Categorie archieven: DNA

Nieuwe letters in DNA-alfabet

Geplaatst op door
Beantwoorden
Vreemde DNA-letters

Vreemde letters voor DNA

Het leven heeft maar een bescheiden gebruik gemaakt van de talloze mogelijkheden die de organische wereld biedt. Al onze eiwitten zijn opgebouwd uit slechts 20 verschillende aminozuren en het genoom is opgebouwd uit slechts vier verschillende gepaarde nucleotiden, aangeduid (naar de base) met C, G, A en T. Al lang is de gedachte dat die karigheid uitbreiding behoeft en er wordt al jaren onderzoek gedaan naar ‘vreemde letters’ voor ons levensalfabet. Volgens de Amerikaanse organisch chemicus Steven Benner, die daar al 30 jaar mee bezig is, is er veel mis met het DNA-molecuul. Dat onderzoek lijkt nu zijn vruchten af te werpen. Twee kunstmatige nucleotiden P en Z blijken naadloos in de wenteltrapstructuur van DNA te passen en ze blijken zich te kunnen ontwikkelen via evolutionaire lijnen. Net echt dus, maar wat dan? Een leven zonder eiwitten? Lees verder →

Alternatief DNA-reparatiesysteem ontdekt

Geplaatst op door
Beantwoorden
Lus in DNA met breuk

Zo zou een lus in het DNA er ongeveer uit zien. De breuk zit bij de rode pijl (afb: Nadezjda Gerasimova et al)

In het DNA liggen de codes voor eiwitten vast en daarmee het voortbestaan van een ingewikkeld systeem dat leven heet. Er gaat wel eens wat fout met dat DNA en er is voorzien in een reparatiesysteem om dat beschadigde DNA te herstellen. Dat enorme molecuul is echter voor een belangrijk deel ‘ingepakt’ in eiwitten die histonen worden genoemd, tezamen het chromatine genoemd, die die reparatie zouden (kunnen) bemoeilijken. Russische onderzoekers schijnen een mechanisme te hebben ontdekt, dat de cel in staat stelt ook die schade te repareren.
Lees verder →

Gentherapie heeft (enige) baat bij taaislijmziekte

Geplaatst op door
Beantwoorden
Longfoto

Longen wordt prima beschermd door ons afweersysteem, waardoor gentherapie moeilijk aanslaat (foto: Guy Viner/SPL)

Zesentwintig jaar nadat het gen was geïdentificeerd dat verantwoordelijk is voor taaislijmziekte (cystische fibrose), hebben onderzoekers laten zien dat lijders aan die ernstige ziekte (enige) baat hebben bij een gentherapie. Het herstel van de longen is slechts gering (3,7% verbetering in vergelijking met een controlegroep), maar het geeft aan dat wetenschappers die al meer dan twintig jaar zoeken naar een manier om het foute gen door de goede variant te vervangen althans enig succes hebben. Lees verder →

Extra DNA-base handhaaft zich in zoogdieren

Geplaatst op door
Beantwoorden
5fC naar Cytosine

Voor liefhebbers: 5fC is in feite een tussenproduct in de demethylering van cytosine

DNA is opgebouwd uit vier basen, afgekort C, G, A en T. Synthetisch biologen experimenteren met niet-natuurlijke basen, om te voorkomen dat nieuwe synbiologische ‘constructen’ de natuur kunnen verstoren. De vraag is nu of dat een afdoende bescherming is. Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Cambridge (Eng) zijn er achter gekomen dat een, natuurlijke, variant (5-formylcytosine, afko 5fC) van een van de vier basen (C) zich blijkt te kunnen handhaven in het DNA van zoogdiercellen. Doorredenerend zou dat kunnen betekenen dat niet-natuurlijke basen geen garantie zijn voor de bescherming van het natuurlijke leven tegen vreemd DNA. Lees verder →

E. coli-genoom gereconstrueerd met mini-DNA-uitlezer

Geplaatst op door
Beantwoorden
MinION

De ‘wonderuitlezer’ van DNA wordt via een usb-kabel verbonden met de computer (filmbeeldje: Nanopore)

Onderzoekers in Canada en het Verenigd Koninkrijk hebben voor het eerst een heel genoom van een levend organisme, de bacterie Escherichia Coli, uitgelezen en gereconstrueerd met een apparaatje dat niet veel groter is dan een mobiele telefoon. De DNA-uitlezer, de MinION van Nanopore, past in de palm van een hand. Lees verder →

Is er leven buiten DNA?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Alkaanzee op Titan

