DNA-versnipperaar gaat verder dan CRISPR/Cas9-schaar

Cas3 versnippert lange delen DNA

Het ‘recept’ voor de CRISPR/Cas3-aanpak (afb: Zhang Lab)

Als we het over de CRISPR-methode hebben dan het hebben we het over de ‘genschaar’ Cas9, die stukken uit DNA knipt, maar de CRISPR-methode kent meer genscharen. Nu schijnen onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Michigan een andere bacteriële genschaar ontdekt te hebben die lange stukken DNA opzoekt, wegknipt en versnippert: type I CRISPR/Cas3. Dat biedt nieuwe mogelijkheden voor genoombewerking, denken ze, maar ook voor de bestudering van het niet-coderende deel van DNA (98%). Lees verder

“Synthetische biologie een onderschatte dreiging milieu”

CRISPR en de lussen van DNA

Is de CRISPR/Cas9-schaar een zegen of een vloek?

Genetische gemanipuleerde dieren, de ontdooiing van de ‘eeuwig’ bevroren gronden en de averechtse effecten van klimaatmaatregelen zijn volgens de Unep, de milieuorganisatie van de VN, onderschatte bedreigingen van het milieu, die ons op den duur zullen opbreken. Lees verder

Onderzoekers maken ‘expressieknop’ voor genen

Een op CRISPR gebaseerde 'expressieknop'

Cellen in dat deel van de rattenhersens dat wordt gezien als het beloningscentrum (nucleus accumbens). Groen zijn de cellen die een bepaald eiwitten aanmaken, rood de cellen die het gids-RNA produceren en blauw die met het met het virus meegestuurde DNA hebben aangemaakt, ten teken dat de ‘machine’ heeft gewerkt (afb: UAB)

Het is hier al vaker gesteld dat de epigenetische toestand in een cel een cel maakt tot wat ie is: een levercel, botcel, vetcel of nog een van de honderden verschillende celtypen in ons lichaam. De regeling van de genexpressie (welk gen is hoe actief) is dan ook een aardig middel om erachter te komen hoe cellen werken en het lijkt er op dat onderzoekers van de universiteit van Alabama in het Amerikaanse Birmingham zo’n ‘expressieknop’ hebben gevonden, waarmee ze de expressie in hersencelkweken maar ook in de hersencellen van levende ratten kunnen veranderen. Met de expressieknop kan de activiteit van een enkel gen worden veranderd, maar ook van meer genen tegelijk. Opmerkelijk. Lees verder

Virus verbergt zich in bananengenoom

BananenWaar CRISPR al niet goed voor is. Virussen maken misbruik van de replicatiemachine van de gastheercellen omdat ze die zelf niet hebben, maar dat ze zo ‘listig’ zijn dat ze hun erfgoed verstoppen in het genoom van bananen had ik nog niet eerder gehoord. Dat schijnt zelfs bij veel bananen het geval te zijn die in Afrika worden gekweekt voor de consumptie. Onderzoekers gebruikten CRISPR om dat plantenvirus uit het bananengenoom te snijden en om de plant resistent voor dat streepvirus te maken. Een andere groep gebruikte die methode al eerder om Cavendishbananen, die over de hele wereld in supermarkten worden verkocht, resistent te maken tegen een schimmelziekte die een bedreiging vormt voor de commerciële productie van die populaire variant. Lees verder

Is er een leven buiten CRISPR? TALE(?)

TAL-effector (TALE)

Een TAL-effector (afb: WikiMedia Commons)

Transcriptie-activatorachtige-effector-eiwitten oftewel TALE-eiwitten kunnen zo ontworpen worden dat ze aan elk stukje DNA kunnen binden. Onderzoekers ontdekten dat zo’n eiwit een soortgenoot kan verplaatsen dat aan DNA is gebonden aan zijn rechter- maar niet aan zijn linkerkant. Met deze bijzondere eigenschap van TALE zou het aan- en uitzetten van genen een stuk nauwkeuriger kunnen worden, zouden logische circuits in levende cellen gemaakt kunnen worden en zouden hinderlijke misperen kunnen worden voorkomen waaraan CRISPR zich nog wel eens schuldig maakt. Lees verder

Weer CRISPR-tecbniek met hoge precisie ontwikkeld (?)

