Menselijk genoom bijna geheel uitgelezen

Logo menselijkgenoomproject

Logo menselijk genoomproject (afb: WikiMedia Commons)

Het was een miljardenproject het uitlezen van het menselijke genoom. Op 14 april 2003 werd triomfantelijk gemeld dat 99% van het menselijke genoom met een zekerheid van 99,5%  was gedecodeerd, dat wil zeggen dat de rond driemiljard letterparen nagenoeg waren ontcijferd. Dat was eigenlijk onzin, stelt Ernst-Peter Fischer in zijn blog. Nu zouden we het nepnieuws noemen. Hele stukken DNA, honderden miljoen letter (A, C, G en T) waren destijds met de voorhanden techniek niet te lezen, met name de repetitieve stukken (CACACACACACACACACACACA, bijvoorbeeld). Zo zoetjes aan komen we nu pas in de buurt. Lees verder

Bewerken b-RNA

Door het b-RNA te bewerken met gids-RNA (plus enzym) wordt blauwfluorescent eiwit groenfluorescent (afb: AIST)

Nogal wat genetische ziektes zijn het gevolg van C-naar-T-puntmutaties. Toshifumi Tsukahara van het Japanse instituut voor technologie en wetenschap en collega’s hebben een bijzonder listige (vind ik; as) manier ontwikkeld om puntmutaties te herstellen. Ze maakten een kunstmatig RNA-editase-enzym en combineerden dat met een gids-RNA. Daarmee werd, als blijkt van bruikbaarheid, een cytosine-nucleotide van boodschapper-RNA dat codeert voor een blauwfluorescent eiwit omzetten in uracil van het boodschapper-RNA dat codeert voor groenfluorescent eiwit. Volgens de onderzoekers is deze RNA-techniek veel veiliger en zekerder om ziekmakende puntmutaties te restaureren dan de veel geprezen CRISPR/Cas9-methode. Lees verder

Histonen voorkomen springen van transposons in stamcellen

Histondans

De histondans rond de springende ERV-genen (afb: Simon Elsässer)

Springende genen (transposonen) zijn hier in dit blog nog wel eens langs gehuppeld. Dat zijn stukken DNA die de neiging hebben zich steeds elders in het genoom te vestigen en/of zichzelf te vermenigvuldigen. Dat is natuurlijk niet zo best voor de stabiliteit en integriteit van het genoom en er zijn wat manieren waarop het genoom al dat gespring aan banden legt. Een aantal daarvan schijnen in kankercellen maar ook in oudere cellen te ontbreken. Histonen, het ‘verpakkingsmateriaal’ rond het  DNA, schijnen in dat remproces een belangrijke rol te spelen, ook in de zogeheten pluripotente stamcellen. Lees verder

Taaislijmziekte te behandelen met b-RNA-therapie of met CRISPR (?)

Omslag Human Gene Therapy

Onderzoekers van het technologisch instituut van de Amerikaanse staat Georgia denken dat de taaislijmziekte (cystische fibrose) is te behandelen met b-RNA-therapie of met de CRISPR-methode ongeacht de mutatie die die ziekte veroorzaakt. Dat zouden klinische proeven hebben aangetoond. Lees verder

Doudna en Charpentier winnen Nobelprijs voor scheikunde

Emmanuelle Charpentier

Emmanuelle Charpentier (afb: WikiMedia Commons)

Jennifer Doudna en het patentgevecht om CRISPR/Cas9

Jennifer Doudna,(afb: WikiMedia Commons)

De Nobelprijs voor scheikunde gaat dit jaar naar twee vrouwen: Emmanuelle Charpentier en Jennifer Doudna, wat op zich al uitzonderlijk is. Ze kregen de prijs voor de ‘ontdekking’ en ontwikkeling van de CRISPR-methode waarmee het genoom bewerkt kan worden. Lees verder

