me af)? Fussenegger heeft zelfs plannen het lichaam op te nemen in het internet-der-dingen. Lees verder

Een polyamide gebruikt om genen aan of uit te zetten

kunstmatige transcriptiefactoren

PIPs en DNA (afb: univ van Kyoto)

CRISPR is natuurlijk een gouden vinding die niet (lang) niet tot volle ontplooiing is gekomen, maar bij het manipuleren van DNA zijn er meer ‘kapers’ op de kust.  Zo gebruiken polyamiden (familie van nylon) om genen aan of uit te zetten. Het gaat om pyrrol/imidazolpolyamiden (PIP) die in feite worden ingezet als transcriptiefactoren. Pip pip hurray staat er dan ook boven het persbericht van de universiteit van Kyoto. Lees verder

Is met biologische klok kankerproces te vertragen?

biologische klok en borstkanker

David Ann:… niet al te veel vetten…  (afb: City of Hope)

Het klinkt als hocus-pocus maar kennelijk hebben de biologische klok en het voortschrijden van het kankerproces iets met elkaar te maken. Die biologische klok maakt dat ons lichaam zich aan periodiciteit aanpast, zoals het dag/nachtritme. Onderzoekers van de Stad van Hoop in Californië ontdekten bij muisjes dat als een gen dat (mede) verantwoordelijk is voor de biologische klok defect (gemuteerd) is het borstkankerproces bij dikke muisjes versnelde. Wellicht dat daar een ‘knop’ te vinden is om dat proces te vertragen of zelfs helemaal stop te zetten, speculeren de onderzoekers. Lees verder

Een ‘noodstop’ voor CRISPR moet methode veiliger maken

Anti-CRISPR-eiwitten

De werking van anti-CRISPR-eiwitten. Links in een CRISPR-bewerking type I (Cas3) en rechts in CRISPR-bewerking type 2 (Cas9) (afb: Nature)


De CRISPR-methode is in een paar jaar tijd razend populair geworden onder genetici en over de hele wereld zijn onderzoekers aan de slag gegaan met die bacteriële afweer om ‘foute’ stukjes in DNA te repareren en om het genoom te bewerken voor onderzoeksdoeleinden. Vervelend is alleen dat de methode niet zo nauw kijkt en nog wel eens een ander stukje DNA ‘meeneemt’ (ook al wordt dat door sommigen weer tegengesproken of tenminste gerelativeerd). Er zijn methoden om die onbedoelde genoombewerking een halt toe te roepen, maar voorlopig zou de enig echte en veilige ‘noodstop’ voor CRISPR er nog niet te zijn. Nature geeft een overzicht. Binnenkort in dit theater? Lees verder

Met algoritmen het genoom wat minder ‘duister’ maken

Genfunctie en de grote aantallenHet is opmerkelijk dat we al aan het genoom willen sleutelen, maar daar eigenlijk nog niet eens zo veel van af weten. Dan heb ik het alleen nog maar over het coderende deel van het DNA en niet over de 98% van dat gigantische molecuul dat niet codeert (voor eiwitten). Van die 2% bekijken onderzoekers ook maar weer een beperkt aantal genen. Het grootste deel van ons erfgoed is ‘duister’. Onderzoekers hebben wat aan dat kennisgat willen doen door met algoritmes het DNA aan te pakken om een idee te krijgen wat dat ‘duistere’ genen-DNA zou kunnen doen. Een beginnetje (denk ik; as). Lees verder

Het ‘duister’ genoom wordt eindelijk onderzocht

DNA-uitlezing met CRISPR en nanoporiën

DNA-uitlezing met behulp van CRISPR en nanoporiën (afb: Max Planckinstituut)

Een groot deel van ons genoom bestaat uit herhalingen, wel honderden of duizenden keren. Die herhalingen zijn moeilijk te analyseren. Onderzoekers van het Max Planckinstituut voor moleculaire genetica in Berlijn  hebben nu een methode ontwikkeld om dit ‘duistere deel’ van het genoom te kunnen doorzoeken. Die methode is een combinatie van nanoporiegenoomuitlezing en de CRISPR/Cas-methode.
Lees verder

De ene kant op of de andere: DNA blijkt steeds veelzijdiger

Voorkeursreichting openen DNA

Helicases (groen) hebben bij het openen van DNA een voorkeursrichting (liever de paarse kant op dan de rode) (afb: SISSA)

Nog niet eens zo heel lang geleden werd DNA gezien als het molecuul waar ons leven in is vastgelegd. Gaandeweg blijkt dat allemaal wat ingewikkelder te liggen. Zo heeft de enzymfamilie de helicases tot taak om het stevig ingebakerde molecuul te openen om te kunnen worden afgelezen (de transcriptie). Nu hebben onderzoekers van, onder meer, het SISSA in Triëst (It) daar eens naar gekeken. Het blijkt dat het niet hetzelfde is als je het DNA de ene kant op afleest of de andere. De helicases blijken een voorkeursrichting te hebben. Zo blijken er gaandeweg steeds meer manieren ontdekt te worden waarop we dat ‘boek van het leven’ kunnen lezen.
Lees verder