Categorie archieven: Eiwitten

Een ‘noodstop’ voor CRISPR moet methode veiliger maken

Geplaatst op door
Beantwoorden

Anti-CRISPR-eiwitten

De werking van anti-CRISPR-eiwitten. Links in een CRISPR-bewerking type I (Cas3) en rechts in CRISPR-bewerking type 2 (Cas9) (afb: Nature)


De CRISPR-methode is in een paar jaar tijd razend populair geworden onder genetici en over de hele wereld zijn onderzoekers aan de slag gegaan met die bacteriële afweer om ‘foute’ stukjes in DNA te repareren en om het genoom te bewerken voor onderzoeksdoeleinden. Vervelend is alleen dat de methode niet zo nauw kijkt en nog wel eens een ander stukje DNA ‘meeneemt’ (ook al wordt dat door sommigen weer tegengesproken of tenminste gerelativeerd). Er zijn methoden om die onbedoelde genoombewerking een halt toe te roepen, maar voorlopig zou de enig echte en veilige ‘noodstop’ voor CRISPR er nog niet te zijn. Nature geeft een overzicht. Binnenkort in dit theater? Lees verder →

Bij DNA telt de verpakking mee: chromatine

Geplaatst op door
Beantwoorden
Chromatine

De chromatinestructuur is (mede)bepalend voor de werking van DNA. Rechts een chromosoom, het voorlaatste plaatje links toont een stukje DNA (rood) met ‘verpakkingsmateriaal’ (blauw) (afb: WikiMedia Commons)

DNA zoals dat in de cel verpakt zit in de kern is niet simpel het receptenboek voor eiwitten. Het verpakkingsmateriaal, de histonen (eiwitten), vormt samen met het DNA chromatine: een ingewikkelde machine die heel wat beter doorgrond zal moeten worden hoe die bijdraagt aan (on)leven en (on)welzijn. Nieuw onderzoek geeft aan dat dat chromatine veel gestructureerder en hiërarchischer is dan tot nu toe aangenomen. De onderzoekers stellen zelfs voor dat de histonen de programmatuur vormen die de machine (DNA/RNA/eiwit) bedient. Lees verder →

Nanoporiën ook gebruikt om aminozuren eiwitten te bepalen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Nanoporietechniek

Zo ongeveer functioneert de nanoporietechniek voor het uitlezen van DNA (links)

Met behulp van nanoporiën en elektromagnetische velden (veldjes) kun je de basenvolgorde van het DNA bepalen. Nu schijnt die techniek ook geschikt te zijn om de aminozuurvolgorde van eiwitten te bepalen. Zo krijgen we weer een klein beetje beter zicht op dat ingewikkelde ‘breiwerk’ dat cel heet. Lees verder →

Celloze synthetische biologie van idee werkelijkheid (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Synbioloog Mike Jewett

Michael Jewett (afb: NW-universiteit)

Het klinkt simpel: haal het celmembraan weg, vertel de celkatalysator(en) (enzym(en)) wat die moet(en) doen en je kunt de ingewikkeldste eiwitten fabriceren voor allerlei doeleinden, niet op de laatste plaats medische. Het bleef lang modderen, maar nu begint het er op te lijken dat onderzoekers in de gaten hebben hoe je de problemen van celloze synthetische biologie kunt overwinnen. Althans: onderzoekers rond Michael Jewett van de Northwesternuniversiteit in de VS en zijn medeonderzoekers pakken in Nature flink uit over de mogelijkheden van celloze synthetische biologie: synthetische genetische netwerken, snelle sensoren, de aanmaak van ontworpen ‘bio’moleculen en meer van dat moois. De eerste ‘spruiten’ zijn er al… Lees verder →

Hersens bij Downmuisjes met medicijnen te ‘repareren’ (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Jongetje met Downsyndroom

Jongetje met Downsyndroom (afb: WikiMedia Commons)

Het hoeft niet, maar in de meeste gevallen blijven Down-patiënten in geestelijke vaardigheden achter bij hun leeftijdsgenoten. Nu zeggen onderzoekers in de VS dat ze muisjes met Down met medicijnen van hun achterstand in leervermogen en geheugen zouden hebben afgeholpen. Het zou allemaal te maken hebben met de stressrespons van cellen.
Lees verder →

Hoe betrouwbaar zijn antigenen als eiwitaanwijzers?