Ligeia Mare op Titan bestaat uit vloeibaar ethaan en methaan en heeft een oppervlak van bijna 150 000 vierkante km (afb: NASA)

Voor het leven op aarde is DNA wezenlijk, maar al jaren vragen onderzoekers zich af of er ook leven mogelijk is zonder DNA of zonder water. Er wordt gespeculeerd dat polyethers in combinatie met koolwaterstoffen als butaan of ethaan in vloeibare vorm ook ‘levensvatbaar’ zouden kunnen zijn. Dan zou er leven kunnen zijn in de koolwaterstofoceanen op manen zoals Titan of op aardachtige planeten, speculeerden Amerikaanse onderzoekers.  Uit hun berekeningen kwam dat dat op Titan niet mogelijk is maar wel elders in het healal op manen en planeten. Lees verder →

Kind geboren met ‘ververste’ mitochondriën

Geplaatst op door
Beantwoorden
Zain Rajani mitochondriaal ververst

Zain Rajani met haar ouders (foto: New Scientist)

In Canada is een paar weken geleden Zain Rajani geboren. Het kind is een product van reageerbuisbevruchting. Dat is niet zo bijzonder meer, maar wel dat de baby geboren is na een ‘verjongingskuur’ van de eicellen van de moeder. De mitochondriën van de stamcellen van de moeder werden gebruikt om die aan de eicel toe te voegen. Dat zou, is het verhaal, gunstig zijn voor het resultaat van de bevruchting, dwz het kind. Mitochondriën in stamcellen zouden ‘verser’ zijn dan in rijpe cellen als de eicellen. Mitochondriën worden vaak de energiecentrales van de cel genoemd. Lees verder →

Zesde DNA-base ontdekt (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-trap

Nog een zesde base?

Op school leer je dat het levensmolecuul DNA uit vier bouwstenen, de nucleotiden, die worden aangeduid met het onderdeel daarvan: adenine, cytosine, guanine en thymine: A, C, G en T. Ik heb eventjes niet opgelet, maar er was al in de jaren 90 een vijfde nucleobase bijgekomen: gemethyleerde cytosine. Methylering is een belangrijk proces bij het (de)activeren van genen. Nu schijnt ook een gemethyleerde vorm van adenine in eukaryotische cellen te kunnen bestaan, mA, zo melden Catalaanse onderzoekers in het tijdschrift Cell.  Ook die zesde base zou iets te maken hebben met de activiteit van de genen in het DNA. Lees verder →

Tijdschrift verweert zich tegen kritiek op embryo-artikel

Geplaatst op door
Beantwoorden
Zihe Rao, hoofdredacteur van Protein & Cell

Zihe Rao, hoofdredacteur van Protein & Cell

Chinese onderzoekers hebben onlangs voor het eerst menselijke embryo’s genetisch  veranderd en daarover gepubliceerd. Dat heeft, lijkt het, een storm van protest uit de onderzoekswereld ontketend, waar juist werd gepleit om, vooralsnog, niet aan de menselijke genen te knutselen. Het artikel zou ook slecht getoetst zijn. Het onderzoek van Junjiu Huang en medewerkers van de Soen Jat-sen-universiteit werd als onethisch gezien. Mede om die reden zou het artikel door de gerenommeerde bladen Science en Nature zijn geweigerd. Het blad in kwestie, Protein & Cell van uitgeverij Springer, stelt in een weerwoord dat publicatie is bedoeld als een manier om alarm te slaan. Medeuitgever van het blad is het Chinese ministerie van onderwijs. Lees verder →

Hersencellen vertonen genetisch riskant ‘gedrag’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Hersenactiviteit

De activiteit van de uitlopers van zenuwcellen is afhankelijk van de GluR1-spiegel (oranjegeel). Links normaal, rechts na toevoeging van Tet3 (afb: John Hopkins-universiteit)

“We zijn er aan gewend te denken dat als de cel volwassen is, het DNA stabiel is met alles wat er om heen zit om dat te sturen”, zegt Hongjun Song van de John Hopkins-universiteit. “Uit de studie blijkt dat sommige cellen voortdurend hun DNA aanpassen om hun werk te kunnen doen.” Volgens de onderzoekers zijn zenuwcellen risicopakkers. Ze zouden dagelijks ‘DNA-chirurgie’ toepassen om het activiteitenniveau op het juiste peil te krijgen. Omdat die niveaus belangrijk zijn voor zaken als leren, geheugen en hersenafwijkingen, denken de onderzoekers weer wat licht te hebben geworpen in de duisternis die hersens heet. Lees verder →