DNA-uitlezing met behulp van CRISPR en nanoporiën (afb: Max Planckinstituut)
Een groot deel van ons genoom bestaat uit herhalingen, wel honderden of duizenden keren. Die herhalingen zijn moeilijk te analyseren. Onderzoekers van het Max Planckinstituut voor moleculaire genetica in Berlijn hebben nu een methode ontwikkeld om dit ‘duistere deel’ van het genoom te kunnen doorzoeken. Die methode is een combinatie van nanoporiegenoomuitlezing en de CRISPR/Cas-methode.
Lees verder
Vreemde letters voor DNA. Er blijken honderdduizenden alternatieven te zijn
Helicases (groen) hebben bij het openen van DNA een voorkeursrichting (liever de paarse kant op dan de rode) (afb: SISSA)
Nog niet eens zo heel lang geleden werd DNA gezien als het molecuul waar ons leven in is vastgelegd. Gaandeweg blijkt dat allemaal wat ingewikkelder te liggen. Zo heeft de enzymfamilie de helicases tot taak om het stevig ingebakerde molecuul te openen om te kunnen worden afgelezen (de transcriptie). Nu hebben onderzoekers van, onder meer, het SISSA in Triëst (It) daar eens naar gekeken. Het blijkt dat het niet hetzelfde is als je het DNA de ene kant op afleest of de andere. De helicases blijken een voorkeursrichting te hebben. Zo blijken er gaandeweg steeds meer manieren ontdekt te worden waarop we dat ‘boek van het leven’ kunnen lezen.
Lees verder
P. Todd Stukenberg:…nieuw organel ontdekt… (afb: UVA)
De Vibrio cholerae (afb: WikiMedia Commons)
Cholerabacteriën zijn rovers. Ze rammen bij concurrente cellen een speer in hun zij en roven ook maar meteen een hoop genen. Die plakken ze in hun eigen DNA. Dat zou hun evolutie versnellen, maar ook de antibioticaresistentie, denken onderzoekers van de polytechnische hogeschool in Lausanne (Zwi), de EPFL. Lees verder
De replicatie: de leidende (onder) en de volgende streng (boven) worden op een andere wijze verdubbeld (afb: WikiMedia Commons)
Replicatie van DNA is een proces dat voorafgaat aan de celdeling, zodat de twee uit die deling ontstane dochtercellen elk weer een volledige dubbele helix in kern hebben. Dat is een secuur werkje want zo’n (menselijk) DNA-molecuul bestaat uit zo’n zesmiljard nucleotiden (bouwstenen). Onderzoekers van de VanderBiltuniversiteit in Nashville rond David Cortez hebben nu een ‘catalogus’ gemaakt van eiwitten die betrokken zijn bij dat replicatieproces. Dat zouden er maar liefst 593 zijn (of ten minste 85% daarvan). Lees verder
Gelekoortsmug (afb: WikiMedia Commons)
Muggen zijn vaak overbrengers van micro-organismen die bij mensen ernstige ziektes veroorzaken zoals knokkelkoorts, zika en malaria. Er zijn dan ook diverse strategieën bedacht om die overbrengers met genetische wapens te bestrijden, maar nu blijkt dat die genetisch veranderde beestjes zich anders dan bedoeld wel degelijk voortplanten. Zo’n anderhalf jaar na de muggenacties had de muggenpopulatie zich weer hersteld. Lees verder
Plasmideinjectie zorgt dat lichaam specifieke antilichamen aanmaakt (afb: KU Leuven)
Antilichamen, onderdeel van ons afweersysteem, worden steeds vaker gezien als adequate middelen om ziektes te bestrijden, maar in het lab gemaakte antilichamen schijnen nogal prijzig te zijn. Onderzoekers van de KU Leuven denken een goedkopere manier gevonden te hebben. Ze laten ons lichaam zelf die antilichamen aanmaken door ze in te spuiten met stukjes DNA in ringvorm. Dat schijnt veel efficiënter en dus (?) goedkoper te zijn. Bij schapen werkte het.
Lees verder
Zo moet je de werking ongeveer voorstellen (afb: Science Han et. al.)
Met behulp van de CRISPR-techniek kun je het genoom bewerken, maar je kunt er ook DNA mee bewerken dat wordt gebruikt om medicijnen ter plekke in het lichaam af te leveren of om als sensor te dienen. Nature heeft het dan over slimme materialen, maar dat slaat natuurlijk (let op) helemaal nergens op. Lees verder
In normale pluripotente cellen (boven) wordt veel TRF1 aangemaakt. Het Polycombcomplex (PRC2, bestaand uit EDD, EZH2 en Suz12) is zwak gebonden aan het genoom en zijn de pluripotente genen actief. Als het TRF1-gen wordt uitgeschakeld (onder) verhoogt de aanmaak van TERRA’s en verandert de genexpressie. K27me3 is een epigentisch kenmerk.(afb: CNIO)
Sinds in 2006 de Japanse onderzoeker Sjinja Yamanaka demonstreerde dat je uit gewone rijpe cellen weer (pluripotente) stamcellen kunt maken is dat in bijna elk genetisch lab gesneden koek maar hoe dat nou precies zit met die gefabriceerde stamcellen is nog steeds vrij duister. Welke genetische en andere signalen zorgen voor die omprogrammering. Onderzoeksters van het Spaanse kankerinstituut rond Maria Blasco denken dat telomeren, die ‘onnutte’ uitlopers van chromosomen daar een rol in spelen. Lees verder