‘Ontmande’ muisjes geven alleen donorgenen door

Jon Oatley

Het zal vast een lieve man zijn, die Jon Oatley (afb: WSU)

Als je van mannetjesdieren in embryovorm het gen wegknipt dat verantwoordelijk is voor de mannelijk vruchtbaarheid (NANOS2), dan worden die steriel. Als je die onvruchtbare stieren voorziet van stamcellen van een donor met de gewenste eigenschappen, dan geeft die ‘nepstier’ het genoom van de stamceldonor door. Dat lijkt op een experiment van een waanzinnige hoogleraar, maar schijnt een serieus project te zijn om snel vee te fokken met de gewenste eigenschappen, zoals, ik verzin maar wat, koeien die geen methaan ruften of varkens die geen antibiotica nodig hebben om in het slachthuis te geraken. Waar blijft het verhaal dat we van de dierproducten af moeten? Dit klinkt behoorlijk ziek. Lees verder

“Nog te vroeg om genoom mensenembryo te bewerken”

Jennifer Doudna

Jennifer Doudna, een van de ontwikkelaars van de CRISPR-methode (afb: KNAW)

Een internationaal forum van medische deskundigen vindt het nog te vroeg om DNA van mensenembryo’s te bewerken om die te ‘ontdoen’ van aangeboren, ziekmakende genetische afwijkingen. De techniek, op het moment is dat de CRISPR-methode, is nog niet nauwkeurig genoeg en heeft nog te kampen met veiligheidsproblemen. Desalniettemin wil de Russische bioloog Denis Rebrikov zijn plannen doorzetten om CRISPR te gebruiken om te voorkomen dat kinderen doof ter wereld komen. Lees verder

Nummeren DNA’s vergemakkelijkt speurtocht naar mutaties

Mo Li in zijn KAUST-lab

Mo Li in zijn lab (afb: KAUST)

Met de huidige uitleestechnieken is het lastig om zeldzame mutaties in een ‘hossie’ cellen te vinden. Onderzoekers van de Koning Abdoellah-universiteit in Saoedi-Arabië hebben nu een methode ontwikkeld, die ze IDMseq hebben gedoopt , om de DNA-moleculen te ‘nummeren’ waardoor het mogelijk wordt die mutaties te vinden in een verzameling van 10 000 cellen. Ze gebruikten de methode om het resultaat van een knip-en-plakbeurt van de CRISPR-methode te evalueren. Lees verder

Nieuwe aflevermethode CRISPR-gereedschap bedacht

Het klinkt eenvoudig maar is lastig: het afleveren van materiaal om in cellen genetische werkzaamheden te verrichten met, onder meer, de CRISPR-methode. Vaak worden daarvoor kreupel gemaakte virussen gebruikt, maar onderzoekers lipidestructuren gemaakt om de ‘instructies in de cellen te brengen. Die structuren schijnen in dierproeven hun bruikbaarheid te hebben bewezen. Lees verder

Verdediging hersenkankercellen ontmanteld (?)

Mitochondriën

Mitochondriën

Zoals al vaker in dit blog aangehaald hebben kankercellen allerlei strategieën om te voorkomen dat het afweersysteem het hun moeilijk maakt. Nu hebben onderzoeksters rond Arezu Jahani-Asl van de Canadese McGilluniversiteit ontdekt dat het uitschakelen van het OSMR-gen in kankercellen in de hersentjes van muisjes de vernietiging van die kankercellen aanmerkelijk verbetert. Lees verder

Cosmo is na CRISPR-ingreep twee keer stier

CRISPR-Cosmo met zijn moeder

CRISPR-Cosmo met moeder 3113 (afb: UC Davis)

Half april werd in een koeienstal van de universiteit van Californië in Davis (UCD) een stierkalfje gehaald (met kettingen). Het bijzondere was dat het stiertje zijn leven als stierembryo was begonnen, maar door een genetisch ingreep met de CRISPR-methode een extra SRY-gen had meegekregen op het zeventiende chromosoom, dat normaal gesproken op het Y-chromsoom huist en het individu tot man maakt. Bij geboorte bleek de koe een stier (Cosmo) te zijn (want zonder CRISPR ook zou zijn gebeurd. Lees verder

Weer een basebewerker genoom ontwikkeld: van C naar G

Stukje DNA-trap

De basen zijn de vier gekleurde staafjes (geel, groen, blauw en oranje) die de treden van de DNA-wenteltrap lijken

Het lijkt wel of basebewerkers de nieuwe mode zijn in CRISPR-land. Hadden we een paar dagen geleden het verhaal over een basebewerker die cytosine (C) omzette in thymine (T), nu hebben een basebewerker in de aanbieding die cytosine vervangt door guanine (G) getooid met de wat fantasieloze naam CGBE1. Voordeel van die basebewerkers zou zijn dat ze minder last hebben van onbedoelde mutaties. Lees verder

Mini-Cas ontdekt om genoom te bewerken

Megafaag met eigen Cas-eiwit

De megeafaag (rood) spuit zijn eigen genoom in een bacterie plus CasΦ om concurrente fagen (blauw) de pas af te snijden. Het bacteriegenoom is paars (afb: Basem Al-Shayeb en Patrick Pausch)

Een van de problemen die bestaan bij de CRISPR-methode om een genoom te bewerken is het bewerkingsgereed-schap in de celkern te krijgen. Dan is het handig als dat gereedschap niet al te groot is. Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Californië in Berkeley hebben in een bacteriofaag (een virus dat het op bacteriën heeft voorzien) een uiterst compact Cas-eiwit gevonden dat nauwkeurig (maar waar hebben we dat meer gehoord?) de dubbele streng van het DNA doorknipt: CasΦ. Lees verder

En weer is CRISPR nauwkeuriger gemaakt, althans A3G

Basebewerker A3G

Waarom alleen de tweede C moet worden vervangen door T is (mij) niet duidelijk (afb: Riceuniversiteit)

Ik wil niet veel zeggen, maar het lijkt er op dat allerwegen wordt geprobeerd de CRISPR-methode om het genoom te bewerken nauwkeuriger te maken. Ik ben de tel van de verhalen over een ‘nog nauwkeuriger CRISPR’ inmiddels al kwijt. Nu meldden onderzoeksters van de Riceuniversiteit rond Xue Sherry Gao in de VS dat hun basebewerker A3G die zich louter richt op de C (cytosine) in het DNA met extra cytosines (‘omstanders’) minder ongewenst knip-en-plakwerk verricht. Die zou, in sommige gevallen, ruim 6000 keer (!) beter scoren dan de basebewerker BE4max, die op het ogenblik het neusje van de zalm schijnt te zijn. Lees verder

CRISPR weer eens veiliger gemaakt (?)

CRISPR-Cas9 met gids-RNA en doel-DNA

Het Cas9-complex (blauw) ‘omarmt’ het gids-RNA (geel) en doel-DNA (rood) (afb: Bang Wong)

Ik heb het idee dat het met de CRISPR-methode niet helemaal lekker loopt. Toen deze bacteriële truc een aantal jaren geleden ontdekt werd, was er alom hoerageroep: nu kunnen we eindelijk heel nauwkeurig het genoom bewerken. Dat bleek niet zo te zijn. Het gebeurde vaak dat er op onvermoede en onbeoogde plaatsen aan het DNA werd gesleuteld door de knipenzymen. Er zijn inmiddels verbeteringen voorgesteld en nu komen Chinese onderzoekers onder aanvoering van Feng Gu van de universiteit van Wenzhou met weer een manier om CRISPR veiliger (betrouwbaarder) te maken. Lees verder