‘Versierde’ uiteinden verhogen efficiëntie invoeging DNA

CRISPR-Cas9 met gids-RNA en doel-DNA

Het Cas9-complex (blauw) ‘omarmt’ het gids-RNA (geel) en doel-DNA (rood) (afb: Bang Wong)

De CRISPR-methode is momenteel hét instrument geworden om het genoom mee te bewerken, maar helemaal feilloos is dat niet. Alom wordt er gesleuteld aan de methode om de precisie en de efficiëntie vergroten en daarmee de bruikbaarheid in de klinische praktijk (zover is het nog niet). Nu schijnen onderzoekers van de universiteit van Illinois de methode om stukken DNA in te voegen tot vijf keer efficiënter te hebben gemaakt door iets te veranderen aan de uiteinden van het stukje in te voegen genetische materiaal. Lees verder

DNA bepaalt je lot maar een klein beetje

Aanbieding 23andme

Bedrijven als 23andme verdienen geld aan het voorspellen van je gezondheidsrisico’s aan de hand van je DNA (afb: 23andme.com)

Onderzoek van de universiteit van Alberta (Can) zou hebben uitgewezen dat DNA niet je (nood)lot bepaalt. De bijdrage van de genen aan ziektes als kanker, Alzheimer en suikerziekte zou maar op zijn hoogst 5 tot 10% zijn. Je DNA is dus nauwelijks een goede voorspeller van het verloop van je gezondheid, is de boodschap. Er zijn uitzonderingen, overigens. Lees verder

DNA-bouwstenen hergroeperen zich afhankelijk van omgeving

Zelfassemblerende DNA-constructies

Antigenen stukjes DNA en antilichamen (de Y-vormige eiwitten) vormen DNA-constructies (afb: Nature)

Onderzoekers rond Francesco Ricci  van de universiteit van Rome hebben nanostructuren van DNA geconstrueerd die zich ‘hergroeperen’ in afhankelijkheid van hun omgeving. Dat deden die DNA-constructies onder invloed van aangehechte antigenen  (stoffen die een reactie van het afweersysteem oproepen), die zich vervolgens bonden aan specifieke antilichamen. Die methode zou gebruikt kunnen worden in nieuwe behandelmethodes.
Lees verder

Nanoporiën ook gebruikt om aminozuren eiwitten te bepalen

Nanoporietechniek

Zo ongeveer functioneert de nanoporietechniek voor het uitlezen van DNA (links)

Met behulp van nanoporiën en elektromagnetische velden (veldjes) kun je de basenvolgorde van het DNA bepalen. Nu schijnt die techniek ook geschikt te zijn om de aminozuurvolgorde van eiwitten te bepalen. Zo krijgen we weer een klein beetje beter zicht op dat ingewikkelde ‘breiwerk’ dat cel heet. Lees verder

Exosomen gebruikt om gentherapie te verbeteren

menselijk exosoom

Menselijk exosoom (afb: WikiMedia Commons)

Exosomen zijn eiwitcomplexen die gebruikt worden om  ribonucleïnezuren af te breken en die afval op te ruimen. In eukaryote cellen die wij (mensen) hebben komen die zowel in de kern als in het celplasma voor. Onderzoekers hebben die exosomen nu gebruikt om het effect van gentherapie tegen (hersen)kanker te verbeteren. De nieuwe behandeling vertraagde de groei van hersentumoren (gliomen) bij muisjes en verlengde hun leven.
Lees verder

Man wordt chimeer na beenmergtransplantatie

Chimeer Chris Long

Chris Long (afb: NYT)

Drie maanden nadat Chris Long uit het Amerikaanse Reno een beenmergtransplantatie had gehad bleek dat het DNA van zijn bloedcellen niet meer het zijne maar dat van de beenmergdonor was. Dat is niet zo vreemd, want bloedcellen worden aangemaakt in het beenmerg. Vier jaar later bleek echter dat ook andere andere lichaamscellen het donor-DNA bevatten zoals in zijn lippen, tong en zijn kaak. Zijn zaadcellen waren zelfs uitsluitend ‘vreemde’ cellen. Long was chimeer geworden, een wezen met tenminste twee verschillende DNA’s in zijn cellen. Lees verder

Het ‘duister’ genoom wordt eindelijk onderzocht

DNA-uitlezing met CRISPR en nanoporiën

DNA-uitlezing met behulp van CRISPR en nanoporiën (afb: Max Planckinstituut)

Een groot deel van ons genoom bestaat uit herhalingen, wel honderden of duizenden keren. Die herhalingen zijn moeilijk te analyseren. Onderzoekers van het Max Planckinstituut voor moleculaire genetica in Berlijn  hebben nu een methode ontwikkeld om dit ‘duistere deel’ van het genoom te kunnen doorzoeken. Die methode is een combinatie van nanoporiegenoomuitlezing en de CRISPR/Cas-methode.
Lees verder

Er zijn miljoenen ‘DNA’s’ mogelijk

Vreemde DNA-letters

Vreemde letters voor DNA. Er blijken honderdduizenden alternatieven te zijn

Het leven heeft maar mondjesmaat gebruik gemaakt van de keur aan mogelijkheden die de organische scheikunde biedt. Van alle aminozuren die er kunnen bestaan gebruikt het leven er maar twintig en DNA evenals RNA is maar opgebouwd uit vier verschillende nucelotiden. Theoretisch zouden er miljoenen DNA’s en RNA’s kunnen bestaan. Waarom slaat het leven de informatie op zoals dat het doet en waarom verwerkt ze die op die manier. Betekenen die immense oceaan aan alternatieven ook dat het leven er niet alles uit haalt wat er in zit en kunnen wij mensen daar wat mee? Er blijken inderdaad vele alternatieven te bestaan lieten onderzoekers de computer uitpluizen. Lees verder

De ene kant op of de andere: DNA blijkt steeds veelzijdiger

Voorkeursreichting openen DNA

Helicases (groen) hebben bij het openen van DNA een voorkeursrichting (liever de paarse kant op dan de rode) (afb: SISSA)

Nog niet eens zo heel lang geleden werd DNA gezien als het molecuul waar ons leven in is vastgelegd. Gaandeweg blijkt dat allemaal wat ingewikkelder te liggen. Zo heeft de enzymfamilie de helicases tot taak om het stevig ingebakerde molecuul te openen om te kunnen worden afgelezen (de transcriptie). Nu hebben onderzoekers van, onder meer, het SISSA in Triëst (It) daar eens naar gekeken. Het blijkt dat het niet hetzelfde is als je het DNA de ene kant op afleest of de andere. De helicases blijken een voorkeursrichting te hebben. Zo blijken er gaandeweg steeds meer manieren ontdekt te worden waarop we dat ‘boek van het leven’ kunnen lezen.
Lees verder

Cel blijkt organel te hebben die chromosomen ‘fatsoeneert’

Nieuw organel ontdekt

P. Todd Stukenberg:…nieuw organel ontdekt… (afb: UVA)

Onderzoekers van de universiteit van Virginië hebben een organel in cellen ontdekt dat er voor zorgt dat het erfgoed bij een celdeling juist wordt gesorteerd. Dat dat orgaantje nooit eerder ontdekt is heeft te maken met de functie. Het organel ontstaat pas bij celdeling en verdwijnt daarna weer. De onderzoekers brengen dat orgaantje in verband met kanker. In kankercellen gaat er veel mis bij het ‘sorteren’ van het erfelijk materiaal. Ze hopen dat de ontdekking artsen meer inzicht geeft in de kansen van het slagen van een bepaalde therapie bij patiënten. Lees verder