Categorie archieven: DNA

DNA-sensor werpt licht op kanker

Geplaatst op door
Beantwoorden

DNA-zuursensor

Door de verhouding van de basentripletten TAT/CGC te veranderen is de DNA-sensor ‘instelbaar’ op zuurgraad (afb: JACS)


Je moet toch wat om de aandacht te trekken en kanker doet het goed. Er had net zo goed kunnen staan “…werpt licht op zuurgraad (pH)…”, want daar hebben we het eigenlijk over. Onderzoekers van de universiteit van Rome Tor Vergata en van Montréal (Can) hebben van DNA een pH-sensor gemaakt die zeer kleine verschillen in zuurgraad kan detecteren en dan, naar wens, licht kan geven. Kankercellen schijnen een iets andere zuurhuishouding te hebben dan gezonde cellen. Vandaar die, niet door mij bedachte, kop.
Lees verder →

Een bacterie met twee extra DNA-letters gemaakt

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA6

Een DNA-streng met zes (in plaats van vier) nucleotiden. X en Y zijn de ‘vreemde eenden’. (afb: New Scientist)

Synthetische biologie is er niet in de eerste plaats op gericht om bestaand leven te ‘repareren’ maar vooral om nieuw leven te creëren. Het leven maakt maar een bescheiden gebruik van de chemische mogelijkheden die er bestaan. Zo zijn eiwitten opgebouwd uit, ten hoogste, twintig verschillende aminozuren, terwijl er vele malen meer aminozuren bestaan (of te bedenken zijn) en DNA maakt voor de opbouw maar gebruik van vier verschillende nucleotiden, die louter verschillen in de base. Een uitdaging, dus. Nu heeft een groep rond Floyd Romesberg van het Scripps-instituut in La Jolla (VS) een E. coli-bacterie voorzien van een DNA-streng met twee extra basen/nucleotiden:  d5SICS en dNaM. Het schijnt de bacterie, die er normaal toch al een los DNA-‘regime’ op na houdt, niet erg te deren. Lees verder →

Knutselen aan genoom met CRISPR/Cas wordt preciezer

Geplaatst op door
Beantwoorden
RNA-geleide Fok1-nucleases

Inactieve Cas9 (blauw) wordt door gids-RNA naar de juiste plek op DNA geleidt, waar Fok1-nucleases (geel) het knipwerk doen (afb: Joung)

Onderzoekers van het algemeen ziekenhuis in Massachusetts, onderdeel van de Harvard-universiteit, hebben het zogeheten CRISPR/Cas-systeem om genveranderingen aan te brengen zodanig aangepast dat het risico op misproducties aanzienlijk kleiner is geworden, zo valt te lezen in Nature Biotechnology. Ze gebruikten daarvoor twee gids-RNA’s.”Dit systeem combineert het gemak van het breed toegepaste CRISPR/Cas-systeem met een dimerisatie-afhankelijke nuclease-activiteit, hetgeen leidt tot een grotere graad van nauwkeurigheid”, zegt onderzoeker Keith Joung, “Een hoger nauwkeurigheid is essentieel voor de klinische toepassing in de toekomst van deze nucleases en de nieuwe eiwitten die wij beschrijven zouden van grote betekenis kunnen zijn voor het therapeutisch redigeren van het genoom.” Lees verder →

Hoe een klein derde chromosoom zulke grote gevolgen heeft

Geplaatst op door
2
Trisomie 21

Dat kleine derde chromosoom heeft invloed op alle genen van het hele genoom

Mensen met drie 21-chromsomen hebben krijgen de ziekte van Down. Ze werden vroeger mongolen genoemd vanwege de door deze trisomie veroorzaakte uiterlijke kenmerken. Hoe het mogelijk is dat een extra exemplaar van een klein chromosoom zulke verstrekkende gevolgen kan hebben is niet bekend. Onderzoekers van de universiteit van Genève  rond Stylianos Antonarakis hebben een poging gedaan wat licht in de duisternis te brengen.

