Tag archieven: genexpressie

AlphaGenome moet helpen uitzoeken hoe ‘ons’ DNA in elkaar steekt

Geplaatst op door
Beantwoorden

DNAToen zo’n 25 jaar geleden het menselijke genoom was uitgelezen, werd gesteld dat we daarmee het boek van het leven zouden hebben ontcijferd. Niet bleek minder waar te zijn. Het kon natuurlijk niet uitblijven dat ‘we’ in de tijden waarin kunstmatige intelligentie (ki) razend populair is en bijkans geen wetenschappelijk artikel meer kan worden geschreven zonder, dat we die technologie erbij halen om te weten te komen hoe het DNA nou werkelijk in elkaar steekt. Bio-informatici van DeepMind gebruikten AlphaGenome om te voorspellen wanneer, waar en hoe individuele genen worden in- of uitgeschakeld en vele andere hoedanigheden van het erfgoed. Dat zou een ongekend inzicht opleveren in welke delen van het genoom worden afgeschreven, hoe ze worden geknipt en hoe eiwitten daardoor worden gemodificeerd. Lees verder →

Muisjes geboren met twee vaders als (enige) ouders

Geplaatst op door
Beantwoorden

Nageslacht van twee vaders

Een verbeelding van het experiment om van twee mannetjesmuisjes nageslacht te kweken (afb: Wei Li et al./Cell Stem Cell)

Ach ja, waarom niet: een kind met twee vaders als (enige) ouders. Chinese onderzoekers zouden daarin geslaagd zijn en het nageslacht van de twee vaders zou soms zelfs volwassen zijn geworden (wat bij muisjes nog geen jaar is). De onderzoekers deden dat door een bepaalde groep genen ‘aan te spreken’ van eiwitten die een rol spelen bij de voortplanting. Wat het nut is van deze exercitie is ontgaat me(=as) geheel (maar ik ben dan ook maar een leek op alle terreinen). Lees verder →

Fotosynthese met CRISPR/Cas9 ‘opgevoerd’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Rijsthalmen

Oryza oftewel rijst

Het schijnt dat een groep onderzoekers van, de universiteit van Californië in Berkeley met CRISPR/Cas9 het genoom van een rijstsoort heeft veranderd om de activiteit van een aantal genen te verhogen zodat de fotosynthese (de omzetting van zonne-energi8e in scheikundige energie) wordt ‘opgevoerd’ om zo de oogst te vergroten. Lees verder →

Zonder zes micro-RNA’s wordt foetus met Y-chromosoom een vrouwtje

Geplaatst op door
Beantwoorden
Het Y-chromosoom

Het Y-chromosoom

Als bij muisembryo’s de aanmaak van zes kleine RNA-moleculen (microRNA’s) dan blijken vruchten met het mannelijke Y-chromosoom toch vrouwtjes te worden, zo konden onderzoekers rond Rafael Jiménez van de universiteit van Granada (Sp) constateren. Die microRNA’s blijken een belangrijke rol te spelen in de geslachtsbepaling van zoogdieren (in ieder geval van muisjes). Kennelijk maken niet alleen de geslachtschromosomen (de X– en Y-chromosoom) uit of een foetus mannelijk of vrouwelijk wordt. Lees verder →

Gekweekte ‘minihersentjes’ lijken niet op het echte werk

Geplaatst op door
Beantwoorden
Gekweekte neurale orgaantjes

Cellen in gekweekte neurale orgaantjes (afb: Kriegstein/UCSF)

Tegenwoordig wordt er driftig gewerkt aan het kweken van organen in het lab, maar dat is niet zo eenvoudig. Er worden ook orgaantjes gekweekt die tot ongenoegen van veel wetenschapper ‘minihersentjes’ worden genoemd, maar hoewel die kweekorgaantjes wel wat weghebben van onze grijze massa, lijken die toch vooral te verschillen van het echte werk. Het is dan ook de vraag wat je aan die neurale orgaantjes hebt. Dat moet beter. Lees verder →

