Categorie archieven: Micro-organismen

Weer een methode om invoegen DNA met CRISPR te verbeteren

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR-complex

De structuur van Integrate-CRISPR, waarbij het donkerblauwe deel het cascade-enzym is (Cas), het roze het gids-RNA en het lichtblauwe het enzym transposase waarmee stukjes DNA in het genoom kunnen worden ‘gelast'(afb: Sternberg & Fernández Labs, Columbiauniversiteit)

Heb je net een manier beschreven waarmee het invoegen van stukken DNA in het genoom met de CRISPR-methode aanzienlijk doelmatiger wordt, zie ik een ander berichtje dat ook gericht is op het verbeteren van de methode om DNA in te voegen in het genoom. Tot nu toe wordt bij de CRISPR-methode het invoegen overgelaten aan het DNA-reparatiemechanisme van de cel. Een toevoeging van een extra enzym zou dat invoegen veel minder ‘lukraak ‘maken. Lees verder →

Bacteriofaag beschermt zich met een schijnkern (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriofaag

Een bacteriofaag oftewel bacterie-eter

Grofweg is de wereld van levende organisme in tweeën te delen de eukaryoten en de prokaryoten. Eukaryoten zijn organismen met cellen die een celkern hebben, bij prokaryoten dobbert het DNA onbeschermd in de cel rond. Virussen worden door sommige wetenschappers niet tot de levende wereld gerekend. Nu blijken er bacteriofagen te zijn, virussen die het gemunt hebben op bacteriën, die een soort beschermingsschil rond hun DNA hebben die dat erfgoed moet beschermen tegen destructieve CRISPR-enzymen van bacteriën. Je zou dat kunnen  zien als een tussenvorm (of overgangsfase) van prokaryoten en eukaryoten. Zijn virussen dan toch ‘levendiger’ dan sommige wetenschappers denken? Overigens lijkt het er sterk op dat de verklaring van de onderzoekers, op zijn zachtst gezegd, hiaten vertoont. Lees verder →

Bacteriofagen gentisch aangepast om als antiobiotica te fungeren

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriofagen als antibiotica

Bacterioofagen aangepast voor de antibiotische arbeid en andere doeleinden (afb: Kilcher/ETHZ)

Met behulp van synthetische biologie zijn bacteriofagen (bacterie-‘etende’ virussen) door onderzoekers van het ETH in Zürich zo aangepast dat ze geschikt zouden zijn geworden voor de bestrijding van bacterie-infecties, bij wijze van antibiotica dus. Deze ontwikkeling is in gang gezet nu steeds meer bacteriën voor steeds meer antibiotica ongevoelig zijn geworden. Lees verder →

Weer een betere CRISPR-methode ontwikkeld?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Straalzwammen

Straalzwammen (in dit geval Actinomyces israelii), producenten van antibiotica (afb: WikiMedia

De CRISPR-methode is in een korte tijd bij onderzoeker de gouden standaard geworden voor het veranderen van het genoom. Die van bacteriën geleende methode is echter inet feilloos en dus wordt er gesleuteld aan en gezocht naar betere CRISPR-methodes. Nu hebben een onderzoekers een  CRISPR-methode gevonden die ze dan ook maar meteen BEST hebben genoemd.
Lees verder →

Cholerabacteriën roven genen van van concurrente bacteriën

Geplaatst op door
Beantwoorden
CCholerabacterie blijkt genrover

De Vibrio cholerae (afb: WikiMedia Commons)

Cholerabacteriën zijn rovers. Ze rammen bij concurrente cellen een speer in hun zij en roven ook maar meteen een hoop genen. Die plakken ze in hun eigen DNA. Dat zou hun evolutie versnellen, maar ook de antibioticaresistentie, denken onderzoekers van de polytechnische hogeschool in Lausanne (Zwi), de EPFL. Lees verder →

CRISPR gebruikt voor medicijnafgifte en sensoren

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR-gestuurd DNA-hydrogels

Zo moet je de werking ongeveer voorstellen (afb: Science Han et. al.)

Met behulp van de CRISPR-techniek kun je het genoom bewerken, maar je kunt er ook DNA mee bewerken dat wordt gebruikt om medicijnen ter plekke in het lichaam af te leveren of om als sensor te dienen. Nature heeft het dan over slimme materialen, maar dat slaat natuurlijk (let op) helemaal nergens op. Lees verder →

Sommige longcellen repareren hun DNA in een wip

Geplaatst op door
Beantwoorden
Griep A-virus)

Griep A-virus (afb: WikiMedia Commons)

Het lichaam (leven) zit raar in elkaar. De natuur heeft allerlei prachtige systemen ontwikkeld om ziekteverwekkers (ook natuurproducten) onschadelijk te maken, maar er mankeert altijd wel wat. Zo is het griep A-virus in staat om nogal wat longcellen de dood in te drijven, maar blijken er ander cellen te zijn die hun DNA razendsnel repareren om de virusaanval te kunnen overleven. Die afwijkende overlevingsstrategie van die speciale longcellen werd door onderzoekers van, onder andere, de Duke-universiteit ontdekt. Ik denk dan: waarom hebben niet al onze cellen die mogelijkheid? Lees verder →

Nieuwe antibiotica zouden geen resistentie teweegbrengen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriedodend peptide

De structuur van het ontwikkelde bacteriedodende peptide 19 (afb: Plos One)

Bacteriedodend peptide

Structuur van het antibacteriële peptide 18 (afb: Plos One)

Franse onderzoekers rond Brice Felden zouden op basis van bacteriegif twee nieuwe antibiotica hebben ontwikkeld waar bacteriën geen resistentie tegen zouden kunnen ontwikkelen. Dat was althans hun conclusie op (geslaagde) proeven om ontstekingen veroorzaakt door multiresistente bacteriën te bestrijden bij muisjes met deze twee peptiden. Lees verder →

Bacterie als trojaans paard gebruikt bij immuuntherapie

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriële immuuntherapie

Bacteriën dringen de tumor binnen (links). De bacteriën leveren hun voor de tumor funeste lading af in geprogrammeerde cycli (rechts) (afb: Danino-lab)

Immuuntherapieën worden gebruikt om het eigen afweersysteem aan te zetten kankercellen te vernietigen, maar voorlopig werkt dat lang niet bij alle kankers. Onderzoekers van de Amerikaanse Columbiauniversiteit gebruiken nu ‘programmeerbare’ bacteriën om in moeilijk bestrijdbare vaste tumoren door te dringen en daarin de voor het tumor dodelijke lading af te leveren. Bij muisjes lijkt dat te werken. Ook de uitzaaiingen schenen te worden opgeruimd.  Lees verder →

CRISPR als bouwpakket verkocht

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR en de lussen van DNA

De CRISPR/Cas9-schaar

In De Standaard staat een leuk verhaal van Hilde Van den Eynde. Deze journaliste had een bestelling gedaan bij het Amerikaanse bedrijfje The Odin, opgericht door oud-Nasa-wetenschapper Josiah Zayner, dat CRISPR-doehetzelfpakketten levert voor 200 dollar. Daarmee kun je, onschadelijke, Escherichia coli-bacteriën (darmbacteriën) ongevoelig maken voor twee antibiotica (kanamycine en streptomycine) door via de CRISPR-methode (compleet met gids-RNA) een stuk uit een gen te knippen en dat te vervangen door een andere sequentie. Resultaat: de genetische aangepaste E. coli’s bleken inderdaad op een voedingsbodem met kanmycine en streptomycine in leven te blijven. Maar… Lees verder →