Het pericentrische heterochromatine op het DNA-molecuul. (afb.: Molecular Systems Biology)
Duitse onderzoeksgroepen hebben op basis van computerberekeningen een wiskundig gemaakt van een epigenetisch netwerk. Epigenetica zou je kunnen zien als een ‘laag’ op het genoom dat er voor zorgt dat bepaalde genen gedeactiveerd worden. Inzicht in epigenetica zou aangrijpingspunten opleveren voor het bestrijden van ziektes en/of helpen om gerichter te zoeken naar geneesmiddelen.
Lees verder
De drie Israelische onderzoekers (rechts Roy Bar-Ziv, links Eyal Karzbrun en in het midden Alexandra Tayar)
Onderzoekers aan het Weizmann-instituut in Israel rond Roy Bar-Ziv hebben een kunstmatig, netwerkachtig celsysteem gemaakt dat, hetzelfde dynamische gedrag bij de productie van eiwitten vertoont als echte cellen. Voor synthetisch biologen is de creatie van ‘nieuw leven’ weer een piepklein stapje dichterbij gekomen, zo lijkt het. Vooralsnog is het bedoeld om allerlei DNA-constructen te testen in een net-echt-cellensysteem. Lees verder
Een structuurmodel van APOE (apolipoproteïne E)
De Amerikaan is 40 jaar. Hij heeft overal puisten en gezwellen, die soms pijn doen en het lopen bemoeilijken. Hij lijdt aan een zeldzame ziekte met de onuitsprekelijke naam dysbetalipo-proteïnemie, waardoor zijn cholesterolspiegel zo hoog wordt dat vetpoelen onder zijn huid lijken op te borrelen. Een ding moet hem een troost zijn: hij krijgt zeer waarschijnlijk geen Alzheimer. Zijn ziekte is toe te schrijven aan het ontbreken van het gen voor de aanmaak van het eiwit apolipoproteïne E-gen, afgekort tot APOE. Dat lijkt bij het opruimen van de beta-amyloïde plaques in de hersens een rol te spelen en dan doemen er bij Mary Malloy van de vetkliniek van de universiteit van Californië in San Francisco ideeën op over een geneeswijze voor de ziekte van Alzheimer. Er is eerder een verband tussen APOE en die ziekte aannemelijk gemaakt. Malloy en medewerkers vonden dat de afwezigheid van dat gen de hersens niet deerde. Lees verder
Baarmoeder van een fruitvliegje met de stamcellen in rood aangegeven. Deze opeenhoping van stamcellen duidt op een mutatie in het Bam-gen, waardoor de celdifferentiëring wordt geblokeerd. (foto: Ting Xie)
Volwassen dieren, van fruitvliegjes tot mensen, herbergen volwassen stamcellen die zich, deels, vernieuwen via celdeling en , anderdeels, specialiseren. Onderzoekers van, onder meer, het Amerikaanse Stowers-instituut voor medisch onderzoek zijn tot de conclusie gekomen dat ‘wedijver’ tussen de eiwitten Bam en COP9 bij fruitvliegjes voor die balans verantwoordelijke zijn. “Bam is de voornaamste differentiëringsfactor in het stamcelsysteem van vrouwelijke fruitvliegjes”, zegt onderzoek Ting Xie. Lees verder
Bloedstamcellen met merkers die genetische mankementen op het DNA markeren (foto: UC San Fransisco)
Met de jaren wordt ons afweersysteem steeds minder doeltreffend. Daarom mogen mensen boven de 60 ook geen beenmergdonor zijn. Onderzoekers van de universiteit van Californië in San Fransisco rond Emanuelle Passegué ontdekten het mechanisme achter die achteruitgang waardoor bloedstamcellen in oudere organismen niet langer voor voldoende nieuwe bloecellen kunnen zorgen. “We ontdekten moleculaire defecten die zouden kunnen worden hersteld door een verjongingstherapie.” Lees verder
DNA-sequenties
Slechts 8,2% van het menselijke DNA zou ‘functioneel’ zijn, zeggen Oxfordse onderzoekers. Dat cijfer scheelt nogal van dat van 2012, toen onderzoekers van het zogeheten ENCODE-project dachten dat 80% van ons genoom een biologische functie zou hebben. Dat resultaat zou altijd al omstreden zijn geweest, omdat het begrip ‘functie’ te breed zou zijn opgevat. We wachten op de volgende schatting. Lees verder
Een Duitse en een Amerikaanse onderzoeksgroep hebben alle gegevens van eiwitten die in mensen hun levensvatbare werk doen in kaart gebracht. Er ontbreken er nog wel een paar. Zo’n 90% van de menselijke eiwitten, tezamen het proteoom genoemd, zouden in die twee ‘catalogi’ staan. Opmerkelijk is dat enkele eiwitten door genen worden gecodeerd die er niet zouden mogen zijn en andere volledig ontbreken. Het is hier al vaker gezegd: het leven blijft verbazen. Lees verder
Sommige dingen in heel ingewikkelde systemen zijn of lijken erg eenvoudig. Het systeem dat leven heet is knap ingewikkeld en ook het eindeloze DNA-molecuul in elke menselijke cel kent vele geheimen en donkere krochten, maar het leek toch duidelijk hoe dat molecuul codeert. Elke drietal opeenvolgende ‘letters’ van het vier letters tellende DNA-alfabet (A, C, G, T) staat voor een aminozuur. Die code wordt via boodschapper-RNA overgebracht op de eiwitfabriek, het ribosoom, waar het eiwit wordt geassembleerd. Zogeheten start- en stopcodons vertellen het ribosoom waar te beginnen en waar op te houden. Dat beeld blijkt niet helemaal te kloppen. Soms blijken start- of stopcodons (een codon is een trits nucleotiden achter elkaar) genegeerd te worden, ontdekte Natalia Ivanova van het het genoominstituut van het Amerikaanse ministerie van defensie van Walnut Creek (Cal) bij bacteriën. Er staat niet wat er staat. Lees verder
John Moran is zijn lab in Ann Arbor in 2008 (foto: universiteit van Michigan)
Het genetisch systeem is al ingewikkeld genoeg en dan zijn er nog een springende genen die het hele fragiele bouwwerk nog eens op scherp zetten. Onderzoekers van de universiteit van Michigan in Ann Arbor schijnen nu ontdekt te hebben hoe die voortdurende burgeroorlog toch niet leidt tot onherstelbare schade in de cel.
Lees verder
Stressmuisjes zijn minder bang bij het betreden van onbekende ruimtes dan gewone muisjes.
Het blijkt dat allerlei effecten van leefgedrag op de genen kan worden doorgegeven aan volgende generaties. Hoe dat gebeurt, was niet bekend en veel wetenschappers twijfelden er aan of die epigenetische overerving wel bestaat. Onderzoek van Isabelle Mansuy van de technische hogeschool in Zürich (ETHZ) doet vermoeden dat bepaalde RNA-moleculen (microRNA’s) daarin een rol spelen en dat de effecten van leefgedrag wel degelijk zouden worden doorgegeven aan de kinderen en zelfs kleinkinderen. Tenminste bij muizen leek dat zo te zijn. Lees verder