Tag archieven: CRISPR

Er is meer dan Cas9 in het ondermaanse: Cas12a, bijvoorbeeld

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas9 tov Cas12a

De Cas12a-schaar schijnt betrouwbaarder te zijn dan Cas9

De CRISPR-methode is een gevulde gereedschapskist van bacteriën om zich virussen (bacteriofagen) van het ‘lijf’ te houden. Nu gebruiken onderzoekers voornamelijk een ‘genschaar’ in die methode om genomen te veranderen” Cas9. Onderzoekers hebben hun blik verlegd naar Cas12a (niet als eersten, overigens), die ‘schaar’ schijnt het anders en op sommige punten beter te doen. Het lijkt er op dat die toepassingen vooral liggen op het gebied van onderzoek en niet zo zeer van geneeskunde (maar dat kan mijn=as’s misvatting zijn). Lees verder →

RNA’s en Tas-eiwitten maken genoombewerking ‘completer’

Geplaatst op door
Beantwoorden

Tas-eiwit

Tas-eiwit (afb: McGoverninstituut/Max Wilkinson)

Een oud RNA-gestuurd systeem zou de aflevering van genbewerkings’gereedschappen’ in celkernen vereenvoudigen en meer, zo niet alles, van het een genoom bewerkbaar maken. Een Tas-eiwit gebruikt daarbij, net als bij de CRISPR-methode, een RNA-gids om een ​​specifieke doelsequentie in het DNA te herkennen om daar aan het werk te gaan. Lees verder →

Synthetisch genoom van bakkersgist gemaakt

Geplaatst op door
Beantwoorden
Verbeterd bakkersgist

Toevoeging van tRNA bleek bakkersgist beter bestand tegen hogere temperaturen te maken (afb: Hugh Goold et al./Nature Communications)

Het schijnt gelukt te zijn om een geheel genoom van een gist te synthetiseren. Onderzoekers, of waarschijnlijk hun voorlichters, spreken dan meteen weer van een mijlpaal. Het zou voor het eerst zijn dat dat gelukt is voor eukaryoot (cellen die ook zoogdieren hebben). Het is het genoom van bakkersgist (Saccharomyces cerevisiae) waaraan een tRNA-chromosoom is toegevoegd. Lees verder →

Laat de genen stralen

Geplaatst op door
Beantwoorden
NIS-Seq-methode om genactiviteit te detecteren

Zo werkt NIS-Seq. T7 zou dan de faagpromotor zijn (afb: Jonathan Schmid-Burgk et al./Nature Biotechnology)

Nee, dat doen ze normaal niet, maar onderzoekers van de universiteit van Bonn hebben een proces ontwikkeld dat het makkelijker maakt te achterhalen welke genen bij bepaalde ziektes (of welk biologisch proces ook) zijn betrokken. Daar zijn. natuurlijk ook andere methoden voor, maar deze methode, NIS-Seq gedoopt, zou snel en gemakkelijk zijn om bij vrijwel elk biologisch proces te achterhalen welke genen actief zijn. Lees verder →

Weer een veiliger CRISPR-techniek ontwikkeld? Niet echt

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR/Cas9 aan het werk met DNA

Het CRISPR/Cas9-complex aan het werk aan DNA (rood) (afb: univ. van Californië)

De CRISPR-methode om genetische fouten te repareren (of nieuwe functies te introducen) is ook in dit blog vaak ter sprake gekomen. De aanvankelijke hoerastemming is inmiddels wat geluwd, omdat die methode niet altijd even netjes (en dus onveilig) werkt. Er wordt verdurend gesleuteld aan het opschroeven van de effectiviteit (dus veiligheid) en het minimaliseren van onbedoelde veranderingen. Nu hebben onderzoekers van het befaamde ETH in Zürich aangetoond dat zo’n nieuwe, verfijnde methode allesbehalve veilig is. Toch blijven ze in de CRISPR-methode geloven als veilige manier om genetische mankementen te rapareren Lees verder →

Ki-systeem Evo leert prokaryote genomen te bouwen

Geplaatst op door
Beantwoorden

Genoomtimmeraar EvoOnderzoekers van de Stanforduniversiteit rond Eric Nguyen hebben het ki-systeem Evo, wijs gemaakt door de genomen van miljoenen bacteriën en bacteriefagen (bacterievirussen), zover gekregen om zelfstandig bacterie- en faaggenomen voor te stellen. Uit veiligheidsoverwegingen zijn hebben de onderzoekers geen ‘lesmateriaal’ uit de virale en eukaryote genomen meegenomen. Evo zou ook kunnen aangeven wat bepaalde veranderingen in een genoom voor het organisme zouden betekenen. Ook kan het systeem een ‘aannemelijk’ (levensvatbaar?; as) genoom van zo’n miljoen basenparen produceren. Lees verder →