Nauwkeuriger CRISPR-methode ontwikkeld

Een embryo van de Japanse rijstvis waarbij een nieuw gen is ingebouwd, dat codeert voor een lichtgevend eiwit (gele vlek) (afb: univ. van Heidelberg)

Het begint zo langzamerhand een beetje te lijken op het verhaal van de talloze ‘doorbraken’ die er zouden zijn bereikt bij onderzoek naar kanker. De CRISPR-techniek is hoog geprezen, maar er mankeert nog wel wat aan, met name aan de nauwkeurigheid en de ongewenste mutaties, bijkomende schade, zogezegd. Nu schijnen ze in Heidelberg
een CRISPR-methode ontwikkeld te hebben die zijn werk heel precies en ook relatief goedkoop doet. Alweer?, denk ik dan. Hoe dan ook, volgens onderzoeker Joachim Wittbrodt is met deze techniek nauwkeurige genoombewerking mogelijk voor onderzoek, maar ook zou de toepassing in de kliniek met deze techniek een stuk dichterbij zijn gekomen… Lees verder

Hoe krachtig en precies is de CRISPR-techniek?

Hoe voorspelbaar is CRISPR?

Gerepareerd met behulp van CRISPR en het modergen (afb: Nature)

De genschaartechniek CRISPR heeft bij veel mensen de hoop gewekt dat we op een dag korte metten kunnen maken met (aangeboren) genetische afwijkingen. De grote vraag is nog steeds of CRISPR echt zo effectief en veilig is als wel wordt gesuggereerd. Die discussie is nog niet afgerond, maar onderzoekers staan al te popelen om de techniek bij mensen (embryo’s) te gebruiken. Vorig jaar beweerden onderzoekers dat ze met behulp van de CRISPR-schaar embryo’s hadden verlost van een ziekmakende mutatie, maar daar werd breed aan getwijfeld en er rezen ook ethische vragen. Nu hebben de onderzoekers nieuw materiaal aangeleverd dat hun bewering moet staven. Lees verder

“CRISPR-techniek is genetische manipulatie”

CRISPR en de lussen van DNA

De CRISPR/Cas9-schaar

Het Europese gerechtshof heeft bepaald dat het veranderen van levende organismes met behulp van genoombewerking geldt als genetische manipulatie/modificatie. Tot nu toe werd die techniek, met als absoluute ‘ster’ de CRISPR-methode, in het veld niet als zodanig beschouwd. Dat betekent dat genetische verandering van planten maar ook dieren (waaronder mensen) met behulp van de CRISPR-techniek moet worden aangeduid als GM met alle regels die in de EU op dat terrein gelden. Lees verder

CRISPR zou minder fouten maken met synthetisch gids-RNA

Onderzoekers ontwikkelen effectief synthetisch gidsmolecuul vaan CRISPR-techniek

Basil Hubbard (afb: univ. van Alberta)

Onderzoekers van de universiteit van Alberta (Can) stellen dat ze het aantal fouten dat de CRISPR-techniek maakt bij het repareren van gendefecten aanzienlijk hebben verlaagd door gebruik te maken van  een synthetisch gids-RNA-molecuul (BNA gedoopt). De van bacteriën geleende CRISPR-techniek is al vrij nauwkeurig, maar het aandeel van onbedoelde genveranderingen zou nog altijd in de orde van 1% zijn. Dat kan behoorlijk problematisch worden als je bedenkt dat een mensenlichaam bestaat uit biljoenen cellen. De onderzoekers stellen dat met BNA als gids-molecuul het foutenpercentage met (maximaal) een factor 10 000 omlaag kan worden gebracht. Lees verder

Genetische verandering afweercellen verbeterd

Snelle en effectieve manier T-cellen genetisch aan te passen

Met behulp van elktroporering en plasmiden wordt het gereedschap aan de afweercellen afgeleverd, de cellen worden gesorteerd en genetisch veranderd. (afb: J. of immonology)

Papier is geduldig. Als daarop staat dat dierproeven aannemelijk hebben gemaakt dat netvliesveroudering is te repareren met behulp van een gentherapie dan denkt natuurlijke elke leek en zeker familieleden van mensen met netvliesveroudering of de patiënten zelf dat die ziekte zijn langste tijd heeft gehad. Dat is zelden zo. Er blijken altijd weer wat haken en ogen aan zo’n methode te zitten. Er wordt al tijden genetisch gesleuteld aan afweercellen om ze ‘weerbaarder’ te maken tegen allerlei ziektes. Nu is er dan weer methode ontwikkeld waarmee afweercellen ‘snel en efficiënt’ klaar te maken voor de strijd. We zullen zien… Lees verder