Lees verder →

Dierproeven zeggen lang niet alles

Geplaatst op door
Beantwoorden
Dierproeven vaak 'misbruikt'

Het ALS-instituut vond grote verschillen tussen de gepubliceerde onderzoeksgegevens (blauwgroen) en de eigen gereproduceerde gegevens (zwart) (afb: Nature)

Hebben we net (weer eens) het schandaal aan de orde gesteld dat farmaceutische bedrijven de boel vaak belazeren, komt het Franse dagblad Le Monde op zijn webstek met het verhaal dat er veel geld wordt weggesmeten aan klinische proeven van (gedachte) medicijnen of behandelmethoden die bij muizen werken, maar bij mensen niks uit halen. Le Monde spreekt over de honderden miljoenen die er gemoeid zijn met dit ‘schandaal’, die er verspild worden met de klinische proeven met deze voor de mens nuttelozen geneesmiddelen of -wijzen. Le Monde schrijft het  naar aanleiding van een artikel in het wetenschapsblad Nature van Steve Perrin, verbonden aan het ALS-instituut in het Amerikaanse Cambridge (ALS is een verwoestende spierziekte) . Perrin constateert dat veel van die dierproeven methodologisch niet deugen.
Lees verder →

Voor het eerst een levend orgaan ‘gebouwd’

Geplaatst op door
Beantwoorden

LabmuisOnderzoekers van de universiteit van het Schotse Edinburgh schijnen er in geslaagd te zijn een muizenorgaantje te regenereren, de zwezerik of thymus. Dat orgaantje speelt bij kinderen en andere jonge zoogdieren een rol in de afweer, maar gaandeweg verschrompelt het.  De onderzoekers denken dat hun ontdekking iets kan betekenen voor mensen met een slecht functionerend afweersysteem. Na de gentherapeutische behandeling fungeerde het geregenereerde orgaantje weer als vanjongs. Lees verder →

DNA als ‘medicijnleverancier’ of als rekenmachine

Geplaatst op door
Beantwoorden

 

Kakkerlak

Een kakkerlak met een rekenkracht van een Commodore 64? Ehhh….

Gerichte afgifte van medicijnen is belangrijk hedendaags onderzoeksthema: medicijnen alleen daar ‘loslaten’ waar die hun genezende arbeid ook moeten verrichten. Dat is vele opzichten effectiever. Ook DNA speelt daarbij vaak een rol; niet als doelwit, maar als verpakkingsmateriaal. Amerikaanse onderzoekers hebben nu DNA-pakketjes, robotjes noemen ze die zelf, in het vatenstelsel van een kakkerlak uitgeprobeerd (je moet ergens beginnen) rondgestuurd. “Die DNA-nanorobots kunnen in principe een complex programma uitvoeren zowel voor de diangose als voor behandeling”, zegt  onderzoeker Daniel Levner van de Harvard-universiteit. Lees verder →

Niet-coderend RNA blijkt toch ‘normaal’ te coderen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Antonio Giraldez van de Yale-universteit in zijn lab.

Antonio Giraldez van de Yale-universteit in zijn lab.

Tot niet zo lang geleden hadden we coderende RNA-moleculen en niet-coderende RNA-moleculen. Vervolgens werden er allerlei kleine RNA-moelculen otdekt, die een heel nieuwe ‘RNA-wereld’ leken te vormen. De cirkel (b)lijkt zich nu weer te sluiten, vermoeden Antonio Giraldez, werkzaam aan de Amerikaanse Yale-universiteit, en zijn collega’s. Sommige lange, ‘niet-coderende’ RNA’s (b)lijken te zorgen voor het ontstaan van de kleinere RNA-moleculen, die op hun beurt weer allerlei biologische functies hebben. De onderzoekers konden honderden lange ‘niet-coderende’ RNA-moleculen achterhalen, die verantwoordelijk zouden zijn voor de ‘geboorte’ van die kleine peptiden. Ook ‘niet-coderend’ RNA is dus ‘normaal’ RNA (namelijk coderend). Lees verder →

Oogveilige lasers kunnen DNA beschadigen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Deepak Mathur

Deepak Mathur

Lasers die golflengtes uitzenden in het verre infrarood, worden als ‘oogveilig’ beschouwd, waardoor ze in allerlei buitentoepassingen worden gebruikt, maar onderzoek van het Indiase Tata-instituut voor fundamenteel onderzoek heeft aanwijzingen gevonden dat die infraroodstraling schadelijk kan zijn voor DNA.
Lees verder →

Lamme muizen lijken op licht te ‘lopen’

Geplaatst op door
Beantwoorden


Er wordt genetisch wat afgeknutseld en af en toe vraag je je af of de betreffende knutselaars het allemaal goed hebben begrepen (of ikzelf, natuurlijk). Waarom zou je cellen met licht willen sturen/regelen, bijvoorbeeld? In het lichaam zitten genoeg andere regelmechanismes waar je gebruik van kunt maken en licht is niet de meest voor de hand liggende ‘regelknop’. Toch is dat precies wat Linda Greensmith van het universiteitscollege in Londen heeft gedaan. Ze en haar medewerkers gebruikten licht om lamme muizen weer spierkracht (of althans een spiercontractie) te geven , in combinatie met een stamceltherapie.  Lees verder →