Kleine genschaar TnpB is nu ook efficiënter (gemaakt)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas9

Cas9 is nogal ‘omvangrijk’ (afb: WkiMedia Commons)

CRISPR-Cas wordt wereldwijd gebruikt om genen in organismen te bewerken, in te voegen, te verwijderen of te reguleren. TnpB, een veel kleinere voorloper van de bekende ‘genschaar’ Cas-eiwitten, is gemakkelijker cellen te krijgen. Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Zürich hebben dat minder effectieve alternatief voor Cas-eiwitten nu verbeterd (met de onontkoombare ki) verbetert om een reëel alternatief te worden van die veel gebruikte maar erg ‘gewichtige’ Cas-eiwitten. Overigens lijkt de Chinese onderzoeker Guanghai Xiang daarin geslaagd te zijn door allerlei TnpB’s ‘door te lichten’ en daaruit de effectiefste twee heeft te kiezen: ISAam1 en ISYmu1

Lees verder →

Met retrons zou DNA nog beter zijn te bewerken

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR&retron-genoombewerking

De CRISPR-methode gecombineerd met retrons zou het DNA van zowel prokaryoten (bacteriën) als eukaryoten nauwkeuriger bewerken (afb: shipmanlab.org)

In bacteriecellen verijdelen stukjes DNA, retrons genaamd, virale aanvallen, maar ze kunnen meer. Onderzoekers rond Seth Shipman van Gladstone-instituten hebben aangetoond dat retrons ook heel nauwkeurig DNA kunnen bewerken. Ze kunnen zelfs worden gecombineerd met CRISPR, het veel bekendere bacteriële verdedigingssysteem dat tot veel gebruikt DNA-bewerker is uitgegroeid. Die combinatie zou nog nauwkeuriger zijn (maar dat heb ik=as al iets te vaak gehoord). Lees verder →

Weer een betere CRISPR-versie gefabriekt (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
PASSIGE, een verbeterde CRISPR

Dit zou duidelijk moeten maken hoek PASSIGE werkt. Priembewerking installeert nauwkeurig een hechtplaats (attB of attP) van een grote serinerecombinase (LSR) op een doellocus in het genoom. De LSR herkent vervolgens het geïnstalleerde att-motief en voegt het donor-DNA daar in. (afb: David Liu et. al/Nature)

Een overzicht van eePASSIGE. Priembewerking installeert nauwkeurig een hechtplaats (attB of attP) van een grote serinerecom-binase (LSR) op een doellocus in het genoom. De LSR herkent vervolgens het geïnstalleerde att-motief en voegt het donor-DNA daar in.Sedert een dikke tien jaar geleden de CRISPR-techniek van bacteriën geleend werd is er al heel wat gesleuteld aan die methode om het DNA of RNA te veranderen met als doel een nog betere genoom- of RNA-bewerker te krijgen. Nu hebben onderzoekers rond CRSIPRoloog David Liu van het Broadinstituut weer een stap in de richting van de volmaakte CRISPR-methode gezet. Die zou nu in een keer ook grote genen in het genoom kunnen vervangen. Eindelijk zou de methode klaar zijn voor de klinische toepassing, aldus een persbericht van het Broadinstituut. Lees verder →

Zicht van LCA-patiënten verbetert door CRISPR-behandeling

Geplaatst op door
Beantwoorden
Genoombewerking oogziekte OHSU

Al in 2020 werden de eerste ingrepen verricht om het CEP290-gen te repareren in netvliescellen (afb: OHSU/Kristyna Wentz-Graff)

In een proef zijn veertien deelnemers (waaronder twee kinderen) een zeldzame vorm van aangeboren slechtziendheid/blindheid, zou het grootste deel baat hebben gehad  bij een in vivo-genoombewerking met de CRISPR-techniek. Zes van de veertien deelnemers stelden dat met de behandeling hun levenskwaliteit vooruit was gegaan. Er zouden geen ernstige bijverschijnselen zijn geconstateerd. Lees verder →