Boodschapper-RNA hangt vol met modificatoren

Geplaatst op door
Beantwoorden
Eiwitproductie

Via boodschapper-RNA worden stukjes DNA in het ribosoom omgezet in eiwitten. (afb.: vib.be)

Of genen actief zijn of niet wordt onder meer geregeld door methylering. Onderzoekers denken dat ook boodschapper-RNA (de kopie van een gen aan de hand waarvan eiwitten worden aangemaakt in het ribosoom) ook gemethyleerd kunnen worden en die RNA-methylering zou veel effect hebben op ons functioneren en onze gezondheid. Ook andere kleine modificatoren zouden invloed hebben op het gedrag en het lot van b-RNA. Lees verder →

Ribosomen ruimen ook op

Geplaatst op door
Beantwoorden

De aanmaak van eiwitten

De ribosomen zijn niet alleen een eiwitfabriek, lijkt het (afb: Bazzinilab)

In de ribosomen in cellen worden de eiwitten aangemaakt aan de hand van boodschapper-RNA-moleculen (die weer een kopie van genen op DNA zijn). Die ribosomen blijken echter ook die boodschapper-RNA-moleculen op te ruimen en mogelijk ook de genexpressie te beïnvloeden, ontdekten onderzoekers van het Stowersinstituut in Kansas (VS). Lees verder →

Genexpressie bestuderen zonder cellen (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Genexperessie bestuderen zonder cellen

Sebastian Maerkl (afb: EPFL)

Cellen worden geregeerd door de epigenetica: het patroon van genen die al of niet actief zijn. Welke mechanismen daarbij een rol spelen is wel zo’n beetje duidelijk, maar hoe die genexpressie wordt aangestuurd en hoe die mechanismen werking is allebehalve duidelijk. Onderzoekers van polytechnische hogeschool in Lausanne (Zwi) hebben een methode ontwikkeld om genexpressie te bestuderen (en te voorspellen) zonder dat daar cellen bij worden bestudeerd. Ze bouwden ook een biologische ‘logische poort’ , bedoeld om celfuncties te veranderen, met behulp van synthetische transcriptiefactoren. Lees verder →

Nieuwe genencircuits vooraf ’testen’ op het rekentuig

Geplaatst op door
Beantwoorden
Rekenmodel voorspelt uitkomst synthetische genencircuit

Wat weet de computer van het leven? (afb: Synthetic biology)

Synthetische biologie is het naar je hand zetten van het systeem dat we leven noemen. Dat is geen sinecure. Dat ingewikkelde systeem heeft er een tijdje over gedaan om te worden wat het nu is. Van nog al te veel aspecten daarvan weten we nog maar bitter weinig af. We prutsen aan een machine waar we maar een krakkemikkige handleiding van hebben. Onderzoekers in de VS denken de oplossing gevonden te hebben: in silicio. Laten we onze bedenksels eerst uitproberen op de computer alvorens in het echt te gaan knutselen, is hun idee. Voor het goede begrip: vooralsnog denken ze daarbij aan het genetisch ‘dresseren’ van micro-organismen. Lees verder →

Rijping stamcellen flexibeler dan gedacht

Geplaatst op door
Beantwoorden
Zebravisembryo van 28 uur

Zebravisembryo na 28 uur (afb: univ. van Bazel)

Stamcellen van een embryo ontwikkelen zich gaandeweg  tot een keur aan cellen. Onderzoekers van de universiteit van Bazel hebben bij zebravisembryo’s  die ontwikkeling van zo’n 40 000 cellen eens nauwkeuriger gevolgd. Het blijkt dat bij de rijping stamcellen wel eens een andere ‘afslag’ nemen en zich, bijvoorbeeld, niet tot hartcel ontwikkelen, maar tot hersencel. Lees verder →