De promotor is een deel van een gen dat in gemethyleerde vorm het gen inactief maakt (en viceversa) (afb: Merlin Crossley et al./Nature Comunications)
CRISPR-methode gebruikt om genen te (de)activeren zonder knippen in DNA
Beantwoorden
Tag archieven: CRISPR
We zijn voorlopig nog niet uitgekeken op CRISPR-ige methoden
CARF-effectoren, hier Cat1 (denk ik=as), maken het bacteriofagen onmogelijk zich te vermenigvuldigen (afb: Rockefelleruniversiteit)
Elk levend organisme op aarde moet zichzelf beschermen tegen dingen die het kwaad kunnen doen. Bacteriën zijn daarop geen uitzondering en ondanks hun relatieve eenvoud, zetten ze opmerkelijk slimme verdedigingsstrategieën in tegen virale indringers. De bekendste is CRISPR/Cas9 die nu ook gebruikt wordt voor onderzoek, maar ook voor het ‘repareren’ van ziekmakende genetische afwijkingen. Er zijn nog andere bacteriële afweermechanismen tegen virussen en er is (dus) nog veel te ontdekken. Die zogeheten CARF-effectoren van bacteriën lijken me(=as) overigens vooral ‘wapens’ tegen virale infecties en hebben weinig met genoombewerking te maken. Lees verder
Nieuwe genoombewerker STICHR gebruikt retrotransposon(techniek)
Een retrotransposon gebruikt omgekeerde transcriptie om zich elders in het genoom opnieuw te vestigen (afb: WikiMedia Commons)
Onderzoekers hebben genoombewerker STITCHR ontwikkeld die gezonde genen op specifieke plaatsen kan invoegen zonder dat daarbij onbedoelde mutaties zouden ontstaan. STITCHR zou de inmiddels welbekende CRISPR-techniek kunnen aanvullen, denken de onderzoekers. Vooralsnog zal de genoombewerker zich nog moeten bewijzen. Bij de introductie van CRISPR ruim tien jaar geleden werd die techniek ook als feilloos gezien, maar dat bleek toch niet helemaal te kloppen. Lees verder
Er is meer dan Cas9 in het ondermaanse: Cas12a, bijvoorbeeld
De Cas12a-schaar schijnt betrouwbaarder te zijn dan Cas9
De CRISPR-methode is een gevulde gereedschapskist van bacteriën om zich virussen (bacteriofagen) van het ‘lijf’ te houden. Nu gebruiken onderzoekers voornamelijk een ‘genschaar’ in die methode om genomen te veranderen” Cas9. Onderzoekers hebben hun blik verlegd naar Cas12a (niet als eersten, overigens), die ‘schaar’ schijnt het anders en op sommige punten beter te doen. Het lijkt er op dat die toepassingen vooral liggen op het gebied van onderzoek en niet zo zeer van geneeskunde (maar dat kan mijn=as’s misvatting zijn). Lees verder
RNA’s en Tas-eiwitten maken genoombewerking ‘completer’
Tas-eiwit (afb: McGoverninstituut/Max Wilkinson)
Synthetisch genoom van bakkersgist gemaakt
Toevoeging van tRNA bleek bakkersgist beter bestand tegen hogere temperaturen te maken (afb: Hugh Goold et al./Nature Communications)
Het schijnt gelukt te zijn om een geheel genoom van een gist te synthetiseren. Onderzoekers, of waarschijnlijk hun voorlichters, spreken dan meteen weer van een mijlpaal. Het zou voor het eerst zijn dat dat gelukt is voor eukaryoot (cellen die ook zoogdieren hebben). Het is het genoom van bakkersgist (Saccharomyces cerevisiae) waaraan een tRNA-chromosoom is toegevoegd. Lees verder
Laat de genen stralen
Zo werkt NIS-Seq. T7 zou dan de faagpromotor zijn (afb: Jonathan Schmid-Burgk et al./Nature Biotechnology)
Nee, dat doen ze normaal niet, maar onderzoekers van de universiteit van Bonn hebben een proces ontwikkeld dat het makkelijker maakt te achterhalen welke genen bij bepaalde ziektes (of welk biologisch proces ook) zijn betrokken. Daar zijn. natuurlijk ook andere methoden voor, maar deze methode, NIS-Seq gedoopt, zou snel en gemakkelijk zijn om bij vrijwel elk biologisch proces te achterhalen welke genen actief zijn. Lees verder
Weer een veiliger CRISPR-techniek ontwikkeld? Niet echt
Het CRISPR/Cas9-complex aan het werk aan DNA (rood) (afb: univ. van Californië)
De CRISPR-methode om genetische fouten te repareren (of nieuwe functies te introducen) is ook in dit blog vaak ter sprake gekomen. De aanvankelijke hoerastemming is inmiddels wat geluwd, omdat die methode niet altijd even netjes (en dus onveilig) werkt. Er wordt verdurend gesleuteld aan het opschroeven van de effectiviteit (dus veiligheid) en het minimaliseren van onbedoelde veranderingen. Nu hebben onderzoekers van het befaamde ETH in Zürich aangetoond dat zo’n nieuwe, verfijnde methode allesbehalve veilig is. Toch blijven ze in de CRISPR-methode geloven als veilige manier om genetische mankementen te rapareren Lees verder
Ki-systeem Evo leert prokaryote genomen te bouwen
Onderzoekers van de Stanforduniversiteit rond Eric Nguyen hebben het ki-systeem Evo, wijs gemaakt door de genomen van miljoenen bacteriën en bacteriefagen (bacterievirussen), zover gekregen om zelfstandig bacterie- en faaggenomen voor te stellen. Uit veiligheidsoverwegingen zijn hebben de onderzoekers geen ‘lesmateriaal’ uit de virale en eukaryote genomen meegenomen. Evo zou ook kunnen aangeven wat bepaalde veranderingen in een genoom voor het organisme zouden betekenen. Ook kan het systeem een ‘aannemelijk’ (levensvatbaar?; as) genoom van zo’n miljoen basenparen produceren. Lees verder
Kleine genschaar TnpB is nu ook efficiënter (gemaakt)
Cas9 is nogal ‘omvangrijk’ (afb: WkiMedia Commons)
CRISPR-Cas wordt wereldwijd gebruikt om genen in organismen te bewerken, in te voegen, te verwijderen of te reguleren. TnpB, een veel kleinere voorloper van de bekende ‘genschaar’ Cas-eiwitten, is gemakkelijker cellen te krijgen. Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Zürich hebben dat minder effectieve alternatief voor Cas-eiwitten nu verbeterd (met de onontkoombare ki) verbetert om een reëel alternatief te worden van die veel gebruikte maar erg ‘gewichtige’ Cas-eiwitten. Overigens lijkt de Chinese onderzoeker Guanghai Xiang daarin geslaagd te zijn door allerlei TnpB’s ‘door te lichten’ en daaruit de effectiefste twee heeft te kiezen: ISAam1 en ISYmu1