Geplaatst op door
Beantwoorden

Antilichamen

Basisstructuur van antilichamen. N is het amino-uiteinde en C is het koolstofuiteinde van de keten. Rood zijn de disulfidebruggen (afb: Wiki Commons)

Antilichamen vormen een wezenlijk onderdeel van ons afweersysteem, maar worden in de wetenschap ook gebruikt om de aanwezigheid van specifieke eiwitten te traceren. Onderzoekers in Canada constateerden dat sommige antilichamen niet specifiek op een bepaald eiwit reageren. Dat doet de vraag rijzen hoe betrouwbaar tot nu toe gedaan eiwitonderzoek is. Ze doen ook aanbevelingen om er zeker van te zijn dat het antilichaamninstrument wel de juiste eiwitten aanwijst. Lees verder →

Puntmutatie in duister-DNA zou kanker veroorzaken (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden

Kankerspecialist Lincoln Stein

Lincoln Stein (afb: OICR)

Onderzoekers in Canada denken te weten dat een puntmutatie in het troep-DNA, schijnt tegenwoordig duister-DNA genoemd te worden, kanker zou kunnen veroorzaken. Die mutatie zou iets hebben te maken met de vorming van boodschapper-RNA bij het afschrijven het genoom. Ik vraag me, als oprechte leek op elk terrein, af hoe serieus die ontdekking is. Het zou gaan om diverse typen kanker. De onderzoekers hebben het dan meteen heel optimistisch over een nieuwe manier om kanker aan te pakken…. Hoe dan ook, deze ontdekking lijkt te illustreren hoe weinig we nog van deze materie weten. Lees verder →

Onderzoekers voorkomen ontijdige celdood

Geplaatst op door
Beantwoorden

David Huang en Guillaume Lessene

David Huang met rechts Guillaume Lessene. Links Mark van Delft (afb: Walter en Eliza Hall-instituut)

Cellen die het gehad hebben sterven en worden opgeruimd. Dat proces heet apoptose, geprogrammeerde celdood. Het komt echter ook voor, door wat voor een oorzaak ook, dat gezonde cellen sterven. Onderzoekers hebben nu een manier ontwikkeld om die apoptose van gezonde cellen te voorkomen. Daarmee zou wellicht schade door, bijvoorbeeld, een hartaanval kunnen worden verminderd of zou het, misschien, mogelijk worden donororganen langer te bewaren. Lees verder →

‘Catalogus’ gemaakt van eiwitten die helpen bij replicatie DNA

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-replicatie

De replicatie: de leidende (onder) en de volgende streng (boven) worden op een andere wijze verdubbeld (afb: WikiMedia Commons)

Replicatie van DNA is een proces dat voorafgaat aan de celdeling, zodat de twee uit die deling ontstane dochtercellen elk weer een volledige dubbele helix in kern hebben. Dat is een secuur werkje want zo’n (menselijk) DNA-molecuul bestaat uit zo’n zesmiljard nucleotiden (bouwstenen). Onderzoekers van de VanderBiltuniversiteit in Nashville rond David Cortez hebben nu een ‘catalogus’ gemaakt van eiwitten die betrokken zijn bij dat replicatieproces. Dat zouden er maar liefst 593 zijn (of ten minste 85% daarvan). Lees verder →

Versuikerde RNA’s ontdekt! Nou en?

Geplaatst op door
Beantwoorden
N-gekopplede glycanen

De basisstructuur van N-gekoppele glycanen (afb: Merck)

Voor het eerst zijn er versuikerde RNA-moleculen gevonden in cellen. Grote opwinding onder biochemici met kreten als “er komt een nieuw tijdperk aan”, maar wat die suiker-RNA’s doen is onduidelijk. Zijn biochemici van die licht ontvlambare types of is er echt iets aan de hand? Er zijn ook onderzoekers die hun twijfel hebben. Lees verder →