Terahertzgolven veranderen genactiviteit stamcellen

teraehertzgolvenTerahertzgolven liggen in het elektromagnetische spectrum tussen het verre infrarood en de de microgolven in. Die golven blijken volgens Japanse onderzoekers invloed te hebben op de genactiviteit van pluripotente stamcellen. Dat zou dan weer gevolgen kunnen hebben voor het stamcelonderzoek en methodes om afwijkend (ziekelijk) weefsel te herstellen, maar even zo goed voor terahertztoepassingen waaraan gesleuteld wordt. Lees verder

Klimaat en CRISPR (commentaar)

Grijsbonte koe

De grijsbonte koe zou beter tegen de wamte kunnen… (afb: AgResearch)

Je kunt een hoop aan een auto veranderen, maar het blijft een wanproduct. Dat kun je niet van koeien zeggen, al hebben mensen daarbij ook een hoop verknoeid met het oog op de ‘economie’. Mensen hebben een klimaatcrisis op hun geweten en gaan daar wat aan doen. Niet door de broeikasgasuitstoot drastisch te verhinderen en passant allerlei schadelijke gedragingen overboord gooiend, maar door koeien ‘klimaatbestendiger’ te maken. Hoe? Door met de CRISPR-methode het genoom van koeien te veranderen zodat ze geen zwarte maar grijze vlekken krijgen. Lees verder

Stamcellen helpen schade aan ruggenmerg muisjes te herstellen

Ependymcellen omgevormd tot oligodendrocyten

Stamcellen (ependymcellen) ontwikkelen zich niet tot bindweefsel (‘sterretjes’) maar tot oligodendrocyten (afb: Science)

Bij schade aan het ruggenmerg ontstaat bindweefsel waardoor de ‘transportfunctie’ van het ruggenmerg teloor gaat. Al vaker is geprobeerd dat probleem op te lossen met behulp van, al of niet gespecialiseerde, stamcellen, maar kennelijk hebben die proeven niet geleid tot een therapie. Nu hebben onderzoekers van het Karolinska-instituut in Zweden het weer eens geprobeerd bij muisjes en volgens de onderzoekers produceerden die stamcellen talrijke benodigde zenuwcellen (oligodendrocyten). Zou het nu wel iets worden? Lees verder

Ki komt ook synthetische biologie te hulp

algoritmes en synbiologie

Tijana Radivojevic en Hector Garcia Martin aan het werk (afb: Berkeleylab)

Ach ja, je kon er op wachten. Eindelijk na veertig jaar een belofte te zijn geweest begint kunstmatige intelligentie iets voor te stellen en bij het ene na het andere onderzoeksgebied wordt ki erbij gesleept om dat nog verder op te stoten in de vaart der wetenschappen. Synthetische biologie, de mens gemaakte biologie, is ook iets waarvan veel verwacht wordt, dus waarom die twee niet in symbiose gebracht en waarlijk het voorspelbare is geschied. Ki heeft synbio gevonden mede door toedeon van onderzoekers van het Lawrence Berkeley Nationale Lab. Die ontwikkelden een methode om zelflerende algoritmes aan te passen aan de noden van de synthetische biologie… Lees verder

B-RNA al of niet afbreken via een ‘lichtschakelaar’

b-RNA-versnipperaar

Als PAL met behulp van de aptameer het regel-RNA (= ‘vlag’ in mijn verhaal) ‘kaapt’ (r) wordt het b-RNA niet afgebroken. De vorm van PAL is gevoelig voor blauwe licht (afb: Nature)

Er is al vaker gewerkt met licht om de genactiviteit te sturen, maar nu zeggen onderzoekers in Duitsland dat ze een lichtmethode hebben ontwikkeld om dat heel precies te doen. Hier gaat het dan in feite om de afbraak van boodschapper-RNA, de mal voor het aanmaken van een eiwit. Die methode zou vooral van belang zijn voor onderzoek, want veel praktische waarde in het ziekenhuis lijkt me die niet te hebben (al kan ik het natuurlijk faliekant mis hebben). Lees verder